PhyloTree.org - mtDNA subtree M
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                      Example accessions
M  T489C  C10400T  T14783C  G15043A                             
                                   
  M1'20'51  T14110C                                 
                                   
    M1  T195C!  G6446A  T6680C  C12403T  A12950c  G16129A!  T16189C!  T16249C  T16311C!                 
                                   
      M1a  A813G  T6671C                            JQ702955
                                   
        M1a1  G3705A  C12346T  T16359C                        EF060330 EF060331
                                   
          M1a1a  T14182C                          KC152544
                                   
            M1a1a1  C4011T  A8521G  C11044T  C16249T!                  JQ704763 EF060315
                                   
          M1a1b  G930A  G7853A                       
                                   
            M1a1b1  A14769G                        KC152556 EF060317
                                   
              M1a1b1a  A5319G                      EF060321 EF060319
                                   
              M1a1b1b  A13152G                      KC152591 DQ779928
                                   
                M1a1b1b1  G9053A                    KC152593 DQ779930
                                   
              M1a1b1c  C375g  A16289G                    JQ705802 JQ249907
                                   
            M1a1b2  A1820G                        HQ384200 KC152571
                                   
             T16093C                         
                                     
            M1a1c  G1719A  G6962A  G9966A  A12373G  A13542c                  EF556180 EF060322
                                   
            M1a1d  C150T  C8270T  8281-8289d                    EF060325 EF060327
                                   
          M1a1e  T3906a                         
                                   
            M1a1e1  A9629G                        EF060333 KC152582
                                   
            M1a1e2  G11914A!                        EF060332 HM852804
                                   
          M1a1f  T6378C                          EF060328 KC152594
                                   
          M1a1g  T12873C  A14793G  T15287C  C16261T                    KC152575
                                   
          M1a1h  T15514C  C16278T!                        DQ341082
                                   
          M1a1i  T204C  G263A  T9845C  C16527T                      JQ703063 HG01272
                                   
        M1a2  G15884A                            EF060340
                                   
          M1a2a  T152C!  (G513A)  G15172A                      AF381984 DQ779927
                                   
          M1a2b  T593C  C16260T  C16320T                      EF060337 KC152570
                                   
        M1a3  A13637G  T16223C                         
                                   
          M1a3a  C6473T                          EF177443 EF060342
                                   
          M1a3b  T12414C                          GU122999 EF060343
                                   
            M1a3b1  G1503A  T6253C  A16129G!!                    KC152560 EU200765
                                   
        M1a4  C3513T  C8607T                          EF060348 EF060349
                                   
          M1a4a  T10667C  C16465T                        EF060346 EF060347
                                   
        M1a5  A10694G  T13215C  A13722G  G14323A  T14515C  C15770T  A15799G  A16129G!!                EF060351 EF060350
                                   
        M1a6  C954T                            KC152573 EF060344
                                   
        M1a7  T16357C                            KC152588
                                   
        M1a8  G5773A                            JQ702011 EF060345
                                   
      M1b  T13111C                             
                                   
        M1b1  T466C  C4936T  T8868C  C15247g  C16185T                      KC152542
                                   
          M1b1a  A200G  A11671G                        EF060353 EF060354
                                   
          M1b1b  G6179A  T6815C                        EF060352 KC152586
                                   
        M1b2  A10895G  A16399G                          EF060361 DQ779932
                                   
          M1b2a  G11377A  C16291T                        EF060355 EF060357
                                   
          M1b2b  G3705A  G12007A  T16362C                      KC152557 EF060358
                                   
          M1b2c  G1007A                          EF060362
                                   
    M20  T152C!  A249d  G316A  T3200C  A3714G  A4385t  T4772C  C7433T  A8853G  A9127G  C9512T  T10274C  A10679G  G11914A!  T12354C  C14974T  A15691G  G16129A!  T16209C  A16272G    AP012349 JX289112
                                   
    M51  C150T  C4697T  T4973C  T9509C  C14356T  A14687G  G15317A  C16278T!                   
                                   
      M51a  G12236A                              KC505097
                                   
        M51a1  A732G  A12715G  C16294T                       
                                   
          M51a1a  G185A  A2045G  A3105G  T9716C  T12468C  G16129A!                  HM596693 GQ301874
                                   
          M51a1b  T7738C  T9233C  C12025T  C14315T  G14323A  T15862C  C16234T                EU597554 KC505102
                                   
        M51a2  T1822C  A4136G  C5461T  A9100G  A14527G  T15383C  T16189C!                  GQ301870 GQ301882
                                   
      M51b  A2833G                              KC505098
                                   
        M51b1  C12012T  T12609C  T16311C!                       
                                   
          M51b1a  T8119C  A11470G                        GQ301879 KC505099
                                   
          M51b1b  A3565G  T3999C  T4336C  G7642A  A13105G!  T13768C  G13928c  A14417G  G16145A              KC505100 KC505101
                                   
  M2  C447g  T1780C  A11083G  T15670C  G16274A                           
                                   
    M2a'b  A8502G  G16319A                             
                                   
      M2a  T7961C  A12810G                           
                                   
        M2a1  T204C  G5252A  A8396G  T9758C  C16270T  T16352C                    EU443499 EU597558
                                   
          M2a1a  T195C!  A16274G!                        EU443460 EU597516
                                   
            M2a1a1  A7472G  A14693G                      EU443472
                                   
              M2a1a1a  A11084G                      EU443508
                                   
                M2a1a1a1  T16172C  C16234T                  FJ383240 EU443473
                                   
              M2a1a1b  T11339C                      EU443507 FJ383286
                                   
                M2a1a1b1  C16256T                    EU443509 FJ383285
                                   
            M2a1a2  T16243C                        EU443493
                                   
              M2a1a2a  G12501A                      EU443494
                                   
                M2a1a2a1  T199C  A10819G  A16230G!                FJ383280 EU443477
                                   
                  M2a1a2a1a  T961C                  FJ383276 EU443480
                                   
               G207A                        EU443506 GU480005
                                     
              M2a1a3  C198T  T482C                    EU443502
                                   
                   T16093C                   
                                     
                  M2a1a3a  C16295T                  EU443470 EU443501
                                   
                    M2a1a3a1  C16147T                EU443467 FJ383273
                                   
                  M2a1a3b  T11864C                  FJ383272 EU443468
                                   
          M2a1b  G1462A  T4216C  C15700T  A15924G  T16017C  T16075C  C16278T!                EU443454 EU443456
                                   
          M2a1c  A335G  G526A                        EU443443 EU443445
                                   
        M2a2  G7702A  C11041a  T12657C  G13708A  A16240c  T16311C!                    EU443487
                                   
          M2a2a  A6035G  C8395T                        FJ383239 EU443474
                                   
        M2a3  T146C!  T5426C  T5774C  G7762A                        EU443450 EU443505
                                   
          M2a3a  A16265c                          EU443447 EU443513
                                   
      M2b  T152C!  C182T!!  T195C!  A1453G  G2831t  C3630T  G5744A  A6647G  T9899C  T13254C  T14766C  16169.1C  T16189C!  C16320T            EU443512
                                   
        M2b1  T5420C  G6260A                          EU443481
                                   
          M2b1a  A214G  C1677T  T2392C  A2707c  G11016A  C16256T                  EU443483 EU443504
                                   
          M2b1b  T471C  C549T  C5263T  A5480G  A5747G  G7337A  T8632C  T9233C  G15777c                EU443496 EU443498
                                   
        M2b2  C16295T                            EU443463 EU443459
                                   
        M2b3  G11377A                            AY922305
                                   
          M2b3a  T146C!  T16136C                        EU443449 FJ383267
                                   
        M2b4  C456d  T4823C  C6128T  T8556C  A16240c                      EU443484 EU443486
                                   
    M2c  G1598A  T4216C  C13212T  C14800T                         
                                   
  M3  T482C  T16126C                                DQ408676
                                   
    M3a  G4580A                               
                                   
      M3a1  T4703C                              FJ383527 JX462712
                                   
           T204C                            JQ704107 JX462700
                                     
          M3a1a  G14476A                          FJ383514 FJ383518
                                   
      M3a2  G5783A  C10727T                            AY922266 JQ702439
                                   
        M3a2a  C150T  A4562G  A8988G                        FJ383531 FJ383530
                                   
    M3b  A6353G  G9010A  C12031a                            FJ383513 FJ383523
                                   
    M3c  G9064A                               
                                   
         T152C!                              FJ383542
                                     
        M3c1  G10365A  T10632C  A14440G  C16126T!  T16189C!  C16294T                   
                                   
          M3c1a  T15097C                          JX462722 FJ770965
                                   
          M3c1b  G6366A  G7598A  A14587G  C16179T                    FJ383459
                                   
            M3c1b1  G11016A  T16124C                     
                                   
              M3c1b1a  G8856A  G16319A                    FJ383468 FJ383460
                                   
              M3c1b1b  G15323A                      FJ383471 FJ383462
                                   
      M3c2  T16154C                              GU810074 FJ383541
                                   
    M3d  T11827C  C16344T                              DQ246829 JF742212
                                   
      M3d1  T10238C  T13820C                            FJ770946
                                   
        M3d1a  C12813T                            JF742206 KC505095
                                   
          M3d1a1  A13836G                          KF056282 KF056281
                                   
  M4"67  G12007A                                 
                                   
       T16311C!                               
                                     
      M4  (T152C)  T6620C  G7859A  G16145A  C16261T                        DQ408679 FJ383293
                                   
      M65  C511T                             
                                   
        M65a  A4916G  A13651G  A16289G                       
                                   
          M65a1  G1664A  C6584T  G8251A  A11413G  A15924G                    AY922291 JX462703
                                   
             C16311T!!                          JX289111 HM036536
                                     
            M65a2  G4655A  T5302C                      HM036576 HM030533
                                   
        M65b  A241G  T3398C  G8865A                        FJ383297 AY922261
                                   
      M67  G143A  A2833G  A4227G  G5979A  G6267A  G6366A  C9863T  G12406A  G13708A  A15769G  C15833T  T16075C  C16169T            FJ383300 FJ383294
                                   
    M18'38  T246C                               
                                   
      M18  C12498T  G13135A  A16318t                         
                                   
        M18a  A93G  C194T                          HM156679 FJ383336
                                   
        M18b  T8277C  A14587G  T16325C                        JQ705662 FJ383335
                                   
        M18c  G7853A  G8206A  T16311C!                        JX289108 FJ383337
                                   
      M38  C4099T  G15314A  A15487G                          JX289116
                                   
        M38a  A189G  A1808G  G6267A  G6899A  G9966A                      AY922286 AY922290
                                   
           T195C!                           
                                     
          M38b  T146C!  A153G  A644G  G3591A  A3987G  A6881G  A7844G  T8047C  T11050C  T16189C!              FJ383403 FJ383404
                                   
          M38c  T629C  G1503A  C9186T  A10748G  C12103T  G14569A  A14914G                FJ383397 FJ383395
                                   
           T199C                           
                                     
          M38d  T6297C  G7356A  C14944T  T16093C  C16184T  C16260a  C16266T                FJ770947
                                   
          M38e  A488G  A2833G  C4654T  T6815C  8289.1CCCCCTCTA  G9438A  A14706G  T16311C!              FJ770963
                                   
    M30  T195a  G15431A                              FJ383657 FJ383658
                                   
      M30a  G513A                              FJ383662 FJ383663
                                   
        M30a1  G6366A                            AY922254 AY289072
                                   
        M30a2  T11935C                            FJ383660 FJ383665
                                   
      M30b  T152C!  G5147A  C16278T!  T16311C!                        AY289071 JQ702987
                                   
      M30c  T146C!  A12234G                            AF382013
                                   
        M30c1  A16166d                            AY922268
                                   
          M30c1a  C16069T                          HM036539
                                   
            M30c1a1  G9966A                        EF556149 AY922257
                                   
      M30d  C15259T  (A16302G)                           
                                   
        M30d1  G1598A                            KC533457 FJ383656
                                   
        M30d2  C10160T                            FJ383668 AY922255
                                   
         C16234T                              EU597504 AY922258
                                     
        M30e  T152C!  T6620C  C13303T                        FJ383676 FJ383679
                                   
      M30f  A5894G  T16368C                            FJ383674 DQ246818
                                   
      M30g  T204C  C6119T                            JF742213 FJ383671
                                   
    M37  C10556T                               
                                   
         T152C!                              FJ383686
                                     
           C151T                           
                                     
          M37a  A2074d                          FJ383685 AY922265
                                   
            M37a1  G9055A                        HQ541751 FJ383690
                                   
          M37d  G9287A                          FJ383687 FJ383688
                                   
      M37e  T11050C  C16111T  T16189C!  C16295T                        AY922267
                                   
        M37e2  T16224C                            FJ383684 FJ383694
                                   
    M43  G709A  A10316G  G11696A  C12636T                         
                                   
         T16311C!                              JX289107
                                     
        M43a  G14305A                            AY922301
                                   
          M43a1  G11963A  T13656C  A13966G  T16362C                    FJ770954 JF742207
                                   
      M43b  G15148A  G16000t                            JF742211 FJ383428
                                   
    M45  T146C!  A4734G  T16189C!                            FJ748709
                                   
      M45a  G143A  T152C!  G2706A  A7049G  A9180G  A16300G                      HM030535 FJ383437
                                   
    M54  A9374G  T12414C  A15848G  T16304C                          KF056272 GU810077
                                   
    M63  A214G  (G709A)  G4991A  G5046A  T11437C  A12897G  T13089C  G13194A  T16172C  C16192T  (C16248T)                FJ383738
                                   
    M64  T152C!  T5201C  T8843C  G9947A  G10685A  A13105G!  G15355A  T15968C  T16263C  C16527T                  FJ383813 EF556193
                                   
    M66  T195C!  G1888A  G4541A  T6827C  C9061T  C16184T                       
                                   
      M66a  T6221C  G12501A                            FJ770971 GU480012
                                   
      M66b  C198T                              JX462692 AY922283
                                   
  M5  G1888A  G16129A!                               
                                   
    M5a'd  G709A  C3921T  G14323A                           
                                   
      M5a  T12477C                              EF556195 DQ408675
                                   
        M5a1  A4916G  T15287C  C16291T                       
                                   
          M5a1a  (G185A)  (T334C)  G9064A  G11016A                    AY922289 DQ112875
                                   
          M5a1b  G1303A  A6461G                        EF583176 FJ383568
                                   
        M5a2  T4454C                            AY922259
                                   
          M5a2a  T15262C                          EU597563 FJ383552
                                   
            M5a2a1  G8886A                        FJ770949
                                   
              M5a2a1a  A16265c                      FJ383555 HM030518
                                   
            M5a2a2  A3399G  T16144a                      FJ383577 AY922273
                                   
            M5a2a3  G13590A  C16114a                      FJ383547 FJ383544
                                   
        M5a3  C194T  C16295T                         
                                   
          M5a3a  T6378C  T8547C                        FJ383581 FJ383580
                                   
          M5a3b  A7421G  T16189C!                        FJ383559 FJ383561
                                   
        M5a4  T146C!  C10547T  T16224C  T16311C!                      FJ383554 FJ383590
                                   
        M5a5  G11914A!  T15672C                          FJ383569 FJ383566
                                   
      M5d  T146C!  T3826C  T13215C  T16311C!                        FJ383557 FJ770955
                                   
    M5b'c  G13368A                               
                                   
      M5b  A8784t                             
                                   
        M5b1  G5147A  C14066T  T16086C  C16108T  C16278T!                    FJ383543 FJ383589
                                   
        M5b2  A3744G  G16048A                         
                                   
          M5b2a  T8005C  G16390A                        FJ383575 AY922292
                                   
          M5b2b  T6293C                          FJ383596 FJ383576
                                   
            M5b2b1  455.1T  T460C                      FJ383550
                                   
              M5b2b1a  T10166C  A12279G  G14410c                  HM036533 JF742202
                                   
      M5c  C575T  A5319G                           
                                   
        M5c1  C150T  C4851T  T6413C  A13368G!  G13708A                      FJ383546 AY922281
                                   
        M5c2  A472G  A1888G!  A15896G  A16240G  C16291T                    FJ770953 KF056270
                                   
  M6  C461T  A5301G  A5558G  T10640C  A14128G  T16362C                          JX462705
                                   
    M6a  A3537G  T5082C  T16231C                           
                                   
      M6a1  C3486T  G9329A  A13966G                          JX462716
                                   
        M6a1a  A12507G  T16356C                          FJ383308 FJ383302
                                   
        M6a1b  T146C!  T152C!  A5319G  G5585A  T8110C  A11314G  C15094T  C16188T                  JQ703707 AY922307
                                   
      M6a2  G228A  A7118G  C16291T  G16319A                        FJ383305 FJ383301
                                   
    M6b  8281-8289d  C16184T  C16256g  T16311C!                         
                                   
  M7  C6455T  T9824C                               
                                   
    M7a  T2626C  C2772T  T4386C  A4958G  G12771A  T16209C                       
                                   
         T16324C                              AP008394
                                     
        M7a1  5899.XC  G14364A                          AP008600
                                   
          M7a1a  T11017C  A11084G                        AP010717 AP008402
                                   
            M7a1a1  T11722C                        AP009451 AP008548
                                   
              M7a1a1a  A9299G                      AP008249 AP010747
                                   
            M7a1a2  G207A  G1442A  A15218G  T16189C!                  AP008507 AP008731
                                   
            M7a1a3  A11167G  T11701C                      AP008585 AP008372
                                   
            M7a1a4  T4047C  A14185t                      AP008367
                                   
              M7a1a4a  T11368C  A14148G  C15886T                  AP008699 AP008503
                                   
            M7a1a5  T13768C                        AP008280
                                   
              M7a1a5a  G7852A                      AP013259 AP008728
                                   
            M7a1a6  A3756G                        AP009423
                                   
              M7a1a6a  T152C!  T16223C                    AP008483 AP013205
                                   
            M7a1a7  C16291T                        AP010750 AP008734
                                   
            M7a1a8  T13500C  A16233G                      AP013266 NA18965
                                   
            M7a1a9  G4048A                        AP008466 NA19001
                                   
          M7a1b  G6018A  A7403G  C13110T                     
                                   
            M7a1b1  T204C  G207A  T408a  T1977C                    AP008266 JX987459
                                   
            M7a1b2  T152C!  G3316A  A7784G  A13032G  C13788T  A15844G                AP009443 AP013148
                                   
      M7a2  A15422G                              AP010826
                                   
        M7a2a  T146C!  T16140C                          EF153781 AP013134
                                   
          M7a2a1  T8176C  A12234G  T16093C                      AP010824 AP008689
                                   
          M7a2a2  T961C  965.XC  T8005C                      AP010825 AP010763
                                   
    M7b'c  C4071T                               
                                   
      M7b  C12405T                             
                                   
        M7b1  A5351G  G5460A  T7684C  G7853A  G16129A!                     
                                   
          M7b1a  T199C  G4048A  A4164G  T6680C  T16297C                   
                                   
            M7b1a1  C150T  T12811C                      KC569547 KC505115
                                   
              M7b1a1a  T16189C!                      NA18636
                                   
                M7b1a1a1  T10345C  T16298C                  AP008365 AY255173
                                   
                  M7b1a1a1a  G8020A                  AP008902 AP008354
                                   
                  M7b1a1a1b  G4113A                  AP008621 AP008429
                                   
                    M7b1a1a1b1  G7269A                NA18952 AP013274
                                   
                  M7b1a1a1c  T195a                  AP008485 AP008625
                                   
                  M7b1a1a1d  T7961C                  AP013226 AP010979
                                   
                M7b1a1a2  T1694C  C11659T                  JF896798 NA18769
                                   
                M7b1a1a3  T204C  (C456T)  A14978G                NA18943 HG00512
                                   
              M7b1a1b  T204C  G3483A  A16129G!!                  AY255159 JX987469
                                   
                 (C16192T)                    EF153820 AY255171
                                     
                M7b1a1c  T159C  C10159T  T11944C  T16092C                FJ198219 NA18550
                                   
                  M7b1a1c1  C182T!!  A16254G                HM357816 FJ198221
                                   
                M7b1a1d  A6125G                    HG00403
                                   
                  M7b1a1d1  T980C                  GU123012 HG00593
                                   
                M7b1a1e  C6228T                    GU810069
                                   
                  M7b1a1e1  A10232G                  HM357821 JX987463
                                   
                  M7b1a1e2  C11407T  C16527T                HG00448 JX987447
                                   
                M7b1a1f  T8110C                    JQ704806 JX987450
                                   
                M7b1a1g  G5252A  G7598A                  GU392102 NA18644
                                   
                M7b1a1h  A10397G                    AP010993 FJ198220
                                   
                M7b1a1i  T16126C                    JX987442 GU733762
                                   
            M7b1a2  G1664A  T6351C  A9468G  C10497T  T12121C  C14115T  T16086C  T16223C              NA17969
                                   
              M7b1a2a  T16324C                      KF849908 DQ272126
                                   
                M7b1a2a1  T4454C                    KC993909 HM238210
                                   
          M7b1b  C958T  A12358G  A14053G  A14314G  T16152C  C16179T  C16192T  T16362C                HM030531 EF153817
                                   
        M7b2  A723G  A3140G  C5324T  G8027A  C14284T  C16184T                    HM030527
                                   
          M7b2a  T16086C  A16235G                        HM030506 JX987443
                                   
      M7c  T146C!  C4850T  C11665T  T12091C                       
                                   
        M7c1  T199C  T5442C  (C16295T)                       
                                   
          M7c1a  G3882A                          HQ157976
                                   
            M7c1a1  G12372A  G13759A                      HM852807
                                   
              M7c1a1a  A12810G                      KF849978
                                   
                M7c1a1a1  G9266A                    HM036561 EU007890
                                   
            M7c1a2  C16294T                        HM030547
                                   
              M7c1a2a  C6053T  T12804C  A14755t                  EU597541
                                   
                M7c1a2a1  T7961C                    EF153823 AP010681
                                   
            M7c1a3  G16319A                        JX987458
                                   
              M7c1a3a  G513A                      NA18618 AP008647
                                   
            M7c1a4  C12906a                       
                                   
              M7c1a4a  T9797C  C11815a  T16362C                  KF849961 NA18756
                                   
              M7c1a4b  T334C  A5894G                    KC251746 JX987446
                                   
            M7c1a5  A373G  T4452C  A7960G  C11389T  T15787C  A15924G                AP008755 EF397561
                                   
          M7c1b  G12561A                          AY255158
                                   
            M7c1b1  G15884A                        EF153782 EF153790
                                   
            M7c1b2  T9957C  G13590A                     
                                   
              M7c1b2a  T16172C                      NA18639 EF153818
                                   
              M7c1b2b  G7337A  T10861C                    JX987455 NA18152
                                   
          M7c1c  A3606G  A15236G                        JQ702664
                                   
            M7c1c1  C12049T  G13204A  C16242T  T16249C  G16319A                  KC994065 HM238203
                                   
            M7c1c2  C146a  T16223C                      JX987460 JX987445
                                   
              M7c1c2a  C16147T                      JX987468 DQ272117
                                   
            M7c1c3  T16362C                        JX987452 HM596650
                                   
              M7c1c3a  T5775C  C16168T                    GU733792
                                   
                M7c1c3a1  T2887C  A11893G                  JX987466 HM238218
                                   
              M7c1c3b  C630T                      HM596659 JX987453
                                   
              M7c1c3c  G6260A  T6681C  A11908G  A13563G                  NA18674 JX987462
                                   
              M7c1c3d  G3915A  G7853A  T13768C                  JQ703844 GU733735
                                   
              M7c1c3e  T16086C                      AP012360 AP012363
                                   
              M7c1c3f  T8023C  T16392C                    KC994090 KC994116
                                   
              M7c1c3g  G8856A                      KC994102 KC994012
                                   
              M7c1c3h  T16324C                      KC994106 KC994099
                                   
              M7c1c3i  455.1T                      KC994051 KC994126
                                   
        M7c2  A3912G  A5378G  C9449T  C10897T  C11932T  A14053G  C15338T  T16172C  T16311C!                HQ157984 EF153810
                                   
          M7c2a  C16291T                          HM030509 JX987470
                                   
        M7c3  T4856C  G5460A  T5508C  A5978G  T9386C  C11527T  T11875C  T12408C  A12950G  A14118G  C16111T  C16278T!  A16293c          HM030532
                                   
  M8  A4715G  C7196a  G8584A  A15487t  T16298C                           
                                   
    M8a  G6179A  C8684T  T14470C  G16319A                         
                                   
      M8a1  A8453G  G15047A  G15148A  G15355A  T15697C  (T16311C)                    AP008823 EF657357
                                   
      M8a2'3  C16184T                             
                                   
        M8a2  C2835T                            NA18538 FJ198227
                                   
             T152C!                          AP008531
                                     
            M8a2a  G11176A  T16189C!                      JF824924
                                   
              M8a2a1  G16470A  G16471A                    AP008803 AY255150
                                   
            M8a2b  C4670T  T6671C  A13050G                    AP008373 EU219349
                                   
          M8a2c  A15244G                          AP008727 KF849960
                                   
          M8a2d  A234G  T9861C  G10646A  T12375C  C13993T                    KC251743 AY255161
                                   
        M8a3  C5100T                            NA18646 HM460791
                                   
          M8a3a  C16134T                          KF849919 KF849962
                                   
            M8a3a1  T9758C                        KF849902 JF824830
                                   
    CZ  A249d                               
                                   
      C  T3552a  A9545G  G11914A!  A13263G  T14318C  C16327T                     
                                   
        C1  290-291d  T16325C                         
                                   
          C1a  T3826C  G7598A  T16356C                      AY519496 EU007858
                                   
          C1b  A493G                          NA19726 EU095226
                                   
            C1b1  T11147C                        AY195759 HQ012193
                                   
            C1b2  G263A  C4242T  G7013A  C9557T  G12454A                  DQ282447 JN546585
                                   
            C1b3  G12630A                        DQ282464 NA19788
                                   
            C1b4  G143A  G1438A  C4167T  A14524G  T16086C  T16189C!  C16278T!              EU431085 DQ282475
                                   
            C1b5  A11989G  G15119A                     
                                   
              C1b5a  T1005C                      HQ012213 DQ282469
                                   
              C1b5b  C5157T  T16249C                    JQ702595 JQ702534
                                   
            C1b6  T8848C  T13326C  T16271C  T16357C                  EU095229 EU095230
                                   
               T16311C!                       
                                     
              C1b7  T13635C                      HQ012207 HQ012196
                                   
                C1b7a  T15470C                    NA19762 HQ012215
                                   
              C1b10  T146C!  A385G  A6284G  G16129A!  T16172C                HQ012198 HQ012188
                                   
            C1b8  A15613G  T16362C                      HQ012236
                                   
              C1b8a  G3736A  A4381G  T4911g  C9130T  A11812G                HQ012210 HQ012202
                                   
            C1b9  T6297C  T8047C                      HQ012212 JQ702984
                                   
            C1b11  C16295T                        JQ705451 JQ701891
                                   
            C1b12  T11025C                        JQ705153 HQ012197
                                   
            C1b13  C258T  A7091G                      JX413055 JX413056
                                   
              C1b13a  T1193C                      JX413039
                                   
                C1b13a1  A11084G  C12411T                  JX413038 JX413036
                                   
              C1b13b  A1842G  T10101C                    JX413042 JX413041
                                   
              C1b13c  A15244G                      JX413044
                                   
                C1b13c1  T13392C                    JX413046 JX413048
                                   
              C1b13d  T13965C  A16051G                    JX413049 JX413050
                                   
              C1b13e  C14944T                      JX413051 JX413052
                                   
            C1b14  A5894G  A10397G  A16181G                    NA19773 HQ012208
                                   
          C1c  G1888A  G15930A                        DQ282459 JQ703840
                                   
            C1c1  A215G                        HQ012229
                                   
              C1c1a  A12978G                      EU597533 EF657324
                                   
              C1c1b  G5773A                      JQ705676 JQ704902
                                   
            C1c2  G3010A  G11440A  T11794C  C14356T                  DQ282466 HQ012232
                                   
            C1c3  A3140G  G3705A  T6815C  T7022a  T15670C  A16265G  G16319A                JQ705761 EU095544
                                   
            C1c4  A214G  G16274A                      HQ012220 EF079875
                                   
            C1c5  T11617C  G16526A                      DQ282465 HQ012230
                                   
               T195C!                       
                                     
              C1c6  T12414C  G16153A                    JQ704040 JQ705574
                                   
              C1c7  G1303A  G9932A  T16092C  C16176T  C16218T                JQ703827 HQ012223
                                   
            C1c8  A9254G  C16114T                      EU327891 EU431087
                                   
          C1d  A16051G                          HQ012239 HM107306
                                   
               C194T                        HM107317 HM107309
                                     
              C1d1  G7697A                      HM107365 HG01462
                                   
                C1d1a  T194C!  G1415A  A7343G                  HM107321
                                   
                  C1d1a1  T6297C  G14305A                HM107319 HM107320
                                   
                C1d1b  T195C!  A928G                  HM107324
                                   
                  C1d1b1  G7337A                  HM107326 HM107332
                                   
                C1d1c  C16188T  T16362C                  HM107334
                                   
                  C1d1c1  T194C!  C16298T!                HQ012235 DQ282473
                                   
                C1d1d  T16172C                    HM107355 EU095537
                                   
              C1d2  C10834T                      HM107315
                                   
                C1d2a  T593C  T16209C                  HM107314 HM107313
                                   
              C1d3  C12378T  T16140C  T16288C                  JQ701741
                                   
          C1e  T152C!  C534T  A3395G  C3507T  5899.XC  C7331T  A13651G  A13966G  T14324C  A15613G  T16311C!           
                                   
          C1f  G247A!                          HM804483
                                   
        C4  G6026A  G11969A  T15204C                        FJ951604
                                   
          C4a'b'c  2232.1A                         
                                   
            C4a  A12672G                       
                                   
              C4a1'5  T7999C                     
                                   
                C4a1  C1715T  T15968C  (T16093C)                FJ951462
                                   
                     G16129A!                 
                                     
                    C4a1a  2232.2A  A8508G              JX266268
                                   
                      C4a1a1  C3576T  A4884G  A4958G            FJ383648 FJ383597
                                   
                       T195C!                FJ951601 JF811749
                                     
                      C4a1b  A10891G              JF824987 KF849915
                                   
                        C4a1b1  G10685A            AY255174 HG00428
                                   
                      C4a1c  A15607G              FJ951442 EU482332
                                   
                        C4a1c1  A8389G            FJ951463 FJ951533
                                   
                          C4a1c1a  C11476T          EU482371 AY615360
                                   
                        C4a1c2  A12397G            EU482380 FJ951552
                                   
                      C4a1d  G12940A              FJ951607 FJ951459
                                   
                  C4a1e  T4080C  G5460A  G6261A                FJ951612 HM036567
                                   
                C4a5  C5846T  G16129A!  C16192T                GU392063 HQ260971
                                   
              C4a2'3'4  T16357C                     
                                   
                C4a2  G8485A  T8793C  A16171G  C16344T                FJ951608 AF346979
                                   
                C4a3  T2887C  T4696C  T12624C                 GQ895170
                                   
                  C4a3a  A5036G  T16086C  C16278T!              FJ383631 FJ383634
                                   
                  C4a3b  T310C  C1677T  T10304C  T16311C!              NA18547
                                   
                    C4a3b1  G3745A  5899.1C  C11155T  A13563G            KF056249 KF056247
                                   
                C4a4  G47A  T3394C  C13967T                  FJ951548
                                   
                  C4a4a  G207A  A6929G  T10724C  G13145A  C16239T            FJ383607 FJ383616
                                   
                  C4a4b  G15326A  T16086C                FJ383647
                                   
                    C4a4b1  C14668T                HM036530 HM036554
                                   
            C4b  A3816G                        EU482314 FJ951445
                                   
              C4b1  T146C!  G8251A                    AY195772 FJ951568
                                   
                C4b1a  T710C  16259.1A                  AY570526 FJ951512
                                   
              C4b2  T16124C  A16318t                    FJ951598 EU482333
                                   
              C4b3  C16291T                      FJ951447 AF346970
                                   
                C4b3a  C15145T                    EU482310 EU482315
                                   
              C4b5  G11377A                      FJ951580 FJ951460
                                   
              C4b6  C1788T                      FJ951451 EU482375
                                   
              C4b7  A4136G  A15924G                    EU482313 EU482326
                                   
              C4b8  G3392c  T11254C  T16093C                  EU482370 AY519490
                                   
            C4c  C14433T  G15148A                      EU095543
                                   
              C4c1  T1243C                      JF979205 GU215075
                                   
                C4c1a  T15629C  A16241G                  JQ705814 JF979198
                                   
                C4c1b  T16189C!                    JF979202 JF979203
                                   
              C4c2  G73A  C96T  105-110d  C114T  A189G  C473T  G1438A  C15523T              JQ705381 JF979210
                                   
             T152C!                         
                                     
               T16093C                        GQ895156
                                     
              C4d  A7100G  A12780G  A15236G                  NA18631 GQ895155
                                   
            C4e  C151T  A7307G  T15479C                    FJ951611 FJ951610
                                   
        C5  595.1C  T16288C                         
                                   
          C5a  G3591A  C16261T  T16327C!                     
                                   
            C5a1  C4904T  C8140T                      FJ951515 FJ951439
                                   
            C5a2  T10084C  A11928G  T16093C                    EU482306 FJ951457
                                   
          C5b  1719.1G                          FJ951454
                                   
            C5b1  C16148T                        FJ951472 HM036577
                                   
              C5b1a  A3397G  T9233C                    FJ951441 FJ951566
                                   
                C5b1a1  G1719A                    AY615359 FJ951464
                                   
              C5b1b  T4937C  A14344G  G15734A  A16164G                FJ951496 FJ951438
                                   
             T16093C                          AP008664 NA18566
                                     
            C5c  T10454C  G16518t  C16527T                    FJ951614
                                   
              C5c1  A1670t  C16234T                    FJ951452
                                   
                C5c1a  C7694T                    JN315676 FJ951605
                                   
            C5d  A15080G                       
                                   
              C5d1  G1415A  A8188G  G16390A                  FJ951440 EU482303
                                   
              C5d2  A10682G  G13968A                    FJ951576 JF824965
                                   
        C7  G5821A  A6338G                          FJ951594 KF849951
                                   
          C7a  G7853A                          FJ748711 GU810045
                                   
            C7a1  T146C!  T12957C  A14978G                   
                                   
              C7a1a  A153G  A10295G                   
                                   
                C7a1a1  C151T  T333C  A6791G  C16298T!                FJ383630
                                   
                C7a1a2  T3345C  G7598A  T12477C  G13708A  T16311C!              FJ383627 FJ383622
                                   
              C7a1c  T4047C  C5987T                    FJ951563 AY255176
                                   
              C7a1d  A2905G  T11204C  C16242T  C16256T                FJ383636
                                   
            C7a2  2232.1A  T16189C!                      JF896797
                                   
              C7a2a  A12810G  A12909G  T13635g  T14470C                EF429136 KC251742
                                   
             A16051G                          FJ951540
                                     
            C7b  T5918C  A11101G  G15928A                    FJ383641 JF903929
                                   
      Z  A6752G  T9090C  T15784C  C16185T  C16260T                       
                                   
           T152C!                           
                                     
          Z1  G15261A                          AY519493
                                   
            Z1a  C151T  G10325A  G16129A!  T16224C                  FJ147318
                                   
              Z1a1  A9494G                     
                                   
                Z1a1a  G740A  A12930G                  FJ493512 DQ902711
                                   
                Z1a1b  G7521A!  G8251A                  KC985156 FJ493513
                                   
              Z1a2  A11590G                      HM044854
                                   
                Z1a2a  A11078G                    AY195761 FJ493515
                                   
              Z1a3  A11252G                      KC985155 FJ493509
                                   
          Z2  A3145G  A8188G  C14668T  T15184C                    AP008426 AP011007
                                   
          Z3  T10208C                          AP008841
                                   
            Z3a  G207A  G9713A  T13620C  G15928A                 
                                   
              Z3a1  G15326A                      EU597518
                                   
                Z3a1a  A8931G  T11075C                  JF824889 FJ383642
                                   
              Z3a2  T6378C  G11902A  T12477C  G14476A  G15884A                FJ383603 FJ383602
                                   
            Z3b  T146C!  G9055A  G12501A                    FJ383644 FJ383645
                                   
               G709A                        JF824858
                                     
              Z3c  G4853A                      HM852845 NA19072
                                   
          Z4  C151T  A15475G  T15944d                      GU392051 KC733271
                                   
            Z4a  A16302G                        NA19005
                                   
              Z4a1  T151C!  T5492C  T16189C!                  AY255155
                                   
                Z4a1a  A5894G                    HG00436
                                   
                  Z4a1a1  A3520G  T7270C  T8654C  A11719G  C16193d  C16294T            AP013181 AP008305
                                   
          Z7  T2352C  C2780T  T4363C  G4841A  C7471d  A8348G  T8598C  G10653A                FJ383629 FJ383625
                                   
        Z5  G255A  A814G  G2056A  C4712T  G8251A  G9053A  C14052T  G15553A                  AP008553
                                   
  M9  G4491A  T16362C                               
                                   
    M9a'b  A153G  T3394C                             
                                   
      M9a  T14308C  C16234T                            AP010767 HM346891
                                   
        M9a1  A1041G                            HM346892
                                   
          M9a1a  A16316G                          HM346905 HM346903
                                   
            M9a1a1  A9242G                        HM346912
                                   
              M9a1a1a  G153A!  G11963A                    AP008629 AF346972
                                   
              M9a1a1b  A5951G  A9115G  A16300G                  AP008378 HM346908