PhyloTree.org - mtDNA subtree N
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are relative to the RSRS and rCRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction. In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Back mutations to an ancestral state are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                    Example accessions References
N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                             
                                 
  N1'5  G1719A                                Palanichamy 2004
                                 
    N1  T10238C  G12501A                            Palanichamy 2004, Derenko 2007, Palanichamy 2010, Fernandes 2012
                                 
      N1a  T204C  A13780G                          Derenko 2007 (""), Palanichamy 2010 ("")
                                 
        N1a1'2  T199C                          Palanichamy 2004 (""), Derenko 2007 (""), Palanichamy 2010 ("")
                                 
          N1a1  573.XC  A10398G!  G15043A                      Palanichamy 2004 (""), Derenko 2007 (""), Palanichamy 2010 ("")
                                 
            N1a1a  T669C  G2702A  A5315G  A8901G  C16147g  T16172C  C16248T  C16355T          JQ245777  
                                   
                 T152C!                    JQ245754 Palanichamy 2004 ("N1a"), Derenko 2007 ("N1a"), Palanichamy 2010 ("N1a")
                                   
                N1a1a1  T3336C  G16147A                Palanichamy 2010 ("N1a1")
                                 
                  N1a1a1a  C16320T                Derenko 2007 ("N1a1"), Palanichamy 2010 ("N1a1a")
                                 
                    N1a1a1a1  A2702G!  C8164T  G9300A          GU290215 EF486519 Derenko 2007 (""), Palanichamy 2010 ("N1a1a1")
                                 
                      N1a1a1a1a  T6641C  T16189C!          GU290209 EF153778 Palanichamy 2010 ("N1a1a1a")
                                 
                    N1a1a1a2  G207A  G8485A  T15299C  C16172T!        GU290210 FJ348184 Palanichamy 2010 ("N1a1a2")
                                 
                    N1a1a1a3  T16154C              GU290216 Palanichamy 2010 ("N1a1a3")
                                 
                  N1a1a1b  C152T!!  C1711T  C7750T  T8227C  G8573A  G10143A  T10454C  A11884G  A12358G  T16093C    GU290207 Palanichamy 2010 ("N1a1b")
                                 
                N1a1a2  A4721G                  JQ701924 EF486517  
                                 
              N1a1a3  G2758A!                    JQ245794 JQ245789  
                                 
            N1a1b  T250C  A4529t  G8251A  A15924G  G16391A                Derenko 2007 ("N1e'I"), Palanichamy 2010 ("N1e'I")
                                 
              N1a1b1  G143A  T710C  T10790C  A16309G                JQ245735 EF153785 Derenko 2007 ("N1e")
                                 
              I  T10034C  G16129A!                  JQ245791 JF298212 Finnilä 2001, Palanichamy 2004, Derenko 2007
                                 
                I1  455.1T  G6734A  G9966A  T16311C!            JQ705840 JQ245776 Palanichamy 2004, Derenko 2007, Behar 2012b
                                 
                  I1a  A3447G  G8616t  T16172C            HM454265 Palanichamy 2004
                                 
                    I1a1  G203A  C3990T  G9947A  A9966G!  T10915C!        FJ460562 EF177414  
                                 
                      I1a1a  G9053A            JQ245767 JQ704013 Finnilä 2001 ("I1"), Behar 2012b
                                 
                      I1a1b  T14182C            JQ704690 JQ705595 Behar 2012b
                                 
                      I1a1c  T6620C            GU123027 JQ702023 Behar 2012b
                                 
                      I1a1d  A1836G  T4023C  T13488C  T16189C!      JQ705189 JQ702342 Behar 2012b
                                 
                  I1b  T6227C                FJ968796 EF556153 Palanichamy 2004
                                 
                  I1c  G8573A  C16264T  G16319A  T16362C          JQ705364 JQ705932 Behar 2012b
                                 
                I2'3  T152C!  G207A                 
                                 
                  I2  A15758G                EU570217 JQ245744 Finnilä 2001, Derenko 2007
                                 
                    I2a  A11065G  G16145A            HQ695930 HQ326985  
                                 
                      I2a1  T3398C            HQ724528 AY339497  
                                 
                    I2b  T6515C  8281-8289d  A16166c          AY339498 AY339499  
                                 
                    I2c  T460C  G9438A            JQ705666 JQ702253 Behar 2012b
                                 
                    I2d  G6480A              JQ245747 JQ705244 Behar 2012b
                                 
                    I2e  G3591A              JQ703106 JQ702578 Behar 2012b
                                 
                  I3  T239C                JQ703883 JQ702647 Derenko 2007, Behar 2012b
                                 
                    I3a  T16086C              JQ702041 JQ245751 Behar 2012b
                                 
                      I3a1  G2849A            JQ704837 HQ420832 Behar 2012b
                                 
                    I3b  C16494T              JQ705377 GU590993 Behar 2012b
                                 
                I4  G8519A                  JQ704976 Behar 2012b
                                 
                  I4a  A10819G                JQ705906 JQ245737 Derenko 2007, Behar 2012b
                                 
                I5  A14233G                  JQ245724 HQ658465  
                                 
                  I5a  T5074C  C16148T              FJ348190 Behar 2012b
                                 
                    I5a1  8281-8289d  A12961G            JQ245807 JQ704713 Behar 2012b
                                 
                    I5a2  A3615G  A8742G  T16086C          JQ245781 JQ701894 Fernandes 2012
                                 
                    I5a3  C150T  G5231A  T6278C  C9190T  C12073T  A15052G  C16301T    JQ245772 JN415483  
                                   
                I6  T3645C                   
                                 
                  I6a  (G203A)  G3915A  A6116G  A7804G  T15287C  (A16293c)        JQ705382 DQ112955 Behar 2012b
                                 
                  I6b  C10955T  C16185T              JQ245773 HM852831  
                                   
          N1a2  T953C  C3783a  C6713T  G7830A  G9947A  T13437C  G16274A  C16301T  T16356C            AY714008 Palanichamy 2004 ("N1d"), Derenko 2007 ("N1d"), Palanichamy 2012 ("N1d")
                                 
        N1a3  A189G  T195C!  (G207A)  (A210G)  T8222C  T11025C  T11437C  (G11914A!)  A13637G  C16201T  (A16265G)          EF153811 GU123019 Derenko 2007 ("N1c"), Palanichamy 20120 ("N1c")
                                 
      N1b  T152C!  G1598A  C2639T  G5471A  G8251A  A8836G  C16176g  G16390A                  Fernandes 2012 ("N1b'f")
                                 
        N1b1  C1703T  C3921a  C4960T  C8472T  A12822G  G16145A                  Palanichamy 2004 ("N1b"), Behar 2006 ("N1b"), Derenko 2007 ("N1b")
                                 
          N1b1a  C9335T  A11362G                      JQ245727 JQ702718 Palanichamy 2004 ("N1b1"), Feder 2008 ("N1b2")
                                 
            N1b1a1  455.1T  T1703C!  A8084G                  EU742151 EU742152  
                                 
            N1b1a2  C4904T                      JQ705186 JQ245725  
                                 
              N1b1a2a  C8264T                    JQ705552 HQ315687  
                                 
              N1b1a2b  A3221G  G4820A  T5291C  C8309T                JQ704068 FJ493516  
                                 
            N1b1a3  T9957C                      JQ245803 HM765456  
                                 
               G16129A!                      EU742150  
                                   
              N1b1a4  G185A  A188G  T8763C                EF660993 HM236190  
                                 
            N1b1a5  T4967C                      GU122992 JQ701805  
                                 
          N1b1b  C4735a  A4917G  A11928G  C12092T  C13129T  A13710G  T14581C  G16176A              DQ301794 EU742154 Feder 2008 ("N1b1")
                                 
        N1b2  A1719G!  C5507a  A12026G  T15784C  A16258c                    JQ245799 JQ245798 Fernandes 2012 ("N1f")
                                 
    N5  T5063C  A7076G  A9545G  T11626C  (A13434G)  C16111T  T16311C!                    AY714031 Palanichamy 2004
                                 
      N5a  T131C  T199C  G228A  A234G  A374G  A6974G  (T13830C)  G15119A  T16144C  C16185T  C16261T  G16319A            GU480015 GU480020  
                                 
  N2  A189G  G709A  G5046A  C11674T  T12414C                          Behar 2008a, Metspalu 2006
                                 
    N2a  T199C  C739T  T7581C  G15106A  G16153A  G16319A                      EU787451 JF904935 Metspalu 2006
                                 
    W  T195C!  T204C  G207A  T1243C  A3505G  G5460A  G8251A  G8994A  A11947G  G15884c  C16292T                Behar 2008a, Kivisild 2006, Palanichamy 2004
                                 
      W1  C7864T                            JQ702793 JQ703242 Palanichamy 2004, Metspalu 2006, Finnilä 2001, Behar 2012b
                                 
        W1a  T5495C  C12669T                        AY339475 AY339491 Palanichamy 2004, Finnilä 2001 ("W1")
                                 
        W1b  A227G  T4928C  G9612A                        AY339462 AY339465 Palanichamy 2004, Finnilä 2001 ("W2")
                                 
          W1b1  A10086G                        AY339466 JQ702545 Behar 2012b
                                 
           T119C                          FJ472633 JQ705036 Behar 2012b
                                   
          W1c  A14148G                        JQ702450 JQ245768 Palanichamy 2004, Behar 2012b
                                 
            W1c1  T11204C  A12648G  C16184T                  JQ702327 JQ704790 Behar 2012b
                                 
        W1d  G189A!  C194T  A200G  T8383C  C9278T  A14981c  C16260T  T16292C!  T16298C              EF556154 Behar 2008a
                                 
        W1e  A8659G  A8887G                        JQ705839 FJ543390 Behar 2012b
                                 
        W1f  T9950C                          FJ384432 FJ348225 Fendt 2009 ("W1d")
                                 
        W1g  C16320T                          JQ702249 JQ704975 Behar 2012b
                                 
        W1h  G16145A                          JQ703970 JQ898579  
                                   
         C194T                            EU086510 JQ245759  
                                   
        W3  T1406C                           
                                 
          W3a  T15784C                        JQ705313 Behar 2012b
                                 
            W3a1  A13263G                      GU122989 JQ702421 Kivisild 2006 ("W3"), Palanichamy 2004 ("W3"), Behar 2012b
                                 
              W3a1a  C7151T                    FJ821289 GU123000  
                                 
                W3a1a1  G3421A                  JQ705286 FJ472839 Behar 2012b
                                 
              W3a1b  T10245C                    GU002155 AY714043  
                                 
                 T199C                    JQ704160 Behar 2012b
                                   
                W3a1c  G7269A                  JQ703058 JQ702804 Behar 2012b
                                 
            W3a2  T5291C  T16209C  G16255A                  JQ705487 GU147938 Behar 2012b
                                 
          W3b  T199C  G12923t                        HM589047 JQ245743 Behar 2012b
                                 
            W3b1  G189A!  T7058C                    JQ701824 JQ702298 Behar 2012b
                                 
        W4  G143A  T196C                        FJ348217 Palanichamy 2004
                                 
          W4a  C16286T                        HM034304 GU045487  
                                 
        W5  C6528T  A15775G                         
                                 
          W5a  A10097G  T16362C                      JQ701827 Behar 2012b
                                 
            W5a1  T10410C                      JN583886  
                                 
              W5a1a  T4363C                    EF652811 GU646872  
                                 
                W5a1a1  A9275G                  JF431251 EU135972  
                                 
                  W5a1a1a  T57C  60.1T  T139C              HM057816 GU828018  
                                 
            W5a2  C150T                      GU726895 JF419335  
                                 
          W5b  60.1TT  T65d  G11696A                      EU744586 JQ703283 Behar 2012b
                                 
        W6  A4093G  T8614C  T16325C                        JF902025  
                                 
             C16192T                        FJ449703 JQ245762 Behar 2012b
                                   
            W6a  T8610C                      JQ705209 GQ149695 Behar 2012b
                                 
            W6b  T4646C  T6297C  T8705C                  JQ245761 FJ473381 Behar 2012b
                                 
          W6c  C8002T  C8658T                      EU515252 JF275845  
                                 
        W7  G185A                          HM352797 JQ702147 Behar 2012b
                                 
  N3  T146C!  A210G  C571T  T1005C  G3357A  T5048C  G6366A  A6806G  G7897A  A8653G  T8937C  C9815T  G10586A  A11128G  T14634C  T16086C  T16172C  C16187T!  T16189C!  T16217C    JQ702408 JQ705752 Behar 2012b
                                 
  N8  G103A  C151T  T152C!  G260A  G930A  A2760G  T3027C  A3565G  T7885C  T7961C  A8188G  T9309C  A10398G!  A13710G  C15211T  A15746G  A15924G  T16263C  G16274A  T16311C!  A16343G  T16357C    HM030548 Kong 2011
                                 
  N9  G5417A                                Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Tanaka 2004
                                 
    N9a  C150T  G5231A  A12358G  G12372A  C16257a  C16261T                      NA18628 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Tanaka 2004
                                 
      N9a1'3  G16129A!                            Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
        N9a1  T4386C  G12007A  C16111T                        AP008726 HM589048 Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
          N9a1a  A15095G                        FJ748708 AY255141  
                                 
        N9a3  A4129G  T12354C  A12612G                      AP008608 JN857057 Kong 2006
                                 
      N9a2'4'5  T16172C                            Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
        N9a2  T961C  T15067C                        JN857033 AP008414 Kong 2006
                                 
          N9a2a  A16497G                        AP008406 AP011046 Kong 2006
                                 
            N9a2a1  C338T  T14968C  T16304C                  NA18973 AP008673 Kong 2006 ("N9a2a")
                                 
            N9a2a2  A14148G                      JN857061 AP010674 Kong 2006 ("N9a2b")
                                 
            N9a2a3  T4688a  T5553g                    NA19082 AP010995  
                                 
          N9a2c  G10685A  A13857G  C16250T                    AP008630 AP008873 Kong 2006
                                 
          N9a2d  A3537G  G11016A                      AP009434 AP008420  
                                 
        N9a4  G1664A  G16145A  C16245T                      Kong 2006
                                 
          N9a4a  G4820A                        NA18991 AP008558  
                                 
          N9a4b  T16092C                        HG00531 AP008385  
                                 
        N9a5  A3729G  G15883A  T16189C!  T16209C                      AP008895 AP011045 Kong 2006
                                 
      N9a6  T4856C  C16292T                          HM596703 Hill 2007, Gunnarsdóttir 2011b
                                 
        N9a6a  C13742T  A15080G  C16294T                      AP012369 HM596644 Hill 2007, Gunnarsdóttir 2011b
                                 
        N9a6b  G10530c  G14364A  T16342C                      AP012413 AP012410  
                                   
      N9a7  G14016A  C16291T                          AP011016 AP008400  
                                 
      N9a8  T11368C  T15090C                          AP008714 JN857027  
                                 
      N9a9  T2887C                            NA18563 FJ147307  
                                 
      N9a10  G12771A                            FJ748719 GU392084 Loo 2011
                                 
        N9a10a  G9755A  A11968t  T16261C!                        HM238208 JN084084  
                                 
    N9b  G5147A  C10607T  G11016A  A13183G  A14893G  T16189C!                      AP009475 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                                 
      N9b1  G12501A                            AP010722 Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
        N9b1a  A9410G                          AP008610 AP008464 Kong 2006
                                 
        N9b1b  G7830A  G16129A!  G16390A                      AP008784 AP008635 Kong 2006
                                 
        N9b1c  G94A                          AP008821 AP008666  
                                 
          N9b1c1  G207A                        AP008529 AP010834  
                                 
      N9b2  C16294T                            AP008790 AP008740 Kong 2006
                                 
      N9b3  G14996A                            AP008474 AP008901 Kong 2006
                                 
    Y  G8392A  A10398G!  T14178C  A14693G  T16126C  T16223C  T16231C                    Kong 2006, Derenko 2007, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                                 
      Y1  T146C!  G3834A  C16266T                        EF153813 Kong 2006, Derenko 2007
                                 
        Y1a  A7933G  T16189C!                        EF153825 EU007855 Kong 2006, Derenko 2007
                                 
        Y1b  A10097G  C15460T                        GU123044 Kong 2006
                                 
          Y1b1  G15221A                        AY255138 JF824832  
                                   
            Y1b1a  C9278T                      JF824992 AP008534  
                                   
      Y2  T482C  G5147A  T6941C  G7859A  A14914G  A15244G  T16311C!                    AP008723 EF153812 Kong 2006, Derenko 2007
                                 
        Y2a  T12161C                          GQ119016  
                                 
          Y2a1  T11299C                        GQ119013 HM596675 Tabbada 2010 ("Y2a"), Gunnarsdóttir 2011a
                                 
        Y2b  C338T                          AP008764 EF153798  
                                 
  N10  G750A  A5581G  T16172C  T16362C                            Kong 2011
                                 
    N10a  G185A  A189G  C3543T  A3873G  A4562G  G7853A  G10373A  T12136C  A13434G  G13928c  C14953T  C15211T  T16189C!            HM030521 HM030542 Kong 2011
                                 
    N10b  C150T  T152C!  T199C  G709A  T2010C  A2707c  T4977C  A6245G  C8130T  T8167C  C9459T  T10345C  C12092a  A14053G  A15226G  C16069T  C16278T!  C16291a  T16298C    HM030500 Kong 2011
                                 
  N11  C11581a                                 
                                 
    N11a  T195C!  A813G  A7975G  T8618C  A10289G  T10908C  T14311C  T14431C  T14502C  T15514C  T15900C  C16355T              HM030528 Kong 2011
                                 
      N11a1  T6674C  A12634G  T16189C!                        HM030536 HM030513 Kong 2011
                                 
    N11b  C150T  C261T  G3736A  T4080C  C5234T  T6092C  T6620C  G7356A  A8512G  T8867C  A9503G  A9596G  T10321C  T11204C  C11728T  C12401T  A14357G  G16129A!  C16193T  T16209C  C16270T  C16291T    GU733740 GU733776 Gunnarsdóttir 2011a ("N*")
                                 
  N13  T146C!  T152C!  A178G  T195C!  G2831A  C5704T  T6896C  T10101C  A11020G  A13263G  A16066G  C16261T  C16290T              EF495214 JN226143 Hudjashov 2007
                                 
  N14  G1598A  G1888A  A4917G  T5291C  G8251A  G8269A  A11491G  G14384c  C15040T  G15884c                  DQ112753 Hudjashov 2007
                                 
  N21  C150T  A337d  A6752G  A8701G!  A10583G  T13437C  G14560A  C16193T                      GQ301885 Macaulay 2005, Pierson 2006, Hill 2007, Peng 2010
                                 
       T195C!                              GQ301867 GQ301887  
                                     
      N21a  C9512T  G13135A  C16291T                        AP012425 GQ301877  
                                   
  N22  C150T  A942G  A7158G  A9254G  T11365C  C16168T  T16249C                        JF739542 GQ119034 Tabbada 2010, Macaulay 2005, Pierson 2006, Hill 2007
                                 
    N22a  292.1AT  C9159T  C12025T  A14587G  T16017C                        AP012414 AY963578 Jinam 2012 ("")
                                 
  A  A235G  A663G  A1736G  T4248C  A4824G  C8794T  C16290T  G16319A                      Derenko 2007, Tamm 2007, Kong 2006, Achilli 2008, Tanaka 2004
                                 
       T152C!                              AY255144  
                                   
      A3  T2857C  A8962G  C9711T                        AP010994 AP008741 Metspalu 2006
                                 
      A4  T16362C                            EF397559 NA18621 Derenko 2007, Metspalu 2006, Kong 2006, Tamm 2007
                                 
        A4a  G1442A                          AP010699  
                                 
          A4a1  G9713A  T16249C                      EF153833 AP008617 Derenko 2007 ("A4")
                                 
            A4a1a  T4928C                      EF153799 EU597529 Derenko 2007 ("A4a")
                                 
        A4b  A12720G  T14290C  T16189C!                      AY519488 EF153771 Derenko 2007, Volodko 2008
                                 
           A200G                          HM036549 EF153819 Derenko 2007
                                   
          A4c  T3504C                        EF114282 GU392075  
                                 
          A4d  C151T  A735G                        EF153775 NA18697 Derenko 2007
                                 
        A4e  (G207A)  G263A  A8459G  C14067T                       
                                 
          A4e1  A11084G                        NA18773 JF824996  
                                 
          A4e2  C3408T  C8409T  C16234T                      AP010832 JN580301  
                                   
          A4e3  G3849A                        NA18632 JF824895  
                                   
        A4f  C298a  G2706A  G6023A  A11557G  C14929T  C16292a                  EF153780 HM852848  
                                 
        A4g  G4113A  A5514G  T9126C  G15217A                      NA18572 HM036566  
                                   
        A2  T146C!  C152T!!  A153G  G8027A  G12007A  C16111T                    DQ282395 DQ282389 Achilli 2008, Volodko 2008, Kong 2006, Tamm 2007, Derenko 2007, Metspalu 2006
                                 
          A2a  C3330T                        EF153808 EU007838 Tamm 2007, Derenko 2007, Achilli 2008, Volodko 2008, Gilbert 2008
                                 
            A2a2  C9301T                      EU482338 EU095540 Volodko 2008
                                 
          A2b  T11365C                        EU095533 Derenko 2007, Achilli 2008, Volodko 2008, Gilbert 2008
                                 
            A2b1  A16265G                      EU725607 EU007894 Gilbert 2008
                                 
             C64T                        EU095538 DQ282394 Achilli 2008
                                   
            A2c  T12468C  G14364A                    HQ012111 EF657578 Tamm 2007 (""), Achilli 2008, Kumar 2011
                                 
            A2d  C6308T                      HQ012117 HQ012050 Achilli 2008, Tamm 2007
                                 
              A2d1  8281-8289d  A11314G                  HQ012083 HQ012061 Achilli 2008
                                 
                A2d1a  T8548C  G16274A                DQ282433 DQ282432 Achilli 2008
                                 
              A2d2  T5081C                    DQ282422 DQ282388 Achilli 2008
                                 
            A2e  G153A!  C7112T  G13708A  T16189C!  G16336A                EF657275 EF657536 Achilli 2008, Tamm 2007
                                 
            A2f  G12940A                       
                                 
              A2f1  T2638C  G3316A  G7897A  T15670C  (C16192T)            EF657254  
                                 
                A2f1a  T1809C  C12092a  C14911T              FJ705809 FJ775667  
                                 
              A2f2  C146T!!  G676A  T16357C                HQ012110 HQ012126 Kumar 2011 ("A2n7")
                                 
              A2f3  C151T  G5585A  A9156G  G11914A!  C14275T  G15323A            HQ012095 HQ012087 Kumar 2011
                                 
            A2g  A7724t  G16391A                    DQ282392 HQ012128 Achilli 2008, Kumar 2011
                                 
              A2g1  A4970G  C13855T                  DQ282391 HQ012076 Kumar 2011
                                 
            A2h  G16526A                      EU095545 EU095202  
                                 
              A2h1  G1598A  G1888A  T12811C  A16335G              HQ012079 JQ705534 Achilli 2008, Behar 2012b
                                 
            A2i  G94A  960.XC  3307.1A  T3308C  C5165T  T6620C  A14280G  T14470C  C15386T  T16325C        EU431080 GQ377757 Achilli 2008
                                 
            A2j  T10595C  A11548G                    JQ705434 HQ012127 Achilli 2008, Behar 2012b
                                 
              A2j1  A11314G                    DQ282398 DQ282393 Achilli 2008
                                 
            A2k  T3202C                      DQ282417 Achilli 2008
                                 
              A2k1  A15924G                    DQ282390 EU095552 Achilli 2008
                                 
               T16111C!                      DQ282411 HQ012056 Kumar 2011 ("A2n")
                                   
              A2l  T15629C                    DQ282409 HQ012133 Kumar 2011 ("A2n2")
                                 
              A2m  C8947T  G9039A  G15172A  A16240G              HQ012131 HQ012062 Kumar 2011 ("A2f5")
                                 
              A2n  G3849A  C9344T  A10700G                EU431082 FJ713602 Kumar 2011 ("A2n1")
                                 
              A2o  A3972G                    HQ012114 DQ282419 Kumar 2011 ("A2n6")
                                 
            A2p  C10199T  G16129A!                    HQ012065 HQ012116 Kumar 2011
                                 
              A2p1  G5585A  T6488C  A8537G                HQ012088 HQ012067 Kumar 2011
                                 
            A2q  T16209C                      JQ705973 HQ012132 Achilli 2008, Behar 2012b
                                 
            A2t  T2071C  G9053A  A11404G  A15236G                HQ012052 HQ012086 Kumar 2011
                                 
            A2u  T16136C                      HQ012053 Kumar 2011
                                 
              A2u1  C12906T  C16257T  C16344T                HQ012073 HQ012057 Kumar 2011
                                 
            A2v  C6491a  C16239T                    AY195786 HM589049 Kumar 2011
                                 
            A2w  A7124G  G11016A                    EU095528 JQ703875 Kumar 2011, Behar 2012b
                                 
            A2x  G9055A  A15924G                    HQ012071 JN419250  
                                 
               A189G                      JQ702200 Behar 2012b
                                   
              A2y  G207A  T5093C  G5910A  T6641C  A16293G  T16304C            GQ398480 GQ398487 Cardoso 2012 ("A2s")
                                 
            A2aa  C16239a  C16266T                    EU095196 EU095201  
                                 
            A2ab  T6216C  G14476A  C16291T                  JQ702592 EU095197 Behar 2012b
                                 
            A2ac  A9377G  T15074C  G16213A                  JQ702324 EU095529 Behar 2012b
                                 
            A2ad  C8471T  A16175G  A16300G                  EF079873 Perego 2012
                                 
              A2ad1  A5298G  G12372A  T14798C  G15734A  T16111C!            JQ965968 JQ965967 Perego 2012
                                 
              A2ad2  G6182A  G10993A                  JQ965970 JQ965969 Perego 2012
                                 
            A2ae  T152C!!!  A487G  A3565G  (A16284G)                JQ704276 JQ705314 Behar 2012b
                                 
            A2af  G73A  106-111d  G5460A  C16360T                  Santos 1994, Kolman 1995, Perego 2012
                                 
              A2af1  T64C!  A6794G  A7960G                Perego 2012
                                 
                A2af1a  T89C                  JQ965977 JQ965978 Perego 2012
                                 
                  A2af1a1  C198T                JQ965972 JQ965975 Perego 2012
                                 
                  A2af1a2  G499A  C2762a  A16175t            JQ965979 JQ965980 Perego 2012
                                 
                A2af1b  T11482C                  JQ965986 JQ965988 Perego 2012
                                 
                  A2af1b1  A3840G  C10343T  G12771A            JQ965983 Perego 2012
                                 
                    A2af1b1a  A200G  G9053A  T13443C  A15847t  T16111C!        JQ965981 JQ965982 Perego 2012
                                 
                    A2af1b1b  C16168T  T16209C            JQ965984 JQ965985 Perego 2012
                                 
                  A2af1b2  G92A  93.1T  A5460G!  G7269A  G8152A  T9944C  G13359A        HQ012106 HQ012104 Perego 2012
                                 
              A2af2  G97c  T204C  A211G  A8563G  A10344G  C14211T  T16189C!          JQ965971 Perego 2012
                                 
            A2ag  reserved                     Malhi (personal communication)
                                 
          A2r  C6935T                        HQ012092 DQ282401 Kumar 2011
                                 
          A2s  T466C  A3145G  T3766C  G7269A  T8552C  T11809C  C12346T  A16207G  T16311C!  C16400T          HQ012070 Kumar 2011
                                 
          A2z  T152C!!!  A214G  C2836T  A3744G  T6632C  C16083T  C16256T                DQ282425 DQ282424  
                                 
        A6  T654C  C3687T  C13287T                        FJ748705 AY963575 Kong 2006, Tamm 2007
                                 
      A7  T146C!  A8413G  G10172A  C15379T  A16051G  G16129A!  T16189C!                  AP008307 AP010709 Metspalu 2006
                                 
      A9  C6950T  A7228G  G8340A  A10700G  A15874G                      Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("A5")
                                 
      A11  C9650T  A16293c                          Qin 2010 ("A10"), van Oven 2010
                                 
        A11a  T1005C  5899.XC  G6755A  T8843C                      GU014565 GQ895149 Zhao 2009 ("A10"), Qin 2010, van Oven 2010 ("")
                                 
           C16234T                          GQ895164  
                                   
          A11b  T3290C  C16527T                      EU597494 FJ748714  
                                 
    A5  A8563G  C11536T                            Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Tamm 2007
                                 
      A5a  2156.1A  G4655A  C11647T  C16187T!                        AP008265 AP008822 Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007
                                 
        A5a1  C14944T                          Kong 2006
                                 
          A5a1a  G10801A                        AP009468 AP008914 Kong 2006
                                 
            A5a1a1  G5773A  T12880C                    DQ272123 AP008433 Kong 2006
                                 
              A5a1a1a  A13221G                    AP010701 AP008290  
                                 
              A5a1a1b  T4736C                    AP008532 AP010976  
                                 
            A5a1a2  C8628T                      AP011037 AP008596 Kong 2006
                                 
          A5a1b  A16160G                        AP008853 AP008562 Kong 2006
                                 
        A5a2  T13461C                          AP011038 AP008340 Kong 2006
                                 
        A5a3  A12909G                          AP008835 NA18997  
                                 
      A5b  T961C  965.XC                          JF824862  
                                   
        A5b1  G1709A  T16126C  A16235G                      GQ999962 NA18611 Kong 2006, Metspalu 2006, Wen 2005 ("A6")
                                 
          A5b1a  C10637T                        AP008364 AP010989  
                                 
          A5b1b  C16234T                        JF824875 HG00557  
                                   
      A5c  T152C!  G16129A!  G16213A                        EF153816 AP008874 Derenko 2007, Kong 2006, Metspalu 2006
                                 
    A8  C16242T                              EU482363 Volodko 2008, Malyarchuk 2010b ("A8a")
                                 
      A8a  C64T  T146C!                          AY519486  
                                   
        A8a1  T152C!  G6962A  G8865A  A12777G                      EF153797 JX266267  
                                   
    A10  T5393C  C7468T  G9948A  C10094T  A16227c  T16311C!                      HM569228 GU122995 Malyarchuk 2010b ("A8b")
                                 
  O  G6755A  C9140T  G16213A                            AY289059 Palanichamy 2004, van Holst Pellekaan 2006, Pierson 2006, Hudjashov 2007 ("N12")
                                 
    O1  T152C!  C509T  G5563A  T6221C  T15300C  T15852C  C15885T  G16303A  T16362C                  DQ404447 Hudjashov 2007
                                 
      O1a  G5460A  A15924G                          AY289056 Rasmussen 2011
                                 
  S  T8404C                                Hudjashov 2007, Metspalu 2006, Palanichamy 2004, van Holst Pellekaan 2006
                                 
    S1  G14384c  T16075C                            AF346963 Hudjashov 2007
                                 
      S1a  C150g  A189G  A215G  C271g  G8251A  T8506C  C15040T  T16172C  T16311C!                  JN226144 DQ404440  
                                   
    S2  C2380T  G3438A  T6167C                          AY289051 AF346964 Hudjashov 2007
                                 
       T152C!                              Hudjashov 2007
                                   
      S3  T63C  C64T  G66A  C151T  T195C!  T710C  T5302C  T5492C  T8277C  8278.XC  T9938C  A10398G!  T10786C  C11151T  T15204C  G15317A  T15663C  C15664T  T16140C  C16187T!  T16189C!  C16287T  T16311C!  AY289066 AY289067 Hudjashov 2007
                                 
      S4  G1007A  A4181G  T5090C  C6528T  G7498A  C9866T  T16172C  C16192T  G16319A                AY289062 Hudjashov 2007
                                 
      S5  A234G  A249d  A508G  C1375T  C3169T  T3593C  C3996T  G8027A  A10188G  A11470G  C13770a  C14121T  T16243C  C16256T        EF495220 Hudjashov 2007
                                 
  X  T6221C  C6371T  A13966G  T14470C  T16189C!  C16278T!                        Achilli 2008, Reidla 2003, Kivisild 2006, Derenko 2007, Tamm 2007
                                 
    X1'2'3  A153G                               
                                 
      X1'3  T146C!                            Reidla 2003 ("X1")
                                 
        X1  T5302C  A14587G  T15654C  (C16104T)  T16278C!!                    Reidla 2003 ("X1a")
                                 
          X1a  A6359G  C7533T  C8140T                      EU600318 EU935456  
                                 
          X1c  G7337A  T9615C                      HM765467 FJ460521  
                                 
        X3  G3531A  C13785T  T13879C  G14560A  T15672C                    EF177437 Reidla 2003 ("X1b")
                                 
          X3a  C256T                        JQ245804 EU600320  
                                 
      X2  T195C!  G1719A                          GQ200588 JQ245739 Achilli 2008, Reidla 2003, Tamm 2007, Kivisild 2006, Perego 2009
                                 
           G225A                          EU600328  
                                   
          X2a'j  A12397G                         
                                 
            X2a  A200G  A8913G  T14502C  G16213A                Achilli 2008, Reidla 2003, Perego 2009
                                 
              X2a1  G143A  A225G!  T3552C  T16093C                EU439939 FJ168765 Perego 2009
                                 
                X2a1a  A6113G  T16357C                FJ168759 Perego 2009
                                 
                  X2a1a1  G153A!  T204C  C16093T!  G16319A  A16213G!        EU095249 EU095251 Perego 2009
                                 
                X2a1b  A8422G                  FJ168761 FJ168760 Perego 2009
                                 
                  X2a1b1  A7299G                FJ168762 Perego 2009
                                 
                    X2a1b1a  T6680C              FJ168763 EU095242 Perego 2009
                                 
                X2a1c  A8842G  C16104T  C16147T              EU095244 FJ168764 Perego 2009
                                 
              X2a2  G1415A  T10256C  G14560A  A16254c              FJ825753 AY195787 Perego 2009
                                 
            X2j  44.1C  T794C  G2120A  G9548A  A15469G  C16179T  T16357C            EU935450  
                                 
          X2b'd  G13708A                         
                                 
            X2b  C8393T  G15927A                    FJ457949 FJ441666 Reidla 2003
                                 
                 T226C                    JQ704959 JQ702096 Behar 2012b
                                   
                X2b1  C8814T  C16248T                EF556159 EF556175 Behar 2008a
                                 
                X2b2  A4722G  C7400a  A11908G              AF381986 Reidla 2003
                                 
                X2b3  G8269A  A14818c                DQ523642 DQ112870  
                                 
                X2b4  G3705A                  JQ701946 JQ343921 Behar 2012b
                                 
                  X2b4a  G8592A                EU600321 GU945542  
                                 
                X2b5  A10532G  C13251T                EU597556 JQ705509 Behar 2012b
                                 
                X2b6  C4577T  A7570G  G11914A!  G14016A            JQ705374 JQ705179 Behar 2012b
                                 
                X2b7  T4216C                  JQ704754 JQ705082 Behar 2012b
                                 
            X2d  G153A!  A225G!  A6791G  T8503C                  JQ705795 Reidla 2003, Behar 2012b
                                 
              X2d1  T204C  G207A  A5186G  T11878C                JQ702739 GQ231312 Behar 2012b
                                 
              X2d2  T15300C                    HM625691 JQ701817 Behar 2012b
                                 
          X2c  A227G  G16255A                      DQ523631 JQ705155 Reidla 2003, Behar 2012b
                                 
            X2c1  T8705C                      JQ705480 JQ705030 Behar 2012b
                                 
              X2c1a  C16108T                    JQ702817 FJ348156 Behar 2012b
                                 
              X2c1b  A8463G  A16300G                  HM370114 EU677423  
                                 
              X2c1c  A200G                    JQ705612 JQ703703 Behar 2012b
                                 
          X2e  T15310C                        Reidla 2003, Derenko 2007
                                 
            X2e1  C16189a                      EF556165 HM852758 Behar 2008a
                                 
            X2e2  A225G!  C12084T                     
                                 
              X2e2a  A3948G                    JQ245787 EU600324  
                                 
                X2e2a1  A13327G                  FJ147306 EF153772  
                                   
              X2e2b  A16265G                    AB626609 JQ245775  
                                   
             G153A!                         
                                     
            X2g  G769A!  C5111T  T9722C  G13368A  G15650A  A15924G              FJ168756 Perego 2009
                                 
            X2l  T9899C  C11197T  A15358G                  JQ704985 EF556183  
                                   
          X2h  C8467T  A9033G  T16223C                      EU600325 EU600326 Shlush 2008
                                 
          X2i  C16248T                        JQ245730 HQ529295 Behar 2012b
                                 
          X2m'n  T226C                         
                                   
            X2m  G143A  G153A!                     
                                 
              X2m1  A235G  C16292T                  FJ008043 FJ966243  
                                 
              X2m2  C4059T  C6713T  T8473C  T16217C                JQ705389 JQ705217 Behar 2012b
                                 
            X2n  C64T  G263A  G4659A  T9903C  C15793T  C16266T              EF660942 JQ705988  
                                   
          X2o  A1656d  T9840a  T13656C                      JQ245731 JQ245770  
                                   
        X2f  A257G                          EU600323 HM852756 Reidla 2003
                                 
        X2k  C13212T                          JQ704866 JQ701905 Behar 2012b
                                 
    X4  T152C!  T195C!  T6227C  G12406A  C16266T  G16274A  G16390A                      HQ456226 JQ245765 Behar 2012b
                                 
  R  T12705C  T16223C