PhyloTree.org - mtDNA subtree U
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                  Example accessions  
U  A11467G  A12308G  G12372A                             
                                 
  U1  C285T  T12879C  A13104G  A14070G  G15148A  A15954c  T16249C                     
                                 
    U1a  C2218T  G14364A  T16189C!                         
                                 
      U1a1  G4991A  G6026A  T7581C                      HM852790  
                                 
        U1a1a  A385G  3158.1T  G3591A  A13422G                  AY882396 GU218692  
                                 
          U1a1a1  573.XC  G9575A                    KC477757 EF556161  
                                 
          U1a1a2  C262T  T4561C                    JQ703793 JX289842  
                                 
        U1a1b  T152C!  A8730G  A16166d  T16311C!                  JQ704153 EF556157  
                                 
        U1a1c  T15115C  G15217A                       
                                 
          U1a1c1  C8766T  C16465T                    FJ748753 AY714038  
                                 
          U1a1c2  C6041T  T6293C  A7253G  G15106A                JQ704034 NA20826  
                                 
          U1a1c3  T195C!  A663G  A7403G  T11116C  T13656C  G16145A              DQ523621 DQ523634  
                                 
          U1a1c4  T10253C                      JX462732 AY714042  
                                 
        U1a1d  C16242T  T16362C                      EF692533 HM241417  
                                 
      U1a2  455.1T  T12136C  G16129A!                      EF556194 HM852789  
                                 
      U1a3  T146C!  G10203A  A13681G  T14063C                    KC540656 HM852844  
                                 
    U1b  T146C!  T2387C  C8395T  T10885C  A11566G  G15172A  C16111T  C16327T                GU123007 AY882397  
                                 
      U1b1  G15110A                          JQ705704 HQ325737  
                                 
  U5  C16192T  C16270T                            KC521458  
                                 
    U5a'b  T3197C  G9477A  T13617C                         
                                 
      U5a  A14793G  C16256T                         
                                 
        U5a1  A15218G  A16399G                      GU296570 FJ348174  
                                 
             T16192C!                       
                                   
            U5a1a  T1700C                     
                                 
              U5a1a1  T5495C  A15924G                EU523128 DQ785296  
                                 
                   T152C!                GU296601 GU296636  
                                   
                  U5a1a1a  A3816G              DQ904330 GU296558  
                                 
                  U5a1a1b  G15110A              JQ703937 GU296652  
                                 
                  U5a1a1h  C16294T              GQ368895 HG00281  
                                 
                U5a1a1c  A6905G  T13015C              JQ703590 JQ704022  
                                 
                   T16362C                JQ704920  
                                   
                  U5a1a1d  G185A  T204C            GU459066 GQ160809  
                                 
                U5a1a1e  T9682C                JQ705621 JQ704796  
                                 
                U5a1a1g  C4224T                JQ705243 HG00145  
                                 
              U5a1a2  573.XC  C12346T                 
                                 
                U5a1a2a  A5319G  A6629G  T6719C            GU296557 HQ588904  
                                 
                  U5a1a2a1  T6293C              JQ703926 JQ705849  
                                 
                    U5a1a2a1a  A10972G            JQ702568 KC602499  
                                 
                U5a1a2b  A13105G!                JQ704701 GU296543  
                                 
                  U5a1a2b1  G8269A  T10326a  T14278C          JQ705279 JQ702496  
                                 
            U5a1g  C7792T                    GU296640 HM765468  
                                 
              U5a1g1  G11914A!  A16293G                JQ702913 JN412063  
                                 
          U5a1b  A9667G                      JX141361 EU597499  
                                 
            U5a1b1  C16291T                    JQ702714 JQ701970  
                                 
              U5a1b1a  T4553C                  JQ703963 JQ691414  
                                 
                U5a1b1a1  C14574T                JQ705245 JQ706015  
                                 
                U5a1b1a2  G15883A                NA12814 JQ703074  
                                 
              U5a1b1b  T8119C                  GU296614  
                                 
                U5a1b1b1  T16092C                GU296619 GU296649  
                                 
              U5a1b1c  G9055A                  EU140330 GU296610  
                                 
                U5a1b1c1  T1187C                JQ705297 FJ493508  
                                 
                U5a1b1c2  G3705A  G16129A!              JQ704028 GU296628  
                                 
              U5a1b1d  A12358G                  JQ705693 JQ702400  
                                 
              U5a1b1e  A12582G                  JQ705211 JQ704679  
                                 
              U5a1b1f  G15596A  G16129A!                AY714003 JQ702552  
                                 
            U5a1b2  A9632G                    GU296562 GU296569  
                                 
               T16362C                    JQ704045  
                                   
              U5a1b3  G16428A                  JQ703331 AY339529  
                                 
            U5a1b4  A12331G                    JN897375 HM171295  
                                 
          U5a1c  C16320T                       
                                 
            U5a1c1  T195C!  C13802T                  GU296588 GU296617  
                                 
              U5a1c1a  A153G                  JX297176 JQ705573  
                                 
            U5a1c2  T961C                    GU296589  
                                 
              U5a1c2a  A183G  C10544T                JQ705908 JQ704555  
                                 
          U5a1d  T3027C                       
                                 
            U5a1d1  C5263T  C13002a                  GU296542 GU296612  
                                 
            U5a1d2  573.XC  T3552C                   
                                 
              U5a1d2a  T195C!  T4823C  C5583T  G16145A  T16189C!            HM173090 JQ704700  
                                 
                U5a1d2a1  C6584T  C6836T              GU296655 GU296599  
                                 
              U5a1d2b  G4924c  T10858C  T14110C  G15217A  T16304C          GU123032 JQ705737  
                                 
          U5a1e  A3564G  T8610C                    GU296547 GU296625  
                                 
          U5a1f  G6023A                       
                                 
            U5a1f1  G5585A  A7569G  T16311C!                JQ702160 DQ112764  
                                 
              U5a1f1a  T199C  G8251A                AY882398 JQ704962  
                                 
                U5a1f1a1  G16526A                JQ702735 JQ702225  
                                 
            U5a1f2  T5557C  G8994A  T11935C  C12491T  C16222T              GU296603 KF921965  
                                 
          U5a1h  C150T  G1303A  C3192T  G3591A  T4592C  C11296T  C11938T  G12618A  C16239T          JQ704026 JQ705910  
                                 
          U5a1i  C4796T  C12103a  C14003T  A14893G  T14971C              JQ705326 KF179064  
                                 
          U5a1j  A3198G  A4745t  G8994A                  KF647698 KF262460  
                                 
        U5a2  G16526A                         
                                 
          U5a2a  C16114a  C16294T                    JN707685  
                                 
            U5a2a1  A13827G  G13928c                  GU296615 JQ703936  
                                 
              U5a2a1a  G12630A  T16271C                AY339524 GU391321  
                                 
              U5a2a1b  T13015C                  GU296626 HM246245  
                                 
                U5a2a1b1  T252C                JQ702355 HM765474  
                                 
              U5a2a1c  C9293T                  GU296597 GU296650  
                                 
              U5a2a1d  T4232C  G4655A  A11893G              EU124886 JQ703988  
                                 
                 T152C!                  JQ704074 JQ703335  
                                   
                U5a2a1e  G14198A                AY339527 JX171113  
                                 
          U5a2b  G9548A                      GU296559 GU371930  
                                 
            U5a2b1  960.XC                    GU296624 JQ702746  
                                 
              U5a2b1a  T12441C                  JQ705696 GU296651  
                                 
              U5a2b1b  C16465T                  JQ704044 GU296607  
                                 
              U5a2b1c  A15903G                  GU296629 GU296600  
                                 
              U5a2b1d  G4655A  C8933T                JQ703087 GU296656  
                                 
            U5a2b2  G10685A  T11984C  G12308A!  A12654G  A13285G            KC246057  
                                 
              U5a2b2a  A13269G                  JQ702184  
                                 
                U5a2b2a1  8281-8289d  C16234T              GU296587 GU296646  
                                 
            U5a2b3  T455d  C14684T  C16168T                KC661077  
                                 
              U5a2b3a  C13351T                  JQ702847  
                                 
                U5a2b3a1  T152C!  G3666A              JQ702230 JN899603  
                                 
            U5a2b4  G15301A!!                    JQ704895 JQ702320  
                                 
            U5a2b5  G207A  T3504C  C7471T                NA20760 EU597544  
                                 
          U5a2c  C10619T                      JQ703187 GU012633  
                                 
            U5a2c1  C9469T                    FJ460558 EU151864  
                                 
            U5a2c2  A10768G                    JQ704067 EF660950  
                                 
            U5a2c3  T11465C  T16192C!                  JX101637  
                                 
              U5a2c3a  A7960c  A10709c                JF487827 EU049814  
                                 
            U5a2c4  G3531A                    JQ705779 GU296611  
                                 
          U5a2d  A7843G                      JQ703280 JQ702144  
                                 
            U5a2d1  C3750T  C7978T  T8104C  C11107T  T16192C!              HM490393  
                                 
              U5a2d1a  T9148C  T14577g                JN604831 JQ705123  
                                 
             T16362C                      JQ705111  
                                   
            U5a2e  C151T  T152C!  A3768G  T15289C  T16311C!              JN819535 GU296648  
                                 
      U5b  C150T  A7768G  T14182C                       
                                 
        U5b1  A5656G                        JQ704112  
                                 
          U5b1a  T7028C  T15097C                    KC521455 JN544933  
                                 
             T16189C!                      EF420876  
                                   
            U5b1b  G12618A                    GU296644  
                                 
              U5b1b1  A7385G  T10927C                GU296566  
                                 
                   T16192C!                JN897374 AY882400  
                                   
                  U5b1b1a  T16144C              AY882403 DQ902697  
                                 
                    U5b1b1a1  C4059T            DQ902696 AY882404  
                                 
                      U5b1b1a1a  C1341T          HM116534 GU296598  
                                 
                        U5b1b1a1a1  C16301T        KF466256 KF631316  
                                 
                    U5b1b1a2  T10907C            EF420877 JX171119  
                                 
                  U5b1b1d  G15884A              AY882402 AY882401  
                                 
                  U5b1b1f  A1047G              GU296591 JQ705418  
                                 
                U5b1b1b  A8413G  C16320T              AY882407 DQ282508  
                                 
                   T152C!                AF381989  
                                   
                  U5b1b1e  T2387C              JQ704517 AY882408  
                                 
              U5b1b2  T217C  (573.XC)                AY339536 JQ705105  
                                 
                U5b1b2a  A3434G                HG00357 HG00274  
                                 
            U5b1c  T15191C  T16311C!                  AY882409  
                                 
              U5b1c1  G16336A                  JQ705870  
                                 
                U5b1c1a  T55a                JQ408439  
                                 
                  U5b1c1a1  C14420T  T14470C            JQ705095 JX297153  
                                 
              U5b1c2  C516T  C16174T                JQ703983 DQ661681  
                                 
                U5b1c2a  T16140C  T16192C!  T16288C            EU597535 JQ703944  
                                 
                U5b1c2b  C6341T  G13194A              JQ704043 JQ705473  
                                 
               T16192C!                    GU296582 JQ702743  
                                   
              U5b1e  T152C!  C16465T                JX677560  
                                 
                U5b1e1  A2757G  A10283G  T12616C            JQ705405 FJ493517  
                                 
                  U5b1e1a  T4209C              FJ499497 GU296571  
                                 
              U5b1h  A384G                  JQ705183 JQ704053  
                                 
          U5b1d  C5437T                       
                                 
            U5b1d1  T15721C                    JQ702807  
                                 
              U5b1d1a  T742C  G15355A  T16192C!              JQ702376 AY882412  
                                 
              U5b1d1b  T199C  C2225a  C3507T  T8277C  T10084C  T12136C          AY882411 JX156641  
                                 
              U5b1d1c  G7912A  A15631G  C16218T  C16320T            GU977214 HQ287878  
                                 
            U5b1d2  T7085C  C16239T                  HM043711 JF436855  
                                 
          U5b1f  C3507a                       
                                 
            U5b1f1  A533G                    HQ675036  
                                 
              U5b1f1a  G16319A                  JX297131 JX286537  
                                 
          U5b1g  C151T  G228A  573.XC  C10654T  G13759A  T14577C              HQ384206 HQ675038  
                                 
          U5b1i  A3105G  C3498T  T6674C  G15777A  C16167T  T16311C  T16356C            JQ681270 DQ523645  
                                 
        U5b2  C1721T  A13637G                      JQ705429  
                                 
          U5b2a  A4732G  T16189C!                     
                                 
            U5b2a1  T16270C!                     
                                 
              U5b2a1a  T15511C  C16189T!!                JQ703964  
                                 
                   T16311C!                JQ704726  
                                   
                  U5b2a1a1  A896G              GQ853200 GU296568  
                                 
                    U5b2a1a1a  G12406A            JQ701915 JQ702021  
                                 
                    U5b2a1a1b  A249d            EU784076 JQ703942  
                                 
                    U5b2a1a1d  A11329G            EU244000 HG00284  
                                 
                U5b2a1a2  T1834C  C5452T  T8705C  A15924G  T16192C!          GU296621 AY882413  
                                 
              U5b2a1b  T152C!  T5918C  G14323A  T16192C!  T16325C            EU182656 FJ887848  
                                 
            U5b2a2  C3212T  G16398A                  GU296541  
                                 
              U5b2a2a  T12136C                  JQ705158  
                                 
                U5b2a2a1  T9682C                AY882415 GU296552  
                                 
                U5b2a2a2  T5508C  G10589A              JQ702167 DQ112820  
                                 
              U5b2a2b  A2757G  T14956C                EF459670 JN969984  
                                 
                U5b2a2b1  C4843T                GU296567 HM130562  
                                 
              U5b2a2c  T12678C  T16192C!  C16261T  T16304C            JQ702431 JQ705688  
                                 
            U5b2a3  T10031C                    EU682506 EF420249  
                                 
               T16192C!                     
                                   
              U5b2a4  A3397G  G13368A  T14767C              JQ705337  
                                 
                U5b2a4a  T6293C                JQ705419 JQ705298  
                                 
              U5b2a5  A8706G  C10654T  A11725G  T16311C!            EU233797 JQ290366  
                                 
              U5b2a6  A4129G                  JQ704771 JQ703796  
                                 
          U5b2b  A11653G  A12634G  A13630G  T16192C!                JQ706019 JQ704572  
                                 
            U5b2b1  G15497A                     
                                 
              U5b2b1a  A3861G  T16362C                 
                                 
                U5b2b1a1  C16292T                KC337071 JQ703741  
                                 
                U5b2b1a2  T12696C  A16240c              GU296627 JQ703780  
                                 
              U5b2b1b  C13420T  G16526A                GU296641 JQ702927  
                                 
            U5b2b2  C4616T  G8027A                  EF419891 GQ132188  
                                 
            U5b2b3  A517t  A2755G  T15905C  T16224C              JF812598  
                                 
              U5b2b3a  T279C  T3338C  G5261A              JQ702843  
                                 
                U5b2b3a1  A9494G                JQ702046  
                                 
                  U5b2b3a1a  C16114T              JQ703790 FJ916904  
                                 
              U5b2b3b  C16242T                  KC851802 JQ702136  
                                 
            U5b2b4  A9670G  T16189C!                  JQ702585 JQ705877  
                                 
          U5b2c  A723G  960.XC  A13017G                  KC847158  
                                 
            U5b2c1  C6920a  A13434G                  JX186998 JQ702406  
                                 
            U5b2c2  A3861G  A5836G  A10262G                JF265240  
                                 
              U5b2c2a  G14259A                  JQ705947 JQ702625  
                                 
              U5b2c2b  T16249C                  EU490797 JQ703980  
                                 
        U5b3  (G228A)  G7226A  T16304C                    JQ705968 GQ129144  
                                 
          U5b3a  A16235G                       
                                 
            U5b3a1  C16169a                     
                                 
              U5b3a1a  A373G  C11177T  C16304T!              AF346988 GQ129152  
                                 
              U5b3a1b  C15781T                  GQ129157 GQ129158  
                                 
            U5b3a2  A10978G                    GQ129163 GQ129164  
                                 
          U5b3b  G9196A                      JQ704971 GQ129169  
                                 
            U5b3b1  A189G                    GQ129167 GQ129165  
                                 
          U5b3c  A4775G  T5557C  A6461G                  GQ129170 GQ129172  
                                 
          U5b3d  T13830C  C16067T  T16311C!                  GQ129173 GQ129174  
                                 
          U5b3e  T3535a  A8701G!                    JQ702295 GQ129177  
                                 
          U5b3f  G16129A!                      GQ129179 GQ129180  
                                 
          U5b3g  G5147A                      GQ129143 JQ689453  
                                 
  U6  A3348G  T16172C                             
                                 
    U6a'b'd  A16219G                             
                                 
      U6a  G7805A  A14179G  C16278T!                      EF064317  
                                 
        U6a1  A14927G                        HQ651694  
                                 
          U6a1a  C3969T  T16189C!                     
                                 
            U6a1a1  T4172a  C11938T  C16239T                JX120710 HQ651688  
                                 
            U6a1a2  G1472A  G13759A                  JQ704749 JQ704539  
                                 
          U6a1b  A16235G                      EF064320  
                                 
            U6a1b1  G11176A  T12376g  T12727C  A15244G               
                                 
              U6a1b1a  T146C!  C16355T                HQ651685 EF064321  
                                 
              U6a1b1b  T2158C  T10336C  T14034C  G16145A            HQ651693 JX120712  
                                 
            U6a1b2  T195C!  G10364A  C14562T                JQ702816 HQ651696  
                                 
            U6a1b3  C11971T                    HQ651705 JX120709  
                                 
           T16189C!                        HQ651707  
                                   
             (G103A)                       
                                   
            U6a2  C15626T                    EF064322  
                                 
              U6a2a  C960d  A6359G  T11204C               
                                 
                U6a2a1  T9128C  T9891C              JX120713 EF064323  
                                 
                U6a2a2  T146C!  G13359A              KC152576  
                                 
                  U6a2a2a  A337G  A16235G            AY882416 JX120776  
                                 
              U6a2b  T15383C  C16354T                JX120716  
                                 
                U6a2b1  G15314A  C16184T              KC152589 JX120714  
                                 
                 T195C!                  KC152590  
                                   
                U6a2c  G1709A                KC152569 HQ651702  
                                 
            U6a8  G10172A                     
                                 
              U6a8a  G143A  G750A  C8282T  C11539T              KC152541 KC152552  
                                 
              U6a8b  C4936T  A5894c  A9100G  T9128C  C9335a  C16295T          JQ629405 KC152578  
                                 
          U6a3  C15790T                      HQ651714  
                                 
            U6a3a  G4820A                    HQ651713  
                                 
              U6a3a1  G14364A                  HQ651686 JQ704800  
                                 
                U6a3a1a  T8598C                HQ585390 KC152538  
                                 
              U6a3a2  G185A  T16093C                KC152549  
                                 
                U6a3a2a  G709A  T3847C              JX120708 JQ704099  
                                 
               G185A                     
                                   
              U6a3b  T146C!  T152C!  A188G  G1211A  C11268T  C13431T  A15634G        HQ651704 HQ651699  
                                 
                U6a3b1  T16311C!                HQ651697 HQ651703  
                                 
              U6a3e  G3337A  A4021G  T8705C  C12097T  T13569C  G13928A  T16362C  A16399G      JX120720 EF064326  
                                 
              U6a3f  C150T                   
                                 
                U6a3f1  T3826C                EF064324 KC152584  
                                 
                U6a3f2  T15941C                KC152585 JQ044807  
                                 
            U6a3c  T146C!  291.1A  C960d  T1809C  C5554a  G6182A  A11272G  A15380G          JX120769 JX120718  
                                 
            U6a3d  C16147T                     
                                 
              U6a3d1  T13635C                   
                                 
                U6a3d1a  A385G  A4674G  G10203A  T10927C  T15067C          HQ651711 KC152574  
                                 
        U6a4  C150T  C12246T  T13674C  T14215C  T15862C  C16134T                EF064327 EF064328  
                                 
        U6a5  G3591A  G7642A  G13590A  G15927A                  JX120721 EF064329  
                                 
          U6a5a  A11590G                      EF064330  
                                 
            U6a5a1  C11191T                    HQ592783 KC152553  
                                 
          U6a5b  A3714G  C16184T  C16234T                  JX120722 JX120723  
                                 
        U6a6  G8557c                         
                                 
          U6a6a  A3714G  A12172G  C16079T  T16189C!  G16274A              KC152565  
                                 
            U6a6a1  C9031T                    JX120726 KC152562  
                                 
          U6a6b  C8407a  (G10685A)  C13440T                   
                                 
            U6a6b1  T7391C                    KC152559 JX120724  
                                 
            U6a6b2  C9779T  A10700G  A11734G                EF064334 EF064333  
                                 
        U6a7  G15043A                         
                                 
          U6a7a  T152C!  T794a  T1193C  A1692t  G5471A  T8473C  T15530C  C15632T             
                                 
            U6a7a1  A5120G                    AY275531 FJ979865  
                                 
              U6a7a1a  A2672G  T11929C                GU967378 JX120766  
                                 
              U6a7a1b  C150T                  EF064337 JX120757  
                                 
                 C152T!!                  EF064335  
                                   
                U6a7a1c  A11038G                HQ843176 EF064338  
                                 
            U6a7a2  T14034C  T16278C!!                  JX120730  
                                 
              U6a7a2a  A11941G                  JX120762 JX120728  
                                 
          U6a7b  T195C!  C198T  960.1C                    KC152555  
                                 
            U6a7b1  G709A  A1842G  A7735G  A12950c  G16219A!              EF064339 JX120731  
                                 
          U6a7c  G7337A  T16189C!                    JQ702118  
                                 
            U6a7c1  G14179A!                    KC152547 JX120765  
                                 
         T16311C!                           
                                   
        U6b  G9438A                        JX120738 AY275530  
                                 
          U6b1  G9738A  G15431A                     
                                 
            U6b1a  T2352C  A16163G                  HQ651678 JQ704896  
                                 
              U6b1a1  C7700T                  AY275528 EF064340  
                                 
            U6b1b  T1520C  G4113A  G5821A  C9571T  T16189C!              KC152548 KC152567  
                                 
          U6b2  T4062C  C12535T  A13637G  G15355A                JQ704008 AY275527  
                                 
          U6b3  C16278T!                      JX120734  
                                 
            U6b3a  A235G                    JX120735 FJ460538  
                                 
        U6d  T4336C  G12501A  A14518G                    JX120741  
                                 
          U6d1  T4454C  T14470C  C16261T                  HQ651684  
                                 
            U6d1a  G5147A                    GU366066 DQ523663  
                                 
            U6d1b  C12603T                    EF064342 EF064341  
                                 
          U6d2  G5460A  T12842C  T15892C                  KC152592 EF064343  
                                 
          U6d3  C16174T                      JX120743  
                                 
            U6d3a  A10397G  A11947G  A12530G                HQ651681 NA19652  
                                 
    U6c  C150T  C437T  C793T  G3688c  A4965G  T5081C  C11013T  T13879C  A15244G  C16169T  T16189C!             
                                 
      U6c1  G15553A  G16129A!                        HQ161773 EF064344  
                                 
      U6c2  C194T                          KC152568 HM775494  
                                 
  U2'3'4'7'8'9  A1811G                               
                                 
    U2  A16051G                            FN600416  
                                 
      U2a  A16206c                           
                                 
        U2a1  (T195C!)  A16230G!  T16311C!                     
                                 
          U2a1a  G8572A  T16154C                    JX488759 AY882379  
                                 
          U2a1b  T11383C                      AY713992 DQ112816  
                                 
        U2a2  C194T  G3316A  A4970G  T5201C  G7382A  G7853A  G7859A  C11151T  T11299C  T12477C  G12561A  C14883T  G15734A  T16271C    KF056257 KC533515  
                                 
      U2b  T146C!  G2706A  A5186t  C12106T  G13194A  C15049T                   
                                 
        U2b1  G3915A  A4093G  (C16168T)                    HM156690 EU330890  
                                 
          U2b1a  G13708A                      AY714020 KF056258  
                                 
        U2b2  T152C!  A234G  G1888A  C9094T  A9614G  T12793C  T13656C  G15930A  T16209C  C16239T  T16352C  C16353T      AY714027 AY882380  
                                 
         T152C!                           
                                 
        U2c'd  C16234T                         
                                 
          U2c  C5790a  T14935C  A15061G                  AY714010  
                                 
            U2c1  T8023C  C8676T  C9767T                KC533505 JX984460  
                                 
              U2c1a  G15043A  C16179T  A16240c              AY714005 HM036565  
                                 
              U2c1b  A12172G                  AY882381 HM036556  
                                 
          U2d  T199C  G263A  T471C  T1700C  C4025T  A8938G  A11893G  A14926G  T16189C!  C16294T         
                                 
            U2d1  A8982G  C16184T  T16342C                JQ706062 EU440736  
                                 
            U2d2  G5147A  G5460A  T6956C  A8296G  T13789C              JQ706046 JQ706067  
                                 
            U2d3  T1040C  G6023A  A7277G  A7894G  C16266T              JQ706045 JQ706025  
                                 
        U2e  A508G  A3720G  A5390G  T5426C  C6045T  T6152C  A10876G  T13020C  T13734C  A15907G  G16129c  T16189C!  T16362C      AY714026  
                                 
          U2e1'2'3  T217C                       
                                 
            U2e1  C340T                    JQ703356 FJ147311  
                                 
              U2e1a  C11197T  T11732C                FJ828532  
                                 
                U2e1a1  C3116T                AY882382 FJ348194  
                                 
                  U2e1a1a  T3197C              JQ705936 JQ705117  
                                 
                  U2e1a1b  A108G              HQ424846 JQ703203  
                                 
              U2e1b  G988A  C16256T                AY714049 JQ705941  
                                 
                U2e1b1  C7109T  T15784C  C16362T!            JQ702663 JQ703917  
                                 
                U2e1b2  3229.1A  C15661T              JQ705946 EF661006  
                                 
              U2e1c  C7151T  C12346T                KF142160  
                                 
                U2e1c1  G11176A                JQ705933 JQ701857  
                                 
              U2e1d  G4132A                  JQ702520 JQ704268  
                                 
              U2e1e  C2526T  G12618A  G16145A              JQ702316 EF452294  
                                 
              U2e1f  T15519C  T16311C!                JQ705813  
                                 
                U2e1f1  T146C!  T489C  G8155A  T9101C  A12358G          AY195764 NA12347  
                                 
              U2e1g  T11233C                  JQ703491 KC464359  
                                 
              U2e1h  C152T!!  C16189T!!                FJ493504 KF849954  
                                 
            U2e2  T8473C  C12557T  (T16092C)                JQ705900  
                                 
              U2e2a  G3849A  T4553C                 
                                 
                U2e2a1  T4736C                JQ703968 JQ702432  
                                 
                U2e2a2  T7624C  A16525G              FJ984932 EF528162  
                                 
                U2e2a3  A5686t                JQ705386 JQ704627  
                                 
                U2e2a4  G5746A                JQ702004 JQ701890  
                                 
            U2e3  C394T  C16260T  T16356C                JX286498  
                                 
              U2e3a  C309d  C575T  C3170a  T15721C  A16181G            JQ704102 JQ702389  
                                 
    U3  C150T  A14139G  T15454C  A16343G                       
                                 
      U3a'c  A2294G  T4703C  G9266A                       
                                 
        U3a  C6518T  A10506G  C13934T  G16390A                  HM852891  
                                 
          U3a1  G3010A                      HG00359 JQ705387  
                                 
            U3a1a  G7521A!                    GU122986 JQ703990  
                                 
              U3a1a1  G14258A                  JN203207 JQ704950  
                                 
            U3a1b  A723c                    JQ702681 JQ702677  
                                 
            U3a1c  T16356C                    JQ703769 AF381982  
                                 
              U3a1c1  C16301T                  JQ705739 HQ286323  
                                 
          U3a2  A200G  T11050C                    AY882383 FJ348224  
                                 
          U3a3  C2766a  G10143A  T16189C!                  JQ704440 HM852895  
                                 
        U3c  T12843C  A15613G  C16193T  T16249C  G16526A                HM852803 HM852797  
                                 
      U3b  A4188G  C4640a  T9656C  T13743C                    JN663830 AY714023  
                                 
        U3b1  C3546a                        EF177433 JQ703911  
                                 
          U3b1a  A8812G  T16086C                    EF556158 AY882385  
                                 
          U3b1b  A6359G  A12720G                    FJ711758 JQ705043  
                                 
        U3b2  T15944d                        JQ704130 JQ702150  
                                 
          U3b2a  A2707G  T9770C                    JN969086  
                                 
            U3b2a1  G8950A                    HQ257369 FJ348193  
                                 
          U3b2b  T8490C  C15327T  T16362C                  JQ704981 KC250336  
                                 
        U3b3  C16168T                        HQ384204 AY882384  
                                 
    U4'9  T195C!  G499A  T5999C                         
                                 
      U4  T4646C  A6047G  C11332T  C14620T  T15693C  T16356C                   
                                 
        U4a  C8818T                         
                                 
          U4a1  T152C!  A12937G  C16134T                  JQ703947 EU597575  
                                 
            U4a1a  T961C                    HQ659692 JQ703887  
                                 
              U4a1a1  965.XC                  EU545417 EU545451  
                                 
            U4a1b  A745G  C3204T                  JQ702270 EU545429  
                                 
              U4a1b1  C296T                  EU545459 GU252762  
                                 
            U4a1c  G8155A  A13158G  T14110C  C16234T              EU545428 EU545427  
                                 
            U4a1d  C198T                    FJ493506 GU123031  
                                 
          U4a2  T310C                      EU545430 JQ701841  
                                 
            U4a2a  C16356T!                    EF222249 EU545461  
                                 
              U4a2a1  T8496C                  EF222236 EF222250  
                                 
            U4a2b  C16223T!                    GU123033 EF222241  
                                 
            U4a2c  T8567C                    EU545464  
                                 
              U4a2c1  G6047A!  C10654T  C16242a  T16288C  T16362C          EF222252 EF222242  
                                 
            U4a2d  C16295T                    EU545421 JQ705152  
                                 
            U4a2e  A2246G  G6383A                  EU545442 JQ702862  
                                 
            U4a2f  T1189C  A1978G  A12397G  G15172A              JQ705828 JQ704811  
                                 
            U4a2g  C6164T                    JQ480650 EU545434  
                                 
            U4a2h  G5261A                    EF222235 JQ702549  
                                 
          U4a3  G247A!  A2792G  C6665T  A6929G  G8065A  T16362C              EF060364  
                                 
            U4a3a  A16265G                    EU545423 KF938935  
                                 
        U4b  T7705C                        EU545444 JQ702211  
                                 
          U4b1  T11339C                       
                                 
            U4b1a  A3672G                     
                                 
              U4b1a1  T2083C  T12297C                HM044301  
                                 
                U4b1a1a  C15789T                JQ705255 JQ703912  
                                 
                  U4b1a1a1  A8642G  T16362C            AY882388 FJ460530  
                                 
              U4b1a2  C11143T  G11176A  T12609C  G13708A            HM041972  
                                 
                U4b1a2a  C15632T                EU545415 JQ704098  
                                 
                U4b1a2b  A10876G  T15067C              JQ701876 JQ701990  
                                 
              U4b1a3  T146C!  A5752d  T9989C  C11674T              EU545419  
                                 
                U4b1a3a  A7265G                EU571946 FJ858802  
                                 
              U4b1a4  G7853A  C11965T  T12957C              FJ147313 FJ147316  
                                 
               T146C!  T152C!                  FJ147315  
                                   
              U4b1b  A13528G                   
                                 
                U4b1b1  C13565T                JQ705342 JQ704155  
                                 
                  U4b1b1a  C16111T  T16140C            HM535647 GU797476  
                                 
                U4b1b2  C146T!!  C11788T  G15326A  T15514C          JQ704676 HG00155  
                                 
          U4b2  T16136C                      EU140898  
                                 
            U4b2a  G15883A                    JQ702783 JQ701937  
                                 
              U4b2a1  C16278T!                  GQ891957 GU365881  
                                 
          U4b3  A215G                      FJ147322 GU727823  
                                 
        U4c  T10907C                         
                                 
          U4c1  A4811G  A6146G  T9070g  C14866T  (C16179T)              EF657423 EF657519  
                                 
            U4c1a  T11009C                    EU545465 FJ348178  
                                 
          U4c2  T8705C  C10676T                    HQ418462  
                                 
            U4c2a  C16261T                    EU545460 JQ702690  
                                 
        U4d  T629C  2405.1C                       
                                 
          U4d1  C2772T                      HQ167735  
                                 
            U4d1a  A5984G  C6938T                  GU123021  
                                 
              U4d1a1  T8260C                  JQ702267  
                                 
                U4d1a1a  A5319t                JQ704741 HG00186  
                                 
            U4d1b  A13398G                    EU545438 GU122982  
                                 
          U4d2  T5567C  C10692T  C11326T  G11518A  A13105G!  T16189C!              FJ230891 EU545426  
                                 
          U4d3  573.XC  T14577C                    GU727822  
                                 
      U9  G3531A  G3834A  C6386T  T14094C                     
                                 
        U9a  C195T!!  A16051G  C16278T!                    AY882389  
                                 
          U9a1  T3290C  G15077A  C16193T  T16357C                GU170820 FJ770944  
                                 
        U9b  A12615G                        GU990521  
                                 
          U9b1  573.XC  A9299G  A11350G  T13111C                AY882390 EU597540  
                                 
    U7  T152C!  T980C  C3741T  C5360T  C8137T  C8684T  C10142T  T13500C  G14569A  (A16309G)  A16318t            AY714004  
                                 
      U7a  C151T                          EF556179  
                                 
        U7a1  A270G  C5486T  T13281C  C16167T                  AY714014 AY714013  
                                 
        U7a2  T4502C                        FJ858878 EU597503  
                                 
        U7a3  G12618A                        GU327373 JQ705966  
                                 
        U7a4  T146C!  T16126C                      HM852823 HM852777  
                                 
        U7a5  573.XC  G9300A  A13966G  C14245T  G14869c  C16291T  T16304C              JQ703913 JQ703978  
                                 
      U7b  T10084C                          JQ705198 GQ176284  
                                 
        U7b1  A13395G  T16271C                      EU445683 EU445684  
                                 
    U8  T9698C                             
                                 
      U8a  T282C  T6392C  C6455T  A7055G  C9365T  G13145A                  JQ702759  
                                 
        U8a1  C3738T                         
                                 
          U8a1a  A5240G  C10733T  (A16146G)  T16342C                 
                                 
            U8a1a1  C12135a                    JQ705347 AY882392  
                                 
              U8a1a1a  A4129G                  HM765458 GU299344  
                                 
              U8a1a1b  G9777A                  JX273295  
                                 
                U8a1a1b1  A9338G                HQ022823 HM008694  
                                 
            U8a1a2  T11465C                    JQ702761 HM113490  
                                 
            U8a1a3  G1503A  G7340A                  JX297480 HQ336423  
                                 
            U8a1a4  A12768G  T16189C!                  JX273297 DQ200802  
                                 
          U8a1b  G709A  G4491A  C16167T  C16179T                JQ611709 HG00263  
                                 
        U8a2  T195C!  A827G  T1700C                    DQ200801 HQ384210  
                                 
      U8b'c  A3480G                           
                                 
        U8b  G9055A  C14167T                       
                                 
          U8b1  T195C!  T16189C!  C16234T                   
                                 
            U8b1a  C6546T  A6599G  G12771A                 
                                 
              U8b1a1  G9948A  G11914A!  G16129A!              HM590366 AY882393  
                                 
              U8b1a2  G14831A                  JX273296 DQ200805  
                                 
            U8b1b  G1811A!  C5165T  T16324C                JQ705831 JX273243  
                                 
              U8b1b1  A14053G                  JQ704970 NA20786  
                                 
          K  A10550G  T11299C  T14798C  T16224C  T16311C!               
                                 
            K1  T1189C  A10398G!                   
                                 
              K1a  C497T  (T16093C)                JQ706038 HM043706  
                                 
                K1a1  (C114T)  G11914A!               
                                 
                  K1a1a  T3552C              JQ705483 JQ702802  
                                 
                    K1a1a1  G9801A            FJ348183 GU722598  
                                 
                    K1a1a2  A15799G            JQ704696  
                                 
                      K1a1a2a  A6060G  8276.1C        GU980957  
                                 
                        K1a1a2a1  G4959A        AY495257 JQ705393  
                                 
                  K1a1b  A15924G              JN048471  
                                 
                    K1a1b1  A11470G            DQ200804  
                                 
                      K1a1b1a  A10978G  T12954C  C16234T      DQ301795 HM101136  
                                 
                      K1a1b1b  T593C  T2483C        JQ702898  
                                 
                        K1a1b1b1  T789C  A11620G      JQ704983 AY339554  
                                 
                      K1a1b1c  G5585A  C16222T        GU592026 HE576978  
                                 
                      K1a1b1d  A14388G  T16092C  C16223T!      JQ702782 JQ704096  
                                 
                      K1a1b1e  G9932A          JQ704056 JQ704207  
                                 
                      K1a1b1f  T4823C  C6528T  A8842c      JQ703737 JX048065  
                                 
                      K1a1b1g  C5583T  G12007A        FJ348218 JQ668027  
                                 
                    K1a1b2  T13326C             
                                 
                      K1a1b2a  T152C!  A7729G  T9800C      AY714044  
                                 
                        K1a1b2a1  T3777C  A15758G      HQ586011  
                                 
                          K1a1b2a1a  T7278C      HQ413154 JQ701858  
                                 
                      K1a1b2b  A189G  C10202T        FJ865502 JQ702624  
                                 
                  K1a1c  G709A  T1694C  T16362C  C16400T          JQ705454 JQ705697  
                                 
                K1a2  T11025C                HM065508 JQ703309  
                                 
                  K1a2a  G5773A              HG01617 EU915473  
                                 
                    K1a2a1  C4748T  G13368A  T16189C!        JQ702748 JQ701856  
                                 
                    K1a2a2  C7918T            JQ703581 HG00346  
                                 
                  K1a2b  T8005C              HM041971 JQ704017  
                                 
                  K1a2c  T4216C  G7775A            JQ705149 KC477768  
                                 
                K1a3  A13117G                AY495264 JQ703347  
                                 
                  K1a3a  A7559G              JQ705485 EU344156  
                                 
                    K1a3a1  A8440G            JQ703648 JQ703096  
                                 
                      K1a3a1a  G9548A  C10697T  T14530C      DQ301814  
                                 
                      K1a3a1b  C8522T          AY495258 GU799583  
                                 
                    K1a3a2  T5580C            JQ705957 JQ702693