PhyloTree.org - mtDNA subtree R
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                    Example accessions
R  T12705C  T16223C                               
                                 
  R0  G73A  A11719G                             
                                 
  R1  T1391C  T16311C!                             
                                 
    R1a  C295a  A3360G  A4917G  C5586T  A5823G  C6557T  T6671C  T7547C  T8388C  A8887G  A10658G  A10825G  C13948T  C14632T  T15721C        KC985149 KC985147
                                 
      R1a1  A4026G  A7424G                          KC985159 HQ602771
                                 
        R1a1a  A5378G                          JQ705561 AY714045
                                 
          R1a1a1  A13105G!  G13368A                      EU545437
                                 
            R1a1a1a  G6261A                      EF222243 EF222244
                                 
          R1a1a2  T5492C  C8765T  C11977T                    GU451313 JQ702484
                                 
        R1a1b  A3796G  T9101C                        HM030522 HM852892
                                 
        R1a1c  G6260A                          KC985148 KC985151
                                 
    R1b  C150T  A241G  T1095C  C11151T  T12245C  A13167G  G13359A  C14239T  T15940C                  KC985165
                                 
      R1b1  G513A  C6683T  C11122a                        JQ703633 HM996895
                                 
  R2'JT  T4216C                               
                                 
    R2  T152C!  G4769A  T7657C  T8473C  G9932A  G10685A  A12654G  T13500C  G14305A  C16071T               
                                 
         T195C!                            AY714007
                                   
        R2a  G769A!  T12519C                        JX155266 JX155268
                                 
         T146C!                            EU597551
                                   
        R2b  G8790A  G9738A  A14062G  G14323A  T15204C                  EF556167 HM852870
                                 
        R2c  573.XC  G8994A  T9861C  T12793C  A14185G  C16320T                  JX155271 JX155269
                                 
    JT  A11251G  C15452a  T16126C                         
                                 
      J  C295T  T489C  A10398G!  A12612G  G13708A  C16069T                   
                                 
        J1  C462T  G3010A                       
                                 
          J1b  G8269A  G16145A  (C16222T)  C16261T                 
                                 
            J1b1  G5460A  T13879C                   
                                 
              J1b1a  C242T  T2158C  G8557A  G12007A               
                                 
                J1b1a1  T16172C                  AY714035 JQ705093
                                 
                  J1b1a1a  C5463T  T6911C  C16192T            FJ213450 NA12282
                                 
                  J1b1a1b  T15067C                AY495233 AY495236
                                 
                  J1b1a1c  T10C                AY495231 HQ543056
                                 
                  J1b1a1d  G185A  T6345C  A7299G            AY495238 JQ797760
                                 
                J1b1a2  T199C  T5964C  T12396C  A13308G  C16187T!           
                                 
                  J1b1a2a  G5585A  A9494G              JQ797762 HM852779
                                 
                  J1b1a2b  T4772C                JQ797763 JQ797764
                                 
                J1b1a3  A15442G                  EF660916 JF286633
                                 
              J1b1b  C271T                    AY714033
                                 
                J1b1b1  T10410a                  EF397558 JQ797765
                                 
                  J1b1b1a  A2707c  C16290T              JQ797766 EF397562
                                 
                  J1b1b1b  A5582G                JQ797769 JF939049
                                 
                J1b1b2  T152C!  T9083C  A16235G              JQ703656 JQ797770
                                 
            J1b2  C1733T                      EF556169 DQ282488
                                 
              J1b2a  A9667G  G15466A  T16136C                JQ702001 JQ797771
                                 
            J1b3  A8460G  A16235G                   
                                 
              J1b3a  T16271C                    HM594676 EF583177
                                 
              J1b3b  T15530C                    JQ797775 HM852838
                                 
            J1b4  T3290C                      JQ797776
                                 
              J1b4a  G769A!  A11084G  C16287T               
                                 
                J1b4a1  C4013T                  JN561091 HM852827
                                 
                J1b4a2  T8222C                  HQ637485 HM992836
                                 
            J1b5  G709A                     
                                 
              J1b5a  T199C  C6045a  A9324G  T10274C  G13145A  C14455T  G16274A          JQ797777 JQ797778
                                 
              J1b5b  T10601a  C16290T                  JQ797779 HM852835
                                 
            J1b6  A5501G                      JQ797782 JQ797780
                                 
              J1b6a  G4991A                    DQ282491 JQ797781
                                 
            J1b7  C150T  T266C  T16086C                  JQ797784 JQ797783
                                 
            J1b8  T152C!  T4696C  G9932A                  JQ064573 HQ914447
                                 
          J1c  (G185A)  (G228A)  T14798C                    AY495206 JQ797870
                                 
            J1c1  T482C  T3394C                    JQ702685 FJ348177
                                 
              J1c1a  A9635c  C11623T  T13899C                AY495210 FJ447985
                                 
              J1c1b  A7184G                    JQ703783 AY495202
                                 
                J1c1b1  G5773A                  EF452293 JQ703029
                                 
                  J1c1b1a  T10463C                FJ502349 JQ703825
                                 
                J1c1b2  T13953C  C15725T                JQ705141
                                 
                  J1c1b2a  T1005C  A13398G              JQ702981 JQ702020
                                 
              J1c1c  C150T  G16145A                  JQ704867 JQ703464
                                 
              J1c1d  G16213A                    HM625690 AY195754
                                 
              J1c1e  T10454C  T16368C                  AY495208 NA12234
                                 
              J1c1f  A5276G  C11227T                  JQ705770
                                 
              J1c1g  T11287C                    JN635301 JQ797793
                                 
              J1c1h  G9192A  C16169T                  NA20787 EF660981
                                 
            J1c2  A188G                      AY495218 EU155191
                                 
              J1c2a  T6293C                   
                                 
                J1c2a1  A7245G  G8839A                AY495229 AY495227
                                 
                J1c2a2  G6915A  C16256T                DQ787109 JQ703955
                                 
                J1c2a3  A4790G  G15043A                JQ702742 AY495220
                                 
              J1c2b  T4454C                    JQ704554 JQ703778
                                 
                J1c2b1  A8853G  C13506T!  T14470C              JQ703613 JQ704710
                                 
                J1c2b2  T15511C                  HM776018 JQ703610
                                 
                J1c2b3  T5108C  A16066G  G16370A              JQ702706 JQ701968
                                 
                J1c2b4  T16086C                  JQ703567 JQ703672
                                 
                J1c2b5  G6383A                  HG00355 AY339588
                                 
              J1c2c  (T146C!)  G10685A  T13281C  A13933G              GU949564 EF177422
                                 
                J1c2c1  C222T                  FJ449571 JQ702499
                                 
                  J1c2c1a  T3456C  G9145A  C16261a            JQ705961 GQ304746
                                 
                J1c2c2  G8865A                  JQ702741 FJ348202
                                 
                  J1c2c2a  C12020T                GU592019 HQ336424
                                 
                J1c2c3  A12397G                  EF657573
                                 
              J1c2d  T6620C  T8868C                  JQ704965 FJ499472
                                 
              J1c2e  C16366T                    JQ797812 JQ702311
                                 
                J1c2e1  G16390A                  JQ797816 HG00117
                                 
                J1c2e2  G709A  T4232C  T8404C  C16278T!              JX297168 JX401416
                                 
              J1c2f  G9055A                    JQ704432 JQ705129
                                 
              J1c2g  T12311C  C12379T  G15119A                JQ704946 HQ260985
                                 
              J1c2h  C222T                    JQ705996 JQ701851
                                 
              J1c2i  T5162C  T7870C  A8149G  C16147T  C16242T              JQ797821 JQ797820
                                 
              J1c2j  C8727T  T16362C  G16390A                JQ797822 EU915479
                                 
              J1c2k  T3866C                    JQ797804 JQ705224
                                 
              J1c2l  C7891T  C15199T  A15936t                AY495223 JQ704829
                                 
              J1c2m  C16148T                    JQ797801 JQ797802
                                 
                J1c2m1  A16235G  T16368C                JQ702724 JQ702366
                                 
              J1c2n  A8923G                    HG00377 AY339585
                                 
                J1c2n1  T10101C  C12891T                HG00375 JQ705421
                                 
              J1c2o  A16163G                    JQ703789 JQ703575
                                 
              J1c2p  C11177T                    AY495225 JQ797799
                                 
              J1c2q  C8558T                    AY495226 EF657651
                                 
              J1c2r  A11002G  A13032G  T14325C  C16186T              FJ190383 JQ797819
                                 
              J1c2s  C114T  A7364G  G11016A                FJ499471 JQ703785
                                 
              J1c2t  A15947G                    JQ705054 HG00235
                                 
            J1c3  C13934T                      JQ702691 JQ797836
                                 
              J1c3a  G9548A                   
                                 
                J1c3a1  T7711C                  AY495211 JQ702646
                                 
                J1c3a2  T9836C                  JQ703792 AY495213
                                 
              J1c3b  C15367T                    JQ048704
                                 
                J1c3b1  G5237A                  JQ705447 HQ696458
                                 
                  J1c3b1a  G6261A                FJ445407 JQ705472
                                 
                J1c3b2  A4829G                  HM026752 HG00103
                                 
              J1c3c  G2706A  C16222T                  NA12044
                                 
                J1c3c1  C8847T                  HQ709168 JQ702395
                                 
                J1c3c2  T10227C                  JQ703602 JQ702727
                                 
              J1c3d  A1811G                    AY495201 AY495207
                                 
              J1c3e  G16390A                   
                                 
                J1c3e1  G13145A  A14296G                JQ705868 JQ703895
                                 
                J1c3e2  G8865A                  JQ705308 NA20785
                                 
              J1c3f  T12477C  T16063C                  JQ797828 JQ701854
                                 
              J1c3g  G9755A                    JQ705212 JF703252
                                 
              J1c3h  A8659G                    DQ523659 JQ797837
                                 
              J1c3i  T5442C  A15758G                  JQ703753 AY495214
                                 
              J1c3j  A12358G  T16311C!                  FJ603099 JQ701961
                                 
              J1c3k  C10497T                    JQ797826 JQ702912
                                 
            J1c4  A9632G  T12083g                    AY495197 FJ538285
                                 
              J1c4b  A9120G                    JQ703916 GU808335
                                 
              J1c4c  C16278T!                    JQ705439 JQ705633
                                 
            J1c5  A5198G                      HG00120 AY495199
                                 
              J1c5a  T2387C  C10192T                  JQ703803
                                 
                J1c5a1  A10598G                  HQ287874 JQ704736
                                 
              J1c5b  A8596G  C10334T                  JQ703604 JQ703639
                                 
              J1c5c  G3531A  C8734a                  JQ704816
                                 
                J1c5c1  A3721G  G8994A  A16300G              JX297129 JX297126
                                 
              J1c5d  T4688C  A13434G                  HQ287873 AY495204
                                 
              J1c5e  T15916C  (A16309G)                  JQ797844 DQ112826
                                 
              J1c5f  T11087C  A15924G  (T16311C!)                EF657710
                                 
            J1c6  C4025T                      AY495209 JQ703919
                                 
              J1c6a  A2969G  T3398C  T10410C  G12561A  C15913T              EU073970 JX297170
                                 
               C16261T                      FJ348153 JQ705489
                                   
              J1c7  C6554T  G12127A  (T16092C)                JQ797855 JQ703682
                                 
                J1c7a  C6464a  A13681G                JQ703932 JQ797859
                                 
                 A189G                    JN415478
                                   
                J1c12  T789C                  EU284668 JQ704581
                                 
                J1c13  T204C  G6249A  T9219g  C11503T              JQ703584 JQ702609
                                 
              J1c14  T195C!  G4491A  C8940T  A9120G  G16274A  C16355T            JQ705811 JQ705891
                                 
            J1c8  G10398A!!                     
                                 
              J1c8a  T10084C  G16319A                  JQ797868 JN635299
                                 
                J1c8a1  A9052G  A16265G                JQ702049 JQ797866
                                 
                  J1c8a1a  T16189C!                JQ705760 KC421179
                                 
                J1c8a2  A16265c                  GU906781 JQ797864
                                 
              J1c8b  T10345C                    JQ705449 JQ701992
                                 
            J1c9  C6887T                      AY495205 JQ797871
                                 
            J1c10  C5024T                      JQ704751 EF660915
                                 
              J1c10a  A6716G                    JQ797872 JQ797873
                                 
            J1c11  T16224C                      JQ702967
                                 
              J1c11a  T15262C                    HM765470 GU592047
                                 
            J1c15  T12453C                      JQ797881
                                 
              J1c15a  A15113G                    JQ797879
                                 
                J1c15a1  G5231A  A11252G                JQ797880 HM852793
                                 
              J1c15b  T146C!  G8152A  T9117C  A13917G  T14182C  T15514C  C16527T          JQ797877 JQ797878
                                 
            J1c16  T152C!  C12123T  T15670C  C16218T  C16256T                JQ705083 JQ797874
                                 
            J1c17  T3847C                      JQ797882 JQ706022
                                 
             C16193T                        JQ797885
                                   
            J1d  T152C!  G7789A  A7963G                  JQ797902
                                 
              J1d1  A16300G                   
                                 
                J1d1a  G1007A  A16309G                JQ797886
                                 
                  J1d1a1  T13392C                JQ797888 JQ705319
                                 
                    J1d1a1a  C151T  T13500C            JQ797890 JQ797891
                                 
                J1d1b  A8633G                  AF382001
                                 
                  J1d1b1  A3213G                JQ797892 HM852780
                                 
              J1d2  T10166C  C16186T                  DQ341088
                                 
                J1d2a  C13188T                  HQ325739 JQ797893
                                 
              J1d3  G5262A  G7521A!                  JQ797899
                                 
                J1d3a  C5297T  T5774C  A15836G  G15894A  A16335G            JQ797897 JQ797896
                                 
                J1d3b  C4011T                  EU597552 JQ704809
                                 
              J1d4  T9725C  G12561A  G13135A                HM453206 JQ797900
                                 
              J1d5  G4853A  G16274A                  JQ797901 JQ703915
                                 
              J1d6  A9041G                    GU122987 JQ797894
                                 
                J1d6a  C16301T                  JQ797895 EU007880
                                 
        J2  (C150T)  T152C!  C7476T  G15257A                   
                                 
          J2a  T195C!  A10499G  G11377A                   
                                 
            J2a1  A14133G                      JQ704041
                                 
              J2a1a  (A215G)  (T319C)  G513A  G7789A  G16145A  T16231C           
                                 
                J2a1a1  A13722G  C16261T                JQ701807 JQ797903
                                 
                  J2a1a1a  310.1T  T1850C              GU903270 GU123013
                                 
                    J2a1a1a1  A189G  A513G!  T10237C  T16172C          AY339579 AY339580
                                 
                    J2a1a1a2  A3447G              FJ348157 JQ703524
                                 
                    J2a1a1a3  T430C              JQ703568 JQ705323
                                 
                  J2a1a1b  G11518A  A14793G              JQ705390 JQ705042
                                 
                  J2a1a1c  G15596A                JQ703552 JQ797904
                                 
                  J2a1a1d  T13753C                JQ797911 JQ797912
                                 
                  J2a1a1e  T16189C!                JX297144 KC533492
                                 
                J2a1a2  T6635C  A16284G                DQ341089
                                 
                  J2a1a2a  C11857T                JQ764985 JQ797914
                                 
            J2a2  C152T!!  T6671C  A11002G  A12570G  A15679G              JQ797924
                                 
              J2a2a  A235G  C8386T                  EF660967
                                 
                J2a2a1  G11440A  A12171G                JQ797920 JQ797915
                                 
                J2a2a2  A11797G  A13419G  C16169T              JQ797923 GU065327
                                 
              J2a2b  A16241G                    JQ797929
                                 
                J2a2b1  A189G                  FJ460543 JQ797926
                                 
                J2a2b2  C456T  T13015C  T13830C              NA20752 JQ703605
                                 
              J2a2c  T16231C                    JQ797930
                                 
                J2a2c1  A12672G  C16214T                JQ797933 JQ797931
                                 
              J2a2d  T5493C  A7076G  C8958T  G11016A  G13759A  G15148A            FJ460559 JQ797935
                                 
          J2b  C5633T  G15812A  C16193T                   
                                 
            J2b1  G10172A                      JQ702563 JQ797954
                                 
              J2b1a  C16278T!                    JQ702196 JF915700
                                 
                J2b1a1  G14569A                  JQ703580 JQ705356
                                 
                  J2b1a1a  C16126T!  T16362C              FJ445408 JQ702863
                                 
                J2b1a2  T6216C                  JN635305 JQ705677
                                 
                  J2b1a2a  C6893T                JF938916 JQ797936
                                 
                J2b1a3  T10966C                  JQ702858 AY195778
                                 
                J2b1a4  T7302C  T15014C                JQ705466 JQ703515
                                 
                J2b1a5  C6491T  T16311C!                JQ797946 DQ523653
                                 
                J2b1a6  C152T!!  A9016G  A9494G  A15662G            JQ797944 JQ704523
                                 
              J2b1b  T2404C  G6962t  T10389C                JQ703784 EU862198
                                 
              J2b1c  T13899C                    JQ797951 JQ797952
                                 
                J2b1c1  G16319A                  EU807741
                                 
              J2b1d  A14769G                    FJ445409 JQ797958
                                 
              J2b1e  T8843C                    JQ701981
                                 
                J2b1e1  G8290A  C14950T  G16438A              JQ797964 JQ797965
                                 
              J2b1f  T15453C                    JQ797968 HQ727682
                                 
              J2b1g  A9872G                    JQ702459 JQ702488
                                 
              J2b1h  T159C  C6830a  A13612t  T16195C  C16242a  G16526A            JQ702424
                                 
            J2b2  G5460A  T7391C  A14029G                  FJ213765 JQ797972
                                 
      T  G709A  G1888A  A4917G  G8697A  T10463C  G13368A  G14905A  A15607G  G15928A  C16294T             
                                 
        T1  C12633a  A16163G  T16189C!                      JQ797976
                                 
          T1a  C16186T                        KC405582 JQ798024
                                 
               T152C!                     
                                   
              T1a1'3  T195C!                   
                                 
                T1a1  T9899C                  GU122980 EF177406
                                 
                  T1a1a  A5558G                JQ705982
                                 
                    T1a1a1  A5414G              JQ703032 AY495294
                                 
                  T1a1b  G10143A  C14281T              HM184912 JQ797991
                                 
                    T1a1b1  G9548A  T12028C            JQ797994 AY714036
                                 
                  T1a1c  A9120G  A15965G              JQ704801 JQ702923
                                 
                  T1a1d  T593C  C13132T  C13785T            EU007876 JQ798005
                                 
                  T1a1e  C2380T  C4155T  G5054A  A12308G  C16256T          FJ480957 JQ798006
                                 
                  T1a1f  G1503A                JQ702643 JQ797983
                                 
                  T1a1g  T15213C                JF833040 JQ704732
                                 
                  T1a1h  A16269c                JN089342 JQ702680
                                 
                  T1a1i  T3308g  T11944C              JQ705441 JN021256
                                 
                  T1a1j  A8530G                AY495291 JQ703446
                                 
                  T1a1k  C469T                JQ702728 JF926125
                                 
                     C152T!!                JF929200 JQ702988
                                   
                    T1a1l  G3705A              JF979131 JQ798004
                                 
                T1a3  T10321C                  JQ798022
                                 
                  T1a3a  T7258C                AY495296 EF645646
                                 
              T1a2  G7853A                    JQ798012 JN083377
                                 
                T1a2a  A384G  G4959A  A5558G  G9300A  C16261T            NA20581 FJ348220
                                 
                T1a2b  T9111C  T12957C  C16248T  C16266T            JQ798013 HM852775
                                 
              T1a4  A7001G  T16263C                  EU979542 JQ702040
                                 
              T1a11  G73A  C91T  G97A  T8412C  G13759A  C13791T  C14284T            JQ031816 JQ798021
                                 
              T1a12  G15884A  C16355T                  JQ798020 JQ798019
                                 
              T1a13  G16129A!  T16362C                  JQ798007 JQ798009
                                 
            T1a5  T6152C                      JQ703724 JQ798030
                                 
            T1a6  C3867T  A10376G                    JN104727 EU369395
                                 
            T1a7  A512G  A14500G  G16274A                  EU935435 JQ798027
                                 
            T1a8  G4991A                     
                                 
              T1a8a  C4107T  G11914A!  T16325C                JQ798034 JQ798033
                                 
              T1a8b  G9438A  G14323A                  JQ798035 JQ798036
                                 
            T1a9  T12879C  T16249C                    JQ798018 JQ798017
                                 
            T1a10  A13470G                      NA20819 JQ798025
                                 
          T1b  T16243C                        JQ798046 JQ798051
                                 
            T1b1  C11647T                      JQ798037 AY339570
                                 
            T1b2  C4739T  A9254G                    JQ798039 JQ798041
                                 
            T1b3  C15853T                      JQ798043 JQ705372
                                 
            T1b4  T7310C                      JQ798050 JQ798049
                                 
        T2  A11812G  A14233G  (C16296T)                      JQ798138 JF707633
                                 
          T2a  T13965C                       
                                 
            T2a1  A14687G                      JQ798058 JF927949
                                 
              T2a1a  T2850C  T7022C                  AY495298 FJ656215
                                 
                T2a1a1  (G143A)  T8715C                FJ348180 EF657455
                                 
                T2a1a2  T4688C                  JN120787 GU553285
                                 
                T2a1a3  A5498G                  JX297193
                                 
                  T2a1a3a  C4808T                AY495300 JF833041
                                 
                T2a1a5  A15935G                  JQ705499 JQ702880
                                 
                T2a1a6  T6425C                  JQ702036 JQ704797
                                 
                T2a1a7  T7268C                  JQ701880 JQ045864
                                 
                T2a1a8  C4931T                  JF958082 JQ701972
                                 
              T2a1b  T16324C                    JQ702344 JQ798054
                                 
                T2a1b1  T2141C  A13966G                HM625705
                                 
                  T2a1b1a  T9117C                JQ046361 JQ705641
                                 
                    T2a1b1a1  C12741T              JQ702937 JQ703149
                                 
                      T2a1b1a1a  T6524C            JQ703700 JQ798055
                                 
                      T2a1b1a1b  T3350C            JN024624 JN048933
                                 
                T2a1b2  G3882A                 
                                 
                  T2a1b2a  T15454C                GU123001 JQ704821
                                 
                  T2a1b2b  C16256T                JQ798057 JQ798056
                                 
            T2a2  T195C!  C198T  T13020C                  FJ238094 JF944823
                                 
          T2b  G930A  G5147A  T16304C                    AY495273 HM055613
                                 
            T2b1  G14016A                      EF177444 AY495267
                                 
            T2b2  C11242g                      AY714016 JN035224
                                 
              T2b2b  C16304T!                    AY495299 GU183768
                                 
                T2b2b1  A12171G  C16192T                JQ701832 JQ705208
                                 
            T2b3  A10750G                      HM122274
                                 
                 C151T                    HQ384203 JQ703699
                                   
                T2b3a  T152C!  A5656G  C16292T              DQ523649
                                 
                  T2b3a1  55.1T  T57C  T59C              JQ798060 JQ798061
                                 
                T2b3c  T7150C                  JQ705786 JQ702932
                                 
                T2b3d  T199C  G14544A                JQ705037 JQ701927
                                 
                T2b3e  C16187T!                  JQ705199 JF837334
                                 
              T2b3b  A13722G                    AY495275 JN043363
                                 
            T2b4  A9254G                      JQ703501 JN037468
                                 
              T2b4a  T16172C                    JF836084 GU123018
                                 
                T2b4a1  A5527G                  JQ704738 JQ798069
                                 
                 T152C!                    JQ705242 JQ702464
                                   
                T2b4b  C16104T                  JQ705939 JF900491
                                 
                T2b4c  C3992T                  JQ704742 JQ702604
                                 
                T2b4d  A8711G                  JQ702158 JQ703734
                                 
                T2b4e  T13743C                  JQ798064 HM852802
                                 
                T2b4f  A12172G                  JQ704596 JQ703508
                                 
                T2b4g  T15445C                  EF660982 JQ798068
                                 
                T2b4h  A214G                  JQ798066 EU007872
                                 
            T2b5  T3826C                      JQ702978 AY495287
                                 
              T2b5a  T5201C                    JQ703716
                                 
                T2b5a1  573.XC  T8504C                JQ703712 JF833039
                                 
            T2b6  C458T  G1709A  G9300A  C11533T                  AY495284
                                 
              T2b6a  G12007A                    JQ705494 AY495282
                                 
                 T146C!                    JQ705357
                                   
                T2b6b  A8730G  G14016A  C16218T  C16287T            JF891418 JQ705972
                                 
            T2b7  G9966A                      GU170817
                                 
              T2b7a  A9180G                   
                                 
                T2b7a1  T152C!  T13768C  C16257d              JQ703294 JQ702544
                                 
                T2b7a2  A1836G  C16239T                JQ704997 JQ704643
                                 
                T2b7a3  G11440A  C16292T                NA20507 JQ798079
                                 
            T2b8  T3338C                      GU122998
                                 
               C150T                      JQ702965
                                   
              T2b9  T5580C  A10559G                  JQ703011 JQ702737
                                 
            T2b11  G207A  T3398C                    JF968593 JQ798085
                                 
            T2b13  G14861A                      JQ701982 JQ702963
                                 
              T2b13a  A16051G                    JN038393 JQ702084
                                 
              T2b13b  G7269A                    JQ703042 JQ705492
                                 
            T2b15  A5836G  8281-8289d                    JF975728 EU682394
                                 
               T16362C                      JN004272 JN106183
                                   
              T2b16  T634C                    GU123025 JQ798077
                                 
            T2b17  C13692T                      JF957699
                                 
              T2b17a  T4688C  C7891T                  AY495280 JQ705106
                                 
            T2b19  G13928c                      JQ705664 EU744542
                                 
              T2b19b  A13681G  C16248T                  HG00141 JQ703009
                                 
            T2b21  T152C!  A14836G                    HQ917079
                                 
              T2b21a  T10490C  C12557T  C16169T                JQ705895 JF340114
                                 
              T2b21b  T15090C                    JQ702492 JQ705338
                                 
               T152C!                      EU747356 JQ701867
                                   
              T2b22  C3820T  A12223G  T13500C                HQ840646 JQ703263
                                 
            T2b23  T12441C  C16147T  T16297C                  JQ798075 JQ798074
                                 
              T2b23a  T9224C                    FJ348208 JQ704788
                                 
            T2b24  T321C                      JQ705038
                                 
              T2b24a  T5426C  G8572A                  JF946696 JQ702547
                                 
            T2b25  G7521A!  C8934T                    JQ704697 JQ705882
                                 
            T2b26  T14180C                      JQ702312 JQ702953
                                 
            T2b27  G7897A                      JQ705444 AY495271
                                 
            T2b28  G11176A  G11914A!                    JQ701939 JQ704973
                                 
            T2b29  T5483C  T8419C                    JQ798081 JQ798080
                                 
            T2b30  G6026A                      JN024625 HQ399469
                                 
            T2b31  A5811G                      JQ703715 JQ798089
                                 
            T2b32  A1871G  T6620C  G15884A                  KC521456 JQ703728
                                 
            T2b33  A385G  A1530G  C16266T                  KC533521 JQ705484
                                 
          T2c  C10822T                        JQ798090
                                 
            T2c1  G6261A  C16292T                   
                                 
              T2c1a  573.XC  C8455T  A13973t                JN202494 JQ796696
                                 
                T2c1a1  T152C!  G499A  C6998T  G8838A  G11914A!            JQ703030 EF556160
                                 
                T2c1a2  C5817T                  EF660941 JQ701934
                                 
              T2c1c  T4823C  A16146G                  JQ798103 JQ798101
                                 
                T2c1c1  C150T  G3834A  G3915A  T15454C  T15601C            JQ798099 JQ798100
                                 
                T2c1c2  T7283C  C8775T  A16284G              JQ702795 JQ798102
                                 
                 T146C!                    JQ798091
                                   
                T2c1d  T279C  C5187T  C7873T             
                                 
                  T2c1d1  G11914A!                JQ704020
                                 
                    T2c1d1a  C12363T              JN580589 JQ798092
                                 
                     T152C!                JQ798094 JF833037
                                   
                    T2c1d2  T15784C              JQ798096
                                 
                      T2c1d2a  T7679C            DQ523629 JQ798095
                                 
                T2c1e  A10289G                  JQ703823 JQ705571
                                 
                T2c1f  G16438A                  GU048747 JQ798097
                                 
          T2d  T13260C                       
                                 
            T2d1  T152C!  A5747G  G13708A                 
                                 
              T2d1a  T16086C                    AY714037 JQ798104
                                 
              T2d1b  C194T  A200G  A7295G  A12373G                JQ798105 HM765473
                                 
            T2d2  G5471A  C6445T  T12408C  G14323A  A14605G              JQ798108 NA20770
                                 
          T2e  C150T  G16153A                      EF177410 JQ798110
                                 
            T2e1  C41T                      JQ798113
                                 
              T2e1a  A2308G                    JQ705465
                                 
                T2e1a1  C15499T                  JN030346
                                 
                  T2e1a1a  T41C!  C16192T              KF657641
                                 
                    T2e1a1a1  C16114T              KF577587 JN819272
                                 
              T2e1b  A9181G                    KF048033
                                 
                T2e1b1  T15787C                  KF577586 EF556188
                                 
            T2e2  G9139A                      AY714029
                                 
              T2e2a  G6026A                    JQ798114 EF060363
                                 
            T2e5  A200G  C8230T                    JQ702891 JQ701985
                                 
            T2e6  A16240c                      JQ798118 JQ798119
                                 
             T16189C!                        JQ798135 HM852766
                                   
            T2f  C8270T  8281-8289d                    JQ703997 JQ704129
                                 
              T2f1  T195C!  C6489a                  JQ798120
                                 
                T2f1a  T5277C  T5426C  G15043A  T16298C            JQ704807 GU123028
                                 
                  T2f1a1  C15028a                GU932663 JQ798122
                                 
              T2f2  G7984A  T16140C  T16311C!                JQ798125 HQ286590
                                 
              T2f3  G8854A  C16278T!                  JF960209 JQ704426
                                 
              T2f4  T6392C                    JQ705528 JN034044
                                 
              T2f5  G499A  A751t  T8419C                JQ702957 JQ702294
                                 
              T2f6  A11818G                    JN084792
                                 
              T2f7  A10496G  C16292T                  JQ619780 KF322082
                                 
          T2g  T14798C                       
                                 
            T2g1  G3834A  A14839G                    EU935442 JQ798126
                                 
            T2g2  T507C  T1766C  G7337A  A13834G                  HM625693
                                 
              T2g2a  C16188T  C16257T                  JQ702710 JQ702108
                                 
          T2h  A12397G                        JN202724 JQ798128
                                 
          T2i  G8155A  A9422c  T16362C                    JQ798129
                                 
            T2i1  C16286T                      JQ704055 JQ798130
                                 
          T2j  C16260T                        JQ704786
                                 
            T2j1  T4695C  T6620C  G11914A!  G14040A                EF177442 HQ877824
                                 
          T2k  A8271G  A10446G  C11062T  C16291T                  JQ705690 HM852810
                                 
          T2l  T11383C                        KC127675 JQ798137
                                 
        T3  T195C!  T1406C  A1829G  A4225G  A11467G  G11778A  A13956G  G13980A  A15509G  T16325C          JX462725
                                 
  R5  T8594C  A10754G  G14544A  T16304C  A16524G                        AY713998
                                 
    R5a  C16266T                             
                                 
      R5a1  A93G  A200G  A2833G                        FJ004837
                                 
        R5a1a  T8987C  T9708C  T10084C                      FJ004822 AY713983
                                 
      R5a2  T152C!  A11293G  T13635C  G14040A  C15385T  T16356C                    AY713993
                                 
        R5a2a  T16266C!  T16311C!                        AY713985 AY713996
                                 
        R5a2b  597.1T  C14990T  A16309G  T16325C                    FJ004815 FJ004814
                                 
          R5a2b1  A6629G                        AY713991 AY714000
                                 
          R5a2b2  T16266C!                        AY714002 FJ004829
                                 
          R5a2b3  C11409T                        FJ004833 FJ004812
                                 
          R5a2b4  A13827G                        FJ004834 FJ004828
                                 
  R6  (T195C!)  T12285C  (C16266T)  T16362C                         
                                 
       G16129A!                              AY714028 JF742197
                                   
      R6a  G228A  T11075C  C14058T                       
                                 
        R6a1  G6305A  G8584A  C8650T  A16318G  C16320T                    FJ004819 GU480018
                                 
        R6a2  C12133T  T15067C                        JQ704804 GU480008
                                 
    R6b  T246C  G4991A  A7364G  A9254G  C16179T  A16227G  C16245T  C16278T                  AY713994 JX289095
                                 
  R7  A13105G!  G16319A  T16362C                           
                                 
    R7a'b  G1442A  T6248C  T7870C  A9051G  T9110C  A10289G  T13830C  C16260T  C16261T                 
                                 
      R7a  G10143A  T10915C!  T13404C  G15346A                      AY714030 JX462727
                                 
        R7a1  G12406A  T13674C                        FJ004835 FJ004805
                                 
          R7a1a  G5585A  G15497A  A16146G                    FJ004823 EU597487
                                 
          R7a1b  A3105G                       
                                 
            R7a1b1  G4596A  T16075C                    FJ004831 FJ004813
                                 
            R7a1b2  G16390A                      FJ004804 FJ004810
                                 
      R7b  T146C!  C2282T  G8557A  C14064T  T16311C!                     
                                 
        R7b1  A1804G  C12432T  T15942C                      FJ004817
                                 
          R7b1a  T152C!  A6254G  G15326A                    AY714024
                                 
            R7b1a1  T9325C  T11776C                    FJ004811 FJ004821
                                 
        R7b2  C3817T  T7310C  T7711C  A11380G  C12246T  T12384C  G12940A                GU170816 GU170819
                                 
  R8  T195C!  A2755G  A3384G  T7759C  C9449T  T13215C                       
                                 
    R8a  A5510G  G15326A                           
                                 
      R8a1  G709A  C5911T  C13782T                       
                                 
        R8a1a  T9716C                          FJ467953 JX462723
                                 
          R8a1a1  C8646T                        FJ467965 FJ004808
                                 
            R8a1a1a  A6131G                     
                                 
              R8a1a1a1  A243G                    AY714012 GU810073
                                 
              R8a1a1a2  T4695C  G7444A  C16185T                FJ467943 JF742196
                                 
            R8a1a1b  G16153A                      FJ467949 FJ467951
                                 
            R8a1a1c  G11914A!                      FJ467942 FJ467955
                                 
            R8a1a1d  A9210G  C12462a  G16390A                  HM345949 FJ467947
                                 
          R8a1a2  T4205C  T16324C                      FJ467952
                                 
            R8a1a2a  A7364G  A11172G  C11497T  G12127A                FJ467971 FJ467974
                                 
          R8a1a3  C16292T                        AY714011 FJ467984
                                 
           T16093C                          FJ467972
                                   
          R8a1b  C13212T  C14041T                      FJ467968 FJ467970
                                 
      R8a2  C195T!!  T11864C                          FJ467985 FJ004836
                                 
    R8b  C456T  A6485G  G12007A  G13194A  G16390A                       
                                 
      R8b1  T154C                            FJ467941 FJ467948
                                 
        R8b1a  T2392C                          FJ467940 AY714009
                                 
      R8b2  C150T  456.1T  A4136G  T14502C  C15250T  T16172C                    FJ467989 FJ467987
                                 
  R9  C3970T  G13928c  T16304C                           
                                 
    R9b  T1541C                              KC505122
                                 
      R9b1  T12714C  A16309G  G16390A                        KF849983
                                 
        R9b1a  A183G  C16192T                       
                                 
          R9b1a1  G143A  C4017T  C7849T                    GU733737
                                 
            R9b1a1a  T16288C                      DQ981466 DQ981472
                                 
          R9b1a2  C10736T                        JN580298
                                 
            R9b1a2a  A12172G  G16145A  T16243C                  DQ981471 FJ147308
                                 
          R9b1a3  C3204T  G3316A  T6815C                    DQ981469 JF824932
                                 
        R9b1b  C2322a  T16124C  C16148T                      DQ981470 EF114273
                                 
      R9b2  G3666A  A6647G  A8724G  T11299C  C11422T  T13191C  A13722G  G15314A  G15883A  T16362C            GU810062 DQ981475
                                 
    R9c  T7861C  A11002G  T15479C                          JN857032
                                 
      R9c1  T16157C                           
                                 
        R9c1a  A249d  G951A  G6446A  C11308T  C14227T  G15734A  C16256T  A16335G              HQ700872
                                 
          R9c1a1  A8440G                        JF739535 GQ119010
                                 
        R9c1b  G12618A                         
                                 
          R9c1b1  C151T  A479G  T7684C                    JX289135 HG00407
                                 
          R9c1b2  A7299G  G12406A                      KC994001 KC994055
                                 
    F  A249d  T6392C  G10310A                         
                                 
      F1  G6962A  T10609C  G12406A  C12882T                     
                                 
        F1a'c'f  G9053A  G13759A  G16129A!                     
                                 
          F1a  C4086T  T16172C                      NA17963
                                 
            F1a1'4  G9548A                     
                                 
              F1a1  A16162G                    AP008906 AP008667
                                 
                F1a1a  A8149G  C16108T                HM357817 AY255175
                                 
                  F1a1a1  C11215T                AY963572 AY195791
                                 
                F1a1b  C64T  A14002G                AP008347 AP008279
                                 
                F1a1c  C548T  C10211T                NA18620 HM357820