PhyloTree.org - mtDNA subtree R0
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                            Accession numbers References
R0  73  11719                         Torroni 2006, Behar 2008a, Kivisild 2006, Palanichamy 2004, Achilli 2004, Shen 2004, Brandstätter 2008, Álvarez-Iglesias 2009
                           
  R0a  (58)  64  2442  3847  13188  16126  16362                   Torroni 2006, Behar 2008a, Abu-Amero 2007 ("(preHV)1"), Shen 2004, Achilli 2004, Kivisild 2006, Palanichamy 2004, Brandstätter 2008, Álvarez-Iglesias 2009
                           
    R0a1  827                     DQ904236, DQ112931 Abu-Amero 2007 ("(preHV)1a"), Brandstätter 2008, Álvarez-Iglesias 2009
                         
      R0a1a  146  8292  11761  16355               FJ460524, DQ904237 Abu-Amero 2007 ("(preHV)1a1"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
       60.1T                     EU597493  
                             
      R0a2  2355  15674                 AY713999, DQ904241 Behar 2008a ("R0a1"), Abu-Amero 2007 ("(preHV)1b"), Shen 2004, Brandstätter 2008, Álvarez-Iglesias 2009
                         
        R0a2a  11719  12040  14544             EF556170 Behar 2008a ("R0a1a"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
        R0a2b  709  5237  15924  16305T             EF556172 Behar 2008a ("R0a1b"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
        R0a2c  16304                 EF556176, DQ904238 Behar 2008a ("R0a1c"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
        R0a2d  152  153  3438  10728             AY738940, EF436244 Álvarez-Iglesias 2009
                         
        R0a2e  4106  7256  8701  10493G             DQ904242 Álvarez-Iglesias 2009
                         
  HV  14766                       AY713976 Kivisild 2006, Achilli 2004, Palanichamy 2004, Shen 2004
                         
    HV0  72  16298                     Torroni 2006, Behar 2008a, Achilli 2004, Torroni 2001, Palanichamy 2004, Shen 2004
                           
      HV0a  15904                   AY738945, EF649971 Torroni 2006, Achilli 2004, Torroni 2001
                         
        HV0a1  10196  16126               GU122990, EF649971  
                           
        V  4580                 DQ658411, EU597550 Torroni 2006, Achilli 2004, Palanichamy 2004, Torroni 2001
                         
          V1  4639  8869             AY738947 Palanichamy 2004
                         
            V1a  5263             FJ348213 Palanichamy 2004, Finnilä 2001
                         
              V1a1  227  485  709  16183         GU123003, AY339443  
                           
              V1a2  12490           EF661005, EF177419  
                           
          V2  13105               AY495313 Palanichamy 2004
                         
            V2a  12438             AY713979 Palanichamy 2004
                         
              V2a1  9088  14793         AY495322 Álvarez-Iglesias 2009
                         
                V2a1a  5250         AY495317, AY495323 Álvarez-Iglesias 2009
                         
            V2b  14770             AY495313 Álvarez-Iglesias 2009
                         
              V2b1  15773           AY495319, AY495310 Álvarez-Iglesias 2009
                         
          V3  12810               AY495330, EU567326 Álvarez-Iglesias 2009
                         
          V4  15250               AY495312, FJ384440  
                           
          V5  14550  16203             AY339451, AY339452  
                           
          V6  16162               FJ348207, EF506486  
                           
          V7  7444               AF347006, DQ112936  
                           
            V7a  93  11899  16153           AY339446, EU567454  
                           
          V8  13350  14016             AY339457, AY339456  
                           
          V9  204  207               EF177445  
                           
            V9a  8179  11581  13759  16192  16219  16298!       FJ866786, DQ658411  
                           
         195                   AY738944, AF346978  
                             
        HV0b  198                 EF556192, EF660977 Behar 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
        HV0c  6413                 EU597539, EF471977 Álvarez-Iglesias 2009
                         
    HV1  8014T  15218  16067                   AY738943, EF660936 Achilli 2004, Behar 2008a, Shen 2004, Álvarez-Iglesias 2009
                         
      HV1a  8277                     Álvarez-Iglesias 2009
                           
        HV1a1  150  15927  16355               FJ210914 Behar 2008a ("HV1a"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
          HV1a1a  524.1AC  4227  (9554)           EF556168, FJ460547 Behar 2008a
                         
        HV1a2  4596                 EU935461, EF660935  
                           
      HV1b  12696                   AY738942, EF556182 Álvarez-Iglesias 2009
                         
        HV1b1  2626  3687  4739  7598  16274             EF556182 Behar 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
        HV1b2  152  3547  6023  16189             DQ856316, EF396958  
                           
      HV1c  182  13933  15930  16172               EF556190 Behar 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
       73                     EU935433  
                             
      HV2  195  7193  9336  11935  12061  16217             AY713986 Shen 2004 ("HV3"), Palanichamy 2004, Álvarez-Iglesias 2009
                         
        HV2a  246  573.1CCC  5147  15164  16214  16335           EU567452, EU567456  
                           
    HV4  7094                     EU545447, AY738941 Malyarchuk 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
      HV4a  16221                   EF660939, EU935457  
                           
    HV5  12133  13105                   DQ377992, EU558385 FamilyTreeDNA, Álvarez-Iglesias 2009
                         
       16311                     EF660945, EU545435 Palanichamy 2004, Malyarchuk 2008a ("HV3")
                         
      HV6  6755  16172                 EF222232, EU545452 Malyarchuk 2008a ("HV3b"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
        HV6a  3507  8545  9266  16113C             EU545454, EU545439 Malyarchuk 2008a ("HV3b1"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
      HV7  5471  14560                 EU545443, EU545441 Malyarchuk 2008a ("HV3c"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
      HV8  16354                   EU545457, EF222246 Malyarchuk 2008a ("HV3d"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
      HV9  8994                   EF222233 Malyarchuk 2008a ("HV3a"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
           152                 EF222253  
                             
          HV9a  131               EU545422, EF222247  
                           
      HV10  13449                   EF222245, HM008695  
                           
    H  2706  7028                     Roostalu 2007, Achilli 2004, Loogväli 2004, Palanichamy 2004
                           
      H1  3010                     Behar 2008a, Roostalu 2007, Achilli 2004, Shen 2004
                           
        H1a  73  16162               EU130942, EU200235 Roostalu 2007
                         
          H1a1  6365  16209             AY495188, AY495189 Roostalu 2007
                         
          H1a2  8271T               EU130562, AY339424 Roostalu 2007
                         
          H1a3  16051               AY738972, FJ348176  
                           
           16189                   Roostalu 2007
                           
          H1b  3796  16356  16362             AY738975, EU600348 Roostalu 2007
                         
          H1f  4452  7309  9066  16093           AY339413, AY339420 Roostalu 2007
                         
          H1g  8602  14212             EF657466, EF657782 Brandstätter 2008 ("H1-8602"), Álvarez-Iglesias 2009
                         
          H1k  5206  15766  16290             EU770202, EU768844  
                           
          H1q  4859               EF660973, EF657590  
                           
        H1c  477                 AY495102, EU597509 Roostalu 2007
                         
          H1c1  9150  16263             AY495157, AY495160 Roostalu 2007
                         
          H1c2  8764  12858             AY495096, AY495113 Roostalu 2007
                         
          H1c3  8473               EF177411, EF657265  
                           
        H1e  5460                 EU555475, EU148452 Behar 2008a
                         
          H1e1  8512               EF660949  
                           
            H1e1a  14902             EU597560, EF177428  
                           
          H1e2  15817               AY495094, AY738971  
                           
        H1h  (146)  11914               AY339412, GQ334714  
                           
        H1i  6237A                 EU568371, EF657459  
                           
        H1j  4733                 EU372630, EF177436 Pereira 2004
                         
        H1m  15323                 AY495152, AY495106  
                           
        H1n  146  2098               FJ348199, EU089747  
                           
        H1o  267  485  6446T  11002  14053  15844           EF556177 Behar 2008a
                         
        H1p  13470                 EF556184 Behar 2008a
                         
        H1r  9356                 AF346981, EF657452  
                           
        H1s  8572                 GQ478575, EU080974  
                           
        H1t  9986                 EF177427, DQ112766  
                           
        H1u  9923                 AY495103, DQ112861  
                           
      H2  1438                     Roostalu 2007
                           
        H2a  4769                 EU597492 Roostalu 2007, Carelli 2006
                         
          H2a1  951  16354             EU597521, FJ161702 Roostalu 2007
                         
            H2a1a  6173             FJ668389, AY339428  
                           
          H2a2  750                 Roostalu 2007, Carelli 2006
                         
            H2a2a  263  8860  15326           NC_012920 (=rCRS) Behar 2008b
                         
            H2a2b  16291             AY339426  
                         
              H2a2b1  16235           EU443605, EF418606  
                         
          H2a3  10810  16274             AY339429, AY738962 Roostalu 2007, Achilli 2004 ("H2c")
                         
          H2a4  11140               AM263179, AM263181 Roostalu 2007
                         
          H2a5  13708  (16291)             DQ112834  
                           
            H2a5a  1842             AY738963, FJ527772 Álvarez-Iglesias 2009 ("H2a5")
                         
        H2b  152  8598  16311               AY738961, EU597574 Roostalu 2007
                         
      H3  6776                     Roostalu 2007
                           
        H3a  (152)  13404  (16239G)             AY738986, EF657646 Roostalu 2007
                         
        H3b  2581                 AY738988, FJ348205 Roostalu 2007
                         
        H3c  12957                 AY738991, AY738990 Roostalu 2007
                         
        H3d  73                 AY495180, AY495177 Álvarez-Iglesias 2009
                         
        H3e  1618  15592               FJ348204, FJ348206  
                           
        H3f  93                 DQ523639, EU150187  
                           
        H3g  (152)  10754C               AY495142, AY495125  
                           
      H4  3992  5004  9123                 EU935460 Roostalu 2007
                         
        H4a  4024  14365  14582               AY495123, EF177440 Roostalu 2007
                         
          H4a1  8269               EF556191, EU664586 Roostalu 2007
                         
            H4a1a  10044             AY495095, AY495111 Roostalu 2007
                         
              H4a1a1  73           AY495184, EU719211 Álvarez-Iglesias 2009
                         
                H4a1a1a  10007  10034       AY495186, EF660991  
                           
            H4a1b  195  513  5773  13889  14133         EF556191 Behar 2008a ("H4a1a"), Alvarez-Iglesias 2009
                         
          H4a2  7581  15497  15930             AY738950, EF657591 Kong 2006
                         
        H4b  10166                 AM263185 Roostalu 2007
                         
      H5'36  456                      
                             
        H5  16304                 AY495172, FJ384434 Roostalu 2007
                         
          H5a  4336               AY495175, AY738952 Roostalu 2007
                         
            H5a1  15833             AY339432, AY495165 Roostalu 2007
                         
            H5a2  (200)  5839  (16093)           AY738952, DQ112946  
                           
          H5b  5471               EU597579, EU915472  
                           
        H36  152  3525A  16070               AY339405  
                           
          H36a  8578  13056             FJ348166, FJ348151  
                           
         16362                     Roostalu 2007
                           
        H6  239  16482               FJ652065 Roostalu 2007
                         
          H6a  3915                 Roostalu 2007
                           
            H6a1  4727  9380             Roostalu 2007
                           
              H6a1a  11253           GU004258, FJ713600 Behar 2008a
                         
                H6a1a1  5460         AM263177  
                         
                  H6a1a1a  7325  9362  11611  (16311)   EF556185, EF657756 Behar 2008a
                         
              H6a1b  10589           EF556178, EU600329 Behar 2008a
                         
                H6a1b1  6218  7859  8563  15930  16284   EF556178 Behar 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
                H6a1b2  9254         EU154342, EU919746  
                           
          H6b  14040  16300             AY738956, FJ348203 Roostalu 2007
                         
        H8  146  195  709  13101C  16288             AY195758, EU600360 Roostalu 2007
                         
      H7  4793                   AY495108, EF408656 Roostalu 2007
                         
        H7a  1719                 AY495105, AY738964 Köhnemann 2008
                         
          H7a1  16261               DQ862537, EF177430  
                           
        H7b  5348                 EF581833, AY495104  
                           
          H7b1  12351               EU600357, AY738966  
                           
        H7c  6296A                 GQ422375  
                           
          H7c1  16265               AY738965, EU600356  
                           
      H9  152  13020                 AY713978  
                           
        H9a  3591  4310  (16168)               AY738969, EF657517 Roostalu 2007 ("H9")
                         
      H10  14470A                   AY495093, EU156036 Roostalu 2007
                         
        H10a  4216                 AY495101, EF491002  
                           
          H10a1  14548  16114             EU073971, AY738970  
                           
         195                      
                               
        H11  8448  13759  16311                 Roostalu 2007, Loogväli 2004
                         
          H11a  961G                 Roostalu 2007, Loogväli 2004
                         
            H11a1  8898  (16278)           AY738958, EF657502 Loogväli 2004, Brandstätter 2008 ("H11a"), Álvarez-Iglesias 2009 ("H11a")
                         
            H11a2  14587  16092  16140  (16293)         EF545566, FJ705060  
                         
        H12  3936  14552               AY738993, AY738994 Roostalu 2007, Carelli 2006
                         
      H13  14872                   EF660920 Behar 2008a, Roostalu 2007
                         
        H13a  2259                   Roostalu 2007
                           
          H13a1  4745               AM263187, EU597515 Roostalu 2007
                         
            H13a1a  13680             AY738996, FJ560455 Achilli 2004
                         
              H13a1a1  7337           EF660918  
                           
                H13a1a1a  13326         AY738995, AY339410 Achilli 2004 ("H13a")
                         
              H13a1a2  13542           AY738997, EU600347  
                           
          H13a2  709               AM263190, AY339409 Roostalu 2007
                         
            H13a2a  1008             EF556150, AY713980 Behar 2008a
                         
              H13a2a1  183  524.1AC  7184  11151       EF556150 Behar 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
            H13a2b  4639  15001  16311           AM263189  
                           
              H13a2b1  13762G           EF556156, EF660948  
                           
        H13b  4107                 AM263188, EU052289  
                           
      H14  7645  10217                 AM263182 Thangaraj 2008, Roostalu 2007, Behar 2008a
                         
        H14a  16256  16352               AM263183, EF556163 Roostalu 2007
                         
          H14a1  146  7864  11002  12870           EF556163 Behar 2008a, Álvarez-Iglesias 2009
                         
      H15  55  57  6253                   Roostalu 2007
                         
        H15a  11410                 AY495146  
                           
          H15a1  (57G)  14953             AY713995, FJ348171  
                           
        H15b  3847                 AY738960, EU600353  
                           
      H16  10394                     Roostalu 2007
                         
           152                 AY495135, AY495127  
                             
          H16a  8592               EU170619, AY495133 Álvarez-Iglesias 2009
                         
        H16b  9129                 AY495110, EU715287  
                           
         16129                      
                               
        H17  3915                 AY495150  
                           
          H17a  6296               AY495154, EF657507 Roostalu 2007 ("H17")
                         
        H27  11719  16093  16316               EU007878, FJ348192  
                           
      H18  13708  14364                 AY495116, EF657723 Roostalu 2007
                         
      H19  6272  14869                 EF657418, EF657730 Roostalu 2007
                         
      H20  16218                   EU600339, EU600331 Roostalu 2007
                         
        H20a  249d  292  16328A  16362             EF556187 Behar 2008a
                         
         16192                      
                               
        H21  186  3822  8994               AM263178 Roostalu 2007
                         
        H30  195  504  8200  8638  8817  14241           EF556162 Behar 2008a
                         
      H22  16145  16227                   Álvarez-Iglesias 2009, Achilli 2007 ("H19")
                           
      H23  10211                   AY495091, EF657462 Álvarez-Iglesias 2009
                         
      H24  3333  (16293)                 EF363133, EF657250  
                           
      H25  9620                   EF556189, EF657408 Behar 2008a
                         
      H26  11152                   EU684000, EU600338  
                           
      H28  186A  8715  11191                   EU670874, EU543281  
                           
      H29  93  573.1CC  5582                 EU600335, EF660925  
                           
      H31  146  195  7930T  10771               EF660914, EF657675  
                           
      H32  73  152  8557                 DQ523619, EF660931  
                           
      H33  11447                   EF458167, EU600341  
                           
      H34  15519  16291                 EU007846, AY738968  
                           
      H35  3342                   EU007865, EF660969  
                           
      H37  3531                   EU597523, AY738948  
                           
      H38  235                   FJ348221, EU677386  
                           
      H39  16299                   EU677425, AY339402