PhyloTree.org - mtDNA subtree U
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are relative to the RSRS and rCRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction. In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Back mutations to an ancestral state are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                              Example accessions References
U  A11467G  A12308G  G12372A                        Achilli 2005, Palanichamy 2004
                           
  U1  C285T  T12879C  A13104G  A14070G  G15148A  A15954c  T16249C                Achilli 2005, Behar 2008a
                           
    U1a'c  C2218T  G14364A  T16189C!                    HM852844 Behar 2008a ("U1ab")
                           
      U1a  G4991A  G6026A  T7581C                    HM852790 Achilli 2005, Palanichamy 2004, Behar 2008a
                           
        U1a1  A385G  3158.1T  G3591A  A13422G                JQ703793 AY882396 Behar 2008a, Behar 2012b
                           
          U1a1a  G9575A                  HQ615882 HM156682  
                           
        U1a2  T152C!  A8730G  A16166d  T16311C!              JQ704153 EF556157 Behar 2008a, Behar 2012b
                           
        U1a3  T15115C  G15217A                  JQ704034 DQ523621 Behar 2012b
                           
        U1a4  C16242T  T16362C                  EF692533 HM241417  
                           
      U1c  T152C!  455.1T  G5147A  G8790A  G11440A  T12136C  T16093C  G16129A!  C16222T          EF556194 Behar 2008a ("U1b")
                           
    U1b  T146C!  T2387C  C8395T  T10885C  A11566G  G15172A  C16111T  C16327T              GU123007 AY882397 Achilli 2005
                           
      U1b1  G15110A                      JQ705704 HQ325737 Behar 2012b
                           
  U5  T3197C  G9477A  T13617C  C16192T  C16270T                    Achilli 2005, Palanichamy 2004, Malyarchuk 2010a
                           
    U5a  A14793G  C16256T                      Achilli 2005, Palanichamy 2004
                           
      U5a1  A15218G  A16399G                    GU296570 JQ705326 Achilli 2005, Palanichamy 2004, Behar 2012b
                           
           T16192C!                     
                             
          U5a1a  T1700C                   
                           
            U5a1a1  T5495C  A15924G              EU523128 DQ785296  
                           
                 T152C!              GU296601 GU296636  
                             
                U5a1a1a  A3816G            DQ904330 GU296558  
                           
                U5a1a1b  G15110A            JQ703937 GU296652 Behar 2012b
                           
              U5a1a1c  A6905G  T13015C            JQ703590 JQ704022 Behar 2012b
                           
                 T16362C              JQ704920 Behar 2012b
                             
                U5a1a1d  G185A  T204C          GU459066 GQ160809  
                           
            U5a1a2  573.XC  C12346T               
                           
              U5a1a2a  A5319G  A6629G  T6719C          GU296557 JQ704990 Behar 2012b
                           
                U5a1a2a1  T6293C            JQ703926 JQ702568 Behar 2012b
                           
              U5a1a2b  A13105G!              JQ704701 GU296543 Behar 2012b
                           
                U5a1a2b1  G8269A  T10326a  T14278C        JQ705279 JQ702496 Behar 2012b
                           
          U5a1g  C7792T                  GU296640 JN412063  
                           
        U5a1b  A9667G                    JQ704271 EU597499 Behar 2012b
                           
          U5a1b1  C16291T                  JQ702714 JQ701970 Behar 2012b
                           
            U5a1b1a  T4553C                JQ703963 JQ703074 Behar 2012b
                           
              U5a1b1a1  C14574T              JQ705245 JQ706015 Behar 2012b
                           
            U5a1b1b  T8119C                GU296619 GU296614  
                           
            U5a1b1c  G9055A                EU140330 GU296610  
                           
              U5a1b1c1  T1187C              JQ705297 FJ493508 Behar 2012b
                           
              U5a1b1c2  G3705A  G16129A!            JQ704028 GU296628 Behar 2012b
                           
            U5a1b1d  A12358G                JQ705693 JQ702400 Behar 2012b
                           
            U5a1b1e  A12582G                JQ705211 JQ704679 Behar 2012b
                           
            U5a1b1f  G15596A  G16129A!              AY714003 JQ702552 Behar 2012b
                           
          U5a1b2  A9632G                  GU296562 GU296569  
                           
             T16362C                  JQ704045 Behar 2012b
                             
            U5a1b3  G16428A                JQ703331 AY339529 Behar 2012b
                           
          U5a1b4  A12331G                  JN897375 HM171295  
                           
        U5a1c  C16320T                     
                           
          U5a1c1  T195C!  C13802T                GU296588 JQ705573 Behar 2012b
                           
          U5a1c2  T961C                  GU296589  
                           
            U5a1c2a  A183G  C10544T              JQ705908 JQ704555 Behar 2012b
                           
        U5a1d  T3027C                     
                           
          U5a1d1  C5263T  C13002a                GU296542 GU296612  
                           
          U5a1d2  573.XC  T3552C                 
                           
            U5a1d2a  T195C!  T4823C  C5583T  G16145A  T16189C!          HM173090 JQ704700 Behar 2012b
                           
              U5a1d2a1  C6584T  C6836T            GU296655 GU296599  
                           
            U5a1d2b  G4924c  T10858C  T14110C  G15217A  T16304C        GU123032 JQ705737 Behar 2012b
                           
        U5a1e  A3564G  T8610C                  GU296547 GU296625  
                           
        U5a1f  G6023A                    GU296603  
                           
          U5a1f1  G5585A  A7569G  T16311C!              JQ702160 DQ112764 Behar 2012b
                           
            U5a1f1a  T199C  G8251A              AY882398 JQ704962 Behar 2012b
                           
              U5a1f1a1  G16526A              JQ702735 JQ702225 Behar 2012b
                           
        U5a1h  C150T  G1303A  C3192T  G3591A  T4592C  C11296T  C11938T  G12618A  C16239T        JQ704026 JQ705910 Behar 2012b
                           
      U5a2  G16526A                       
                           
        U5a2a  C16114a  C16294T                  JN707685  
                           
          U5a2a1  A13827G  G13928c                GU296615 JQ703335 Behar 2012b
                           
            U5a2a1a  G12630A  T16271C              AY339524 GU391321  
                           
            U5a2a1b  T13015C                GU296626 HM246245  
                           
              U5a2a1b1  T252C              JQ702355 HM765474 Behar 2012b
                           
            U5a2a1c  C9293T                GU296597 GU296650  
                           
            U5a2a1d  T4232C  G4655A  A11893G            EU124886 JQ703988 Behar 2012b
                           
        U5a2b  G9548A                    GU296559 GU371930  
                           
          U5a2b1  960.XC                  GU296624 GU296629  
                           
            U5a2b1a  T12441C                JQ705696 GU296651 Behar 2012b
                           
            U5a2b1b  C16465T                JQ704044 GU296607 Behar 2012b
                           
          U5a2b2  G10685A  T11984C  G12308A!  A12654G  A13269G  A13285G        JQ702184 GU296587 Behar 2012b
                           
          U5a2b3  T455d  C13351T  C14684T  C16168T            JQ702847 JQ702230 Behar 2012b
                           
          U5a2b4  G15301A!!                  JQ704895 JQ702320 Behar 2012b
                           
        U5a2c  C10619T                    JQ703187 GU012633 Behar 2012b
                           
          U5a2c1  C9469T                  FJ460558 EU151864  
                           
          U5a2c2  A10768G                  JQ704067 EF660950 Behar 2012b
                           
          U5a2c3  T11465C  T16192C!                JQ701922 Behar 2012b
                           
            U5a2c3a  A7960c  A10709c              JF487827 EU049814  
                           
          U5a2c4  G3531A                  JQ705779 GU296611 Behar 2012b
                           
        U5a2d  A7843G                    JQ703280 JQ702144 Behar 2012b
                           
          U5a2d1  C3750T  C7978T  T8104C  C11107T  T16192C!            HM490393 JN604831  
                           
           T16362C                    JQ705111 Behar 2012b
                             
          U5a2e  C151T  T152C!  A3768G  T15289C  T16311C!            JN819535 GU296648  
                           
    U5b  C150T  A7768G  T14182C                      Achilli 2005, Palanichamy 2004
                           
      U5b1  A5656G                      JQ704112 Achilli 2005, Behar 2012b
                           
           T16189C!                    EF420876 Achilli 2005
                             
          U5b1a  T7028C  T15097C                JQ704875 GU296590 Behar 2012b
                           
          U5b1b  G12618A                  GU296644  
                           
            U5b1b1  A7385G  T10927C              GU296566 Achilli 2005 ("U5b1b")
                           
                 T16192C!              JN897374 AY882400  
                             
                U5b1b1a  T16144C            AY882403 DQ902697 Achilli 2005
                           
                  U5b1b1a1  C4059T          DQ902696 AY882404  
                           
                    U5b1b1a1a  C1341T        HM116534 GU296598  
                           
                U5b1b1d  G15884A            AY882402 AY882401  
                           
                U5b1b1f  A1047G            GU296591 JQ705418 Behar 2012b
                           
              U5b1b1b  A8413G  C16320T            AY882407 DQ282508  
                           
                 T152C!              AF381989  
                             
                U5b1b1e  T2387C            JQ704517 AY882408 Behar 2012b
                           
            U5b1b2  T217C                AY339536 EU367993 Tambets 2004 ("U5b1a"), Ingman 2007 ("U5b1a")
                           
          U5b1c  T15191C  T16311C!                AY882409 Achilli 2005
                           
            U5b1c1  G16336A                JQ705870 Behar 2012b
                           
              U5b1c1a  T55a              JQ705095 JQ408439 Behar 2012b
                           
            U5b1c2  C516T  C16174T              JQ703983 DQ661681 Behar 2012b
                           
              U5b1c2a  T16140C  T16192C!  T16288C          EU597535 JQ703944 Behar 2012b
                           
              U5b1c2b  C6341T  G13194A            JQ704043 JQ705473 Behar 2012b
                           
             T16192C!                  JQ704598 GU296582 Behar 2012b
                             
            U5b1e  T152C!  A2757G  A10283G  T12616C          GU296630 JQ705742 Behar 2012b
                           
              U5b1e1  C16465T              GU122991 GU295665  
                           
                U5b1e1a  T4209C            FJ499497 GU296571  
                           
            U5b1h  A384G                JQ705183 JQ704053 Behar 2012b
                           
        U5b1d  C5437T                    HM043711  
                           
          U5b1d1  T15721C                  JQ702807 GU977214 Achilli 2005, Behar 2012b
                           
            U5b1d1a  T742C  G15355A  T16192C!            JQ702376 AY882412 Behar 2012b
                           
        U5b1f  A533G  C3507a                  HQ675036 DQ156208 Seoane 2011
                           
        U5b1g  C151T  G228A  573.XC  C10654T  G13759A  T14577C            HQ384206 HQ675038 Gómez-Carballa 2011 ("U5b1e")
                           
      U5b2  C1721T  A13637G                    JQ705429 Achilli 2005, Behar 2012b
                           
        U5b2a  A4732G  T16189C!                   
                           
          U5b2a1  T16270C!                   
                           
            U5b2a1a  T15511C  C16189T!!              JQ703964 Behar 2012b
                           
                 T16311C!              JQ704726 Behar 2012b
                             
                U5b2a1a1  A896G            EU244000 GQ853200  
                           
                  U5b2a1a1a  G12406A          JQ701915 JQ702021 Behar 2012b
                           
                  U5b2a1a1b  A249d          EU784076 JQ703942 Behar 2012b
                           
              U5b2a1a2  T1834C  C5452T  T8705C  A15924G  T16192C!        GU296621 AY882413  
                           
            U5b2a1b  T152C!  T5918C  G14323A  T16192C!  T16325C          EU182656 FJ887848  
                           
          U5b2a2  C3212T  G16398A                GU296541  
                           
            U5b2a2a  T12136C                JQ705158 Behar 2012b
                           
              U5b2a2a1  T9682C              AY882415 GU296552  
                           
              U5b2a2a2  T5508C  G10589A            JQ702167 DQ112820 Behar 2012b
                           
            U5b2a2b  A2757G  T14956C              EF459670 JN969984  
                           
              U5b2a2b1  C4843T              GU296567 HM130562  
                           
            U5b2a2c  T12678C  T16192C!  C16261T  T16304C          JQ702431 JQ705688 Behar 2012b
                           
          U5b2a3  T10031C                  EU682506 EF420249  
                           
             T16192C!                   
                             
            U5b2a4  A3397G  G13368A  T14767C            JQ705337 Behar 2012b
                           
              U5b2a4a  T6293C              JQ705419 JQ705298 Behar 2012b
                           
            U5b2a5  A8706G  C10654T  A11725G  T16311C!          EU233797 JQ290366  
                           
            U5b2a6  A4129G                JQ704771 JQ703796 Behar 2012b
                           
        U5b2b  A11653G  A12634G  A13630G  T16192C!              JQ706019 JQ704572 Behar 2012b
                           
          U5b2b1  G15497A                   
                           
            U5b2b1a  A3861G  T16362C               
                           
              U5b2b1a1  C16292T              JQ703905 EU594543 Behar 2012b
                           
              U5b2b1a2  T12696C  A16240c            GU296627 JQ703780 Behar 2012b
                           
            U5b2b1b  C13420T  G16526A              GU296641 JQ702927 Behar 2012b
                           
          U5b2b2  C4616T  G8027A                EF419891 GQ132188  
                           
          U5b2b3  A517t  A2755G  T15905C  T16224C            JQ702136 JQ705577 Behar 2012b
                           
            U5b2b3a  T279C  T3338C  G5261A            JQ702843 Behar 2012b
                           
              U5b2b3a1  A9494G              JQ702046 Behar 2012b
                           
                U5b2b3a1a  C16114T            JQ703790 FJ916904 Behar 2012b
                           
          U5b2b4  A9670G  T16189C!                JQ702585 JQ705877 Behar 2012b
                           
        U5b2c  A723G  960.XC  A13017G                 
                           
          U5b2c1  G185A  C6920a  A13434G              JQ702406 JQ704054 Behar 2012b
                           
          U5b2c2  A3861G  A5836G  A10262G              JF265240 EU490797  
                           
      U5b3  (G228A)  G7226A  T16304C                    JQ705968 GQ129144 Pala 2009, Behar 2012b
                           
        U5b3a  A16235G                    Pala 2009
                           
          U5b3a1  C16169a                  Pala 2009
                           
            U5b3a1a  A373G  C11177T  C16304T!            AF346988 GQ129152 Pala 2009, Fraumene 2006 ("U5b3")
                           
            U5b3a1b  C15781T                GQ129157 GQ129158 Pala 2009
                           
          U5b3a2  A10978G                  GQ129163 GQ129164 Pala 2009
                           
        U5b3b  G9196A                    GQ129167 EU130681 Pala 2009
                           
        U5b3c  A4775G  T5557C  A6461G                GQ129170 GQ129172 Pala 2009
                           
        U5b3d  T13830C  C16067T  T16311C!                GQ129173 GQ129174 Pala 2009
                           
        U5b3e  T3535a  A8701G!                  JQ702295 GQ129177 Pala 2009, Behar 2012b
                           
        U5b3f  G16129A!                    GQ129179 GQ129180 Pala 2009
                           
  U6  A3348G  T16172C                        Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
    U6a'b'd  A16219G                        Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
      U6a  G7805A  A14179G  C16278T!                    EF064317 Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
        U6a1  A14927G                    HQ651694 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
          U6a1a  C3969T  T16189C!                 
                           
            U6a1a1  T4172a  (C11938T)  C16239T            AY275534 HQ651688 Pereira 2010b
                           
            U6a1a2  G1472A  G13759A              JQ704749 JQ704539 Behar 2012b
                           
          U6a1b  A16235G                  EF064320 JQ702816 Pereira 2010b, Behar 2012b
                           
            U6a1b1  G11176A  T12376g  T12727C  A15244G          HM775953 HQ651693 Pereira 2010b
                           
           T16189C!                    HQ651707 Maca-Meyer 2003 ("U6a1"), Olivieri 2006, Pereira 2010b
                             
          U6a2  G103A  C15626T                EF064322 HQ651712 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
            U6a2a  C960d  A6359G  T11204C            EF064323 AY882416 Pereira 2010b
                           
          U6a3  C15790T                  HQ651714 EF064324 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
            U6a3a  G4820A                HQ651713 Pereira 2010b
                           
              U6a3a1  G14364A              HQ651686 HQ585390  
                           
            U6a3b  G185A                HQ651697 EF064326 Pereira 2010b
                           
        U6a4  C150T  C12246T  T13674C  T14215C  T15862C  C16134T            EF064327 EF064328 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
        U6a5  G3591A  G7642A  G13590A  G15927A              EF064329 EF064332 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
          U6a5a  A11590G                  HQ592783 EF064330 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
        U6a6  C8407a  G8557c  C9779T  A10700G  A11734G  C13440T            EF064333 EF064334 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
        U6a7  G15043A                    JQ702118 Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b, Behar 2012b
                           
          U6a7a  T794a  T1193C  A1692t  A5120G  G5471A  T8473C  T15530C  C15632T        HM804485 HQ843176 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
          U6a7b  T195C!  C198T  455.1T  G709A  960.XC  A1842G  A7735G  A11818c  G12940A  A12950c  T13879C  G16219A!  EF064339 Olivieri 2006
                           
         T16311C!                      Olivieri 2006, Pereira 2010b
                             
        U6b  G9438A                    HQ651682 JQ704008 Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b, Behar 2012b
                           
          U6b1  T2352C  G9738A  G15431A  A16163G            HQ651678 JQ704896 Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b, Behar 2012b
                           
            U6b1a  C7700T                HQ651679 EF064340 Pereira 2010b
                           
        U6d  T4336C  G12501A  A14518G                EF064343 HQ651681 Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
          U6d1  T4454C  T14470C  C16261T              EF064342 HQ651684 Pereira 2010b
                           
            U6d1a  G5147A                GU366066 DQ523663  
                           
    U6c  C150T  C437T  C793T  G3688c  A4965G  T5081C  C11013T  T13879C  A15244G  C16169T  T16189C!          HQ161773 HM775494 Maca-Meyer 2003, Olivieri 2006, Pereira 2010b
                           
  U2'3'4'7'8'9  A1811G                          Palanichamy 2004, Achilli 2005, Metspalu 2006
                           
    U2  A16051G                        FN600416 Palanichamy 2004, Achilli 2005, Metspalu 2006
                           
      U2a  A16206c  A16230G!  T16311C!                  AY882379 AY713992 Palanichamy 2004, Achilli 2005, Metspalu 2006
                           
      U2b  T146C!  G2706A  A5186t  C12106T  G13194A  C15049T              Palanichamy 2004, Achilli 2005
                           
        U2b1  G3915A  A4093G                  HM156690 AY714020  
                           
        U2b2  T152C!  A234G  G1888A  C9094T  A9614G  T12793C  T13656C  G15930A  T16209C  C16239T  T16352C  C16353T    AY714027 AY882380  
                           
         T152C!                      Achilli 2005
                           
        U2c'd  C16234T                     
                           
          U2c  C5790a  T14935C  A15061G              AY714010 Palanichamy 2004, Achilli 2005
                           
            U2c1  T8023C  C8676T  C9767T            AY714005 AY882381  
                           
          U2d  T199C  G263A  T471C  T1700C  C4025T  A8938G  A11893G  A14926G  T16189C!  C16294T    Palanichamy 2004, Malyarchuk 2008d
                           
            U2d1  A8982G  C16184T  T16342C            JQ706062 EU440736 Behar 2012b
                           
            U2d2  G5147A  G5460A  T6956C  A8296G  T13789C          JQ706046 JQ706067 Behar 2012b
                           
            U2d3  T1040C  G6023A  A7277G  A7894G  C16266T          JQ706045 JQ706025 Behar 2012b
                           
        U2e  A508G  A3720G  A5390G  T5426C  C6045T  T6152C  A10876G  T13020C  T13734C  A15907G  G16129c  T16189C!  T16362C    AY714026 Palanichamy 2004, Achilli 2005
                           
          U2e1'2'3  T217C                   
                           
            U2e1  C340T                JQ703356 JQ703491 Palanichamy 2004, Behar 2012b
                           
              U2e1a  C11197T  T11732C            FJ828532  
                           
                U2e1a1  C3116T            AY882382 FJ348194  
                           
                  U2e1a1a  T3197C          JQ705936 JQ705117 Behar 2012b
                           
                  U2e1a1b  A108G          HQ424846 JQ703203 Behar 2012b
                           
              U2e1b  G988A  C16256T            AY714049 JQ705946 Behar 2012b
                           
                U2e1b1  C7109T  T15784C  C16362T!        JQ702663 JQ703917 Behar 2012b
                           
              U2e1c  C7151T  G11176A  C12346T          JQ705933 JQ701857 Behar 2012b
                           
              U2e1d  G4132A              JQ702520 JQ704268 Behar 2012b
                           
              U2e1e  C2526T  G12618A  G16145A          JQ702316 EF452294 Behar 2012b
                           
              U2e1f  T15519C  T16311C!            AY195764 JQ705813 Behar 2012b
                           
            U2e2  T8473C  C12557T  (T16092C)            JQ705900 Behar 2012b
                           
              U2e2a  G3849A  T4553C             
                           
                U2e2a1  T4736C            JQ703968 JQ702432 Behar 2012b
                           
                U2e2a2  T7624C  A16525G          FJ984932 EF528162  
                           
                U2e2a3  A5686t            JQ705386 JQ704627 Behar 2012b
                           
                U2e2a4  G5746A            JQ702004 JQ701890 Behar 2012b
                           
            U2e3  C309d  C394T  C575T  C3170a  T15721C  A16181G  C16260T  T16356C      JQ704102 JQ702389 Behar 2012b
                           
    U3  C150T  A14139G  T15454C  A16343G                    Behar 2008a, Achilli 2005
                           
      U3a'c  A2294G  T4703C  G9266A                     
                           
        U3a  C6518T  A10506G  C13934T  G16390A              JQ704440 Achilli 2005, Behar 2012b
                           
          U3a1  G3010A                  JQ705387 HM625682 Behar 2012b
                           
            U3a1a  G7521A!                GU122986 JN203207  
                           
            U3a1b  A723c                JQ702681 JQ702677 Behar 2012b
                           
            U3a1c  T16356C                JQ703769 JQ705739 Behar 2012b
                           
          U3a2  A200G  T11050C                AY882383 FJ348224  
                           
        U3c  T12843C  A15613G  C16193T  T16249C  G16526A            HM852803 HM852797  
                           
      U3b  A4188G  C4640a  T9656C  T13743C                  JN663830 AY714023 Achilli 2005
                           
        U3b1  C3546a                    EF177433 JQ703911 Behar 2012b
                           
          U3b1a  A8812G  T16086C                EF556158 AY882385 Behar 2008a ("U3b1")
                           
          U3b1b  A6359G  A12720G                FJ711758 JQ705043 Behar 2012b
                           
        U3b2  T15944d                    JQ704130 JQ704981 Behar 2012b
                           
          U3b2a  A2707G  T9770C                EU935438 JN969086  
                           
        U3b3  C16168T                    HQ384204 AY882384  
                           
    U4'9  T195C!  G499A  T5999C                      Achilli 2005
                           
      U4  T4646C  A6047G  C11332T  C14620T  T15693C  T16356C              Malyarchuk 2008a, Achilli 2005
                           
        U4a  C8818T                    Malyarchuk 2008a, Achilli 2006
                           
          U4a1  T152C!  A12937G  C16134T              JQ703947 EU597575 Malyarchuk 2008a, Behar 2012b
                           
            U4a1a  T961C                HQ659692 JQ703887 Malyarchuk 2008a, Behar 2012b
                           
              U4a1a1  965.XC              EU545417 EU545451  
                           
            U4a1b  A745G  C3204T              JQ702270 EU545429 Malyarchuk 2008a, Behar 2012b
                           
              U4a1b1  C296T              EU545459 GU252762 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a1c  G8155A  A13158G  T14110C  C16234T          EU545428 EU545427 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a1d  C198T                FJ493506 GU123031  
                           
          U4a2  T310C                  EU545430 JQ701841 Malyarchuk 2008a, Behar 2012b
                           
            U4a2a  C16356T!                EF222249 EU545461 Malyarchuk 2008a
                           
              U4a2a1  T8496C              EF222236 EF222250 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a2b  C16223T!                GU123033 EF222241 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a2c  T8567C                EU545464 Malyarchuk 2008a
                           
              U4a2c1  G6047A!  C10654T  C16242a  T16288C  T16362C        EF222252 EF222242 Malyarchuk 2008a
                           
            U4a2d  C16295T                EU545421 JQ705152 Behar 2012b
                           
            U4a2e  A2246G  G6383A              EU545442 JQ702862 Behar 2012b
                           
            U4a2f  T1189C  A1978G  A12397G  G15172A          JQ705828 JQ704811 Behar 2012b
                           
          U4a3  G247A!  A2792G  C6665T  A6929G  G8065A  T16362C          EU545423 EF060364 Malyarchuk 2008a
                           
        U4b  T7705C                    EU545444 JQ702211 Malyarchuk 2008a, Malyarchuk 2010b, Behar 2012b
                           
          U4b1  T11339C                  Malyarchuk 2008a, Achilli 2006, Malyarchuk 2010b
                           
            U4b1a  A3672G                Malyarchuk 2008a
                           
              U4b1a1  T2083C  T12297C            HM044301  
                           
                U4b1a1a  C15789T            JQ705255 JQ703912 Behar 2012b
                           
                  U4b1a1a1  A8642G  T16362C        AY882388 FJ460530  
                           
              U4b1a2  C11143T  G11176A  T12609C  G13708A        HM041972 JQ701876 Behar 2012b
                           
                U4b1a2a  C15632T            EU545415 JQ704098 Behar 2012b
                           
              U4b1a3  T146C!  A5752d  T9989C  C11674T          EU545419  
                           
                U4b1a3a  A7265G            EU571946 FJ858802  
                           
              U4b1a4  G7853A  C11965T  T12957C          FJ147313 FJ147316  
                           
               T146C!  T152C!              FJ147315  
                             
              U4b1b  A13528G              JQ704676 Malyarchuk 2010b, Behar 2012b
                           
                U4b1b1  C13565T            JQ705342 JQ704155 Behar 2012b
                           
                  U4b1b1a  C16111T  T16140C        HM535647 GU797476  
                           
          U4b2  T16136C                  EU140898  
                           
            U4b2a  G15883A                JQ702783 JQ701937 Behar 2012b
                           
              U4b2a1  C16278T!              GQ891957 GU365881  
                           
          U4b3  A215G                  FJ147322 GU727823  
                           
        U4c  T10907C                    Malyarchuk 2008a
                           
          U4c1  A4811G  A6146G  T9070g  C14866T  (C16179T)          EF657423 EF657519 Malyarchuk 2008a
                           
            U4c1a  T11009C                EU545465 FJ348178  
                           
          U4c2  T8705C  C10676T                HQ418462 EU545460  
                           
        U4d  T629C  2405.1C                  Malyarchuk 2008a, Malyarchuk 2010b
                           
          U4d1  C2772T                  HQ167735 Malyarchuk 2008a, Malyarchuk 2010b
                           
            U4d1a  A5984G  C6938T              GU123021 Malyarchuk 2010b
                           
              U4d1a1  T8260C              JQ704741 JQ702267 Behar 2012b
                           
            U4d1b  A13398G                EU545438 GU122982 Malyarchuk 2010b
                           
          U4d2  T5567C  C10692T  C11326T  G11518A  A13105G!  T16189C!          FJ230891 EU545426 Malyarchuk 2010b
                           
          U4d3  573.XC  T14577C                GU727822  
                           
      U9  G3531A  G3834A  C6386T  T14094C                  Achilli 2005, Fornarino 2009
                           
        U9a  C195T!!  A16051G  C16278T!                AY882389 Achilli 2005, Fornarino 2009
                           
          U9a1  T3290C  G15077A  C16193T  T16357C            GU170820 FJ770944 Rani 2010
                           
        U9b  A12615G                    GU990521  
                           
          U9b1  573.XC  A9299G  A11350G  T13111C            AY882390 EU597540 Achilli 2005
                           
    U7  T152C!  T980C  C3741T  C5360T  C8137T  C8684T  C10142T  T13500C  G14569A  (A16309G)  A16318t          AY714004 Palanichamy 2004, Achilli 2005, Metspalu 2006, Brisighelli 2009 ("U7a")
                           
      U7a  C151T                      EF556179  
                           
        U7a1  A270G  C5486T  T13281C  C16167T                AY714014 AY714013 Brisighelli 2009
                           
        U7a2  T4502C                    FJ858878 EU597503  
                           
        U7a3  G12618A                    GU327373 JQ705966 Behar 2012b
                           
        U7a4  T146C!  T16126C                  HM852823 HM852777  
                           
        U7a5  573.XC  G9300A  A13966G  C14245T  G14869c  C16291T  T16304C          JQ703913 JQ703978 Behar 2012b
                           
      U7b  T10084C                      JQ705198 GQ176284 Brisighelli 2009 ("U7a2"), Behar 2012b
                           
        U7b1  A13395G  T16271C                  EU445683 EU445684 Brisighelli 2009 ("U7a2a")
                           
    U8  T9698C                        Achilli 2005, González 2006
                           
      U8a  T282C  T6392C  C6455T  A7055G  C9365T  G13145A                JQ702759 González 2006, Behar 2012b
                           
        U8a1  C3738T                    JQ611709  
                           
          U8a1a  A5240G  C10733T  (A16146G)  T16342C            DQ200802 González 2006 ("U8a1")
                           
            U8a1a1  C12135a                JQ705347 AY882392 Achilli 2005 ("U8a"), González 2006 (""), Behar 2012b
                           
              U8a1a1a  A4129G              HM765458 GU299344 González 2006 ("")
                           
              U8a1a1b  A9338G  G9777A            HQ022823 HM008694  
                           
            U8a1a2  T11465C                JQ702761 HM113490 Behar 2012b
                           
            U8a1a3  G1503A  G7340A  (A16162G)            HQ336423 DQ112821  
                           
        U8a2  T195C!  A827G  T1700C                  DQ200801 HQ384210  
                           
      U8b  A3480G  G9055A  C14167T                     
                           
        U8b1  T195C!  T16189C!  C16234T                 
                           
          U8b1a  C6546T  A6599G  G12771A              DQ200805  
                           
            U8b1a1  G9948A  G11914A!  G16129A!            HM590366 AY882393 Achilli 2005 ("U8b")
                           
          U8b1b  G1811A!  C5165T  T16324C              JQ705831 Behar 2012b
                           
            U8b1b1  A14053G  T16094C              GQ360037 HM050402  
                           
        K  A10550G  T11299C  T14798C  T16224C  T16311C!            Achilli 2005, Behar 2006
                           
          K1  T1189C  A10398G!                Achilli 2005, Behar 2006
                           
            K1a  C497T                JQ706038 HM043706 Achilli 2005, Behar 2006, Behar 2012b
                           
              K1a1  (C114T)  G11914A!  (T16093C)          González 2006, Behar 2006
                           
                K1a1a  T3552C            JQ705483 JQ702802 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                  K1a1a1  G9801A          FJ348183 GU722598  
                           
                  K1a1a2  A15799G          JQ704696 Behar 2012b
                           
                    K1a1a2a  A6060G  8276.1C      GU980957  
                           
                      K1a1a2a1  G4959A      AY495257 JQ705393 Behar 2012b
                           
                K1a1b  A15924G            JN048471 Behar 2006
                           
                  K1a1b1  A11470G          JQ703737 FJ348218 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                    K1a1b1a  A10978G  T12954C  C16234T    DQ301795 HM101136 Behar 2006, Grzybowski 2007
                           
                    K1a1b1b  T593C  T2483C      JQ704983 JQ702898 Behar 2006 (""), Behar 2012b
                           
                    K1a1b1c  G5585A  C16222T      GU592026 HE576978  
                           
                    K1a1b1d  A14388G  T16092C  C16223T!    JQ702782 JQ704096 Behar 2012b
                           
                    K1a1b1e  G9932A        JQ704056 JQ704207 Behar 2012b
                           
                  K1a1b2  T13326C           
                           
                    K1a1b2a  T152C!  A7729G  T9800C    AY714044  
                           
                      K1a1b2a1  T3777C  A15758G    HQ586011  
                           
                        K1a1b2a1a  T7278C    HQ413154 JQ701858 Behar 2012b
                           
                    K1a1b2b  A189G  C10202T      FJ865502 JQ702624 Behar 2012b
                           
                K1a1c  G709A  T1694C  T16362C  C16400T        JQ705454 JQ705697 Behar 2012b
                           
              K1a2  T11025C              HM065508 JQ703309 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                K1a2a  G5773A            JQ703581 JQ703026 Behar 2012b
                           
                  K1a2a1  C4748T  G13368A  T16189C!      JQ702748 JQ701856 Behar 2012b
                           
                K1a2b  T8005C            HM041971 JQ704017 Behar 2012b
                           
                K1a2c  T4216C  G7775A          JQ702306 JQ703037 Behar 2012b
                           
              K1a3  A13117G              AY495264 JQ703347 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                K1a3a  A7559G            JQ705485 EU344156 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                     T16093C          HM598686 JQ703528 Behar 2012b
                             
                    K1a3a1  A8440G        JQ703648 JQ703096 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                      K1a3a1a  G9548A  C10697T  T14530C    DQ301814 Behar 2006
                           
                      K1a3a1b  C8522T      AY495258 GU799583  
                           
                    K1a3a2  T5580C        JQ705957 JQ702693 Behar 2012b
                           
                    K1a3a4  G6257A  T14094C      HQ610202 JQ703775 Behar 2012b
                           
                  K1a3a3  G13590A          JQ701962 HQ839861 Behar 2012b
                           
              K1a4  T11485C              AY495261 EU219921 Behar 2006
                           
                K1a4a  G6260A            EU603401 JQ702521 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                  K1a4a1  C11840T  T13740C        AY495262 JQ704759 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                    K1a4a1a  A4295G  G15884A      JQ702175 Behar 2006 (""), Behar 2012b
                           
                         T195C!      JQ702213 JQ703444 Behar 2012b
                             
                        K1a4a1a1  C3867T    JQ702811 JQ702773 Behar 2012b
                           
                        K1a4a1a3  G5177A    GU122978 JN122621  
                           
                      K1a4a1a2  C16245T      JQ703168 Behar 2012b
                           
                        K1a4a1a2a  A9377G    JN559854 HM031133  
                           
                        K1a4a1a2b  T146C!  T13401C    JQ702896 JQ701810 Behar 2012b
                           
                    K1a4a1b  A8098G        JQ703407 Behar 2012b
                           
                      K1a4a1b1  G8856c      GU191795 EU677385  
                           
                      K1a4a1b2  G1811A!  C16261T    JQ703171 JQ704948 Behar 2012b
                           
                    K1a4a1c  T199C  A13413G      JQ705215 EU692798 Behar 2012b
                           
                    K1a4a1d  T3394C        JQ705404 JQ705558 Behar 2012b
                           
                    K1a4a1e  T152C!  C16311T!!      JQ702341 JQ704526 Behar 2012b
                           
                    K1a4a1f  T152C!  C325T  A10029G    JQ705816 Behar 2012b
                           
                      K1a4a1f1  T217C  T5774C    JQ702302 JQ702760 Behar 2012b
                           
                K1a4b  C280g  A9448G          EU675299  
                           
                  K1a4b1  T6975C  A7388G  C8410T  A13105G!    EU600366 DQ112930 Behar 2006 ("K1a4b")
                           
                K1a4c  T152C!  A12612G  A13827G        DQ301809 Behar 2006
                           
                  K1a4c1  C5264T  A13710G  A16246t      JQ703523 HQ538515 Behar 2012b
                           
                K1a4d  A723c  C11071T  G15355A  (T16093C)      EU926621 JF710373  
                           
                K1a4e  A942G            JQ704761 EF657295 Behar 2012b
                           
                K1a4f  A7118G  T16093C          GU722601  
                           
                  K1a4f1  A12017G          JQ704764 EF177416 Behar 2012b
                           
              K1a5  C4640T  T9647C  T16362C          DQ301793 EU600367 Behar 2006
                           
              K1a6  C8703T  G8790A  T10454C  C16527T        EU600369 Behar 2006
                           
              K1a7  C431a              DQ301807 JQ706029 Behar 2006, Behar 2012b
                           
              K1a8  C295a              JQ702902 Behar 2012b
                           
                K1a8a  C7927g  C16234T          DQ301817 Behar 2006 ("K1a8")
                           
                  K1a8a1  T15850g          DQ301816 DQ301818 Behar 2006 ("")
                           
                K1a8b  A11818G  A16497G          FJ460551 JQ706043 Behar 2012b
                           
                 T195C!              FJ348175 GU471244 Behar 2006
                             
                K1a9  A16524G            GU295448 JQ704228 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                K1a10  G16048A            JQ702740 Hurst 2007, Behar 2012b
                           
                  K1a10a  C16291T          JQ703764 HM054058 Behar 2012b
                           
                K1a13  T146C!  G1709A  A9545G        JQ702796 Behar 2012b
                           
                  K1a13a  T8870C          GU944475 JN202723  
                           
                K1a14  G8020A  T9977C  C15626T        GU471243 HQ675035 Seoane 2011
                           
                K1a15  G8155A            JQ703379 JQ702674 Behar 2012b
                           
                K1a16  T6367C            JQ703365 JQ702271 Behar 2012b
                           
                K1a26  G4113A  T16093C          AY882395 GU811147  
                           
                 C150T              HM625695 JN202911  
                             
                K1a11  A16t  T199C  8281-8289d  T9938C  G16129A!      JQ705523 JQ705747 Hurst 2007, Behar 2012b
                           
                  K1a11a  T152C!  T10966C        JQ702675 GU332639 Behar 2012b
                           
                  K1a11b  A14605t          EU523125 EU603402  
                           
                K1a24  C15625a            JQ703891 Behar 2012b
                           
                  K1a24a  T195C!  T5964C  A15791G  G16145A    JQ702717 JF489152 Behar 2012b
                           
              K1a12  G5460A              JQ703323 Behar 2012b
                           
                K1a12a  A11923G            EU600362 JQ703711 Behar 2012b
                           
                  K1a12a1  A6284G          JQ706035 Behar 2012b
                           
                    K1a12a1a  C11497T        JQ706066 JQ706065 Behar 2012b
                           
              K1a17  G247A!  T4561C  T15670C          JQ706034 Behar 2012b
                           
                K1a17a  G1719A  C16260T          JQ706064 EU600361 Behar 2012b
                           
              K1a18  T6680C  A6881G            JQ706048 EU600365 Behar 2012b
                           
              K1a19  T12338C              JQ308836 JQ706040 Behar 2012b
                           
              K1a20  T63C  C64T  T8277C  T11878C  T12134C  A12397G  C15031T  T16093C  C16187T!    JQ706063 JQ706039 Behar 2012b
                           
              K1a21  A153G  T408a  T6407C  T9428C  T11017C  T16093C      HQ637410 JQ706059 Behar 2012b
                           
              K1a22  C295a  A11818G  A16497G          JQ706043 FJ460551 Behar 2012b
                           
              K1a23  T5093C              JQ703522 JQ706042 Behar 2012b
                           
              K1a25  T152C!  A4158G  T14308C          HM625696 JQ706051 Behar 2012b
                           
            K1b  G5913A                Behar 2006
                           
              K1b1  G9962A  A10289G  C15946T          Behar 2006
                           
                K1b1a  T152C!  A11923G  G15257A  G16319A  A16463G     
                           
                  K1b1a1  C13967T          GU797785 Behar 2006 ("K1b1a")
                           
                       T199C         
                             
                      K1b1a1a  T4646C      JQ702168 JQ702919 Behar 2012b
                           
                      K1b1a1b  T14308C  (T16189C)    JQ702752 EF657385 Behar 2012b
                           
                    K1b1a1c  G3834A  A4775G      EU239477 GU361772  
                           
                  K1b1a2  T195C!  T8260C  C9371T  C15381T  T16093C  A16318t    EU714300 EF177415  
                           
                K1b1b  C6053T  C8164T  T16093C        AY495260 DQ301800 Behar 2006
                           
                K1b1c  G94A  G3337A  G11914A!        EU600370 GU455378 Behar 2006
                           
              K1b2  T146C!  T195C!  T12738g          Behar 2006
                           
                K1b2a  G12771A            JQ705467 EU621708 Behar 2012b
                           
                  K1b2a1  G13759A          HQ000094 FJ348210  
                           
                    K1b2a1a  C12019T        JQ705289 Behar 2012b
                           
                      K1b2a1a1  A16524G      JQ705519 JQ702926 Behar 2012b
                           
                  K1b2a2  G7521A!          JQ705044 EU372659 Behar 2012b
                           
                    K1b2a2a  A14687G        EU849091 JQ702636 Behar 2012b
                           
                K1b2b  G5237A  C6845T  A10154G  G15301A!!      EF428259 HM775970  
                           
            K1c  T146C!  T152C!  C498d              Behar 2006
                           
              K1c1  A9093G  G11377A            GU936958 GU722602 Achilli 2005 ("K1c"), Behar 2006
                           
                K1c1a  C7082T            HM851442 AY882394  
                           
                K1c1b  T15900C            AY495250 AY495243 Behar 2006
                           
                K1c1c  T9903C            JQ703860 EU262720 Behar 2012b
                           
                K1c1d  G1442A  A3720G  T13602C        JQ703292 JF819714 Behar 2012b
                           
                K1c1e  T16368C            GU123011 JQ702901 Behar 2012b
                           
                K1c1f  C10698T            JQ703815 HQ398201 Behar 2012b
                           
              K1c2  A9006G  A14002G  G14040A  C16320T        JN620369 JQ702129 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                K1c2a  T15944d            GU323604 DQ830736  
                           
               T16362C                Endicott 2009
                             
              K1d  T195C!  573.XC  T4856C  A5592G  A8901G        JQ704724 JQ702883 Endicott 2009, Behar 2012b
                           
              K1e  T152C!  T1819C  G8251A  C10478T  C14142g        JQ705538 Behar 2012b
                           
                K1e1  C151T  T6413C  T16189a  G16274A        EU073969 JQ705063 Behar 2012b
                           
              K1f  C3513T  C8137T            EU810403 Ermini 2008 ("K1ö")
                           
          K2  T146C!  T9716C                Behar 2006
                           
            K2a  T152C!  G709A  T4561C            AY495241 EU884127 Behar 2006
                           
              K2a1  A7930G  A15325G  A15652G          EF657610 Behar 2006
                           
                K2a1a  C11881T  C16311T!!          DQ301815 Behar 2006
                           
              K2a2  G8697A              AY495246 Behar 2006
                           
                K2a2a  C11348T            HQ154135  
                           
                  K2a2a1  A512c  A9254G  G11914A!      EU327986 JQ703629 Behar 2006 ("K2a2a"), Behar 2012b
                           
              K2a3  C13293T              JQ704707 HM103361 Behar 2006, Behar 2012b
                           
                K2a3a  G12795A            JQ703540 Behar 2012b
                           
                  K2a3a1  G13708A          AY495249 HM625707  
                           
              K2a4  C11549T              AY495242 JQ705156 Behar 2006, Behar 2012b
                           
              K2a5  C324T              EU597528 JQ703018 Behar 2012b
                           
                K2a5a  G15803A            JQ704076 Behar 2012b
                           
                  K2a5a1  A11491G  A16235G        EU718789 JQ704843 Behar 2012b
                           
              K2a6  G14305A              AY495239 HQ213857  
                           
              K2a7  C12346T              JQ702380 EU284177 Behar 2012b
                           
              K2a8  G207A  T16189C!            DQ282493 DQ282503  
                           
              K2a9  T5081C  T5130C            DQ112812 JQ702282 Behar 2012b
                           
              K2a10  A11923G              JQ703553 JQ702134 Behar 2012b
                           
            K2b  C2217T  G5231A  C11869a  A14037G          JQ704070 Behar 2012b
                           
              K2b1  G13135A              EU294321 JF497777 Behar 2006 ("K2b")
                           
                K2b1a  C16270T            JQ705092 JQ703767 Behar 2006 (""), Behar 2012b
                           
                  K2b1a1  C16222T          JN409346 EU770310 Behar 2006 ("")
                           
              K2b2  G5054A  G11016A  G12501A  G16129A!        JQ704064 JQ704900 Behar 2012b
                           
            K2c  A4976G  G7912A  G9053A  A10262G  A11015G  C11041a  A11172G  C16192T  A16210G    DQ301796 Behar 2006
                           
          K3  C150T  T195C!  A235G  C560T  T7657C  A8188G  A9852t  T14212C  T16093C  C16148T  G16153A    NA18539 HM852886