PhyloTree.org - mtDNA subtree U
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue. Established haplogroup labels are shown in black; newly proposed labels in red.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent within the clade, or are uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The highly recurrent mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                              Accession numbers References
U  11467  12308  12372                           Achilli 2005, Palanichamy 2004
                             
  U1  285  12879  13104  14070  15148  15954C  16249                   Achilli 2005, Behar 2008a
                             
    U1a'c  2218  14364  16189                       Behar 2008a ("U1ab")
                             
      U1a  4991  6026  7581                   EF692533 Achilli 2005, Palanichamy 2004, Behar 2008a
                           
        U1a1  385  3158.1T  3591  13422               EU597497, EF556161 Behar 2008a
                           
        U1a2  152  2308  8730  16166d  16311               EF556157 Behar 2008a
                           
        U1a3  15115  15217                 AY714038, DQ523621  
                             
      U1c  152  455.1T  5147  8790  11440  12136  16093  16129  16222           EF556194 Behar 2008a ("U1b")
                           
    U1b  146  195  2387  8395  10885  11566  15172  16311  16327               AY882397, EF661008 Achilli 2005
                           
  U5  3197  9477  13617  (16192)  16270                       Achilli 2005, Palanichamy 2004
                             
    U5a  14793  16256                     DQ156212 Achilli 2005, Palanichamy 2004
                           
      U5a1  15218  16399                   AY882398, AY882399 Achilli 2005, Palanichamy 2004
                           
        U5a1a  1700                   EF657259 Maca-Meyer 2001
                           
          U5a1a1  5495  15924               EU597527, DQ904330  
                             
        U5a1b  9667                   EU597499, AY339529  
                             
          U5a1b1  16291                 AY714003, EU140330  
                             
            U5a1b1a  4553               EU915477, EF657653  
                             
      U5a2  16526                        
                               
        U5a2a  13827  13928C  16114A  16294               AY339524, EU124886  
                             
        U5a2b  9548                   EU597544, FJ460552  
                             
        U5a2c  10619                   EF660950, FJ460558  
                             
        U5a2d  7843  7978  8104  11107               EF397754, AY339523  
                             
    U5b  150  7768  14182                       Achilli 2005, Palanichamy 2004
                             
      U5b1  5656                     DQ156208 Achilli 2005
                           
           16189                   EF420876, DQ523645 Achilli 2005
                           
          U5b1b  12618                    
                               
            U5b1b1  7385  10927             AY882401, AY882408 Achilli 2005
                           
              U5b1b1a  16144             AY339534, AY882406 Achilli 2005
                           
                U5b1b1a1  4059           AY882404, AY339530  
                             
              U5b1b1b  8413  16320           AY882407, DQ282508  
                             
            U5b1b2  217               AY339536, EU367993  
                             
          U5b1c  15191  16311               EU597535, AY882410 Achilli 2005
                           
          U5b1e  (152)  2757  10283  12616  (16465)           FJ499497, DQ112942  
                             
        U5b1d  5437  15721                 AY882411, AY882412 Achilli 2005
                           
      U5b2  1721  13637                     Achilli 2005
                           
        U5b2a  4732                   EF420249, EU233797  
                             
          U5b2a1  16270!                 EU182656  
                             
            U5b2a1a  15511               EU784076, AY882414  
                             
          U5b2a2  3212  16189  16398               EF459670, DQ112824  
                             
            U5b2a2a  12136               AY882415, DQ112820  
                             
        U5b2b  11653  12634  13630                 DQ523650, EF419891  
                             
        U5b2c  723  960.1C  13017  (16249)               EU490797, EF657625  
                             
      U5b3  (228)  7226  16304                   GQ129143, GQ129146 Pala 2009
                           
        U5b3a  16235                     Pala 2009
                             
          U5b3a1  16169A                   Pala 2009
                           
            U5b3a1a  373  11177  16304!             AF346988, GQ129152 Pala 2009, Fraumene 2006 ("U5b3")
                           
            U5b3a1b  15781               GQ129157, GQ129158 Pala 2009
                           
          U5b3a2  10978                 GQ129163, GQ129164 Pala 2009
                           
        U5b3b  9196                   GQ129167, GQ129168 Pala 2009
                           
        U5b3c  4775  5557  6461                 GQ129170, GQ129172 Pala 2009
                           
        U5b3d  13830  16067  16311                 GQ129173, GQ129174 Pala 2009
                           
        U5b3e  3535A  8701                 GQ129175, GQ129177 Pala 2009
                           
        U5b3f  16129                   GQ129180, GQ129182 Pala 2009
                           
  U6  3348  16172                           Olivieri 2006, Palanichamy 2004
                             
    U6a'b'd  16219                         Olivieri 2006
                             
      U6a  7805  14179  16278                   EF064317 Olivieri 2006
                           
        U6a1  14927                     Olivieri 2006
                           
          U6a1a  3969  4172A  11938  16189  16239           EU597562, EF064318  
                             
          U6a1b  16235                 EF064320, EF064321  
                             
           16189                   AY275535 Olivieri 2006
                           
          U6a2  103  15626               EF064322 Olivieri 2006
                           
            U6a2a  960d  6359  11204             EF064323, AY882416  
                             
          U6a3  15790                 EF064324, EF064326 Olivieri 2006
                           
        U6a4  150  12246  13674  14215  15862  16134             EF064327, EF064328 Olivieri 2006
                           
        U6a5  3591  7642  13590  15927               EF064331, EF064332 Olivieri 2006
                           
        U6a6  8407A  8557C  9779  10700  11734  13440             EF064333, EF064334 Olivieri 2006
                           
        U6a7  15043                   EF064339 Olivieri 2006
                           
             1692T  5471  8473  15530  15632             AF382008  
                               
            U6a7a  5120               AY275531, AY275532  
                             
              U6a7a1  794A  1193           EF064337, EF064338 Olivieri 2006
                           
          U6a7b  195  198  709  1842  7735  16219!             EF064339, AY275533  
                             
         16311                       Olivieri 2006
                               
        U6b  9438                   FJ460538, AY275530 Olivieri 2006
                           
          U6b1  2352  9738  15431  16163             EF064340, AY882417 Olivieri 2006
                           
        U6d  4336  12501  14518                 EF064343 Olivieri 2006
                           
          U6d1  4454  14470  16261               EF064342, DQ523663  
                             
    U6c  150  437  793  4965  5081  11013  15244  16169  16189               EF064344, AY275536 Olivieri 2006, Maca-Meyer 2003
                           
  U2'3'4'7'8'9  1811                           Achilli 2005, Metspalu 2006
                             
    U2  16051                         Achilli 2005, Metspalu 2006
                             
      U2a  16206C  (16230)  (16311)                 AY713990, AY713992 Palanichamy 2004, Achilli 2005, Metspalu 2006
                           
      U2b  146  2706!  5186T  12106  13194  15049                 Palanichamy 2004, Achilli 2005
                           
        U2b1  3915  4093                 EU330890, AY714020  
                             
        U2b2  152  234  1888  9094  9614  12793  13656  15930  16209  16239  16352  16353       AY714027, AY882380  
                             
         152                       Achilli 2005
                             
           16234                      
                                 
          U2c  5790A  14935  15061               AY714005, AY714010 Palanichamy 2004, Achilli 2005
                           
            U2c1  8023  8676               AY882381, EU872048  
                             
          U2d  471  1700  4025  11893  14926  16189  16294           AF382000, EU440736 Palanichamy 2004, Malyarchuk 2008d
                           
        U2e  508  3720  5390  5426  6045  6152  10876  13020  13734  15907  16129C  16189  16362     AY714026 Palanichamy 2004, Achilli 2005
                           
          U2e1  217  340                 AY195764, AY714049 Palanichamy 2004
                           
            U2e1a  3116  11197  11732             FJ348194, DQ156211  
                             
              U2e1a1  3197  13928           FJ490554, AY339545  
                             
          U2e2  3849                 AF381995, EF528162  
                             
    U3  150  14139  15454  16343                     Behar 2008a, Achilli 2005
                           
      U3a  2294  4703  6518  9266  10506  13934  16390                 Achilli 2005
                           
        U3a1  3010                   AF381982, EU057183  
                             
        U3a2  200  11050                 AY882383, FJ348224  
                             
      U3b  4188  4640A  9656  13743                 AY882384, AY714023 Achilli 2005
                           
        U3b1  3546A                   EF177433, EU807742  
                             
          U3b1a  8812  16086               AY882385, EF556158 Behar 2008a ("U3b1")
                           
        U3b2  2707  8950  9770  15944d               EU935438, FJ348193  
                             
    U4'9  499  5999                       Achilli 2005
                             
      U4  195  4646  6047  11332  14620  15693  16356                 Malyarchuk 2008a, Achilli 2005
                             
        U4a  8818                     Malyarchuk 2008a, Achilli 2006
                             
          U4a1  152  12937  16134               EU597564, EU597575 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a1a  961               AY882386, EU545431 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a1b  745  3204               EU545429, EU428753 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a1c  8155  13158  14110  16234           EU545428, EU545427 Malyarchuk 2008a
                           
          U4a2  310                 EU545442, EU545434 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a2a  16356!               EF222239, EF222238 Malyarchuk 2008a
                           
              U4a2a1  8496             EF222237, EF222250 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a2b  16223               AY339550, EF222240 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a2c  8567               EU545464 Malyarchuk 2008a
                           
              U4a2c1  6047!  10654  16242A  16288  16362       EF222242, EF222252 Malyarchuk 2008a
                           
          U4a3  247  2792  6665  6929  8065  16362           EU545423, EF060364 Malyarchuk 2008a
                           
        U4b  7705                   EU007874 Malyarchuk 2008a
                           
          U4b1  11339                   Malyarchuk 2008a, Achilli 2006
                           
            U4b1a  3672               EU545419 Malyarchuk 2008a
                           
              U4b1a1  2083  8642  12297  15789  16362       FJ460530, EF660983  
                             
              U4b1a2  11143  11176  12609  13708         EF660921, EF657679  
                             
              U4b1a3  146  9989  11674           EU545419  
                             
                U4b1a3a  5752d  7265         EU571946, FJ858802  
                             
            U4b1b  146  152  13528  13565           EU545463, GQ859272  
                             
          U4b2  16136                 GQ891957, EU140898  
                             
        U4c  10907                   EU545460 Malyarchuk 2008a
                           
          U4c1  4811  6146  9070G  14866  (16179)           EF657423, EF657519 Malyarchuk 2008a
                           
            U4c1a  11009               EU545465, EU545462  
                             
        U4d  629  2405.1C                   Malyarchuk 2008a
                           
          U4d1  2772                 AY339549, EU545438 Malyarchuk 2008a
                           
          U4d2  5567  10692  11326  11518  13105             FJ230891, EU545426  
                             
      U9  3531  3834  6386  14094                   Achilli 2005, Fornarino 2009
                             
        U9a  16051  16278                 AY882389 Achilli 2005, Fornarino 2009
                           
        U9b  195  573.1CCC  9299  11350  12615  13111             AY882390, EU597540 Achilli 2005
                           
    U7  152  980  3741  5360  8137  8684  10142  13500  14569  16318T             GQ176284, EF556179 Achilli 2005, Palanichamy 2004, Metspalu 2006
                           
    U8  9698                         Gonzalez 2006, Achilli 2005
                             
      U8a  282  6392  6455  7055  9365  13145               DQ200801 Gonzalez 2006, Achilli 2005
                           
        U8a1  3738  5240  10733  16146  16342               DQ200802, AM260569 Gonzalez 2006
                           
          U8a1a  12135A                 AY882392, DQ200803 Gonzalez 2006
                           
      U8b'K  9055  14167                     Gonzalez 2006, Achilli 2005
                             
        U8b  6546  6599  12771  16189  16234               AY882393, DQ200805 Gonzalez 2006, Achilli 2005
                           
        K  3480  10550  11299  14798  16224  16311               Gonzalez 2006, Behar 2006, 2008a
                             
          K1  1189  10398               EU073969 Behar 2006, 2008a
                           
            K1a  497               EU600361, EU600365 Behar 2006, 2008a
                           
              K1a1  11914               Behar 2006, 2008a
                             
                K1a1a  3552  16093         EU677845, AY495257 Behar 2006, 2008a
                           
                  K1a1a1  9801         FJ348183, EF449506  
                             
                K1a1b  15924             Behar 2006, 2008a
                           
                  K1a1b1  11470         EU284179, DQ200804 Behar 2006, 2008a
                           
                    K1a1b1a  (114)  10978  12954  16234   DQ301803, EU926147 Behar 2006, 2008a, Grzybowski 2007
                           
                    K1a1b1b  2483       EF657243, AY339554 Behar 2006, 2008a
                           
                  K1a1b2  13326         FJ865502  
                             
                    K1a1b2a  7729  9800     AY714044, DQ112806  
                             
              K1a2  11025             GQ281051, AY495254 Behar 2006, 2008a
                           
                K1a2a  5773           EU915473, EU849002  
                             
              K1a3  13117             EU330213, DQ112810 Behar 2006, 2008a
                           
                K1a3a  7559           AY495256, EU344156 Behar 2006, 2008a
                           
                  K1a3a1  8440         AY495258 Behar 2006, 2008a
                           
                    K1a3a1a  9548  10697  14530     DQ301814 Behar 2006, 2008a
                           
              K1a4  11485               Behar 2006, 2008a
                             
                K1a4a  6260           EU603401 Behar 2006, 2008a
                           
                  K1a4a1  11840  13740       FJ460525, EU910091 Behar 2006, 2008a
                           
                    K1a4a1a  4295  15884     AY495265, EU328539 Behar 2006, 2008a
                           
                    K1a4a1b  8098       EU677385, EF464682  
                             
                K1a4b  280G  9448         EU675299  
                             
                  K1a4b1  6975  7388  8410  13105     DQ112930, DQ301792 Behar 2006, 2008a ("K1a4b")
                           
                   16093           EF177416, EU219921 Behar 2006, 2008a
                     152  4586      
                  K1a4c  12612  13827  15097  15214  16234   DQ301809 Behar 2006, 2008a
                           
                K1a4d  723C  11071  15355         EU926621, AY495253  
                             
              K1a5  4640  9647  16362           DQ301793, EU600367 Behar 2006, 2008a
                           
              K1a6  8703  8790  10454  16527         DQ301799, EU600369 Behar 2006, 2008a
                           
              K1a7'8  16234             EF177412 Behar 2006, 2008a
                           
                K1a7  431A  4310  4742  4745  12425  13174  14053  16017   DQ301807 Behar 2006, 2008a
                           
                K1a8  295A  7927G         DQ301817 Behar 2006, 2008a
                           
                  K1a8a  15850G         DQ301816, DQ301818 Behar 2006, 2008a
                           
                 195             EF657745, EF657597 Behar 2006, 2008a
                             
                K1a9  16524           DQ301808, DQ301806 Behar 2006, 2008a
                           
                K1a10  16048           EF485042, EU232008 Hurst 2007
                           
              K1a11  16T  150  199  8281-8289d  9938  16129       EU523125, EF657354 Hurst 2007
                           
              K1a12  5460             FJ460551, EF660932  
                             
                K1a12a  11923           EU600362, GQ149510  
                             
            K1b  5913                 Behar 2006, 2008a
                             
              K1b1  9962  10289  15946             Behar 2006, 2008a
                             
                K1b1a  152  11923  13967  15257  16319       EF657513 Behar 2006, 2008a
                           
                  K1b1a1  16463         EF177415, EU239477 Behar 2008a
                           
                K1b1b  524.1AC  6053  8164         AY495260, DQ301800 Behar 2006, 2008a
                           
                K1b1c  94  709  3337  4802  11914  14053  16266     DQ301810 Behar 2006, 2008a
                           
              K1b2  146  195  524.1AC  12738G         EF657780, AY339561 Behar 2006, 2008a
                           
                K1b2a  12771           FJ348210, EU849091  
                             
                K1b2b  10154  15301         EF428259, AF382005  
                             
            K1c  146  152  498d               Behar 2006, 2008a
                             
              K1c1  9093  11377           AY339560, AY339558 Behar 2006, 2008a
                           
                K1c1a  1393           EF657449 Behar 2006, 2008a
                           
                K1c1b  15900           AY195765, AY495243 Behar 2006, 2008a
                           
              K1c2  9006  14002  14040  16320         DQ830736, DQ301797 Behar 2006, 2008a
                           
            K1ö  524.1ACACAC  3513  8137  16362         EU810403 (Ötzi) Ermini 2008
                           
          K2  146  9716                   Behar 2006, 2008a
                             
            K2a  152  709  4561             DQ282503, FJ492878 Behar 2006, 2008a
                           
              K2a1  7930  15325  15652           EF657610 Behar 2006, 2008a
                           
                K2a1a  522  11881  16311!         DQ301815 Behar 2006, 2008a
                           
              K2a2  8697             AY495246 Behar 2006, 2008a
                           
                K2a2a  512C  9254  11348  11914       DQ301804, DQ301812 Behar 2006, 2008a
                           
              K2a3  13293             AY495252, AY495249 Behar 2006, 2008a
                           
              K2a4  11549             AY495242, EF657244 Behar 2006, 2008a
                           
              K2a5  324             AY714017, EU718789  
                             
              K2a6  14305             FJ492878, FJ644290  
                             
            K2b  2217  5231  11869A  13135  14037         EF657477, EU294321 Behar 2006, 2008a
                           
              K2b1  16270             EU669888, EU825946 Behar 2006, 2008a
                           
                K2b1a  16222           EF657493, EU770310 Behar 2006, 2008a
                           
            K2c  4976  7912  9053  10262  11015  11041A  11172  16192  16210     DQ301796 Behar 2006, 2008a