PhyloTree.org - mtDNA subtree L3
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                            Example accessions References
L3  769  1018  16311                       Behar 2008b
                         
  L3a  152  12816  16316                     EU092941 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
    L3a1  721  10314  14461  14851  15553  16254  16311               DQ341081 JN655813 Soares 2012
                         
  L3b'f  15944d                        
                           
    L3b  3450  5773  6221  9449  10086  13105  13914A  15311  15824  16124  16278  16362         Behar 2008b
                         
      L3b1  10373                   Behar 2008b
                         
        L3b1a  11002                 EU092897 DQ341073 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
          L3b1a1  11800  15883             DQ304995 EU597490 Behar 2008b
                         
          L3b1a2  9300               JN655827 EU935449 Behar 2008b
                         
          L3b1a3  13933  16311             FJ460529 DQ304990  
                           
          L3b1a4  1710C  9605             FJ460536 EU092759  
                           
          L3b1a5  5063               JQ044986 EU092962  
                           
             152               JN655790  
                             
            L3b1a6  3385  5255  8155           EU092958 JQ045058  
                           
        L3b1b  152  9079  15664               EU092814 DQ112738 Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L3b1a")
                         
          L3b1b1  217               EU092682 EU200761  
                         
      L3b2  3420  10640  16527                 JQ045029 Behar 2008b
                         
        L3b2a  5250  16189                 EU092725 EU935440  
                           
    L3f  3396  4218  15514  16209                 Torroni 2006, Behar 2008b, Černư 2009
                         
      L3f1  5601  9950                   Torroni 2006, Behar 2008b, Černư 2009
                         
        L3f1a  3693  4350  5194  14148  15106             EU092891 Behar 2008b, Černư 2009
                         
          L3f1a1  3197  12507             JN655817 DQ341078  
                           
        L3f1b  189  (200)  1822  7819A  8527  8932  11440  14769  16292  16311       DQ341077 GU455422 Behar 2008b, Černư 2009
                         
          L3f1b1  16295               DQ305036 JQ044831 Behar 2008b, Černư 2009
                         
          L3f1b2  7235A               EU092805 Behar 2008b, Černư 2009
                         
            L3f1b2a  16172  16266A           EU935451 EU092953 Behar 2008b, Černư 2009
                         
             150               JQ044979 Behar 2008b, Černư 2009
                           
            L3f1b3  711  6806  7158           EU092883 Behar 2008b, Černư 2009
                         
            L3f1b4  3505             EU092704 JQ045093 Behar 2008b, Černư 2009
                         
              L3f1b4a  13167  16292!         EU092865 Behar 2008b, Černư 2009
                         
                L3f1b4a1  8799         EU092912 EU092791 Behar 2008b, Černư 2009
                         
      L3f2  (745.1T)  16311                 Behar 2008b, Černư 2009
                         
        L3f2a  152  15479                 JN655784  
                           
          L3f2a1  5821  9365  15314             DQ341076 JN655841 Behar 2008b ("L3j")
                         
        L3f2b  374.1A  2442  5342  11016  12338  15466  15658           EU092770 EU092877 Behar 2008b, Černư 2009
                         
      L3f3  189  318  959  4643  5181  6602  8158  8251  9932  10604  11770  15940  16176  16234     FJ625848 FJ625850 Behar 2008b, Černư 2009
                         
        L3f3a  16284                 FJ625855 FJ625854 Černư 2009
                         
  L3c'd  152  13105                     Behar 2008b
                         
    L3c  195  498.1C  678  3582  4491  5393  7394  9337  9682  12373  14221  14371  14560  14587  16311  16362     EU092660 DQ341074 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
    L3d  5147  7424  8618  13886  14284  16124               DQ112884 Behar 2008b
                         
      L3d1-5  921                   EU092898 JQ045091 Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L3d1")
                         
        L3d1  6680                 Behar 2008b
                         
          L3d1a  4048  7648  11887             EU092796 Behar 2008b
                         
               16319             HM771228  
                             
              L3d1a1  1503           EU092876 Behar 2008b
                         
                L3d1a1a  150  4203  5471  10640  10915     JN655800 EU092932 Behar 2008b
                         
          L3d1b  5046               JQ044939 JQ045112 Behar 2008b
                         
            L3d1b1  6272             DQ341072 EU200759 Malyarchuk 2008b, Behar 2008b
                         
            L3d1b3  146  14634  15110           JQ045051 JQ044814  
                           
          L3d1c  3203  9111  11239  12870  13542  16166         EU092762 JQ044862 Behar 2008b
                         
            L3d1c1  5372  9254             EU092830 JQ044824  
                           
          L3d1d  7765  9151  (16256)  (16368)           AY195782 DQ112714 Behar 2008b
                         
           199                  
                             
          L3d2  14272  14584  16111             JN655793 HM771170 Behar 2008b
                         
          L3d5  15799  (16362)             EU597500 DQ112949  
                         
        L3d3  1719  4688  15061               JN655797 Behar 2008b
                         
          L3d3a  3498G  8251  10899  11404  (16189)  (16278)  (16304)  (16311)     EU092851 DQ112716 Behar 2008b
                         
        L3d4  189  195                 JN655834 GU455420 Behar 2008b
                         
  L3e'i'k'x  150  10819                     Behar 2008b
                         
    L3e  2352  14212                   Behar 2008b
                         
      L3e1  189  200  6221  6587  14152  15670  15942  16327           EU092827 EU092887 Behar 2008b
                         
        L3e1a  16185                 Behar 2008b
                         
          L3e1a1  185  8650  16311             Behar 2008b
                         
            L3e1a1a  3438             EU092749 JN655807 Behar 2008b
                         
             152               Behar 2008b
                         
            L3e1a2  195  207  5774A  9254  11024  14569  16209       EU092847 EU092867 Behar 2008b
                         
            L3e1a3  10398!             EU092709 EU092960 Behar 2008b
                         
        L3e1b  14926  16325d               JN655794 EU092698 Behar 2008b
                         
        L3e1c  3675  5460  8289.1CCCCCTCTACCCCCTCTA  8701!  14323         EU092879 EU092740 Behar 2008b
                         
        L3e1d  152  16176                 HM771171 Behar 2008b
                         
          L3e1d1  8703  9300  12738             EU092862 JN655811  
                           
        L3e1e  10370                 EU092915 JQ045096 Behar 2008b
                         
        L3e1f  8281-8289d  16189               HM771172 HM771135  
                           
        L3e1g  1442  4844  5498  5618  8093  10490  11318  12215  16172  16399       JQ044847 JQ045070  
                           
      L3e2  195  14905  16320                 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
        L3e2a  4823  13105  14869               EU092769 EU092729 Behar 2008b
                         
          L3e2a1  198                
                           
            L3e2a1a  1737  3852  7196  15924         DQ305026 DQ305027  
                           
            L3e2a1b  6413             DQ305025 DQ305029  
                           
              L3e2a1b1  16399           DQ305031 JQ044801  
                           
              L3e2a1b2  15076  16311         HM771176 HM771175  
                           
        L3e2b  16172  16189               DQ341071 EU935465 Behar 2008b
                         
          L3e2b1  9377               DQ305022  
                           
            L3e2b1a  2483             JQ044985 DQ112734 Behar 2008b
                         
              L3e2b1a1  5580           DQ305021 AF347015  
                           
          L3e2b2  11377               EU092784 EU092777 Behar 2008b
                         
             152               DQ304998 DQ305000  
                             
            L3e2b3  6932             DQ305008 DQ305009  
                           
      L3e3'4'5  750!                   Behar 2008b
                         
        L3e3'4  5262                 Behar 2008b
                         
          L3e3  195  2000  6524  9554  10667  10816  13101C  16265T       Behar 2008b
                         
            L3e3a  573.1C  10286  12397           DQ305012 JN655812 Behar 2008b
                         
            L3e3b  4655  12248  13197  13651  15812         DQ305011 AF346967 Behar 2008b
                         
              L3e3b1  6261           HM771231 DQ305013  
                           
          L3e4  3915  5584  11257  13749  16051           JQ045125 EU092752 Behar 2008b
                         
        L3e5  398  8392  16041               JN655798 FJ460533 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
    L3i  7645                     Behar 2008b
                         
      L3i1  10679  11260  13800A  16153               Behar 2008b
                         
        L3i1a  15758  (16129)  (16223!)             JN655780 DQ112958 Behar 2008b
                         
        L3i1b  2158  13687                 DQ341069 EU092923 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
      L3i2  152  189  5441  8222  14818  15388  16260  16311           DQ341068 JN655814 Behar 2008b, Torroni 2006, Kivisild 2004 ("L3w")
                         
    L3k  152  235  494  3918  6620G  8649  9467  13135  13992  15314           JN655789 EU092822 Behar 2008b
                         
    L3x  3483  5899.1C  6401  8311  8817  13708  16169               Behar 2008b
                         
      L3x1  204  15172  16278                 JN655779 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
           16311                 JN655837  
                             
          L3x1b  16256               JN655782 DQ341067  
                           
      L3x2  (200)  249d  494  9941  16193  16195             Behar 2008b
                         
        L3x2a  3435  16223!               EU092944 JN655776 Behar 2008b
                         
          L3x2a1  368.1AGAA  6392  7129  16086           DQ341066 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
            L3x2a1a  9180  13681  13722           JN655829 EU092684 Behar 2008b
                         
        L3x2b  650  9254  15758  15928  16243             EU092818 HQ675033 Behar 2008b
                         
  L3h  7861  9575                     Behar 2008b
                         
    L3h1  1719  4388  5300  9509  11590  16311               Behar 2008b
                         
      L3h1a  5492                   Behar 2008b
                         
        L3h1a1  (73!)  8047  8485  12432  13708  13926  14110  (16129)  (16192)  (16255)  (16298)     JN655830 DQ112957 Behar 2008b
                         
        L3h1a2  8781A                 Behar 2008b
                         
          L3h1a2a  146  4688  4742  8943  12175  12519  14587  15646  16399       AF347000 JN655840 Behar 2008b
                         
          L3h1a2b  16270               JN655788 EU092753 Behar 2008b
                         
      L3h1b  189C  195  10044  14410  16256A               Behar 2008b
                         
        L3h1b1  16284                 EU092828  
                           
          L3h1b1a  3777  16179             JN655775 JN655799 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
        L3h1b2  151  152  294  606  990  8842  9758  12882  13437  16129  16362       EU092736 GU455418  
                           
    L3h2  150  195  318  3879  5460  5813  5930  8020  9098  9380  9965  11440  12469  13080  13755  16111  16184  16304   JN655801 DQ341080 Behar 2008b, Torroni 2006
                         
  M  489  10400  14783  15043                    
                           
  N  8701  9540  10398  10873  15301