PhyloTree.org - mtDNA subtree R0
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                              Example accessions  
R0  G73A  A11719G                           
                             
  R0a'b  (T58C)  C64T  T2442C  T16362C                       
                             
    R0a  T3847C  C13188T  T16126C                     
                             
      R0a1  A827G                      JQ702678  
                             
        R0a1a  T146C!  G8292A  C11761T  C16355T              HM185216 FJ460524  
                             
          R0a1a1  G13708A                  HM185217 HM185263  
                             
            R0a1a1a  T16172C                HM185210 HM185208  
                             
          R0a1a2  A93G  A95c  A3972G  G8020A  T10652C  C12741T          HM185258 HM185260  
                             
          R0a1a3  T2069C  T4703C  T9647C  A13479t              HM185213 GU592021  
                             
          R0a1a4  G3438A  A5120G  T5333C              HM185245 HM185233  
                             
           T152C!                    HM185256  
                               
          R0a1b  C26T  T16093C  T16189C!              DQ904236 HM185240  
                             
         60.1T                      EU597493  
                               
        R0a2'3  T15674C                     
                             
          R0a2  A2355G                  HM185266 AY713999  
                             
            R0a2a  G14544A                EF556170 HM185270  
                             
              R0a2a1  C7249T              HM185257 JQ702181  
                             
            R0a2b  G5237A  A15924G  A16305t            HM185261 EF556172  
                             
            R0a2c  T16304C                HM185215 EF556176  
                             
            R0a2d  G3438A  C10728T              JF717359 HM185241  
                             
            R0a2e  C4106T  C7256T!  A8701G!  T10493g          DQ904242  
                             
            R0a2f  G8251A                HM185225  
                             
              R0a2f1  T131C  T7837C  C12542T  G13708A  A13827G         
                             
                R0a2f1a  T11365C            HM185227 HM185221  
                             
                R0a2f1b  A16207G            HM185228 HM185248  
                             
            R0a2g  T9128C                HM185271 HM185218  
                             
            R0a2h  T16172C  C16184a              HM185238 DQ904240  
                             
            R0a2i  T9337C  T11944C  T16092C  (C16278T)          HM185242 DQ904241  
                             
               T195C!                HM185237  
                               
              R0a2j  T152C!  A3397G            HM185246 HM185229  
                             
            R0a2k  T12295C                JF717355  
                             
              R0a2k1  G3531A  T3644C  G3918A  T5557C  A10398G!  C16114T  T16325C    HM185254 HM185253  
                             
            R0a2l  A2179G  C7471d  C14392T            HM185250 HM185244  
                             
            R0a2m  A4767G                JQ705916 JQ705196  
                             
          R0a3  G15466A                  HM185265 HM185223  
                             
        R0a4  C150T  T2351C  A9531G                JQ702940 JQ705305  
                             
    R0b  A93G  T152C!  G1719A  G4924A  T5205C  T8772C  G9055A  T10101C  G10775A  A11764G  A15613G  A15628G  C16301T    JF717361  
                             
  HV  T14766C                          HM776579  
                             
    HV0  T72C  T16298C                      JQ705599 JQ705544  
                             
      HV0a  C15904T                      JQ704188 AY738945  
                             
        HV0a1  C10196T  T16126C                  GU122990 JQ705567  
                             
          HV0a1a  A200G  T3200C  G16346c              EF649971 JQ701930  
                             
        V  G4580A                    AY495311 HQ711364  
                             
          V1  A8869G                   
                             
            V1a  T4639C                JQ702026 EF177435  
                             
              V1a1  C5263T              AY495325 JQ702498  
                             
                V1a1a  T485C  A16183G          AY339438 GU123003  
                             
                V1a1b  A12490G            EF661005 EF177419  
                             
            V1b  C16290T                JQ702938 JQ704342  
                             
          V2  A13105G!                  JQ705658 JQ703647  
                             
            V2a  T12438C                AY713979  
                             
              V2a1  T9088C  A14793G            AY495322  
                             
                V2a1a  T5250C            AY495317 AY495323  
                             
            V2b  C14770T                AY495313 JQ704063  
                             
              V2b1  G15773A              AY495319 AY495310  
                             
            V2c  A9210G                JQ705254 JQ702414  
                             
          V3  A12810G                  JQ703666  
                             
            V3a  A16240G                JQ705789 JX297186  
                             
              V3a1  A11337G              JQ702667 JQ703836  
                             
            V3b  T4550C  G15346A              JQ704036 AY495330  
                             
            V3c  A16216G                EU567326 JQ705638  
                             
          V4  C15250T                  AY495312 FJ384440  
                             
          V5  T14550C  A16203G                AY339451 AY339452  
                             
          V6  A16162G                  FJ348207 EF506486  
                             
          V7  A93G  G7444A                JQ705798 JQ702803  
                             
            V7a  T11899C  G16153A              JQ703830 EU567454  
                             
              V7a1  C3549T              AY339446 JQ702569  
                             
            V7b  C8910T  C14121T  C16114T  C16298T!          JQ705945 JQ704660  
                             
          V8  A13350G  G14016A                JQ702025 JQ705604  
                             
          V9  T204C  G207A                EF177445  
                             
            V9a  A8179G  C11581T  G13759A  C16298T!           
                             
              V9a1  C16192T  A16219G            FJ865560 DQ658411  
                             
              V9a2  T9887C              JQ702145 JQ704826  
                             
          V10  A9368G                   
                             
            V10a  C16261T  T16311C!              JQ704602 HQ729918  
                             
            V10b  A9254G                HM570048 KF142158  
                             
              V10b1  G9932A              JQ703770 GQ304748  
                             
          V11  G8251A  A11620G                JQ704405 JQ705396  
                             
          V12  T7270C                  AY495321 JQ705506  
                             
          V13  G12795A  T15784C                GU122979 JQ702456  
                             
          V14  T8843C                  JQ702206 JQ703215  
                             
          V15  C4221T                  HQ645963  
                             
            V15a  C10308T                JQ703991 JQ702391  
                             
          V16  C16301T                  JQ704468 HQ384213  
                             
          V17  C1537T  A8982G                JQ703973 GU362082  
                             
          V18  A508G                  FJ348173 JQ701919  
                             
             C150T                   
                               
            V19  T16362C                JQ702721 JQ703749  
                             
            V22  G709A  A7765G              JX297133 JX297137  
                             
             C16298T!                  AY495118 AY495109  
                               
            V20  G8584A  C16256T              JQ705168 JQ704703  
                             
             C72T!                  JQ701938 JQ705610  
                               
            V21  G15431A  G16390A              JQ702689 JQ704945  
                             
          V23  G6734A                  JQ704988 NA11893  
                             
         T195C!                      JQ703113 JQ704255  
                               
        HV0b  C198T                    EF556192 NA11932  
                             
        HV0c  T6413C                    JQ704143 EF471977  
                             
        HV0d  G15110A                    JN794568 JQ702222  
                             
        HV0e  T10609C  T15454C  T16311C!                JQ705967 JQ705963  
                             
        HV0f  C72T!  A8706G                  JQ705127 EF660968  
                             
    HV1  A8014t  C16067T                      JF320654  
                             
      HV1a'b'c  A15218G                      AY738943 EF660936  
                             
        HV1a  T8277C                     
                             
          HV1a1  C150T  G15927A  C16355T              HM852761  
                             
            HV1a1a  A4227G  G9554A              HM575427 JF260938  
                             
            HV1a1b  G6150A  G7379A              FJ210914  
                             
          HV1a2  G4596A                  JF260943 JF316743  
                             
            HV1a2a  A14587G                JF260942 EU935461  
                             
          HV1a3  G3421A  C16327a                JF260935 JF260937  
                             
        HV1b  T12696C                    AY738942  
                             
          HV1b1  T2626C  C4739T  G7598A  G16274A            EF556182  
                             
            HV1b1a  A11314G  G14861A              JF260951 JF260949  
                             
            HV1b1b  A5656G                JF260948 JF260947  
                             
             T152C!                  JF260944  
                               
            HV1b2  A3547G  G6023A  T16189C!            DQ856316 EF396958  
                             
            HV1b3  T195C!  T5250C              HM998901 JQ704284  
                             
        HV1c  A13933G                    EF556190 JQ705526  
                             
      HV1d  T146C!  A249d  A2308G  T7372C  C11476T  A12279G  T13143C  C13650T!  G13708A  C16278T!  T16362C      JF260933 JF260932  
                             
       A73G!                        EU935433 HQ436102  
                               
      HV2  T152C!  T195C!  T7193C  A9336G  T11935C  C12061T  T16217C            AY713986 HM852860  
                             
        HV2a  T246C  573.XC  G5147A  C16214T  A16335G              EU567456 JQ704463  
                             
    HV4  T7094C                        EF417833 EU545447  
                             
      HV4a  C16221T                       
                             
        HV4a1  C13680T                    JN214428 EF660939  
                             
             C16291T                  JN214427  
                               
            HV4a1a  T9950C                JN214395 JX297154  
                             
              HV4a1a1  T152C!  T7645C  T11365C          JN214392 JN214391  
                             
              HV4a1a2  A73G!  A7843G            JN214397 JN214400  
                             
              HV4a1a3  A12972G              HQ675034 GQ888730  
                             
              HV4a1a4  T4452C              JN214410 JN214418  
                             
        HV4a2  G7805A  G16129A!                   
                             
          HV4a2a  T16221C!  C16287T  T16311C!              GQ888731 HM228422  
                             
          HV4a2b  A11671G                  EU935457 JN214429  
                             
      HV4b  C1715T  C16069T                    EF222234 HM852851  
                             
      HV4c  G2758A!  G3834A  C10356T                  JQ272477 AY738941  
                             
    HV5  C12133T  A13105G!                      EF419890 EU558385  
                             
       T16311C!                        EU545435 AY713981  
                             
      HV6  G6755A  T16172C                    HQ658738 EF222232  
                             
        HV6a  C3507T  G8545A  G9266A  A16113c              EU545454 EU545439  
                             
      HV7  G5471A  G14560A  C16278T!                  EU545443 JQ701908  
                             
      HV8  C16354T                      EU545457 EF222246  
                             
      HV9  G8994A                      JQ703367 JQ703202  
                             
           T152C!                    EF222253 JQ703720  
                               
          HV9a  T131C                  EU545422 JQ705368  
                             
            HV9a1  A5480G  C11257T              FJ430150 JQ704229  
                             
        HV9b  T16249C                    FJ147309 JQ704799  
                             
        HV9c  T6248C  (C16286T)  (C16311T!!)                NA20814 DQ112935  
                             
      HV10  C13449T                      EF222245 HM008695  
                             
      HV11  A6040G                      JQ702048  
                             
        HV11a  A9000G  A10283G                  GU592045 EF660954  
                             
      HV14  T480C  G4655A  T15115C                  NA18743 AY713988  
                             
      HV15  G5746A  C16234T                    JQ704184 NA12489  
                             
      HV16  A12492t                      HQ658354 JQ704124  
                             
      HV17  A3397G  C16111T                    EU545424 JQ702596  
                             
    HV12  G13889A                         
                             
      HV12a  A16220c  C16292T                    HM852849  
                             
        HV12a1  T152C!  A3892G  T4254C  A14344G  T16243C  T16342C            HQ844516 JN053060  
                             
      HV12b  C150T  A15682G                    AY713976  
                             
        HV12b1  T16356C                    HM852785  
                             
          HV12b1a  A337G  C594T  T13572C  G14569A              AY713987 KC533522  
                             
    HV13  T16357C                        JF700125 HM852828  
                             
    H  G2706A  T7028C                      JQ705953  
                             
      H1  G3010A                      HQ384174 HM103358  
                             
        H1a  A73G!  A16162G                  HQ287893 JQ703450  
                             
          H1a1  T6365C  T16209C                AY495188 JQ702187  
                             
            H1a1a  T4639C                JQ704413 JQ703901  
                             
              H1a1a1  G10993A              JQ704265 AY495189  
                             
            H1a1b  T7961C                JQ703424 AY495190  
                             
          H1a2  A8271t                  AY339422 EU130562  
                             
          H1a3  A16051G                  EU747355 JQ704204  
                             
            H1a3a  A14978G                JQ704050 EF177447  
                             
              H1a3a1  T3396C              JQ704612 JQ705169  
                             
              H1a3a2  42.1G              JQ704838 HM589042  
                             
              H1a3a3  C8468T!  C16259T            AY738972  
                             
            H1a3b  C16465T                HQ659848 JQ703683  
                             
            H1a3c  C16266T                JQ702698 JQ703419  
                             
          H1a4  A9341t                  JQ704223 HQ287891  
                             
          H1a5  G8839A  C15789T                JQ702535 JQ704525  
                             
          H1a6  C151T  A11893G  T16189C!              JQ702474 JQ705205  
                             
          H1a7  A5747G                  GU797829  
                             
          H1a8  A8537G                  JQ701944 HG00380  
                             
          H1a9  G8334A  C16167T                KF052033 KC121273  
                             
           T16189C!                    JQ406575  
                               
          H1b  T16356C                  JN603189 HQ184065  
                             
            H1b1  A3796G                JQ704784 JQ704003  
                             
                 T16362C              EU219920 GU724771  
                               
                H1b1a  5899.XC  A8348G          GU122983 AY738975  
                             
                H1b1b  G16129A!  C16355T          JQ701966 JQ703941  
                             
                H1b1c  A10455G            JQ704159 JQ702527  
                             
                H1b1d  A93G            JQ705126  
                             
                H1b1h  A7960G            JQ703500 JQ702455  
                             
              H1b1e  T9698C              JQ703838 JQ704913  
                             
              H1b1f  G2145A  C16114T            JQ703254 GU797136  
                             
              H1b1g  C64T  T195C!  G1438A            JQ703357  
                             
            H1b2  G8251A  A16080G              JQ702529 JQ706010  
                             
              H1b2a  A183G  T8286C  C16360T          JQ702566  
                             
                H1b2a1  T7691C            JQ704894 JQ703268  
                             
            H1b3  T16075C                JQ704139 JQ704744  
                             
            H1b4  A11029G                JQ324829 JQ324933  
                             
          H1f  T4452C  A9066G                JQ704298  
                             
               T16093C                JQ703322  
                               
              H1f1  T7309C              AY339413 KC785095  
                             
                H1f1a  C459d            JQ705607 JQ704916  
                             
          H1g  T14212C                   
                             
            H1g1  T8602C                JQ701945 GU461664  
                             
            H1g2  T9230C                JQ703948  
                             
          H1k  C16290T                   
                             
            H1k1  C5206T  A15766G              EU768844  
                             
              H1k1a  T2887C              EU770202 EU779660  
                             
          H1y  T15299C                  JQ704157 JQ703220  
                             
          H1z  C327T  C11428T                JQ703527  
                             
            H1z1  T10632C  T16311C!              JQ704562  
                             
          H1aa  A4131G                  JQ702057  
                             
          H1ab  G15047A                  JQ704715  
                             
            H1ab1  C16234T                AY738982 JQ324765  
                             
          H1ac  A11893G                  JQ704994  
                             
          H1ad  T3504C                  JQ704571 JQ703473  
                             
          H1cc  T72C  G6261A  C16291T              JQ705678 HQ658466  
                             
        H1c  T477C                    JQ705712 JQ702532  
                             
          H1c1  A9150G  T16263C                FJ798928 JQ703418  
                             
            H1c1a  G9380A                AY495160 AY495163  
                             
              H1c1a1  A9007G              NA12399 JQ702436  
                             
            H1c1b  A16316G                JQ702237 JQ702099  
                             
          H1c2  C12858T                  HQ681884 JQ703166  
                             
            H1c2a  G8764A                JQ704438 AY495096  
                             
          H1c3  A257G  T8473C                JQ703496 JQ702738  
                             
            H1c3a  T146C!  C16176T  A16219G            JQ704119 JQ703142  
                             
            H1c3b  T16189C!  T16362C              GU289555 GQ332765  
                             
          H1c4  G13759A                  JQ705516  
                             
            H1c4a  A7299G  C15315T              JX297157 JQ324836  
                             
            H1c4b  C16355T                JQ704378 JQ703499  
                             
              H1c4b1  C6074T              JQ701984 GU122996  
                             
          H1c5  A8803G                  AY495102  
                             
            H1c5a  T152C!  A249d              JQ703745 JQ702006  
                             
          H1c6  G5979A                  JQ704080 GU812902  
                             
          H1c7  C14350T                  JQ702850 JQ702873  
                             
          H1c8  G1462A  T14182a                JQ704294 JQ702867  
                             
             T152C!                  JQ701993 AY495141  
                               
            H1c9  A13203G                JQ703810  
                             
              H1c9a  A9377G              JQ703637 JQ703459  
                             
          H1c10  G3531A  C8417a                JQ705468  
                             
          H1c11  A6629G                  JQ705495 JQ704352  
                             
          H1c12  C4484T                  HM462218 JQ704242  
                             
          H1c13  A8645G                  JQ702501 AY495139  
                             
          H1c14  G10365A  A12627G  A15758G              JQ703342  
                             
          H1c15  12310.1A                  JQ703551 JQ704909  
                             
          H1c16  G6267A                  HQ658607 JQ324739  
                             
          H1c17  A15325c                  HQ875780 JQ705238  
                             
          H1c18  A4562G  C12636T                JQ705757  
                             
          H1c19  G7379A                  JQ703126 JQ703998  
                             
          H1c20  A8730G                  JQ703383 JQ702607  
                             
          H1c21  A4767G                   
                             
          H1c22  A10679G                  FJ348214  
                             
        H1e  G5460A                    EF556181 DQ523657  
                             
          H1e1  A8512G                  JQ705024  
                             
            H1e1a  C14902T                EF177428 JQ703438  
                             
              H1e1a1  A93G  A5301G  C5387T  C14491T          JQ324873 JQ324659  
                             
              H1e1a2  T13326C              JQ705496  
                             
              H1e1a3  C16111a              HQ658480 EU914954  
                             
              H1e1a4  G709A  C7196T  T11113C  A11371G  T16311C!        JQ324756 JQ324691  
                             
              H1e1a5  A1900c  A2320G  T4823C  T6216C  C12915a  G15884A  A16066G    JQ705884 FJ348185  
                             
              H1e1a6  C150T              JX297199 JQ703576  
                             
            H1e1b  T453C                JQ702833  
                             
              H1e1b1  G13590A              JQ705799 JQ704656  
                             
                H1e1b1a  T8023C            JQ702649 NA20513  
                             
            H1e1c  G3745A                JQ702349 JQ703603  
                             
          H1e2  A15817G                  HQ880578 JQ705717  
                             
            H1e2a  G12070A                JQ704343 JQ704128  
                             
            H1e2b  C983T                JQ702992 JQ703207  
                             
            H1e2c  A73G!                JQ703115 AY738971  
                             
            H1e2d  T3548C                JQ702491 NA20803  
                             
             G16129A!                  EU555475  
                               
            H1e3  A93G  960.XC  G1462A  C4883T            HQ663877 JQ324720  
                             
          H1e4  G3316A                  JQ703196 JQ704392  
                             
            H1e4a  C16114T                EU148452 EU262984  
                             
          H1e5  T9110C  C16256T                EF660933 JQ704250  
                             
          H1e6  G9554A                  JQ705426  
                             
        H1h  G7013A                     
                             
          H1h1  G11914A!                  HQ659703 JQ703535  
                             
          H1h2  A2851G  A14148G  C14420T              JQ704717  
                             
           T152C!                    JQ703305  
                               
          H1i  C6237a                  JQ703270  
                             
            H1i1  G9300A                FJ940865 EU568371  
                             
            H1i2  C12346T                JQ703251 JQ701978  
                             
              H1i2a  A12026G              JQ705039 JQ702223  
                             
          H1an  T15394C                   
                             
            H1an1  A13050G                JQ703403  
                             
              H1an1a  T4454C              JQ324893 JQ324894  
                             
            H1an2  C151T  T16325C              JQ702335  
                             
          H1bb  T11864C                  AY495144 JQ703170  
                             
        H1j  T4733C                    JQ705294 JQ701806  
                             
          H1j1  G16129A!                  JQ324705 JQ324525  
                             
            H1j1a  G3849A                JX297163 JQ324736  
                             
              H1j1a1  C447g              JQ324599 JQ324650  
                             
              H1j1a2  A11144t              JQ324870 JQ324539  
                             
            H1j1b  T11087C                JQ324604 JQ324901  
                             
            H1j1c  A9181G  G11963c              JQ324760 JQ324864  
                             
          H1j2  A1821G  G13708A  C16291T              JQ703536  
                             
            H1j2a  G316A                JQ324660  
                             
          H1j3  T5249C                  JQ704358 EF491001  
                             
          H1j4  A16312G                  JQ704398 JQ704199  
                             
          H1j5  C9290a  T10256C                AY495119 JQ704090  
                             
          H1j6  G709A  A3084G  T9653C              JQ703147  
                             
          H1j7  A6353G  T14178C  G15497A              JQ703631  
                             
          H1j8  T2222g  A16240G                EF177436 JQ705914  
                             
          H1j9  T2626C  (T16189C!)                EU372630 DQ489525  
                             
        H1m  G15323A                    JQ705493 JQ065050  
                             
          H1m1  T146C!  C4171T  A9468G              JQ703995 JQ704459  
                             
        H1n  G2098A                     
                             
             T146C!                  FJ348196 JQ701825  
                               
            H1n1  C15742a                JQ704655  
                             
              H1n1a  T11339C              JQ704566 JQ703319  
                             
              H1n1b  A15924G  T16468C            JQ705930 JQ702009  
                             
            H1n2  T5483C  C13431T              FJ348199 JQ702161  
                             
            H1n3  A7295G                HQ658482  
                             
            H1n4  G11914A!                JQ703765 JQ702043  
                             
               T195C!                HQ839859  
                               
              H1n5  T471C              JQ703312  
                             
          H1n6  C552a  A11551G  T14221C              JQ704613  
                             
        H1o  C150T  A14053G  C16355T                JQ702360 JQ324594  
                             
        H1p  A13470G                    EF556184 NA07345  
                             
        H1q  T4859C                    JQ704630 JQ703742  
                             
          H1q1  A12366G                  JQ324843 JQ704373  
                             
          H1q2  T15941C                  JQ324535  
                             
        H1r  C9356T                    AF346981 JQ705944  
                             
          H1r1  T146C!  C16278T!                JX297164 GQ888727  
                             
        H1s  G8572A                    GQ478575 EU080974  
                             
        H1t  G9986A                    JQ704194  
                             
          H1t1  C14129T                  JQ324837  
                             
            H1t1a  A14224G                JQ324688 GQ888724  
                             
              H1t1a1  C16266T              JX297158 JQ324838  
                             
          H1t2  A5978G                  GQ888725 EF177427  
                             
        H1u  C9923T                    JQ702726 JQ705383  
                             
          H1u1  A7975G                  AY495103 JQ702971  
                             
        H1v  C10314T                    FJ460532 JQ703465  
                             
          H1v1  T4313C                   
                             
            H1v1a  T9148C                HM171271  
                             
            H1v1b  G14560A                HM171273  
                             
        H1w  T8966C                    HM171275 HM171277  
                             
        H1x  A7765G  T10410a  A16037G  C16256T              HM171279 HM171278  
                             
        H1ae  G15553A                    JQ705436  
                             
          H1ae1  A8470G                  JQ702071 JQ704433  
                             
          H1ae2  G11696A                  JQ704032 JQ705102  
                             
            H1ae2a  T8843C                JQ702370 HQ400746  
                             
          H1ae3  G8723A  G12771A                 
                             
            H1ae3a  G5231A                JQ703756 JQ704509  
                             
        H1af  T16357C                    JQ704303 JQ705435  
                             
          H1af1  C15646T                  JQ703129  
                             
            H1af1a  T9078C                GQ888707 JQ703089  
                             
          H1af2  C4137T                  FJ656214  
                             
        H1ag  G14869A                     
                             
          H1ag1  A6272G                  JQ703316 JQ704657  
                             
            H1ag1a  G12940A  C16218T              JQ703938 GQ175058  
                             
            H1ag1b  G6734A                JQ704170 JQ702557  
                             
        H1ah  G8950A  A12507G                  NA19655  
                             
          H1ah1  (A200G)  A3411G  C7412T  C16248T            JQ324708 JQ702002  
                             
          H1ah2  G6261A  A16212G                JQ703687 JQ704293  
                             
        H1ai  C15088T                     
                             
          H1ai1  G6722A                  JQ701969 EU675941  
                             
        H1aj  A14133G                    JQ703262 NA20525  
                             
          H1aj1  T8618C  C16192T                 
                             
            H1aj1a  G207A  G9621A  T16172C  G16456A          JQ703788 JQ702591  
                             
        H1ak  G3666A                    JQ702623 AY738979  
                             
          H1ak1  T5393C                  JQ324892 KC533493  
                             
          H1ak2  A4435G                  JQ324884 JQ324782  
                             
        H1am  C4763a                    JQ703706  
                             
          H1am1  C5309g                  HM488738  
                             
        H1ao  A93G  T146C!  T11809C  C16278T!                JQ704226 JQ704336  
                             
          H1ao1  G11914A!                  JQ704235 GQ334714  
                             
        H1ap  C8410T                     
                             
          H1ap1  T152C!  G5780A  T16189C!              JQ704669 JQ705078  
                             
        H1aq  T13386C                    EU597511 JQ324562  
                             
          H1aq1  C15304a  C16218T                JQ703371 JQ702907  
                             
        H1ar  A183G  T16468C                  JQ324931  
                             
          H1ar1  A11890G  A16302G                JQ704291 JQ704671  
                             
        H1as  T4688C                    JQ702701  
                             
          H1as1  C150T  T6216C                JQ703561  
                             
            H1as1a  C16261T                JQ704158 EF177421  
                             
          H1as2  T980C                  JQ704370 JQ702495  
                             
        H1at  A15758G                    JQ324928  
                             
          H1at1  G7337A                  JQ703224  
                             
            H1at1a  T12136C                JQ704066 FJ858266  
                             
        H1au  C16148T                    GU981676  
                             
          H1au1  C11515a                   
                             
            H1au1a  G1664A                JQ703256 JQ703506  
                             
            H1au1b  G1719A                GU207871 JQ704010  
                             
        H1av  G7762A                    JQ705362 JQ704538  
                             
          H1av1  C150T                  JQ324719 JQ324841  
                             
            H1av1a  A4674G                JQ324552 JQ324605  
                             
        H1aw  T460C  A8701G!  G16129A!                JQ324713 GQ150344  
                             
        H1ax  G5054c  C7471T  C8429T                JQ704285 HM625711  
                             
          H1ax1  G14861A                  KF562342 JQ704177  
                             
        H1ay  T9708C                    JQ703923 JQ704587  
                             
        H1az  A8308G                    JQ702269 JQ704564  
                             
        H1ba  C16270T                    JQ702799 JQ703888  
                             
          H1ba1  T16276C                  HM765465 EF660923  
                             
        H1bc  T152C!  G10325A                  JQ704162 JQ702634  
                             
        H1bd  G9966A                    JQ704553  
                             
        H1be  A10750G  C13035T                  JQ703681 JQ704424  
                             
           C16239T                    JQ704230 JQ705157  
                               
          H1bf  T13768C                  JQ704186  
                             
            H1bf1  C16242T                JX297162 HM103354  
                             
          H1bg  G5054A  C7849T                JQ703148 JQ704588  
                             
          H1bh  G11377A                  JQ703668 JQ704647  
                             
        H1bi  G3745A                    JQ704212 JQ704435  
                             
        H1bj  A10295G                    JQ704756  
                             
        H1bk  A11084G                    JQ703132 JQ705754  
                             
        H1bm  T4216C                    JQ705579 JQ704794  
                             
        H1bn  A8245G                    JQ703317 JQ705138  
                             
        H1bo  T267C  T485C  G6446t  A11002G  A15844G              EF556177 JQ702570  
                             
        H1bp  T10003C                    AY738977  
                             
        H1bq  A14467G                    JQ703346 JQ324662  
                             
        H1br  T10454C                    JQ704089 JQ704606  
                             
        H1bs  A16220c                    JQ324633 JQ703571  
                             
        H1bt  C16527T                     
                             
          H1bt1  T10348C  G12007A                JQ703244 JQ704419  
                             
        H1bu  A1811G  A5558G                  JQ703635  
                             
        H1bv  T12681C                    KC175606  
                             
          H1bv1  C8164T  T16362C                JQ324778 JQ324723  
                             
        H1bw  C8478T                    JQ704366 JQ702483  
                             
        H1bx  T789C  C8740T                  JQ324627 JQ324844  
                             
        H1by  G9921A                    JQ324820  
                             
        H1bz  C1531T  G4924A  A16240G                JQ898578  
                             
           T16311C!                    JQ705028  
                               
          H1cd  T9722C  A10316G  A12373G  T16217C            JQ324670 HG01521  
                             
      H2  G1438A                       
                             
        H2a  G4769A                    EU597492 GU592029  
                             
          H2a1  G951A  C16354T                FJ238053 JQ704025  
                             
            H2a1a  C6173T  T13095C              FJ668389 HQ667351  
                             
              H2a1a1  C979T  C3567T  G12127A  C13272T        JQ703397 JQ704198  
                             
              H2a1a2  T6620C  T9862a  A11077G  T14494C        JQ701848 JQ703509  
                             
            H2a1b  A5978G  A13395G              JQ703223 JQ703204  
                             
            H2a1c  G3834A                JQ703582 EU597521  
                             
            H2a1d  A4769G!  G6260A  A8679G            FJ161702 FJ800808  
                             
            H2a1e  C575T                JQ703145 JQ324896  
                             
              H2a1e1  A751G              JQ704189  
                             
                H2a1e1a  T16124C            FJ842614 JQ703366  
                             
                  H2a1e1a1  C16148T  A16166G        JQ703214 HQ698266  
                             
                H2a1e1b  A4715G  5899.XC          JQ704847  
                             
            H2a1f  C16193T                HQ336422 JQ705806  
                             
            H2a1g  G8065A                JQ705411  
                             
          H2a2  G750A                  JQ704533 JQ703191  
                             
            H2a2a  G8860A  G15326A              GU122997 JQ701904  
                             
              H2a2a1  G263A              NC_012920 JQ703020  
                             
                H2a2a1a  G15314A            EU795361 EU157923  
                             
                H2a2a1b  A9299G            JQ702287 JQ704346  
                             
                H2a2a1c  T6632C  A16051G           
                             
                H2a2a1d  T16172C            JQ704842 JQ705139  
                             
                H2a2a1e  C8182T            HQ670226 NA07346  
                             
                H2a2a1f  A93G            JQ704520 HG00127  
                             
                H2a2a1g  T16189C!            JQ705265 JQ704224  
                             
              H2a2a2  T152C!  A6716G            JQ704269 EU716647  
                             
               (A16235G)              JQ703290 JQ704337  
                               
              H2a2b  C16291T              HQ914650 EU719115  
                             
                H2a2b1  A16293G            JQ705563 JQ705365  
                             
                  H2a2b1a  C3388a          HM991709 JQ702368  
                             
                    H2a2b1a1  C16400T        EF418606 JQ704361  
                             
                H2a2b2  T8634C            JQ704140 EU444119  
                             
                H2a2b3  T4080C            AY339426 JQ702309  
                             
                H2a2b4  G5460A            JQ705734 JQ702900  
                             
                H2a2b5  G14305A            HQ675041  
                             
                  H2a2b5a  G11914A!  T12954C        JQ704565 HG00123  
                             
          H2a3  T10810C!  G16274A                AM263180  
                             
            H2a3a  G1462A                 
                             
              H2a3a1  A2749G              JQ704220  
                             
            H2a3b  A14693G                HQ659870 JQ703192  
                             
          H2a4  C11140T                  AM263179 AM263181  
                             
          H2a5  G13708A                  KC533501 JQ704563  
                             
            H2a5a  A1842G                 
                             
              H2a5a1  C16291T              JQ324555 JQ324582  
                             
                H2a5a1a  T4592C            FJ527772 FJ527777  
                             
                H2a5a1b  T11233C            JF284817 AY738963  
                             
            H2a5b  T8843C                JQ701826 JQ703081  
                             
              H2a5b1  A249d              JQ704687 JQ702205  
                             
              H2a5b2  A11086G  A16183G            HQ153430  
                             
           T152C!  T16311C!                   
                               
          H2b  T8598C                  EU597574 HQ659667  
                             
          H2c  G13708A  C13934T                JQ704503 JQ701885  
                             
            H2c1  C152T!!  C194T  G205A  A3334G            JQ704496 JQ704499  
                             
      H3  T6776C                      AY738987 HQ659688  
                             
           T152C!                    JQ702087 JQ703549  
                               
          H3a  C16239g                  JQ704834  
                             
            H3a1  T13404C                JQ704253 AY738986  
                             
              H3a1a  C14125T              JQ705329 JQ704348  
                             
          H3g  A10754c                  AY495132 AY495142  
                             
            H3g1  C3992T  T4418C              JQ705181 JQ704782  
                             
              H3g1a  A15377G              JQ705694  
                             
              H3g1b  G8950A              HG00245 JQ702329  
                             
            H3g2  A735G                JQ704542 JQ704455  
                             
            H3g3  G9196A                JQ705080 JQ704338  
                             
            H3g4  A13611G                JQ702762 JQ704722  
                             
          H3i  C5893T                  JQ703118 JN202491  
                             
            H3i1  C5213T                GQ165466 AY495131  
                             
          H3j  T6351C                  HQ696491 JQ703265  
                             
          H3k  A14687G                  JQ704704 JQ324804  
                             
            H3k1  A11590G                 
                             
              H3k1a  A12217G              AY495130 JQ705110  
                             
        H3b  A2581G                    KC554003 JX025434  
                             
             G16129A!                  AY495148 JQ705735  
                               
            H3b1  G5147A  C16256T               
                             
              H3b1a  C1290T              KC533482 JQ704748  
                             
              H3b1b  A153G              JQ704932 JQ704456  
                             
                H3b1b1  G13813A  C16111T          JQ703382 HQ661845  
                             
                  H3b1b1a  C3832a          JQ704105  
                             
            H3b2  T6638C                AY495155 JQ702921  
                             
            H3b3  G4924A                JQ703291  
                             
            H3b4  G417A                JQ704197  
                             
              H3b4a  A12447G              JQ705727 HG00237  
                             
            H3b5  C5911T                HQ384186 AY738988  
                             
        H3c  T12957C                    JQ324618 JQ703744  
                             
          H3c1  A1536G                  AY738990 JQ703410  
                             
          H3c2  T195C!  C16176T                JQ705425  
                             
            H3c2a  T14200C                JQ324828 JQ324785  
                             
              H3c2a1  T6425C              JQ324731 JQ324776  
                             
            H3c2b  G14305A                JQ704172  
                             
              H3c2b1  G1211A              JQ705340  
                             
            H3c2c  C5896T                JX297139 JQ324704  
                             
          H3c3  G260A  A15769G  C16278T!              JQ702603  
                             
           A73G!                     
                               
          H3d  A761G                  AY495180 AY738983  
                             
        H3e  A1618G  A15592G                  JQ324858 FJ348206  
                             
           T16311C!                    JQ702652  
                               
          H3h  T12811C                  KF179063 JQ702416  
                             
            H3h1  T8705C                JQ086344 JQ703677  
                             
            H3h2  C5960T                JQ704611 JQ704595  
                             
            H3h3  C13967T                HM003111  
                             
              H3h3a  T15470C              JQ704436 JQ704979  
                             
            H3h4  T146C!  T217C  T11944C  C13713T            JQ704484 FJ349555  
                             
            H3h5  G10589A                JQ705041  
                             
            H3h6  C4025T                JQ324559 JQ701864  
                             
          H3m  A14501G                  JQ702092 JQ704363  
                             
          H3n  C15781T  C16104T  C16176T              JQ704633 JQ703381  
                             
        H3p  C16222T                    JQ704490 JQ704133  
                             
        H3q  C3970T                    JQ704318 JQ703230  
                             
&