PhyloTree.org - mtDNA subtree N
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue. Established haplogroup labels are shown in black; newly proposed labels in red.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent within the clade, or are uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The highly recurrent mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                              Accession numbers References
N  8701  9540  10398  10873  15301                          
                               
  N1'5  1719                           Palanichamy 2004
                             
    N1  10238  12501                       Palanichamy 2004, Derenko 2007
                             
      N1a'c'd'e'I  204  13780                       Derenko 2007
                             
        N1a'd'e'I  199                     Derenko 2007, Palanichamy 2004
                             
          N1a'e'I  10398  15043                 Derenko 2007, Palanichamy 2004
                             
            N1a  152  669  2702  5315  8901  16147G  16172  16248  16355       EF486517, EF184638 Derenko 2007, Palanichamy 2004
                           
              N1a1  3336  16147A  16320           FJ348184 Derenko 2007
                           
                N1a1a  2702!  8164  9300         EF486518, EF486519 Derenko 2007
                           
            N1e'I  250  4529T  8251  15924             Derenko 2007
                             
              I  10034  16129  16391           AY245555 Derenko 2007, Palanichamy 2004
                           
                I1  455.1T  6734  9966  16311       EU564849 Derenko 2007, Finnilä 2001
                           
                  I1a  3447  8616T  16172       EU694173 Palanichamy 2004
                           
                    I1a1  3990  9947  9966!  10915   FJ460562, AY339503  
                             
                  I1b  6227         AY714041, EF556153 Palanichamy 2004
                           
                I2  15758           EU570217, AY339501 Derenko 2007, Finnilä 2001
                           
                  I2a  11065         AY339497, EF657606  
                             
                I3  152  207  239  573.1CC  16086       AY963586, EU869314 Derenko 2007
                           
                I4  8519  10819         EF153786, EU091245 Derenko 2007
                           
                I5  14233           EF657457  
                             
                  I5a  5074  16148       FJ348190  
                             
                    I5a1  204!  8281-8289d  12961   EU597573, EF660917  
                             
              N1e  114  143  204!  710  6392  10790  13752  16274  16295  16309  16319  16482 EF153785 Derenko 2007
                           
          N1d  953  3783A  6713  7830  9947  13437  16274  16301  16356       AY714008 Derenko 2007, Palanichamy 2004
                           
        N1c  189  195  207  210  8222  11025  11437  13637  16201  16265         EF153811, EF660937 Derenko 2007
                           
      N1b  152  1598  1703  2639  3921A  4960  5471  8251  8472  8836  12822  16145  16176G  16390         Palanichamy 2004, Derenko 2007, Behar 2006
                             
        N1b1  9335  11362                 AF381999, FJ460561 Palanichamy 2004, Feder 2008 ("N1b2")
                           
          N1b1a  455.1T  1703!  8084               EU742151, EU742152  
                             
          N1b1b  4904                 EF661011, EU742153  
                             
          N1b1c  9957                 AY195756, EU742148  
                             
             16129                 EU742150  
                               
            N1b1d  185  188  8261  8410  8763  16291           EF660993, EU742149  
                             
        N1b2  4735A  4917  11928  12092  13129  13710  14581  16176A         DQ301794, EU742156 Behar 2006, Feder 2008 ("N1b1")
                           
    N5  5063  7076  9545  11626  13434  16111  16311                 AY714031 Palanichamy 2004
                           
  N2  189  709  5046  11674  12414                       Behar 2008a, Metspalu 2006
                             
    N2a  152  199  739  1633  7581  10841  11722  12192  15106  16153  16319             EU787451 Metspalu 2006
                           
    W  195  204  207  1243  3505  5460  8251  8994  11947  15884C  16292               Behar 2008a, Kivisild 2006, Palanichamy 2004
                             
      W1  7864                     EF556154, EU558696 Palanichamy 2004, Metspalu 2006, Finnilä 2001
                           
        W1a  5495  12669                 AY339491, AY195779 Palanichamy 2004, Finnilä 2001 ("W1")
                           
        W1b  227  4928  9612                 AY339465, AY339473 Palanichamy 2004, Finnilä 2001 ("W2")
                           
        W1c  14148                   AY714039, DQ112869 Palanichamy 2004
                           
        W1d  9950                   FJ384432, FJ348225  
                             
        W1e  8659  8887  (16295)                 FJ543390, AM260632  
                             
         194                     EU086510  
                               
        W3  1406                   FJ461348  
                             
          W3a  13263  15784               AY714043, DQ372887 Kivisild 2006 ("W3"), Palanichamy 2004 ("W3")
                           
            W3a1  7151               FJ821289, FJ472839  
                             
        W4  143  196                   AY714018, EF660966 Palanichamy 2004
                           
        W5  6528  15775                 EU744586  
                             
          W5a  10097                 EF652811, EF657509  
                             
        W6  4093  8614  16325                 FJ449703, EU515252  
                             
  N9  5417                           Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Tanaka 2004
                             
    N9a  150  5231  12358  12372  16257A  16261                 AP008400, AP008714 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Tanaka 2004
                           
      N9a1'3  16129                       Kong 2006, Metspalu 2006
                             
        N9a1  4386  12007  16111                 AY255141, AP008726 Kong 2006, Metspalu 2006
                           
        N9a3  4129  12354  12612                 AP008608, AP008840 Kong 2006
                           
      N9a2'4'5  16172                       Kong 2006, Metspalu 2006
                             
        N9a2  961  15067                 AP008414 Kong 2006
                           
          N9a2a'b  16497                 AP008843, AP008590 Kong 2006
                           
            N9a2a  14968  16304             AP008673, AP009470 Kong 2006
                           
            N9a2b  14148               AP008456, AP009473 Kong 2006
                           
          N9a2c  10685  13857  16250               AP008630, AP008873 Kong 2006
                           
          N9a2d  3537  11016               AP009434, AP008420  
                             
        N9a4  1664  16145  16245                 AP008642, AP008385 Kong 2006
                           
        N9a5  3729  15883  16189  16209               AP008525, AP008895 Kong 2006
                           
      N9a6  16292                       Hill 2007
                             
        N9a6a  16294                     Hill 2007
                             
    N9b  5147  10607  11016  13183  14893  16189                 AP009475, EU007856 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                           
      N9b1  12501                     AP010722 Kong 2006, Metspalu 2006
                           
        N9b1a  9410                   AP008610, AP008504 Kong 2006
                           
        N9b1b  7830  16129  16390                 AP008784, AP008635 Kong 2006
                           
        N9b1c  94                   AP008556, AP008666  
                             
          N9b1c1  207                 AP008605, AP008529  
                             
      N9b2  16294                     AP008790, AP008740 Kong 2006
                           
      N9b3  14996                     AP008474, AP008901 Kong 2006
                           
    Y  8392  10398  14178  14693  16126  16223!  16231                 Kong 2006, Derenko 2007, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                             
      Y1  3834  16266                       Kong 2006, Derenko 2007
                             
        Y1a  7933                   EF153825, AY195792 Kong 2006, Derenko 2007
                           
           146                   EF153813  
                               
          Y1b  10097  15221  15460               AY255138, AP008534 Kong 2006
                           
      Y2  482  5147  6941  7859  14914  15244  16311               AP008723, EF153812 Kong 2006, Derenko 2007
                           
        Y2a  12161                   GQ119013, GQ119016 Tabbada 2009
                           
        Y2b  338                   AP008764, EF153798  
                             
  N13  146  152  178  195  2831  5704  6896  10101  11020  13263  16066  16261  16290             EF495214 Hudjashov 2007
                           
  N14  1598  1888  4917  5291  8251  8269  11491  14384C  15040  15884C               DQ112753 Hudjashov 2007
                           
  N21  55A  150  195  337d  3552  6752  8701  9512  10583  13135  13437  14560  16193  16223!  16291         AY963580 Macaulay 2005, Pierson 2006, Hill 2007
                           
  N22  150  942  7158  9254  11365  16168  16249                   AY963578, GQ119034 Tabbada 2009, Macaulay 2005, Pierson 2006, Hill 2007
                           
  A  (152)  235  663  1736  4248  4824  8794  16290  16319                 EU597494, AY255144 Derenko 2007, Tamm 2007, Kong 2006, Achilli 2008, Tanaka 2004
                           
    A3  2857  8962  9711                     AP010833, AP010994 Metspalu 2006
                           
    A4  16362                         Derenko 2007, Metspalu 2006, Kong 2006, Tamm 2007
                             
      A4a  1442                     AP010699  
                             
        A4a1  9713  16249                 EF153833, AP008617 Derenko 2007 ("A4")
                           
          A4a1a  4928                 EU597529, EF153783 Derenko 2007 ("A4a")
                           
      A4b  12720  14290  16189                   AY519488, EF153771 Derenko 2007, Volodko 2008
                           
      A4c  200                     EU597576, EF153787 Derenko 2007
                           
        A4c1  151                   EF153775, EF153791 Derenko 2007 ("A4d")
                           
      A2  146  152!  153  8027  12007  16111                   Achilli 2008, Volodko 2008, Kong 2006, Tamm 2007, Derenko 2007, Metspalu 2006
                             
        A2a  3330  (16192)                 EU482355, EU095547 Achilli 2008, Volodko 2008, Derenko 2007, Tamm 2007, Gilbert 2008
                           
          A2a2  9301                 EU007847, EU482349  
                             
        A2b  11365                   EU095533 Derenko 2007, Achilli 2008, Volodko 2008, Gilbert 2008
                           
          A2b1  16265                 EU007894, EU482347 Gilbert 2008
                           
           64                     Achilli 2008
                             
          A2c  12468  14364               EF657389, EF657578 Achilli 2008, Tamm 2007
                           
          A2d  6308                 DQ282418, EF657489 Achilli 2008, Tamm 2007
                           
            A2d1  8281-8289d  11314             EF657585 Achilli 2008
                           
              A2d1a  8548  16274           DQ282433, DQ282432 Achilli 2008
                           
            A2d2  5081               DQ282422, DQ282388 Achilli 2008
                           
          A2e  153!  7112  13708  16189  16336             EF657275, EF657536 Achilli 2008, Tamm 2007
                           
          A2f  3316                 FJ705809, EF657712 Achilli 2008, Tamm 2007
                           
            A2f1  2638  7897  12940  15670  (16192)           EF657254  
                             
              A2f1a  1809  12092A  14911             FJ705809, FJ695219  
                             
          A2g  7724T  16391               EU597548, DQ282392 Achilli 2008
                           
            A2g1  4970  13855             DQ282391, EF657246  
                             
             16526                 EU095545  
                               
            A2h  1598  1888  12811  16335           EF657311, EF657395 Achilli 2008
                           
          A2i  (94)  960.1C  3307.1A  3308  5165  6620  14280  14470  15386  16325     EU431080, GQ377757 Achilli 2008
                           
          A2j  10595  11548               DQ282387 Achilli 2008
                           
            A2j1  11314               DQ282393, DQ282404 Achilli 2008
                           
          A2k  3202                 DQ282417 Achilli 2008
                           
            A2k1  15924               DQ282390, EU095552 Achilli 2008
                           
             16111!                 DQ282409, DQ282423  
                               
            A2n  3849  9344  10700             EU431082, FJ713602  
                             
          A2p  215                 EU095530 Achilli 2008
                           
        A2q  16209                   EU431081, AF382010 Achilli 2008
                           
      A6  654  3687  4257  13287                   AY255166, AY963575 Kong 2006, Tamm 2007
                           
    A5  8563  11536                       Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Tamm 2007
                             
      A5a  152!  2156.1A  4655  11647  16187                 AP008747, AP008822 Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007
                           
        A5a1  14944                     Kong 2006
                             
          A5a1a  10801                 AP009468, AP008914 Kong 2006
                           
            A5a1a1  5773  12880             AP008433, AP008761 Kong 2006
                           
              A5a1a1a  13221             AP008290, AP010701  
                             
              A5a1a1b  4736             AP008396, AP010976  
                             
            A5a1a2  8628               AP008538, AP011030 Kong 2006
                           
          A5a1b  16160                 AP008562, AP008853 Kong 2006
                           
        A5a2  13461                   AP008791, AP008340 Kong 2006
                           
      A5b  961  965.1CC  1709  10637  16126                 AP010724, AP008364 Kong 2006, Metspalu 2006, Wen 2005 ("A6")
                           
      A5c  16129  16213                   AP008874, EF153801 Derenko 2007, Kong 2006, Metspalu 2006
                           
    A7  146  8413  10172  15379  16051  16129  16189               AP008307, AP010709 Metspalu 2006
                           
    A8  16242                       EF153797, EU482363 Volodko 2008
                           
    A9  6950  7228  8340  10700  15874                     Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("A5")
                             
    A10  544  5393  7468  9948  10094  16227C  16311                    
                               
  O  6755  9140  16213                       AY289059 Palanichamy 2004, van Holst Pellekaan 2006, Pierson 2006, Hudjashov 2007 ("N12")
                           
    O1  152  509  5563  6221  15300  15852  15885  16303  16362               AY289056, DQ404447 Hudjashov 2007
                           
  S  8404                           Hudjashov 2007, Metspalu 2006, Palanichamy 2004, van Holst Pellekaan 2006
                             
    S1  14384C  16075                     DQ112751, DQ404441 Hudjashov 2007
                           
    S2  2380  3438  6167                     AF346964, AY289061 Hudjashov 2007
                           
       152                         Hudjashov 2007
         63  64  66  151  195  710  5302  5492  8277  8279.1CCC  9938  10398            
      S3  10786  11151  15204  15317  15663  15664  16140  16187  16189  16287  16311         AY289066, AY289067 Hudjashov 2007
                           
      S4  1007  4181  5090  6528  7498  9866  16172  16192  16319             AY289062 Hudjashov 2007
                           
      S5  234  249d  508  1375  3169  3593  3996  8027  10188  11470  13770A  14121  16243  16256       EF495220 Hudjashov 2007
                           
  X  153  6221  6371  13966  14470  16189  16278                     Achilli 2008, Reidla 2003, Kivisild 2006, Derenko 2007, Tamm 2007
                             
    X1  146                         Reidla 2003
                             
      X1a  14587  15654  16104                   FJ460521 Reidla 2003
                           
        X1a1  5302  6359  7533  8140  16278!               EU600318, EU935456  
                             
      X1b  3531  13785  13879  14560  15672                 EF177437 Reidla 2003
                           
        X1b1  256  5420  11020  16126               EU600320, EU600322  
                             
    X2  195  (225)  1719                       Achilli 2008, Reidla 2003, Tamm 2007, Kivisild 2006, Perego 2009
                             
         12397                     EU935450  
                               
        X2a  200  8913  14502  16213                 Achilli 2008, Reidla 2003, Perego 2009
                           
          X2a1  143  3552  16093               EU439939, FJ168765 Perego 2009
                           
            X2a1a  6113  16357             FJ168759 Perego 2009
                           
              X2a1a1  153!  204  16093!  16319         EU095249, EU095251 Perego 2009
                           
            X2a1b  8422               FJ168761, FJ168760 Perego 2009
                           
              X2a1b1  7299             FJ168762 Perego 2009
                           
                X2a1b1a  6680           FJ168763, EU095242 Perego 2009
                           
            X2a1c  8842  16104  16147             EU095244, FJ168764 Perego 2009
                           
          X2a2  1415  10256  14560  16254C             FJ825753, AY195787 Perego 2009
                           
      X2b  8393  13708  15927                   FJ457949, FJ441666 Reidla 2003
                           
           226                   EF420985, EU597556  
                               
          X2b1  8814  16248               EF556159, EF556175 Behar 2008a
                           
          X2b2  4722  7400A  11908               AF381986  
                           
          X2b3  8269  14818C               DQ523642, DQ112870  
                           
          X2b4  3705                 EU600321, EF177418  
                           
      X2c  227  16255                     DQ523631 Reidla 2003
                           
        X2c1  8705                   AY195773, EU677423  
                             
          X2c1a  16108                 FJ348156  
                             
         153!                       Reidla 2003
                               
        X2d  6791  8503  13708                 GQ231312 Reidla 2003
                           
        X2g  769  5111  9722  13368  15650  15924             FJ168756 Perego 2009
                           
      X2e  15310                       Reidla 2003, Derenko 2007
                           
        X2e1  16189A                   EF556165 Behar 2008a
                           
        X2e2  12084                      
                           
          X2e2a  3948                 EU600324  
                             
            X2e2a1  13327               EF153793, EF153776  
                             
      X2f  257                     EU600323 Reidla 2003
                           
         16223!                     EF556183  
                               
        X2h  8467  9033                 EU600325, EU600326 Shlush 2008
                           
  R  12705  16223