PhyloTree.org - mtDNA subtree N
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                      Example accessions
N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                           
                                   
  N1'5  G1719A                                 
                                   
    N1  T10238C  G12501A                             
                                   
      N1a  T204C  A13780G                           
                                   
        N1a1'2  T199C                           
                                   
          N1a1  573.XC  A10398G!  G15043A                     
                                   
            N1a1a  T669C  G2702A  A5315G  A8901G  C16147g  T16172C  C16248T  C16355T            JQ245777
                                   
                 T152C!                      JQ245754
                                     
                N1a1a1  T3336C  G16147A                 
                                   
                  N1a1a1a  C16320T                 
                                   
                    N1a1a1a1  A2702G!  C8164T  G9300A            GU290215 EF486519
                                   
                      N1a1a1a1a  T6641C  T16189C!            GU290209 EF153778
                                   
                    N1a1a1a2  G207A  G8485A  T15299C  T16086C  C16172T!          FJ348184 GU290211
                                   
                    N1a1a1a3  T16154C                GU290216
                                   
                  N1a1a1b  C152T!!  C1711T  C7750T  T8227C  G8573A  G10143A  T10454C  A11884G  A12358G  T16093C    GU290207
                                   
                N1a1a2  A4721G                    JQ701924 EF486517
                                   
              N1a1a3  G2758A!                      JQ245794 JQ245789
                                   
            N1a1b  T250C  A4529t  G8251A  A15924G  G16391A                 
                                   
              N1a1b1  G143A  T710C  T10790C  A16309G  T16311C!                JQ245735 KF146262
                                   
              I  T10034C  G16129A!                    JQ245791 KF146252
                                   
                I1  455.1T  G6734A  G9966A  T16311C!              JQ245776 JQ704077
                                   
                  I1a  A3447G  G8616t  T16172C              HM454265
                                   
                    I1a1  G203A  C3990T  G9947A  A9966G!  T10915C!          FJ460562 EF177414
                                   
                      I1a1a  G9053A              KF146236 JQ245749
                                   
                        I1a1a1  C15547T            KF899911 JX171130
                                   
                        I1a1a2  C1342T            HG00369 AY339509
                                   
                      I1a1b  T14182C              JQ704690 JQ705595
                                   
                      I1a1c  T6620C              GU123027 JQ702023
                                   
                      I1a1d  A1836G  T4023C  T13488C  T16189C!        JQ705189 JQ702342
                                   
                      I1a1e  T13404C              JQ701900 KJ095105
                                   
                  I1b  T6227C                  FJ968796 EF556153
                                   
                  I1c  G8573A  C16264T  G16319A  T16362C            JQ705932
                                   
                    I1c1  T9386C  C16270T              KF146244
                                   
                      I1c1a  G6267A  A6359G            JQ705364 EU564849
                                   
                  I1d  C8161T  A13614G  A16391G!              KF146245 KF146246
                                   
                  I1e  T6524C  G6755A  A7796G              JX462710 HM156684
                                   
                I2'3  T152C!  G207A                 
                                   
                  I2  A15758G                  EU570217 JQ245744
                                   
                    I2a  A11065G  G16145A              HQ695930 JQ705175
                                   
                      I2a1  A533G  T3398C            HQ724528
                                   
                        I2a1a  C5922T            HG00329 AM260588
                                   
                      I2a2  G9266A              JQ705921 JQ703910
                                   
                    I2b  T6515C  8281-8289d  A16166c            AY339498 AY339499
                                   
                    I2c  T460C  G9438A              JQ705666 JQ702253
                                   
                    I2d  G6480A                JQ245747 JQ705244
                                   
                    I2e  G3591A                JQ703106 JQ702578
                                   
                  I3  T239C                 
                                   
                    I3a  T16086C                JQ702041 JQ245751
                                   
                      I3a1  G2849A              JQ704837 HQ420832
                                   
                    I3b  C16494T                JQ705377 GU590993
                                   
                    I3c  T2628C                JQ703883 KJ021060
                                   
                    I3d  T8260C                JX440338
                                   
                      I3d1  A183G  C382T  A1900G  T14299C          JQ702647 KC754361
                                   
                I4  G8519A                    KJ021059
                                   
                  I4a  A10819G                  JQ702369 JQ245737
                                   
                    I4a1  T16304C                EF153786 KF006401
                                   
                    I4a2  C9851T                HG00154 KF254840
                                   
                  I4b  A2308G  G4113A  C13662T              JQ704976 KF146261
                                   
                I5  A14233G                    JQ245724
                                   
                  I5a  T5074C  C16148T               
                                   
                    I5a1  8281-8289d  A12961G              JQ245807
                                   
                      I5a1a  G8860A              JQ705096 KF146248
                                   
                      I5a1b  C204T!  T13602C  T15968C          JQ704713 EF660917
                                   
                      I5a1c  G6182A              EU597573 KF146247
                                   
                    I5a2  A3615G  A8742G              NA12342
                                   
                         T16086C              JQ701894
                                     
                        I5a2a  G3705A  T5096C  G5773A  C8562T  T15941C      JQ245781 JQ245780
                                   
                    I5a3  C150T  G5231A  T6278C  C9190T  C12073T  A15052G  C16301T      JQ245772 JN415483
                                   
                    I5a4  A574c  T12408a  A15244G  C16192T  C16294T          KF146249 FJ348190
                                   
                  I5b  G709A  C6506T                KF255549
                                   
                    I5b1  C199T!  C459d  T16017C            KF146250 HM852817
                                   
                  I5c  C16169T                  KF644562
                                   
                    I5c1  G1438A  T16075C  C16260T            KF146251 KC787372
                                   
                I6  T3645C                   
                                   
                  I6a  (G203A)  G3915A  A6116G  A7804G  T15287C  (A16293c)          JQ705382 DQ112955
                                   
                  I6b  C10955T  C16185T                JQ245773 HM852831
                                   
                I7  C3534T  A4829G  T16324C                KF146253 JF298212
                                   
          N1a2  T953C  C3783a  C6713T  G7830A  G9947A  T13437C  G16274A  C16301T  T16356C            AY714008
                                   
        N1a3  A189G  T195C!  G207A  A210G  T8222C  T11025C  T11437C  G11914A!  A13637G  A16265G              KC867103 KC867104
                                   
          N1a3a  C16201T                          KC867116 KC867107
                                   
            N1a3a1  G210A!  C16259T  C16270g  G16319A                  KC867113 JQ704073
                                   
            N1a3a2  T5981C  C16111T                      KC867115 KC867114
                                   
            N1a3a3  C204T!  G14560A                      KC867109 GU123019
                                   
      N1b  T152C!  G1598A  C2639T  G5471A  G8251A  A8836G  C16176g  G16390A                 
                                   
        N1b1  C1703T  C3921a  C4960T  C8472T  A12822G  G16145A                   
                                   
          N1b1a  C9335T  A11362G                        JQ245727 JQ705744
                                   
            N1b1a1  455.1T  T1703C!  A8084G                    EU742151
                                   
            N1b1a2  C4904T                        JQ705186 JQ245725
                                   
              N1b1a2a  C8264T                      JQ705552 HQ315687
                                   
              N1b1a2b  A3221G  G4820A  T5291C  C8309T                  JQ704068 FJ493516
                                   
            N1b1a3  T9957C                        JQ245803 HM765456
                                   
               G16129A!                        EU742150
                                     
              N1b1a4  G185A  A188G  T8763C                  EF660993 HM236190
                                   
            N1b1a5  T4967C                        GU122992 JQ701805
                                   
            N1b1a6  C7010T  T8469C                      JQ702718 JQ245756
                                   
               T195C!                        JQ702973
                                     
              N1b1a7  T1406C                      JF265069 HQ384201
                                   
          N1b1b  C4735a  A4917G  A11928G  C12092T  C13129T  A13710G  G16176A                KF297809 KF297808
                                   
            N1b1b1  T14581C                        DQ301794 EU742154
                                   
        N1b2  A1719G!  C5507a  A12026G  T15784C  A16258c                    JQ245799 JQ245798
                                   
    N5  T5063C  A7076G  A9545G  T11626C  (A13434G)  C16111T  T16311C!                      AY714031
                                   
      N5a  T131C  T199C  G228A  A234G  A374G  A6974G  (T13830C)  G15119A  T16144C  C16185T  C16261T  G16319A            GU480015 GU480020
                                   
  N2  A189G  G709A  G5046A  C11674T  T12414C                           
                                   
    N2a  T199C  C739T  T7581C  G15106A  G16153A  G16319A                        EU787451 JF904935
                                   
    W  T195C!  T204C  G207A  T1243C  A3505G  G5460A  G8251A  G8994A  A11947G  G15884c  C16292T                KF056262
                                   
      W1  C7864T                              JQ702793 KF146268
                                   
        W1a  T5495C  C12669T                          AY339475 AY339491
                                   
        W1b  A227G  T4928C  G9612A                        AY339462 AY339465
                                   
          W1b1  A10086G                          AY339466 JQ702545
                                   
           T119C                            FJ472633 JQ705036
                                     
          W1c  A14148G                          JQ702450 JQ245768
                                   
            W1c1  T11204C  A12648G  C16184T                    JQ702327 JQ704790
                                   
          W1i  T5580C                          KF146267 JQ702332
                                   
        W1d  G189A!  C194T  A200G  T8383C  C9278T  A14981c  C16260T  T16292C!  T16298C              EF556154
                                   
        W1e  A8659G  A8887G                          JQ705839
                                   
          W1e1  C16295T                          FJ543390 HM625692
                                   
            W1e1a  A10398G!  T16324C                      JQ702638 KF146263
                                   
        W1f  T9950C                            FJ384432 FJ348225
                                   
        W1g  C16320T                            JQ702249 JQ704975
                                   
        W1h  G16145A                            JQ898579 KF146270
                                   
          W1h1  G513c                          JQ703970 KF146271
                                   
         C194T                              EU086510
                                     
        W3  T1406C                           
                                   
          W3a  T15784C                          JQ705313
                                   
            W3a1  A13263G                        KF146273 JQ245760
                                   
              W3a1a  C7151T                     
                                   
                W3a1a1  G3421A                    JQ705286 FJ472839
                                   
                W3a1a2  G5585A  A9127G                  GU123000 JQ705642
                                   
                W3a1a3  T15109C                    FJ821289 EF657508
                                   
              W3a1b  T10245C                      GU002155 AY714043
                                   
                 T199C                     
                                     
                W3a1c  G7269A                    JQ703058 JQ702804
                                   
                W3a1d  A10398G                    KF142470 JQ704160
                                   
            W3a2  T5291C  T16209C  G16255A                    JQ705487 GU147938
                                   
          W3b  T199C  G12923t                        KF146279 JQ245743
                                   
            W3b1  G189A!  T7058C                      JQ701824 JQ702298
                                   
        W4  G143A  T196C  (C16286T)                        KF146281
                                   
          W4a  T192C                          AY714018
                                   
            W4a1  G3531A  T16292C!                      HM034304 EU400619
                                   
          W4b  G7444A                          KF146280 FJ348217
                                   
          W4c  G11947A!                          KF146282 NA20503
                                   
          W4d  C16082T                          KF146283 JQ245758
                                   
        W5  C6528T  A15775G                          KF146285
                                   
          W5a  A10097G  T16362C                        JQ701827
                                   
            W5a1  T10410C                        JN583886
                                   
              W5a1a  T4363C                      EF652811 KF146284
                                   
                W5a1a1  A9275G                    JF431251 EU135972
                                   
                  W5a1a1a  T57C  60.1T  T139C                HM057816 GU828018
                                   
            W5a2  C150T                        HG00148 GU726895
                                   
              W5a2b  T3644C  A16177G                    JQ705278 JF419335
                                   
          W5b  60.1TT  T65d  G11696A                      EU744586 JQ703283
                                   
        W6  A4093G  T8614C  C16192T  T16325C                      JQ245723 KF146287
                                   
          W6a  T8610C                          NA20804 JQ705209
                                   
          W6b  T4646C  T6297C  T8705C                      JQ245761 FJ473381
                                   
            W6b1  G7269A  T16192C!                      JQ245728 KF146290
                                   
          W6c  C8002T  C8658T                        JF275845
                                   
            W6c1  A8149G                        KF700922
                                   
              W6c1a  T16192C!  C16211T                    KF553923 EU515252
                                   
          W6d  C9211T                          KF146288 JQ245762
                                   
        W7  G185A                            HM352797 JQ702147
                                   
        W8  G5147A  G8697A                          NA19776 JQ245778
                                   
        W9  C14097T                            JQ245759 JQ702358
                                   
  N3  T146C!  A210G  C571T  T1005C  G3357A  G6366A  A6806G  G7897A  A8653G  T8937C  G10586A  T14634C  T16086C  T16172C  C16187T!  T16189C!  T16217C          KC867130
                                   
    N3a  T5048C  C9815T  A11128G                            KC867127 JQ705752
                                   
      N3a1  G14569A                              KC867129 KC867132
                                   
    N3b  T5553C  C9211T  T15670C                            KC867123 KC867131
                                   
  N7  A723G  G6570t  T11617C  A13542G  C14668T  C15945T  G16129A!  (A16318G)                     
                                   
    N7a  G75t  T152C!  T279C  A508G  T3396C  G5261A  A5390G  A6710G  A9254G  G9438A  A16051G  T16063C               
                                   
      N7a1  G709A  A16166d  A16463G  A16466G                        KC887495 KC505118
                                   
      N7a2  T10370C  C16173T  C16355T                          KC505116 KC887473
                                   
    N7b  G1503A  G1888A  G3391A  C5135T  A8483G  C12906T  C14485T                      KC505117 KC505119
                                   
  N8  A2760G  T3027C  T7885C  T7961C  A8188G  A10398G!  A13710G  C15211T  T16263C  G16274A  T16311C!  A16343G                JX289118 HM030548
                                   
  N9  G5417A                                 
                                   
    N9a  C150T  G5231A  A12358G  G12372A  C16257a  C16261T                        NA18628
                                   
      N9a1'3  G16129A!                             
                                   
        N9a1  T4386C  G12007A  C16111T                        AP008726 HM589048
                                   
          N9a1a  A15095G                          FJ748708 AY255141
                                   
        N9a3  A4129G  T12354C  A12612G                        AP008608 JN857057
                                   
      N9a2'4'5  T16172C                             
                                   
        N9a2  T961C  T15067C                          JN857033 AP008414
                                   
          N9a2a  A16497G                          AP008406 AP011046
                                   
            N9a2a1  C338T  T14968C  T16304C                    NA18973 AP008673
                                   
            N9a2a2  A14148G                        JN857061 AP010674
                                   
            N9a2a3  T4688a  T5553g                      NA19082 AP010995
                                   
          N9a2c  G10685A  A13857G  C16250T                      AP008630 AP008873
                                   
          N9a2d  A3537G  G11016A                        AP009434 AP008420
                                   
        N9a4  G1664A  G16145A  C16245T                       
                                   
          N9a4a  G4820A                          NA18991 AP008558
                                   
          N9a4b  T16092C                          HG00531 AP008385
                                   
        N9a5  A3729G  G15883A  T16189C!  T16209C                      AP008895 AP011045
                                   
      N9a6  T4856C  C16292T                            HM596703
                                   
        N9a6a  C13742T  A15080G  C16294T                        AP012369 HM596644
                                   
        N9a6b  G10530c  G14364A  T16342C                        AP012413 AP012410
                                   
      N9a7  G14016A  C16291T                            AP011016 AP008400
                                   
      N9a8  T11368C  T15090C                            AP008714 JN857027
                                   
      N9a9  T2887C                              NA18563 FJ147307
                                   
      N9a10  G12771A                              GU392084
                                   
        N9a10a  G9755A  A11968t  T16261C!                        HM238208 JN084084
                                   
           T16311C!                            FJ748719
                                     
          N9a10b  42.1G  G6899A                        KF849926 HG00406
                                   
    N9b  G5147A  C10607T  G11016A  A13183G  A14893G  T16189C!                     
                                   
      N9b1  G12501A                              AP010722
                                   
        N9b1a  A9410G                            AP008610 AP008464
                                   
        N9b1b  G7830A  G16129A!  G16390A                        AP008784 AP008635
                                   
        N9b1c  G94A                            AP008821 AP008666
                                   
          N9b1c1  G207A                          AP008529 AP010834
                                   
      N9b2  C16294T                              AP013239
                                   
        N9b2a  A16309G                            AP008790 AP008660
                                   
      N9b3  G14996A                              AP008474 AP008901
                                   
      N9b4  C16187d  C16188T                            HM776709 AP008620
                                   
    Y  G8392A  A10398G!  T14178C  A14693G  T16126C  T16223C  T16231C                     
                                   
      Y1  T146C!  G3834A  (C16266T)                          EF153813
                                   
        Y1a  A7933G  T16189C!                          HM776715 EF153825
                                   
        Y1b  A10097G  C15460T                          GU123044
                                   
          Y1b1  G15221A                          AY255138 JF824832
                                   
            Y1b1a  C9278T                        JF824992 AP008534
                                   
      Y2  T482C  G5147A  T6941C  G7859A  A14914G  A15244G  T16311C!                    AP008723 EF153812
                                   
        Y2a  T12161C                            GQ119016 KC994149
                                   
          Y2a1  T11299C                          GQ119013 HM596675
                                   
            Y2a1a  C2856T  G13135A                      KC994134 KC994040
                                   
        Y2b  C338T                            AP008764 EF153798
                                   
  N10  G750A  A5581G  T16172C  T16362C                           
                                   
    N10a  G185A  A189G  C3543T  A3873G  A4562G  G7853A  G10373A  T12136C  A13434G  G13928c  C14953T  C15211T  T16189C!            HM030521 HM030542
                                   
    N10b  C150T  T152C!  T199C  G709A  T2010C  A2707c  T4977C  A6245G  C8130T  T8167C  C9459T  T10345C  C12092a  A14053G  A15226G  C16069T  C16278T!  C16291a  T16298C    HM030500
                                   
  N11  C11581a                                 
                                   
    N11a  T195C!  A813G  A7975G  T8618C  A10289G  T10908C  T14311C  T14431C  T14502C  T15514C  T15900C  C16355T              HM030528
                                   
      N11a1  T6674C  A12634G  T16189C!                          HM030536 HM030513
                                   
    N11b  C150T  C261T  G3736A  T4080C  C5234T  T6092C  T6620C  G7356A  A8512G  T8867C  A9503G  A9596G  T10321C  T11204C  C11728T  C12401T  A14357G  G16129A!  C16193T  T16209C  C16270T  C16291T    GU733740 GU733776
                                   
  N13  T146C!  T152C!  A178G  T195C!  G2831A  C5704T  T6896C  T10101C  A11020G  A13263G  A16066G  C16261T  C16290T                EF495214 JN226143
                                   
  N14  G1598A  G1888A  A4917G  T5291C  G8251A  G8269A  A11491G  G14384c  C15040T  G15884c                    DQ112753
                                   
  N21  C150T  A337d  A6752G  A8701G!  A10583G  T13437C  G14560A  C16193T                      GQ301885
                                   
       T195C!                                GQ301867 GQ301887
                                     
      N21a  C9512T  G13135A  C16291T                          AP012425 GQ301877
                                   
  N22  C150T  A942G  A7158G  A9254G  T11365C  C16168T  T16249C                        JF739542 GQ119034
                                   
    N22a  292.1AT  C9159T  C12025T  A14587G  T16017C                        AP012414 AY963578
                                   
  A  A235G  A663G  A1736G  T4248C  A4824G  C8794T  C16290T  G16319A                       
                                   
       T152C!                                AY255144
                                     
         T16362C                              EU482374
                                     
        A1  G1442A                            AP010699
                                   
          A1a  G9713A  T16249C                        EF153833 AP008617
                                   
            A1a1  T4928C                        EF153799 EU597529
                                   
        A2  T146C!  C152T!!  A153G  G8027A  G12007A  C16111T                    DQ282395 HG01187
                                   
          A2a  C3330T  C16192T                        EU007844 EU482342
                                   
            A2a1  C16261T                        EU095547 EU007884
                                   
            A2a2  C9301T                        EU007847 EU482349
                                   
            A2a3  T16311C!                        EU007886 EU725611
                                   
            A2a4  G5460A  T16093C                      KC711001 KC711007
                                   
            A2a5  T3552C  T12166C  A16233G  A16331G  C16362T!                EU095526 KC711017
                                   
          A2b  T11365C                          EU095533
                                   
            A2b1  A16265G                        EU725607 EU007894
                                   
             (C64T)                          EU095538 DQ282394
                                     
            A2c  T12468C  G14364A                      HQ012111 KC257400
                                   
            A2d  C6308T                        HQ012117 HQ012050
                                   
              A2d1  8281-8289d  A11314G                    HQ012083 HQ012061
                                   
                A2d1a  T8548C  G16274A                  DQ282433 DQ282432
                                   
              A2d2  T5081C                      DQ282422 DQ282388
                                   
               G153A!                       
                                     
              A2e  C7112T  G13708A  T16189C!  G16336A                EF657275 EF657536
                                   
              A2ao  C9650T                      HQ012105
                                   
                A2ao1  T3394C  C16264T                  HQ012100 JQ702177
                                   
            A2f  G12940A                       
                                   
              A2f1  T2638C  G3316A  G7897A  T15670C  (C16192T)              EF657254
                                   
                A2f1a  T1809C  C12092a  C14911T                FJ705809 FJ775667
                                   
              A2f2  C146T!!  G676A  T16357C                  HQ012110 HQ012126
                                   
              A2f3  C151T  G5585A  A9156G  G11914A!  C14275T  G15323A              HQ012095 HQ012087
                                   
            A2g  A7724t  G16391A                      DQ282392 HQ012128
                                   
              A2g1  A4970G  C13855T                    DQ282391 HQ012076
                                   
            A2h  G16526A                        EU095545 EU095202
                                   
              A2h1  G1598A  G1888A  T12811C  A16335G                HQ012079 JQ705534
                                   
            A2i  G94A  960.XC  3307.1A  T3308C  C5165T  T6620C  A14280G  T14470C  C15386T  T16325C          EU431080 GQ377757
                                   
            A2j  T10595C  A11548G                      JQ705434 HQ012127
                                   
              A2j1  A11314G                      DQ282398 DQ282393
                                   
            A2k  T3202C                        DQ282417
                                   
              A2k1  A15924G                      EU095552
                                   
                A2k1a  A8460G                    DQ282390 HG01097
                                   
               T16111C!                        DQ282411 HQ012054
                                     
              A2l  T15629C                      DQ282409 HQ012133
                                   
              A2m  C8947T  G9039A  G15172A  A16240G                HQ012131 HQ012062
                                   
              A2n  G3849A  C9344T  A10700G                  EU431082 FJ713602
                                   
              A2o  A3972G                      HQ012114 DQ282419
                                   
              A2ai  T5494g  A11248G  G16213A                  HQ012107 NA19770
                                   
              A2aj  G1442A  T1738C  A5378G  G10373A  C16270T                HQ012056 NA19777
                                   
               G16129A!                       
                                     
              A2p  C10199T                      HQ012065 HQ012116
                                   
                A2p1  G5585A  T6488C  A8537G                HQ012088 HQ012067
                                   
                A2p2  G3591A  C14791T  (T16178g)  (T16209C)  (G16274A)            KC257370 EF657488
                                   
              A2am  T6253C  T15229C  G15314A                  DQ282403 HG01047
                                   
            A2q  T16209C                        JQ705973 EU431081
                                   
              A2q1  G7604A  T7861C                    HQ012132 JQ705557
                                   
            A2t  T2071C  G9053A  A11404G  A15236G                  HQ012052 HQ012086
                                   
            A2u  T16136C                       
                                   
              A2u1  C12906T  C16257T  C16344T                  HQ012073 HQ012057
                                   
              A2u2  C16260T                      HQ012066 HQ012053
                                   
            A2v  C16239T                        HG01342
                                   
              A2v1  C6491a                      AY195786
                                   
                   T152C!!!                    HQ012109 JQ702093
                                     
                  A2v1a  A7403G                  HQ012085 HM589049
                                   
                  A2v1b  C16234T                  JQ705501 JQ702765
                                   
            A2w  A7124G  G11016A                      HG01375 HG01356
                                   
              A2w1  573.XC  C16187T!                    JQ703875 JN100648
                                   
            A2x  G9055A  A15924G                      HQ012071 JN419250
                                   
            A2y  A189G  G207A  T5093C  G5910A  T6641C  A16293G  T16304C              GQ398480 GQ398487
                                   
            A2aa  C16239a  C16266T                      EU095196 EU095201
                                   
            A2ab  T6216C  G14476A  C16291T                    JX887155 JQ702592
                                   
            A2ac  A9377G  T15074C  G16213A                    EU095529
                                   
              A2ac1  G9055A  A9473c  A14687G                  JQ702324 HG01440
                                   
            A2ad  C8471T  A16175G  A16300G                    EF079873
                                   
              A2ad1  A5298G  G12372A  T14798C  G15734A  T16111C!              JQ965968 JQ965967
                                   
              A2ad2  G6182A  G10993A                    JQ965970 JQ965969
                                   
            A2ae  T152C!!!  A487G  A3565G  (A16284G)                  JQ704276 JQ705314
                                   
            A2af  G73A  106-111d  G5460A  C16360T                 
                                   
              A2af1  A6794G  A7960G                   
                                   
                A2af1a  T89C                    JQ965977 JQ965978
                                   
                  A2af1a1  C198T                  JQ965972 JQ965975
                                   
                  A2af1a2  G499A  C2762a  A16175t              JQ965979 JQ965980
                                   
                A2af1b  T11482C                    JQ965986 JQ965988
                                   
                  A2af1b1  A3840G  C10343T  G12771A              JQ965983
                                   
                    A2af1b1a  A200G  G9053A  T13443C  A15847t  T16111C!          JQ965981 JQ965982
                                   
                    A2af1b1b  C16168T  T16209C              JQ965984 JQ965985
                                   
                  A2af1b2  G92A  93.1T  A5460G!  G7269A  G8152A  T9944C  G13359A        HQ012106 HQ012104
                                   
              A2af2  G97c  T204C  A211G  A8563G  A10344G  C14211T  T16189C!            JQ965971
                                   
            A2ag  T195C!  T9653C                      KC998702 KC998703
                                   
            A2ah  T16097C  A16098G                      KC503930 KC503929
                                   
            A2ak  T8654C  C9668T  T15458C  A16466c                  JQ701855 NA19663
                                   
            A2al  C3516T  T11152C  T16126C                    HG01492 JQ701976
                                   
            A2an  T8772C                        JQ705746 EU597486
                                   
               T16189C!                        JQ435789
                                     
              A2ap  A9809G                      HQ012115 HM569227
                                   
            A2aq  G143A  C808T  G3421A  G6267A  T6374C  C16355T                KC998705 KC998706
                                   
          A2r  C6935T                          HQ012092 DQ282401
                                   
            A2r1  G103A  C9518T                      HQ012063 JQ702393
                                   
          A2s  T466C  A3145G  T3766C  G7269A  T8552C  T11809C  C12346T  A16207G  T16311C!  C16400T          HQ012070
                                   
          A2z  T152C!!!  A214G  C2836T  A3744G  T6632C  C16083T  C16256T                DQ282425 DQ282424
                                   
        A6  T654C  C3687T  C13287T                       
                                   
          A6a  A4257G                          AY963575 AY255166
                                   
          A6b  T146C!  T6707C  A8531G  G10993A  T15670C                    FJ748705 KF056300
                                   
        A12  A12720G  T14290C  T16189C!                        EF153771
                                   
          A12a  G1709A  A9754G  G16039A  T16356C                    EF397560 AY519488
                                   
           A200G                            HM036549 EF153819
                                     
          A13  T3504C                          EF114282 GU392075
                                   
          A14  C151T  A735G                        EF153775 NA18697
                                   
        A15  (G207A)  G263A  A8459G  C14067T                     
                                   
          A15a  A11084G                          NA18773 JF824996
                                   
          A15b  C3408T  C8409T  C16234T                      AP010832 JN580301
                                   
          A15c  T15262C                          JF824895
                                   
            A15c1  T4216C  A9052G  T13111C  A15924G                  KF056313 KF056304
                                   
        A16  C298a  G2706A  G6023A  A11557G  C14929T  C16292a                    EF153780 HM852848
                                   
        A17  G4113A  A5514G  T9126C  G15217A                      NA18572 HM036566
                                   
        A18  T11465C                            HG00634 NA18615
                                   
        A19  T199C  C15436T  T16311C!                        GU377085 NA18621
                                   
        A20  A14696G                            AP010675 NA18164
                                   
        A21  G14364A                            KF056302 GQ895144
                                   
        A22  T6378C  C8393T  G9123A  T9128C                        JF824891 NA17967
                                   
      A3  T2857C  A8962G  C9711T                          AP013217 AP010833
                                   
        A3a  A13140G                            AP013268 AP008741
                                   
      A7  T146C!  A8413G  G10172A  C15379T  A16051G  G16129A!  T16189C!                    AP008307 AP010709
                                   
      A9  C6950T  A7228G  G8340A  A10700G  A15874G                       
                                   
      A11  C9650T  A16293c                           
                                   
        A11a  T1005C  5899.XC  G6755A  T8843C                      GU014565 GQ895149
                                   
           C16234T                            GQ895164
                                     
          A11b  T3290C  C16527T                        EU597494 FJ748714
                                   
    A5  A8563G  C11536T                             
                                   
      A5a  2156.1A  G4655A  C11647T  C16187T!                        AP008265 AP008743
                                   
        A5a1  C14944T                           
                                   
          A5a1a  G10801A                          AP009468 AP008914
                                   
            A5a1a1  G5773A  T12880C                      DQ272123 AP008433
                                   
              A5a1a1a  A13221G                      AP010701 AP008290
                                   
              A5a1a1b  T4736C                      AP008532 AP010976
                                   
            A5a1a2  C8628T                        AP011037 AP011026
                                   
              A5a1a2a  T6956C                      AP008538 AP008596
                                   
          A5a1b  A16160G                          AP008853 AP008562
                                   
        A5a2  T13461C                            AP011038 AP008340
                                   
        A5a3  A12909G                            NA18997
                                   
          A5a3a  T15341C                          AP013109 AP008835
                                   
        A5a4  G10325A                            AP013122 AP009452
                                   
        A5a5  C7694T                            AP013288 EF153824
                                   
      A5b  T961C  965.XC                            JF824862
                                   
        A5b1  G1709A  T16126C  A16235G                        GQ999962 NA18611
                                   
          A5b1a  C10637T                          AP008364 AP010989
                                   
          A5b1b  C16234T                          JF824875 HG00557
                                   
      A5c  T152C!  G16129A!  G16213A                          EF153816 AP013209
                                   
        A5c1  C12816T                            AP008874 AP013220
                                   
    A8  C16242T                                EU482363
                                   
      A8a  C64T  T146C!                            AY519486
                                   
        A8a1  T152C!  G6962A  G8865A  A12777G                      EF153797 JX266267
                                   
    A10  T5393C  C7468T  G9948A  C10094T  A16227c  T16311C!                        HM569228 GU122995
                                   
  O  G6755A  C9140T  G16213A                              AY289059
                                   
    O1  T152C!  C509T  G5563A  T6221C  T15300C  T15852C  C15885T  G16303A  T16362C                    DQ404447
                                   
      O1a  G5460A  A15924G                            AY289056
                                   
  S  T8404C                                 
                                   
    S1  G14384c  T16075C                              AF346963
                                   
      S1a  C150g  A189G  A215G  C271g  G8251A  T8506C  C15040T  T16172C  T16311C!                  JN226144 DQ404440
                                   
    S2  C2380T  G3438A  T6167C                            AY289051 AF346964
                                   
       T152C!                               
                                     
      S3  T63C  C64T  G66A  C151T  T195C!  T710C  T5302C  T5492C  T8277C  8278.XC  T9938C  A10398G!  T10786C  C11151T  T15204C  G15317A  T15663C  C15664T  T16140C  C16187T!  T16189C!  C16287T  T16311C!  AY289066 AY289067
                                   
      S4  G1007A  A4181G  T5090C  C6528T  G7498A  C9866T  T16172C  C16192T  G16319A                AY289062
                                   
      S5  A234G  A249d  A508G  C1375T  C3169T  T3593C  C3996T  G8027A  A10188G  A11470G  C13770a  C14121T  T16243C  C16256T          EF495220
                                   
  X  T6221C  C6371T  A13966G  T14470C  T16189C!  C16278T!                         
                                   
    X1'2'3  A153G                               
                                   
      X1'3  T146C!                             
                                   
        X1  T5302C  A14587G  T15654C  (C16104T)  T16278C!!                   
                                   
          X1a  A6359G  C7533T  C8140T                      EU600318 EU935456
                                   
          X1c  G7337A  T9615C                        HM765467 FJ460521
                                   
        X3  G3531A  C13785T  T13879C  G14560A  T15672C                    EF177437
                                   
          X3a  C256T                          JQ245804 EU600320
                                   
      X2  T195C!  G1719A                            GQ200588 JQ245739
                                   
           G225A                            EU600328
                                     
          X2a'j  A12397G                         
                                   
            X2a  A200G  A8913G  T14502C  G16213A                 
                                   
              X2a1  G143A  A225G!  T3552C  T16093C                  EU439939 FJ168765
                                   
                X2a1a  A6113G  T16357C                  FJ168759
                                   
                  X2a1a1  G153A!  T204C  C16093T!  G16319A  A16213G!          EU095249 EU095251
                                   
                X2a1b  A8422G                    FJ168761 FJ168760
                                   
                  X2a1b1  A7299G                  FJ168762
                                   
                    X2a1b1a  T6680C                FJ168763 EU095242
                                   
                X2a1c  A8842G  C16104T  C16147T                EU095244 FJ168764
                                   
              X2a2  G1415A  T10256C  G14560A  A16254c                FJ825753 AY195787
                                   
            X2j  44.1C  T794C  G2120A  G9548A  A15469G  C16179T  T16357C              EU935450
                                   
          X2b'd  G13708A                         
                                   
            X2b  C8393T  G15927A                      FJ457949 FJ441666
                                   
                 T226C                      JQ704959 JQ702096
                                     
                X2b1  C8814T  C16248T                  EF556159 EF556175
                                   
                X2b2  A4722G  C7400a  A11908G                AF381986
                                   
                X2b3  G8269A  A14818c                  DQ523642 DQ112870
                                   
                X2b4  G3705A                    JQ701946 JQ343921
                                   
                  X2b4a  G8592A                  EU600321 GU945542
                                   
                X2b5  A10532G  C13251T                  EU597556 JQ705509
                                   
                X2b6  C4577T  A7570G  G11914A!  G14016A              JQ705374 JQ705179
                                   
                X2b7  T4216C                    JQ704754 JQ705082
                                   
                X2b8  G4820A                    JQ705154 HG00100
                                   
            X2d  G153A!  A225G!  A6791G  T8503C                    JQ705795
                                   
              X2d1  T204C  G207A  A5186G  T11878C                  JQ702739
                                   
                X2d1a  T6626C  T10084C  T11465C                GQ231312 NA20536
                                   
              X2d2  T15300C                      HM625691 JQ701817
                                   
          X2c  A227G  G16255A                        DQ523631 JQ705155
                                   
            X2c1  T8705C                        JQ705480 JQ705030
                                   
              X2c1a  C16108T                      JQ702817 FJ348156
                                   
              X2c1b  A8463G  A16300G                    HM370114 EU677423
                                   
              X2c1c  A200G                      JQ705612 JQ703703
                                   
          X2e  T15310C                         
                                   
            X2e1  C16189a                       
                                   
              X2e1a  G9380A                      HM852814
                                   
                X2e1a1  C16134T  T16311C!                  EF556165 JQ705118
                                   
              X2e1b  A225G!  T16126C                    HM852758
                                   
            X2e2  A225G!  C12084T                     
                                   
              X2e2a  A3948G                      JQ245787 EU600324
                                   
                X2e2a1  A13327G                    FJ147306 EF153772
                                   
              X2e2b  A16265G                      AB626609 JQ245775
                                   
             G153A!                         
                                     
            X2g  G769A!  C5111T  T9722C  G13368A  G15650A  A15924G                FJ168756
                                   
            X2l  T9899C  C11197T  A15358G                    JQ704985 EF556183
                                   
          X2h  C8467T  A9033G  T16223C                      EU600325 EU600326
                                   
          X2i  C16248T                          JQ245730 HQ529295
                                   
          X2m'n  T226C                         
                                   
            X2m  G143A  G153A!                     
                                   
              X2m1  A235G  C16292T                    FJ008043 FJ966243
                                   
              X2m2  C4059T  C6713T  T8473C  T16217C                  JQ705389 JQ705217
                                   
            X2n  C64T  G263A  G4659A  T9903C  C15793T  C16266T                EF660942 JQ705988
                                   
          X2o  A1656d  T9840a  T13656C                      JQ245731 JQ245770
                                   
        X2f  A257G                            EU600323 HM852756
                                   
        X2k  C13212T                            JQ704866 JQ701905
                                   
        X2p  C7109T                            KC257312
                                   
          X2p1  G513A  A4093G  A8645G  T9708C  G11778A  C16291T                  JX508853 JX508852
                                   
    X4  T152C!  T195C!  T6227C  G12406A  C16266T  G16274A  G16390A                      HQ456226 JQ245765
                                   
  R  T12705C  T16223C