PhyloTree.org - mtDNA subtree R
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                  Example accessions References
R  12705  16223                              
                                 
  R0  73  11719                             Torroni 2006, Behar 2008a, Kivisild 2006, Palanichamy 2004, Achilli 2004, Shen 2004, Brandstätter 2008, Álvarez-Iglesias 2009
                               
  R1  295A  1391  3360  4917  5586  5823  6557  6671  7547  8388  8887  10658  10825  13948  14632  15721  16311           EU545445 Palanichamy 2004, Malyarchuk 2008a, Kong 2011
                               
    R1a  4026  7424                           HM030522 EF177423  
                                 
      R1a1  5378                         GU451313 AY714045 Malyarchuk 2008a ("R1a")
                               
        R1a1a  13105  13368                     EU545437 Malyarchuk 2008a ("R1a1")
                               
          R1a1a1  6261                     EF222243 EF222244 Malyarchuk 2008a
                               
  R2'JT  4216                             Palanichamy 2004
                               
    R2  152  4769!  7657  8473  9932  10685  12654  13500  14305  16071                 HM030516 EU597551 Palanichamy 2004, Metspalu 2006
                               
    JT  11251  15452A  16126                         Palanichamy 2004, Derenko 2007, Logan 2009
                               
      J  295  489  10398  12612  13708  16069                   Palanichamy 2004, Derenko 2007, Logan 2009, Carelli 2006
                               
        J1  462  3010                       Palanichamy 2004, Carelli 2006, Derenko 2007, Logan 2009
                               
          J1b  8269  16145  (16222)  16261                 DQ282491 JQ064573 Malyarchuk 2008c ("J1a'b"), Behar 2008a ("J1b'e"), Abu-Amero 2008, Logan 2009
                               
            J1b1  5460  13879                 Palanichamy 2004 ("J1b"), Carelli 2006 ("J1b"), Derenko 2007 ("J1b"), Malyarchuk 2008c ("J1b"), Behar 2008a ("J1b"), Abu-Amero 2008, Logan 2009
                               
              J1b1a  242  2158  8557  12007             EF660916  
                                 
                J1b1a1  16172               AY714035 AY495231 Palanichamy 2004 ("J1b1"), Derenko 2007 ("J1b1"), Abu-Amero 2008, Logan 2009 ("J1b1a")
                               
                  J1b1a1a  5463  6911  16192           FJ213450 HM600785 Abu-Amero 2008, Logan 2009 ("J1b1a2")
                               
                  J1b1a1b  15067             AY495233 AY495236 Abu-Amero 2008, Logan 2009 ("J1b1a1")
                               
              J1b1b  271                 AY714033 Derenko 2007 ("J1b2"), Logan 2009
                               
                J1b1b1  10410A               EF397558 EF397562 Derenko 2007 ("J1b2a"), Behar 2008a ("J1b1"), Logan 2009
                               
            J1b2  1733                   EF556169 DQ282488 Abu-Amero 2008, Behar 2008a ("J1e"), Logan 2009
                               
            J1b3  8460                   HM852838  
                                 
              J1b3a  16235  16271               EF583177 HM594676 Malyarchuk 2008c ("J1a"), Logan 2009 ("J1b3")
                               
            J1b4  769  3290  11084  16287               JN561091 HQ637485  
                                 
          J1c  (185)  (228)  14798                   GU123016 EF660915 Palanichamy 2004, Carelli 2006, Malyarchuk 2008c, Logan 2009
                               
            J1c1  482  3394                   AY495208 AY195754 Palanichamy 2004, Logan 2009 ("J1c2")
                               
              J1c1a  185!  9635C  11623  13899             AY495210 FJ447985 Logan 2009 ("J1c2a")
                               
              J1c1b  7184                 HQ384194 HQ166708 Palanichamy 2004, Logan 2009 ("J1c2b")
                               
                J1c1b1  5773               EF177420 EF452293 Logan 2009 ("J1c2b1")
                               
                  J1c1b1a  10463             AY714034 FJ502349 Logan 2009 ("J1c2b1a")
                               
            J1c2  188                   AY495218 AY495223 Logan 2009 ("J1c1")
                               
              J1c2a  6293                 AY495220 DQ787109 Logan 2009 ("J1c1a")
                               
                J1c2a1  7245  8839             AY495229 AY495227 Logan 2009 ("J1c1a1")
                               
              J1c2b  4454                 AY495222 HM776018 Logan 2009 ("J1c1b")
                               
              J1c2c  (146)  10685  13281  13933             GU949564 EF177422 Logan 2009 ("J1c1c")
                               
                J1c2c1  222               FJ449571 GQ304746 Logan 2009 ("J1c1c1")
                               
                J1c2c2  8865               EU573192 FJ348202 Logan 2009 ("J1c1c2")
                               
                  J1c2c2a  12020             GU592019 HQ336424  
                                 
            J1c3  13934                   HQ709108 AY495195 Logan 2009
                               
              J1c3a  9548                 AY495213 Logan 2009
                               
                J1c3a1  7711               AY495211 HQ839858 Logan 2009
                               
              J1c3b  15367                 HM026752 Logan 2009
                               
                J1c3b1  5237               FJ445407 HQ696458 Logan 2009
                               
              J1c3c  2706!  16222               HQ709168 EF657260 Logan 2009
                               
              J1c3d  1811                 AY495201 AY495207 Logan 2009
                               
            J1c4  9632  12083G                 AF346983 FJ538285 Logan 2009
                               
              J1c4b  9120                 GU808335 AY665667 Logan 2009
                               
            J1c5  5198                   AY495199 HM159445 Logan 2009
                               
              J1c5a  2387  10192               HQ287874 DQ112793 Logan 2009
                               
              J1c5d  4688  13434               HQ287873 AY495204  
                                 
            J1c6  4025                   AY495209 EU073970 Logan 2009
                               
               16261                   FJ348153  
                                 
              J1c7  6554  12127               HQ876599 Logan 2009
                               
                J1c7a  6464A  13681  16092           FJ348162 HM171294 Logan 2009
                               
            J1c8  10084  10398!  16319                 GU906781 EF657735 Logan 2009
                               
            J1c9  6887                   AY495205 EF660926 Logan 2009
                               
            J1c11  15262  16224                 HM765470 GU592047  
                                 
          J1d  152  7789  7963  16193                 EU597552 GU122987 Carelli 2006, Logan 2009
                               
            J1d1  16300                   AF382001 Logan 2009
                               
              J1d1a  1007  16309               JF292900 EF184636  
                                 
            J1d2  10166  16186                 HQ325739 DQ341088  
                                 
        J2  (150)  (152)  7476  15257                   Logan 2009, Palanichamy 2004, Carelli 2006, Behar 2008a
                               
          J2a  195  10499  11377                   Logan 2009
                               
            J2a1  (215)  (319)  (513)  7789  14133  16145  16231           DQ341089  
                               
              J2a1a  13722  16261               FJ605154 EU931680 Logan 2009 ("J2a1")
                               
                J2a1a1  310.1T  1850             GU903270 GU123013  
                               
                  J2a1a1a  189  10237  16172           AY339579 AY339580  
                                 
                  J2a1a1b  3447             FJ348157 HQ424014  
                                 
            J2a2  152!  6671  11002  12570  15679               FJ460543 FJ460559 Logan 2009
                               
              J2a2a  235  8386                 GU065327 EF660967 Logan 2009 ("J2a2a1")
                               
          J2b  5633  15812  16193                   FJ213765 Palanichamy 2004, Carelli 2006, Behar 2008a
                               
            J2b1  10172                   HQ727682 EU807741 Palanichamy 2004 ("J2b"), Carelli 2006 ("J2b"), Logan 2009 ("J2b")
                               
              J2b1a  16278                 EU673448 EU597520 Logan 2009 ("J2b1")
                               
                J2b1a1  14569               FJ445408 EF657691 Logan 2009 ("J2b1a")
                               
                J2b1a2  6216               AY339577 GQ249257 Logan 2009 ("J2b1b")
                               
                J2b1a3  10966               AY195778  
                                 
              J2b1b  2404  6962T  10389               EU862198 Logan 2009 ("J2b2")
                               
      T  709  1888  4917  8697  10463  13368  14905  15607  15928  16294               Palanichamy 2004, Kivisild 2006
                               
        T1  12633A  16163  16189                     Palanichamy 2004, Kivisild 2006
                               
          T1a  16186                     EF177409 JN104727  
                                 
               152                   EU979542 EU935444  
                                   
              T1a1'3  195                  
                                 
                T1a1  9899               AY495289 JF905566 Palanichamy 2004 ("T1a"), Kivisild 2006
                               
                  T1a1b  10143             AY339575  
                               
                    T1a1b1  14281           HM184912 AY714036 Palanichamy 2004
                               
                T1a3  7258  10321             AY495296 EF645646  
                                 
              T1a2  7853                 JN083377  
                                 
                T1a2a  384  4959  5558  9300  16261           EF660961 FJ348220  
                                 
          T1b  16243                     FJ878777 AY339570 Palanichamy 2004
                               
        T2  11812  14233  (16296)                     JF707633 EF177442 Palanichamy 2004, Kivisild 2006
                               
          T2a  13965                     FJ238094 Palanichamy 2004
                               
            T2a1  14687                   JF927949 HM852781  
                               
              T2a1a  2850  7022                 AY495298 FJ656215  
                                 
                T2a1a1  (143)  (524.1AC)  8715           FJ348180 EF657455  
                                 
                T2a1a2  4688               JN120787 GU553285  
                                 
                T2a1a3  4808  5498             AY495300 JF833041  
                                 
              T2a1b  16324                 GU123001  
                                 
                T2a1b1  2141  13966             HM625705  
                                 
                  T2a1b1a  9117             JQ046361 JN024624  
                                 
          T2b  930  5147  16304                   AY495273 EU744542 Palanichamy 2004, Richards 2000 ("T2")
                               
            T2b1  14016                   EF177444 AY495267  
                               
            T2b2  11242G                   AY495299 JN035224  
                               
            T2b3  10750                   HM122274  
                               
                 151                 JF837334 HQ384203  
                                   
                T2b3a  152  5656  16292             DQ523649 EF660963  
                               
              T2b3b  13722                 AY495275 JN043363  
                                 
               16296!                   EU926622  
                                   
              T2b4  9254                 EU007872 JN037468  
                               
                T2b4a  16172               JF836084 GU123018  
                                 
              T2b21  152  14836                 HQ917079 JQ025225 Pike 2010
                               
            T2b5  3826                   AY495286 GQ304744  
                                 
            T2b6  458  1709  9300  11533                 AY495284 JF891418  
                                 
              T2b6a  12007                 AY495282 FJ573258 Pike 2010
                               
            T2b7  9966                   GU170817 EF660992 Rani 2010
                               
            T2b8  3338                   GU122998  
                                 
          T2c  10822  16292                   AY339566 Behar 2008a, Richards 2000 ("T3")
                               
            T2c1  152  6261                   DQ112814  
                               
              T2c1a  8455  13973T               EF556160 JN202494 Behar 2008a ("T2c1")
                               
              T2c1b  146  279  5187  7873               DQ523629 JN580589  
                                 
          T2d  152  5747  13260  13708                 AY714037 HM765473  
                               
          T2e  150  16153                   EF177410 EU597536 Richards 2000 ("T5")
                               
               16296!                   EU700086  
                                   
              T2e1  41                 EF556188 EU258890  
                               
            T2e2  9139                   EF060363 AY714029  
                                 
          T2f  8270  8281-8289d  16189                 JF960209 JN034044  
                                 
               195                   HQ286590  
                                   
              T2f1  5277  5426  6489A  15043  16298             GU932663 GU123028 Howell and Herrnstadt Howell (personal communication), Bandelt 2008
                               
          T2g  14798                     HM625693  
                                 
            T2g1  1977  3834  14839                 EU935442 JN086657 Behar 2008a
                               
          T2h  12397                     JN202724 JN037469  
                                 
  R3  150  241  513  1095  1391  6683  6990  11122A  11151  12245  13167  13359  13966  14239  15836  15940  16129  16192  16311         HM996895  
                                 
  R5  8594  10754  14544  16304  16524                         AY713998 Chaubey 2008a, Palanichamy 2004, Metspalu 2006, Thangaraj 2008
                               
    R5a  16266                           Chaubey 2008a, Palanichamy 2004, Behar 2008a
                               
      R5a1  93  200  2833                       FJ004837 Chaubey 2008a, Behar 2008a
                               
        R5a1a  8987  9708  10084                     FJ004822 AY713983 Chaubey 2008a, Behar 2008a
                               
      R5a2  152  11293  13635  14040  15385  16356                   AY713993 Chaubey 2008a, Palanichamy 2004, Dubut 2009a
                               
        R5a2a  16266!  16311                     AY713985 AY713996 Chaubey 2008a
                               
        R5a2b  597.1T  14990  16309  16325                   FJ004815 FJ004814 Chaubey 2008a, Palanichamy 2004
                               
          R5a2b1  6629                     AY713991 AY714000 Chaubey 2008a
                               
          R5a2b2  16266!                     AY714002 FJ004829 Chaubey 2008a
                               
          R5a2b3  11409                     FJ004833 FJ004812 Chaubey 2008a
                               
          R5a2b4  13827                     FJ004834 FJ004828 Chaubey 2008a
                               
  R6  195  12285  16274  16362                         AY713994 Chaubey 2008a, Palanichamy 2004, Metspalu 2006, Thangaraj 2008, Dubut 2009a
                               
    R6a  16129  16266                         AY714028 Chaubey 2008a
                               
      R6a1  228  8584  11075  14058                     AY714019 Chaubey 2008a
                               
        R6a1a  195!  373  961  6305  7316  8650  16274!  16318  16320               FJ004819 FJ004816 Chaubey 2008a
                               
  R7  13105  16319  16362                           Chaubey 2011
                               
    R7a'b  1442  6248  7870  9051  9110  10289  13830  16260  16261                   Chaubey 2008a ("R7"), Palanichamy 2004 ("R7"), Thangaraj 2008 ("R7"), Chaubey 2011
                               
      R7a  10143  10915  13404  15346                     AY714030 Chaubey 2008a
                               
        R7a1  12406  13674                     FJ004835 FJ004805 Chaubey 2008a
                               
          R7a1a  5585  15497  16146                   FJ004823 EU597487 Chaubey 2008a
                               
          R7a1b  3105                     Chaubey 2008a
                               
            R7a1b1  4596  16075                 FJ004831 FJ004813 Chaubey 2008a
                               
            R7a1b2  16390                   FJ004804 FJ004810 Chaubey 2008a
                               
      R7b  146  2282  8557  14064  16311                     Rani 2010
                               
        R7b1  1804  12432  15942                     FJ004817 Chaubey 2008a ("R7b")
                               
          R7b1a  152  6254  15326!                   AY714024 Chaubey 2008a ("R7b1")
                               
            R7b1a1  9325  11776                 FJ004811 FJ004821 Chaubey 2008a ("R7b1a")
                               
        R7b2  3817  7310  7711  11380  12246  12384  12940                 GU170816 GU170819 Rani 2010 ("R7b1b")
                               
  R8  195  2755  3384  7759  9449  13215                         Thangaraj 2009, Chaubey 2008a, Palanichamy 2004
                               
    R8a  5510  15326!                         Thangaraj 2009, Chaubey 2008a, Palanichamy 2005
                               
      R8a1  709  5911  13782                       Thangaraj 2009
                               
        R8a1a  9716                       FJ467953 Thangaraj 2009, Chaubey 2008a ("R8a1")
                               
          R8a1a1  8646                     FJ467965 FJ004808 Thangaraj 2009, Chaubey 2008a ("R8a1a")
                               
            R8a1a1a  6131                   FJ467978 FJ467943 Thangaraj 2009
                               
            R8a1a1b  16153                   FJ467949 FJ467951 Thangaraj 2009
                               
            R8a1a1c  11914                   FJ467942 FJ467955 Thangaraj 2009
                               
            R8a1a1d  9210  12462A  16390                 HM345949 FJ467947  
                                 
          R8a1a2  4205  16324                   FJ467952 Thangaraj 2009
                               
            R8a1a2a  7364  8598  11172  11497  12127               FJ467971 FJ467974 Thangaraj 2009, Chaubey 2008a ("R8a1b2")
                               
          R8a1a3  16292                     AY714011 FJ467984 Thangaraj 2009, Chaubey 2008a ("R8a1b1")
                               
           16093                       FJ467972 Thangaraj 2009 ("R8a1b")
                                 
          R8a1b  13212  14041                   FJ467968 FJ467970 Thangaraj 2009
                               
      R8a2  185  189  195!  11864                       FJ467985 FJ004836 Thangaraj 2009
                               
    R8b  456  6485  12007  13194  16390                       Thangaraj 2009
                               
      R8b1  154                         FJ467941 FJ467948 Thangaraj 2009
                               
        R8b1a  2392                       FJ467940 AY714009 Thangaraj 2009
                               
      R8b2  150  456.1T  4136  14502  15250  16172                   FJ467989 FJ467987 Thangaraj 2009
                               
  R9  3970  13928C  16304                           Kong 2006, Metspalu 2006
                               
    R9b  1541                            
                               
      R9b1  12714  16309  16390                       Kong 2006 ("R9b"), Metspalu 2006 ("R9b"), Hill 2007 ("R9b"), Yao 2002 ("R10")
                               
        R9b1a  183  (16192)                      
                                 
          R9b1a1  143  4017  7849                   GU733737 Gunnarsdóttir 2011a
                               
            R9b1a1a  16288                   DQ981466 DQ981472 Gunnarsdóttir 2011a
                               
          R9b1a2  10736  12172  16145  16243                 DQ981471 FJ147308  
                                 
          R9b1a3  3204  3316  6815                   DQ981469 NA18781  
                                 
        R9b1b  2322A  16124  16148                     DQ981470 EF114273  
                                 
      R9b2  3666  6647  8724  11299  11422  13191  13722  15314  15883  16362               GU810062 DQ981475  
                                 
    R9c  249d                           Tabbada 2010
                               
      R9c1  7861  11002  15479  16157                     HG00407  
                                 
        R9c1a  951  6446  8440  11308  14227  15734  16256  16335               GQ119010 GU733759 Hill 2007 ("R9c"), Tabbada 2010 ("R9c"), Gunnarsdóttir 2011a ("R9c")
                               
      F  6392  10310                       Kong 2006, Kivisild 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                               
        F1  6962  10609  12406  12882                   Kong 2003, 2006, Metspalu 2006
                               
          F1a'c'f  9053  13759  16129                   Kong 2006, Metspalu 2006
                               
            F1a  4086  16172                 NA17963 Kong 2006
                               
              F1a1'4  9548                  
                                 
                F1a1  16162               AP008906 AP008667 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
                  F1a1a  8149  16108           HM357817 AY255175 Kong 2006
                               
                    F1a1a1  11215           AY963572 AY195791 Kong 2006
                               
                  F1a1b  64  14002           AP008347 AP008279 Kong 2006
                               
                  F1a1c  548  10211           AP008475 GU392060 Kong 2006
                               
                    F1a1c1  195  3666  10283  16224       GU810005 GU810022  
                                 
                  F1a1d  11380  16399           GQ119028 HM238209 Loo 2011
                               
                F1a4  152  5985  15445  16362           NA18132  
                                 
                  F1a4a  8277  13422  16294           HM804484 HM238204 Hill 2007, Loo 2011
                               
              F1a2  10034  16129!               DQ272124 FJ748725 Kong 2006
                               
              F1a3  15565                 NA17977  
                                 
                F1a3a  9554  9944  13748  16311           HQ259121 HM238205 Kong 2006, Loo 2011
                               
                  F1a3a1  8705  16129!  16284  16390         AP008701 AP008679  
                                 
            F1c  709  10454                 AP010738 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
              F1c1  152  6599                 AP008616  
                                 
                F1c1a  16111               AY255177 FJ748720  
                                 
            F1f  4715  6515  12771  16172               HM596671 NA18761  
                                 
             16189                     Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
            F1b  152  10976  12633  14476  16232A  16249  16311           Kong 2006
                               
              F1b1  4732  5147                 AP008446 DQ272125 Kong 2006
                               
                F1b1a  16129  16344             AP008498 NA19059  
                                 
                  F1b1a1  15954             AP008591 Kong 2006
                               
                    F1b1a1a  5049           AP008421 AP008864  
                                 
                      F1b1a1a1  4705         AP008919 AP010731 Kong 2006
                               
                        F1b1a1a1a  14103A       AP009474 AP008820 Kong 2006
                               
                      F1b1a1a2  9389         AP010754 AP008490 Kong 2006
                               
                  F1b1a2  14629             AP008577 AP010975  
                                 
            F1d  146  1734  5628  7738  15402               AP008808 AP008328 Kong 2006, Fornarino 2009
                               
            F1e  5587  15024                  
                                 
              F1e1  12618                 HG00437  
                                 
                F1e1a  3027  10007  13260  13749  15022  15496  16355       AP008508 AP010837  
                                 
                 195                 HG00442  
                                   
                F1e2  189  9078  11326  14218  16234  16242         EU597547 GU392056  
                                 
            F1g  2389  3398  3621                 GU392087 FJ748713  
                                 
        F2  1005  1824  7828  10535  10586  12338  13708                 NA18525 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
          F2a  16203                     AP008692 AY255168 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
          F2b  4811  16291                   NA18790 AY255180  
                                 
          F2c  13722                     NA18583 AP010683  
                                 
          F2d  235  1009  16304!                   GU392094 NA18645  
                                 
        F3  3434  5585  5913  5978  10320  11065  16298  16304!  16362             Kong 2006
                               
          F3a  12621  16355                   AY255167 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
            F3a1  207  709  5894  9854  14971  16260             NA18759 NA18122  
                                 
          F3b  9947  16220C                   AY972053 Kong 2006
                               
            F3b1  150  5076  6791  8838  11065!  15784  16311             GQ119015 GQ119011 Tabbada 2010
                               
        F4  5263  12630  15670                     Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                               
          F4a  146  152  3290  10915  16207  16399                
                                 
            F4a1  12153  13602  16362                 AF346973 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
              F4a1a  207  7861  11038  12396  12408  16497           AP008744 EU597565 Metspalu 2006
                               
            F4a2  281  4703  11776  12612  14016  15908             NA18691  
                                 
          F4b  573.1CCC  6653  8020  8575  8603  16218  16311             AY289095 NA18592 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
     16189                             Kong 2003, 2006, Metspalu 2006
                                 
    R11'B6  12950                           Soares 2009
                               
      R11  185  189  709  8277  8278.1CC  10031  10398  11061  13681  16311               Kong 2006, Kivisild 2006, Metspalu 2006
                               
        R11a  10978  (16365)                     AP010998 DQ112788 Kong 2006
                               
        R11b  13269                       AY255163 FJ748721  
                                 
      B6  (150)  8281-8289d  9452  13928C                     Reddy 2007 ("B7")
                               
        B6a  5894C  11914  14305  16093                   AY255136 GQ119045 Yao 2004 ("B6"), Kong 2006 ("B6"), Tabbada 2010 ("B7")
                               
    B4'5  8281-8289d                           Achilli 2008, Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Tanaka 2004
                               
      B4  16217                         Kong 2006, Trejaut 2005, Metspalu 2006, Achilli 2008
                               
           16261                       EU597559 Trejaut 2005, Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
          B4a  5465  9123                   NA17990 Trejaut 2005, Kong 2006
                               
            B4a1  10238                   Trejaut 2005, Kong 2006, Metspalu 2006 ("B4a"), Kivisild 2006
                               
              B4a1a  146  6719  12239  15746             DQ372871 HM238202 Trejaut 2005, Kong 2006
                               
                B4a1a1  14022               AY289076 DQ372873 Trejaut 2005
                               
                  B4a1a1a  16247             HQ873527 EU597555 Trejaut 2005, Kong 2006 ("B4a1a1"), Soares 2011
                               
                    B4a1a1a1  6905           HQ873525 HQ873519 Trejaut 2005, Kong 2006 ("B4a1a1a"), Soares 2011
                               
                    B4a1a1a2  1473  3423A         FJ767912 FJ767911 Razafindrazaka 2010
                               
                    B4a1a1a3  1185  4769!         Benton 2009
                               
                    B4a1a1a4  6581           HQ873501 HQ873507 Soares 2011
                               
                  B4a1a1b  15924             DQ372874 DQ372877  
                                 
                B4a1a2  4733  6366  12519             AJ842748 AJ842745 Kong 2006, Trejaut 2005
                               
                B4a1a3  14449               HQ873558 AJ842744 Soares 2011
                               
                B4a1a4  4025  4769!             AJ842747 HM238197 Loo 2011
                               
                B4a1a5  4048               GQ119021 HQ873542 Soares 2011
                               
                 16311                 EU597506  
                                   
                B4a1b  9932  10915  13143  16288           AP008595 Metspalu 2006 ("B4a1")
                               
                  B4a1b1  16268             AP008842 Trejaut 2005 ("B4a1b"), Kong 2006 ("B4a1b")
                               
                    B4a1b1a  9977           AP008640 AF346993 Kong 2006, Trejaut 2005
                               
              B4a1c  709                 Trejaut 2005, Kong 2006
                               
                B4a1c1  9254               AP008650 Kong 2006, Trejaut 2005, Metspalu 2006 ("B4a2")
                               
                  B4a1c1a  15292             AP008889 AP008912  
                                 
                   146               HQ873564  
                                   
                  B4a1c2  7052  7271  9822A  15661  16167  16317       AY519495 AY519492 Kong 2006
                               
                  B4a1c4  12904             EU597505 HQ873562  
                                 
                B4a1c3  16194C  16195             AP008521  
                                 
                  B4a1c3a  310  3960  4203  5263  7927  15479  16000  16266G     AP010705 AP008412 Kong 2006 ("B4a1c3")
                               
              B4a1d  5894                 HQ873495 HQ873566 Soares 2011
                               
            B4a2  6620  9812                 Trejaut 2005, Kong 2006
                               
              B4a2a  4823  16324               HQ873538 HM238207 Trejaut 2005, Kong 2006, Loo 2011
                               
              B4a2b  16360                 AP008257 NA18528  
                                 
            B4a3  15355  15632A  15940  15941  15983  16092  16399           FJ748745 AP008567  
                                 
            B4a4  193  14751  16299                 AP008384 NA18794  
                                 
          B4g  9968  16213  16292                   GU810060 HG00419 Kong 2006, Tanaka 2004 ("B4a3"), Soares 2011
                               
             16129                     Soares 2011
                                 
            B4h  5093  13269                 GU377090 HQ873569 Soares 2011
                               
            B4i  6302  6497  9329                 HQ873565 NA18541  
                                 
        B4b'd'e  827  15535                       Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008, Perego 2009
                               
          B4b  499  4820  13590                   Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Achilli 2008, Perego 2009
                               
            B2  3547  4977  6473  9950  11177               HQ012138 HQ012159 Achilli 2008, Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Perego 2009
                               
              B2a  16111  16483               Achilli 2008
                               
                B2a1  10895               EU431083 DQ282445 Achilli 2008
                               
                  B2a1a  14766!             DQ282444 EF657537 Achilli 2008
                               
                B2a2  9097               DQ282441 HQ012166  
                                 
                B2a3  551  5054               HQ012136 HQ012184 Kumar 2011
                               
              B2b  6755                 EU095532 EU095210 Achilli 2008, Fagundes 2008
                               
              B2c  7241                 DQ282436 Achilli 2008, Kumar 2011
                               
                B2c1  9098               DQ282438 DQ282439 Achilli 2008, Kumar 2011
                               
                  B2c1a  6722             DQ282434 HQ012177 Kumar 2011
                               
                  B2c1b  4435  7262  7822           HQ012160 DQ282437  
                                 
                B2c2  146  4755  14757             HQ012143 Kumar 2011
                               
                  B2c2a  8702  16319           HQ012140 HQ012158 Kumar 2011
                               
                  B2c2b  152  9682  13661  16295         HQ012151 HQ012150 Kumar 2011
                               
              B2d  4122  4123  8875  9682             EU095550 AY195749 Tamm 2007, Achilli 2008
                               
              B2e  6119  14049               EU597569 DQ112790  
                                 
              B2f  3796  3996  10535  13833             EU334872 EF657347  
                                 
              B2g  114G  1002  3766  6164  16298             HQ012185 HQ012145 Kumar 2011
                               
              B2h  11821  16468               EU095206 EU095215 Fagundes 2008
                               
                 16311                 EU095535  
                                   
                B2i  430  485  961  6272             EU095218 EU095217 Fagundes 2008
                               
            B4b1  16136                   Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008
                               
              B4b1a  6023  6413                 AY519494 Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008
                               
                   207                
                                   
                  B4b1a1  199  202  2831  4117  8206  15236  16284       AP008325 AP009444 Kong 2006
                               
                    B4b1a1a  7664           AP008848 AP009471 Kong 2006
                               
                  B4b1a2  6216             EU597553 AP008856 Kong 2006, Achilli 2008
                               
                    B4b1a2a  1719  2220  5899.1C         AY255170 AP010671 Kong 2006
                               
                    B4b1a2b  9305  16300         GU733815 GU733790 Gunnarsdóttir 2011a
                               
                    B4b1a2c  13599  16311         GU733724 GU733744 Gunnarsdóttir 2011a
                               
                    B4b1a2d  2836  14004  14053  15459  16131       GU733814 GU733825 Gunnarsdóttir 2011a
                               
                  B4b1a3  408A  9055  9338T  9615         HM852856 NA18689  
                                 
              B4b1b'c  16218                 Kong 2006
                               
                B4b1b  152  1391  3981  5585  13934  14569  16298  16362       AP008682 AP008550 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
                B4b1c  14587               DQ272119 Kong 2006
                               
                  B4b1c1  7521  9101G  11239  11914         HQ873567 AP009450  
                                 
          B4d  11914  13942                   AP008492 Metspalu 2006
                               
            B4d1'2'3  15930                   AY519484 Metspalu 2006, Kong 2006 ("B4d")
                               
              B4d1  15038                 AY255135 GU392048 Metspalu 2006, Nohira 2010
                               
              B4d2  6722  8379  8855  9701  15512             AY255140 Metspalu 2006
                               
              B4d3  151  546  5084  5418  9120  12135  16150  16185  16234         AP008712 AP010836 Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("B4d"), Nohira 2010 ("B4d2")
                               
          B4e  146  185  189  195  196  348G  1719  4048  4926  5460  6026  6614  9288  9921  10750  12358  14133  16291   AP008436 Tanaka 2004, Metspalu 2006
                               
        B4c  1119  15346                     Kong 2006, Metspalu 2006
                               
          B4c1  3497  16311                   Kong 2006, Metspalu 2006
                               
            B4c1a'b  709                   Kong 2006, Metspalu 2006
                               
              B4c1a  10310  14133               AP010696 AP008603 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
                   16086               AP008482 AP008540  
                                   
                  B4c1a1  8844             AP008298 Kong 2006
                               
                    B4c1a1a  5592  16129         AP008604 AP008516 Kong 2006
                               
                  B4c1a2  6164             AP008688 AP008470 Kong 2006
                               
              B4c1b  150  16140  16274  16311!             AP008570 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
                B4c1b1  211  455.1T  3221  4742  5826  7909  13879  14162  16111  16154  16497   AP008899 Kong 2006
                               
                  B4c1b1a  8167A  15148  15391           AP008920 AP008393 Kong 2006
                               
                   16335               AP008472  
                                   
                  B4c1b2  3571             NA18156  
                                 
                    B4c1b2a  146  8772           AY255149 Kong 2006
                               
                      B4c1b2a1  1709  1716       GQ161177 EF429139  
                                 
                      B4c1b2a2  195  15301       HM238215 HM596646 Gunnarsdóttir 2011a, Loo 2011
                               
                    B4c1b2c  3435  9128  11440         NA18111 NA18778  
                                 
            B4c1c  150  195  5441  10398  13629  15941             AP009436 AP009461  
                                 
              B4c1c1  214                 AP008425 AP008450 Kong 2006 ("B4c1c"), Metspalu 2006 ("B4c1c")
                               
          B4c2  5108  14088  14209  16147  16184A  16235               GU592216 GU810059 Wen 2005 ("B4e"), Kong 2006, Metspalu 2006, Peng 2010
                               
            B4c2a  9103                   AF347011 AY289100 Kong 2006
                               
        B4f  200  1442  4612  5127  6332  7389  11969  13105  16168  16172  16249  16325  16390         AP008788 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
          B4f1  257  8291  16523                   AP008262 AP008879 Kong 2006
                               
      B5  709  8584  9950  10398  16140                     Kong 2006, Metspalu 2006
                               
        B5a  210  3537  15235  16266A                   Kong 2006, Metspalu 2006
                               
          B5a1  6960                     Kong 2006
                               
            B5a1a  13145  13395                 EU597566 GU810057 Kong 2006
                               
              B5a1a1  11881                 AY950286 AY950290  
                                 
            B5a1b  10754  14989                 AY255145 GQ119031 Tabbada 2010
                               
            B5a1c  10325                   Kaewsutthi 2011, Zhang 2011
                               
              B5a1c1  593  5237  10523               HG00542 JF896801  
                                 
            B5a1d  152  4086  11465  16261               GU810075 HM596698 Kaewsutthi 2011
                               
          B5a2  9962  11151  16266G                   HG00543  
                                 
            B5a2a  93  11149  14149                 DQ372869  
                                 
              B5a2a1  12234  16187               EF114286 AP008263 Kong 2006 ("B5a2")
                               
        B5b  103  204  1598  8829  12361  15223  15508  15662  15851  15927  16243           Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                               
          B5b1  (960.1C)  8784                   AP010771 AP008284  
                                 
            B5b1a'b  11146  14470                 Kong 2006 ("B5b1"), Metspalu 2006 ("B5b1")
                               
              B5b1a  103!  195  16278  16324             AP008827 AP008631 Kong 2006
                               
              B5b1b  199  11914  12192  16223  16318T  16319           AP008518 AP010686 Kong 2006, Metspalu 2006 ("B5b1a")
                               
            B5b1c  152  3480  3819  5836  7771  8467  10274             HM238201 GQ119020 Tabbada 2010, Gunnarsdóttir 2011a, Loo 2011
                               
          B5b2  4895  15850  16111  16234  16463                 Kong 2006, Metspalu 2006
                               
            B5b2a'b  103!  131                   AY519489 Kong 2006
                               
              B5b2a  5744  11437  16291               AP008546 AY255179 Kong 2006
                               
              B5b2b  207  15758                 AP009425 AP008371 Kong 2006
                               
                B5b2b1  8894T  14750             AP008910 AP008403 Kong 2006
                               
            B5b2c  204!  481  2361  4161  11101  12451             AP008465 HG00404 Kong 2006
                               
          B5b3  189  203  2626  6962  8856  10103                 AP008566 AP010761 Metspalu 2006
                               
    R24  146  3565  4260  9759  11710  12483  16051  16185  16193d                   GQ119037 GU733726 Tabbada 2010, Gunnarsdóttir 2011a
                               
  R12'21  10398  11404  16295                            
                                 
    R12  4011  4200  4695  4703  5417  8027  8906  9386  9644  9881  12172  13708  13759  14305  14989  15562  15884         DQ112752 Kivisild 2006, Pierson 2006, Hudjashov 2007
                               
    R21  146  152  195  199  249  1709  1719  1872  2397  4711  8279  9067  9077  9109  10610T  11002  12234  12361  12510  13145  15613  16168  16304   AY963584 Macaulay 2005, Pierson 2006, Hill 2006, 2007
                               
  R14  56T  182  204  234  573.1CCC  4002  7022G  8860!  9128  10172  11321  11560  12612  13281  14002  14800  15394  15458  16187  16288  16304G  16362     EF495216 Hudjashov 2007
                               
  R22  152  329  1040  6770  10316  10609  13359  16249  16288  16304                   GQ301886 GQ301863 Hill 2006, 2007, Trivedi 2006 ("R12"), Peng 2010
                               
  R23  195  634A  6216  7007  7158  7388  7822  8614  10987  11914  12151  12459  13885A  14687  15412  16256  16290  16465         GQ301864 Hill 2007, Peng 2010
                               
  R30  (152)  8584                           AY714006 Chaubey 2008a, Palanichamy 2004, Fornarino 2009
                               
    R30a  2056  3316  4232  5442  6764  9156  9242  11047A  12714  15055                 AY714001 FJ004824 Chaubey 2008a, Fornarino 2009
                               
    R30b  373                           EF556148  
                                 
      R30b1  299d  480  1598  4062  4225  5836  7268G  7490  8805  9174  10631A  11009  12406  13236  14194  14305  15307  16189  16298  16299   FJ004827 AY714047 Chaubey 2008a ("R30b"), Fornarino 2009
                               
  R31  15884  (16362)                           Chaubey 2008a, Palanichamy 2004
                               
    R31a  146  338  1531  5348  6293  6480  7981  10373  10631  13557  13768A  14553  15334  16172  16304           AY714021 Chaubey 2008a
                               
      R31a1  152  237  2248  8842  14290  16463                   FJ004825 FJ004826 Chaubey 2008a
                               
    R31b  207  228  234  1309  1452  2763  3849  3882  5503  6827  7046  8400  8988  12007  12651  14488  15148  16051  16093  16189  16218  16292     AY714046 AY714048 Chaubey 2008a, Palanichamy 2004
                               
  P  15607                             Forster 2001, Friedlaender 2005, 2007, Hudjashov 2007, Palanichamy 2004, van Holst Pellekaan 2006
                               
       16176                           Hudjashov 2007
                                 
      P1  212  6077  10118  16266  16357                     AF347004 AF347002 Friedlaender 2005, 2007, Hudjashov 2007
                               
        P1d  12346                       AY289092  
                                 
          P1d1  16270                     EU597507 AY289087  
                                 
      P2'10  3882                         Tabbada 2010
                               
        P2  1438!  3203  4122  8859  14890  16176!                 DQ112897 AY289088 Hudjashov 2007, Friedlaender 2007
                               
        P10  710  1673  3738  4314  5915  6131  6446  6740  6773  8158T  8664  9077  11914  12642  13810  13958C  14783  15811  15839  15924  16145  16224  16233  16311  16456  16527   GQ119036 Tabbada 2010
                               
      P8  152  3391  5237  7805  8167  8614  11065  11353  11404  12414  12756  15110  15511  15521C  16241T  16261  16362     DQ404446 van Holst Pellekaan 2006, Hudjashov 2007 ("P9")
                               
    P3  127  128  573.1CCC  3645  14338  15748  15937T                   Friedlaender 2007, Hudjashov 2007
                               
      P3a  125  5899d  6734  13651  16145  16278                   AY289052 AY289065  
                               
      P3b  236  12121  13934                       AY289091  
                                 
        P3b1  152  259  263!  574C  576C  14053  15937C  16327  16399               EF061153 EF061154  
                                 
    P4  1719  5460  10398                         Hudjashov 2007, Friedlaender 2007, van Holst Pellekaan 2006
                               
      P4a  152  507  517  3915  4216  7852  9587  9755  10463  11167  11641  12358  13135  14512  15314  16319         EF061158 EF061159 Hudjashov 2007, Friedlaender 2007
                               
        P4a1  4814  13468  14696                     EF495221 EF061156 Hudjashov 2007
                               
      P4b  10914  11016  11288  16274  16291                   AY289064 Hudjashov 2007, Friedlaender 2007
                               
        P4b1  591A  3010  5276  5460!  6881  10088  16337  16362               DQ404444 AY289057  
                                 
    P5  152  1438!  7419  7657  9509  12406  12831  13368  15412  15970  16192  16311               AY289063 Friedlaender 2005, Hudjashov 2007
                               
    P6  6719  16311  16362                         AY289053 AY289055 Friedlaender 2005, Hudjashov 2007
                               
    P7  152  374  1598  2283  6249  7325  8387  10373  10810  12026  12235  12361  14502  15613  16148  16234           AY289054 Friedlaender 2005, Hudjashov 2007, Pierson 2006
                               
    P9  3172A  6392  11050  12864  13338  13452A  14788  16192  16278  16325                 GQ119026 Tabbada 2010 ("P8")
                               
  U  11467  12308  12372                           Achilli 2005, Palanichamy 2004