PhyloTree.org - mtDNA subtree L3
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                    Example accessions  
L3  A769G  A1018G  C16311T                               
                                   
  L3a  C151T  T152C!  C12816T  (A16254G)  A16316G                           
                                   
    L3a1  T721C  C10314T  T14461C  A14851G  G15553A  T16311C!                       
                                   
      L3a1a  T151C!  C4088T                          JN655813 EF184630  
                                   
      L3a1b  T195C!  C198T  C2357T  C10184T  G12618A  G13708A  A14566G                  DQ341081 JN655774  
                                   
       G709A                              JN655803  
                                     
      L3a2  C573T  A7364G                          NA19438  
                                   
        L3a2a  T151C!  C3996T  A13887G  T16223C                    JN655805 EU092941  
                                   
  L3b'f  T15944d                                 
                                   
    L3b  C3450T  G5773A  T6221C  C9449T  A10086G  A13105G!  C13914a  A15311G  A15824G  T16124C  C16278T!  T16362C             
                                   
      L3b1  G10373A                             
                                   
        L3b1a  A11002G                          EU092726  
                                   
          L3b1a1  A11800G                        JQ705783  
                                   
            L3b1a1a  G15883A                      DQ304995 EU597490  
                                   
          L3b1a2  G9300A                        JN655827 EU935449  
                                   
          L3b1a3  A13933G  T16311C!                      FJ460529 DQ304990  
                                   
          L3b1a4  A1710c  C9605T                      FJ460536 EU092759  
                                   
          L3b1a5  T5063C                        JQ044986 EU092962  
                                   
            L3b1a5a  G5417A                      NA18865 NA18907  
                                   
             T152C!                        JN655790  
                                     
            L3b1a6  A3385G  C5255T  G8155A                  EU092958 JQ045058  
                                   
             C16124T!                        EU092768  
                                     
            L3b1a7  A3441G  C5211T  A5581G  T15299C                JX666328  
                                   
              L3b1a7a  G9477A                    DQ341073 JQ044820  
                                   
            L3b1a8  C2332T  G16145A                    NA19222 NA19175  
                                   
            L3b1a9  A16051G                      JN655791 JQ045018  
                                   
              L3b1a9a  A16318G                    EU092727 EU092825  
                                   
          L3b1a10  G4659A  G7859A                      EU092897 NA19257  
                                   
          L3b1a11  A13790G  T16311C!                      DQ304991 EU092694  
                                   
        L3b1b  T152C!  A9079G  C15664T                      EU092814 DQ112738  
                                   
          L3b1b1  T217C                        EU092682 EU200761  
                                   
      L3b2  C3420T  T10640C  C16527T                        JQ045029  
                                   
        L3b2a  T5250C  T16189C!                        EU092725 EU935440  
                                   
        L3b2b  G9053A  A9067G  C15550T                      NA18916 DQ112746  
                                   
      L3b3  G185A  A189G  A6527G  A9007G  C13934T  T14182C  G16048A                  JQ703986 NA18858  
                                   
    L3f  T3396C  T4218C  T15514C  T16209C                           
                                   
      L3f1  C5601T  T9950C                           
                                   
        L3f1a  G3693A  C4350T  C5194T  A14148G  G15106A                    EU092891  
                                   
          L3f1a1  T3197C  A12507G                      JN655809 DQ341078  
                                   
        L3f1b  A189G  (A200G)  T1822C  C7819a  A8527G  C8932T  G11440A  A14769G  T16311C!               
                                   
             C16292T                        DQ341077 JN655783  
                                     
            L3f1b1  C16295T                      JQ044831  
                                   
              L3f1b1a  C8410T  C10070T  G16129A!                DQ305036 JQ704670  
                                   
                L3f1b1a1  A272G                  JX303774 EU092857  
                                   
            L3f1b2  C7235a                      EU092805  
                                   
              L3f1b2a  T16172C  C16266a                  EU935451 EU092953  
                                   
               C150T                      NA19172  
                                     
              L3f1b3  T711C  A6806G  A7158G                EU092883 NA19213  
                                   
              L3f1b4  A3505G                     
                                   
                L3f1b4a  A13167G  T16292C!                EU092865  
                                   
                  L3f1b4a1  A8799G                EU092912 EU092791  
                                   
                L3f1b4b  G15930A                  JQ045093 NA18520  
                                   
                L3f1b4c  C16218T                  EU092704 JQ045084  
                                   
            L3f1b5  A11582G                      GU455415 GU455422  
                                   
          L3f1b6  reserved                        
                                   
      L3f2  (745.1T)  T16311C!                           
                                   
        L3f2a  T152C!  T15479C                        JN655784  
                                   
          L3f2a1  G5821A  C9365T  G15314A                    JN655841  
                                   
            L3f2a1a  A1842G  C16266T                    DQ341076 JN655819  
                                   
        L3f2b  374.1A  T2442C  C5342T  G11016A  T12338C  G15466A  C15658T                EU092770 EU092877  
                                   
      L3f3  A189G  T318C  C959T  G4643A  A5181G  C6602T  A8158G  G8251A  G9932A  T10604C  T11770C  T15940C  C16176T  C16234T        FJ625848 JN655831  
                                   
        L3f3a  A16284G                          FJ625855 FJ625854  
                                   
        L3f3b  C16188T                          FJ625850 DQ341075  
                                   
  L3c'd  T152C!  A13105G!                               
                                   
    L3c  T195C!  498.1C  T678C  C3582T  G4491A  T5393C  A7394G  T9337C  T9682C  A12373G  T14221C  T14371C  G14560A  A14587G  T16311C!  T16362C        EU092660 DQ341074  
                                   
    L3d  G5147A  A7424G  T8618C  T13886C  C14284T  T16124C                      DQ112884  
                                   
      L3d1'2'3'4'5'6  T921C                            EU092898  
                                   
        L3d1  T6680C                           
                                   
          L3d1a  G4048A  C7648T  G11887A                    EU092796 NA19316  
                                   
            L3d1a1'2  G16319A                       
                                   
              L3d1a1  G1503A                     
                                   
                L3d1a1a  C150T  A4203G  G5471A  T10640C  T10915C!            JN655800 AF347014  
                                   
                  L3d1a1a1  A3579G                KC533458 EU092932  
                                   
                L3d1a1b  T146C!  T195C!  T5162C  G9452A  C10837T  G12406A  A13884G  G15106A      EU092876 NA18867  
                                   
              L3d1a2  A15061G                    HM771228 JQ702481  
                                   
          L3d1b  G5046A                        JQ045112 EU092899  
                                   
            L3d1b1  A6272G                      DQ341072  
                                   
              L3d1b1a  A8014c                    JN214459 JN214478  
                                   
              L3d1b1b  C151T  T195C!  A3957G                EU200759 JN655823  
                                   
            L3d1b2  C150T  T4553C  T15514C                  JQ702420 JQ705077  
                                   
            L3d1b3  T146C!  T14634C  G15110A                  JQ045051  
                                   
              L3d1b3a  C16256T                    JX303821 JQ044814  
                                   
          L3d1c  A3203G  T9111C  A11239G  C12870T  A13542G  A16166G                EU092762 JQ044862  
                                   
            L3d1c1  A5372G  A9254G                    EU092830 JQ044824  
                                   
          L3d1d  A7765G  A9151G  (C16256T)  (T16368C)                  AY195782 DQ112714  
                                   
        L3d2  C14272T  T14584C  C16111T                       
                                   
          L3d2a  T15115C  (T16189C!)                      HM771170 DQ112713  
                                   
          L3d2b  T199C                        JQ705019 JN655793  
                                   
        L3d3  G1719A  T4688C  A15061G                       
                                   
          L3d3a  C3498g  G8251A  A10899G  A11404G  (T16189C)  (C16278T)  (T16304C)  (T16311C)            DQ112716  
                                   
            L3d3a1  A15208G                      JX303864  
                                   
              L3d3a1a  T2416C                    EU092851 EU597526  
                                   
              L3d3a1b  G16000A                    JX303836 JX303803  
                                   
          L3d3b  T7389C                        JN655797 AF381998  
                                   
        L3d4  A189G  T195C!                        NA20296 GU455420  
                                   
          L3d4a  G1393A  A12280G                      JN655834 FJ460540  
                                   
        L3d5  A15799G  T16362C                        JN214479  
                                   
          L3d5a  A7158G  T12311C  G15930A                    NA19121 EU597500  
                                   
        L3d6  T5492C  T8473C  C8658T  G9300A  C15223T                    JQ045091 NA18864  
                                   
  L3e'i'k'x  C150T  A10819G                               
                                   
    L3e  T2352C  T14212C                             
                                   
      L3e1  A189G  A200G  T6221C  C6587T  A14152G  T15670C  T15942C  C16327T                EU092827 EU092887  
                                   
        L3e1a  C16185T                           
                                   
          L3e1a1  G185A  C8650T  T16311C!                     
                                   
            L3e1a1a  G3438A                      EU092749 KC533483  
                                   
          L3e1a2  T152C!  T195C!  G207A  T5774a  A9254G  C11024T  G14569A  T16209C              JX303878 EU092867  
                                   
          L3e1a3  G10398A                         
                                   
            L3e1a3a  C5255T  G7337A                    KC533488 HM771173  
                                   
            L3e1a3b  G10172A  T12438C  T16093C                  NA19114 EU092960  
                                   
        L3e1b  A14926G  T16325d                         
                                   
          L3e1b1  C16256T                        JN655794 EU092681  
                                   
          L3e1b2  G185A  G200A!  A8577G  G12192A                  KC533453 JX303759  
                                   
        L3e1c  A3675G  G5460A  8289.1CCCCCTCTACCCCCTCTA  G8701A  G14323A                EU092879 EU092740  
                                   
        L3e1d  T152C!  C16176T                        HM771171  
                                   
          L3e1d1  C8703T  G9300A  T12738C                    EU092862 JX303847  
                                   
            L3e1d1a  A9327G                      EU092693 JX303886  
                                   
        L3e1e  T10370C                          JQ045096 NA19391  
                                   
          L3e1e1  T14571a                        EU092915 AF346980  
                                   
          L3e1e2  G73A  G90A  G97A  106-111d  A4562G  T9098C                HG01170 DQ282507  
                                   
        L3e1f  8281-8289d                        JQ704728  
                                   
          L3e1f1  T16189C!                        HM771135  
                                   
            L3e1f1a  A4395G  C16260T                    HM771172 KC533470  
                                   
          L3e1f2  T195C!  G207A  G4219A  G7805A                    JN214448 JQ705521  
                                   
        L3e1g  G1442A  A4844G  A5498G  T5618C  T8093C  T10490C  T11318C  T12215C  T16172C  A16399G            JQ044847 JQ045070  
                                   
      L3e2  T195C!  G14905A  C16320T                         
                                   
        L3e2a  T4823C  A13105G!  G14869A                      EU092769 NA19707  
                                   
          L3e2a1  C198T                         
                                   
            L3e2a1a  A1737G  C3852T  C7196T  A15924G                DQ305026 DQ305027  
                                   
            L3e2a1b  T6413C                      DQ305029 JQ702533  
                                   
              L3e2a1b1  A16399G                    DQ305031 JQ044801  
                                   
              L3e2a1b2  A15076G  T16311C!                  HM771176 HM771175  
                                   
              L3e2a1b3  A14750G                    DQ305025 HG01456  
                                   
          L3e2a2  T10335C                        JQ045092 EU092926  
                                   
          L3e2a3  A5102G  T12414C                      EU092729  
                                   
        L3e2b  T16172C  T16189C!                        DQ341071 HM771122  
                                   
          L3e2b1  A9377G                        DQ305022  
                                   
            L3e2b1a  T2483C                      JQ703138  
                                   
              L3e2b1a1  T5580C                    DQ305021 AF347015  
                                   
              L3e2b1a2  G3277A  G12406A                  JX303789 JQ701829  
                                   
          L3e2b2  G11377A                        EU092784 EU092777  
                                   
             T152C!                        DQ304998 DQ305003  
                                     
            L3e2b3  A6932G                      DQ305008 DQ305009  
                                   
            L3e2b4  T10861C                      DQ305000 JN381504  
                                   
            L3e2b5  G6261A                      NA19238 JQ044972  
                                   
            L3e2b6  T146C!  C7370T                    JN655795 NA19147  
                                   
          L3e2b7  G1927A                        AF346994 EU935465  
                                   
          L3e2b8  G9196A                        DQ305019 NA19150  
                                   
      L3e3'4'5  G750A                             
                                   
        L3e3'4  G5262A                           
                                   
          L3e3  T195C!  C2000T  T6524C  G9554A  T10667C  A10816G  A13101c  A16265t             
                                   
            L3e3a  573.XC  A10286G  A12397G                  DQ305012 JN655812  
                                   
            L3e3b  G4655A  A12248G  C13197T  A13651G  G15812A              DQ305011 DQ305010  
                                   
              L3e3b1  G6261A                    HM771231 DQ305013  
                                   
              L3e3b2  C16527T                    AF346967 HM771232  
                                   
              L3e3b3  C16465T                    JQ044850 JQ044964  
                                   
          L3e4  G3915A  A5584G  C11257T  C13749T  A16051G                EU092752  
                                   
            L3e4a  C16264T                      EU092695 NA18909  
                                   
              L3e4a1  C9490T                    JQ705320 JQ045125  
                                   
        L3e5  T398C  G8392A  A16041G                      KF358485 JN655822  
                                   
          L3e5a  G13317A                        JN214452  
                                   
            L3e5a1  A2833G                      EU092821  
                                   
              L3e5a1a  C431a                    KF358475 JN655798  
                                   
          L3e5b  T5483C                        EU092959 KF358486  
                                   
             T195C!                        JN655828  
                                     
            L3e5c  A11548G                      KF358482 KF358474  
                                   
          L3e5d  A8869G  C12591T                      FJ460533 KF358487  
                                   
          L3e5e  C15367T  A16037G                      KF358472 DQ341070  
                                   
          L3e5f  T12173C  G15734A  A16343G                    KF358481 KF358480  
                                   
    L3i  T7645C                               
                                   
      L3i1  A10679G  T11260C  C13800a  G16153A                      NA19437  
                                   
        L3i1a  A15758G  (G16129A!)  (T16223C)                      JN655780 DQ112958  
                                   
        L3i1b  T2158C  C13687T                        DQ341069 EU092923  
                                   
      L3i2  T152C!  A189G  A5441G  T8222C  A14818G  T15388C  C16260T  T16311C!                DQ341068 JN655814  
                                   
    L3k  T152C!  A235G  C494T  G3918A  T6620g  A8649G  T9467C  G13135A  C13992T  G15314A                EU092822  
                                   
      L3k1  A735G  T4313C  A9007t  G9329A  A13542G  A13862G  C16355T                  JQ705310 JN655789  
                                   
    L3x  G3483A  5899.XC  A6401G  T8311C  A8817G  G13708A  C16169T                     
                                   
      L3x1  T204C  G15172A  C16278T!                         
                                   
        L3x1a  G5460A                           
                                   
          L3x1a1  A189G  T199C  5899.XCd!                    NA19446 EF556171  
                                   
          L3x1a2  T13392C                        JN655779 JN655773  
                                   
           T16311C!                          JN655837  
                                     
          L3x1b  C16256T                        JN655782 DQ341067  
                                   
      L3x2  (A200G)  A249d  C494T  A9941G  C16193T  T16195C                     
                                   
        L3x2a  C3435T  T16223C                        EU092944 JN655776  
                                   
          L3x2a1  368.1AGAA  T6392C  A7129G  T16086C                  DQ341066  
                                   
            L3x2a1a  A9180G  A13681G  A13722G                  JN655829 EU092684  
                                   
        L3x2b  T650C  A9254G  A15758G  G15928A  T16243C                    EU092818 HQ675033  
                                   
  L3h  T7861C  G9575A                               
                                   
    L3h1  G1719A  A4388G  C5300T  T9509C  A11590G  T16311C!                       
                                   
      L3h1a  T5492C                             
                                   
        L3h1a1  T8047C  G8485A  C12432T  G13708A  T13926C  T14110C  C16192T  T16298C              JN655830 NA19457  
                                   
        L3h1a2  C8781a                           
                                   
          L3h1a2a  T146C!  T4688C  T4742C  C8943T  T12175C  T12519C  A14587G  C15646T  A16399G            JN655840  
                                   
            L3h1a2a1  G12236A  C14862T                    AF347000 JN655824  
                                   
          L3h1a2b  C16270T                        JN655788 EU092753  
                                   
      L3h1b  A189c  T195C!  A10044G  G14410A  C16256a                       
                                   
        L3h1b1  A16284G                          EU092828  
                                   
          L3h1b1a  T3777C  C16179T                      EU092903 JN214458  
                                   
        L3h1b2  C151T  T152C!  T294C  A606G  T990C  A8842G  T9758C  C12882T  T13437C  G16129A!  T16362C            EU092736 GU455418  
                                   
    L3h2  C150T  T195C!  T318C  A3879G  G5460A  A5813G  T5930C  G8020A  T9098C  G9380A  T9965C  G11440A  A12469G  C13080T  C13755T  C16111T  C16184T  T16304C    JN655801 DQ341080  
                                   
  M  T489C  C10400T  T14783C  G15043A                             
                                   
  N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!