PhyloTree.org - mtDNA subtree L3
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are relative to the RSRS and rCRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction. In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Back mutations to an ancestral state are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                  Example accessions References
L3  A769G  A1018G  C16311T                            Behar 2008b
                               
  L3a  T152C!  C12816T  A16316G                          EU092941 Behar 2008b, Torroni 2006, Soares 2012
                               
    L3a1  T721C  C10314T  T14461C  A14851G  G15553A  A16254G  T16311C!                  DQ341081 JN655813  
                               
  L3b'f  T15944d                               
                               
    L3b  C3450T  G5773A  T6221C  C9449T  A10086G  A13105G!  C13914a  A15311G  A15824G  T16124C  C16278T!  T16362C            Behar 2008b
                               
      L3b1  G10373A                          Behar 2008b
                               
        L3b1a  A11002G                        EU092897 DQ304991 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
          L3b1a1  A11800G                      JQ705783 Behar 2012b
                               
            L3b1a1a  G15883A                    DQ304995 EU597490 Behar 2008b
                               
          L3b1a2  G9300A                      JN655827 EU935449 Behar 2008b
                               
          L3b1a3  A13933G  T16311C!                    FJ460529 DQ304990  
                               
          L3b1a4  A1710c  C9605T                    FJ460536 EU092759  
                               
          L3b1a5  T5063C                      JQ044986 EU092962  
                               
             T152C!                      JN655790  
                                 
            L3b1a6  A3385G  C5255T  G8155A                  EU092958 JQ045058  
                               
             C16124T!                      EU092768 JN655791  
                                   
            L3b1a7  A3441G  C5211T  A5581G  T15299C                DQ341073 JX666328  
                                 
        L3b1b  T152C!  A9079G  C15664T                    EU092814 DQ112738 Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L3b1a")
                               
          L3b1b1  T217C                      EU092682 EU200761  
                               
      L3b2  C3420T  T10640C  C16527T                      JQ045029 Behar 2008b
                               
        L3b2a  T5250C  T16189C!                      EU092725 EU935440  
                               
      L3b3  G185A  A189G  A6527G  A9007G  C13934T  T14182C  G16048A                  JQ704919 JQ703986 Behar 2012b
                               
    L3f  T3396C  T4218C  T15514C  T16209C                        Torroni 2006, Behar 2008b, Černý 2009
                               
      L3f1  C5601T  T9950C                        Torroni 2006, Behar 2008b, Černý 2009
                               
        L3f1a  G3693A  C4350T  C5194T  A14148G  G15106A                  EU092891 Behar 2008b, Černý 2009
                               
          L3f1a1  T3197C  A12507G                    JN655817 DQ341078  
                               
        L3f1b  A189G  (A200G)  T1822C  C7819a  A8527G  C8932T  G11440A  A14769G  C16292T  T16311C!          DQ341077 GU455422 Behar 2008b, Černý 2009
                               
          L3f1b1  C16295T                      JQ044831 Behar 2008b, Černý 2009
                               
            L3f1b1a  C8410T  C10070T  G16129A!                  DQ305036 JQ704670  
                                 
              L3f1b1a1  A272G                  JX303774 EU092857  
                                 
          L3f1b2  C7235a                      EU092805 Behar 2008b, Černý 2009
                               
            L3f1b2a  T16172C  C16266a                  EU935451 EU092953 Behar 2008b, Černý 2009
                               
             C150T                      JQ044979 Behar 2008b, Černý 2009
                                 
            L3f1b3  T711C  A6806G  A7158G                  EU092883 Behar 2008b, Černý 2009
                               
            L3f1b4  A3505G                    EU092704 JQ045093 Behar 2008b, Černý 2009
                               
              L3f1b4a  A13167G  T16292C!                EU092865 Behar 2008b, Černý 2009
                               
                L3f1b4a1  A8799G                EU092912 EU092791 Behar 2008b, Černý 2009
                               
      L3f2  (745.1T)  T16311C!                        Behar 2008b, Černý 2009
                               
        L3f2a  T152C!  T15479C                      JN655784  
                               
          L3f2a1  G5821A  C9365T  G15314A                    DQ341076 JN655841 Behar 2008b ("L3j")
                               
        L3f2b  374.1A  T2442C  C5342T  G11016A  T12338C  G15466A  C15658T                EU092770 EU092877 Behar 2008b, Černý 2009
                               
      L3f3  A189G  T318C  C959T  G4643A  A5181G  C6602T  A8158G  G8251A  G9932A  T10604C  T11770C  T15940C  C16176T  C16234T        FJ625848 FJ625850 Behar 2008b, Černý 2009
                               
        L3f3a  A16284G                        FJ625855 FJ625854 Černý 2009
                               
  L3c'd  T152C!  A13105G!                            Behar 2008b
                               
    L3c  T195C!  498.1C  T678C  C3582T  G4491A  T5393C  A7394G  T9337C  T9682C  A12373G  T14221C  T14371C  G14560A  A14587G  T16311C!  T16362C      EU092660 DQ341074 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
    L3d  G5147A  A7424G  T8618C  T13886C  C14284T  T16124C                    DQ112884 Behar 2008b
                               
      L3d1'2'3'4'5  T921C                          EU092898 JQ045091 Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L3d1")
                               
        L3d1  T6680C                        Behar 2008b
                               
          L3d1a  G4048A  C7648T  G11887A                    EU092796 Behar 2008b
                               
               G16319A                    HM771228  
                                 
              L3d1a1  G1503A                  EU092876 Behar 2008b
                               
                L3d1a1a  C150T  A4203G  G5471A  T10640C  T10915C!          JN655800 EU092932 Behar 2008b
                               
          L3d1b  G5046A                      JQ045112 EU092899 Behar 2008b
                               
            L3d1b1  A6272G                    DQ341072 EU200759 Malyarchuk 2008b, Behar 2008b
                               
              L3d1b1a  A8014c                  JN214459 JN214478 Cerezo 2012
                               
            L3d1b2  C150T  T4553C  T15514C                  JQ702420 JQ705077 Behar 2012b
                               
            L3d1b3  T146C!  T14634C  G15110A                  JQ045051  
                               
              L3d1b3a  C16256T                  JX303821 JQ044814  
                                 
          L3d1c  A3203G  T9111C  A11239G  C12870T  A13542G  A16166G              EU092762 JQ044862 Behar 2008b
                               
            L3d1c1  A5372G  A9254G                  EU092830 JQ044824  
                               
          L3d1d  A7765G  A9151G  (C16256T)  (T16368C)                  AY195782 DQ112714 Behar 2008b
                               
        L3d2  C14272T  T14584C  C16111T                    JN655793 Behar 2008b
                               
          L3d2a  T15115C  (T16189C!)                    HM771170 DQ112713  
                                 
        L3d3  G1719A  T4688C  A15061G                    Behar 2008b
                               
          L3d3a  C3498g  G8251A  A10899G  A11404G  (T16189C)  (C16278T)  (T16304C)  (T16311C)          DQ112716 Behar 2008b
                               
            L3d3a1  A15208G                    JX303864  
                                 
              L3d3a1a  T2416C                  EU092851 EU597526  
                                 
              L3d3a1b  G16000A                  JX303836 JX303803  
                                 
          L3d3b  T7389C                      JN655797 AF381998  
                                 
        L3d4  A189G  T195C!                      JN655834 GU455420 Behar 2008b
                               
        L3d5  A15799G  T16362C                      EU597500 JN214479  
                               
  L3e'i'k'x  C150T  A10819G                            Behar 2008b
                               
    L3e  T2352C  T14212C                          Behar 2008b
                               
      L3e1  A189G  A200G  T6221C  C6587T  A14152G  T15670C  T15942C  C16327T                EU092827 EU092887 Behar 2008b
                               
        L3e1a  C16185T                        Behar 2008b
                               
          L3e1a1  G185A  C8650T  T16311C!                    Behar 2008b
                               
            L3e1a1a  G3438A                    EU092749 JN655807 Behar 2008b
                               
             T152C!                      Behar 2008b
                               
            L3e1a2  T195C!  G207A  T5774a  A9254G  C11024T  G14569A  T16209C            JX303878 EU092867 Behar 2008b
                               
            L3e1a3  G10398A                    EU092960 Behar 2008b
                               
              L3e1a3a  C5255T  G7337A                JX303872 EU092709  
                                 
        L3e1b  A14926G  T16325d                      JN655794 JX303759 Behar 2008b
                               
        L3e1c  A3675G  G5460A  8289.1CCCCCTCTACCCCCTCTA  G8701A  G14323A              EU092879 EU092740 Behar 2008b
                               
        L3e1d  T152C!  C16176T                      HM771171 Behar 2008b
                               
          L3e1d1  C8703T  G9300A  T12738C                    EU092862 JX303847  
                               
            L3e1d1a  A9327G                    EU092693 JX303886  
                                 
        L3e1e  T10370C                        JQ045096 Behar 2008b
                               
          L3e1e1  T14571a                      EU092915 AF346980  
                                 
        L3e1f  8281-8289d                      HM771172 JN214448 Behar 2012b
                               
        L3e1g  G1442A  A4844G  A5498G  T5618C  T8093C  T10490C  T11318C  T12215C  T16172C  A16399G          JQ044847 JQ045070  
                               
      L3e2  T195C!  G14905A  C16320T                      Behar 2008b, Torroni 2006
                               
        L3e2a  T4823C  A13105G!  G14869A                    EU092769 EU092729 Behar 2008b
                               
          L3e2a1  C198T                       
                               
            L3e2a1a  A1737G  C3852T  C7196T  A15924G                DQ305026 DQ305027  
                               
            L3e2a1b  T6413C                    DQ305025 DQ305029  
                               
              L3e2a1b1  A16399G                  DQ305031 JQ044801  
                               
              L3e2a1b2  A15076G  T16311C!                HM771176 HM771175  
                               
        L3e2b  T16172C  T16189C!                      DQ341071 EU935465 Behar 2008b
                               
          L3e2b1  A9377G                      DQ305022  
                               
            L3e2b1a  T2483C                    JQ703138 Behar 2008b, Behar 2012b
                               
              L3e2b1a1  T5580C                  DQ305021 AF347015  
                               
              L3e2b1a2  G3277A  G12406A                JX303789 JQ701829  
                                 
          L3e2b2  G11377A                      EU092784 EU092777 Behar 2008b
                               
             T152C!                      DQ304998 DQ305000  
                                 
            L3e2b3  A6932G                    DQ305008 DQ305009  
                               
      L3e3'4'5  G750A                          Behar 2008b
                               
        L3e3'4  G5262A                        Behar 2008b
                               
          L3e3  T195C!  C2000T  T6524C  G9554A  T10667C  A10816G  A13101c  A16265t            Behar 2008b
                               
            L3e3a  573.XC  A10286G  A12397G                  DQ305012 JN655812 Behar 2008b
                               
            L3e3b  G4655A  A12248G  C13197T  A13651G  G15812A              DQ305011 DQ305010 Behar 2008b
                               
              L3e3b1  G6261A                  HM771231 DQ305013  
                               
              L3e3b2  C16527T                  AF346967 HM771232  
                               
              L3e3b3  C16465T                  JQ044850 JQ044964  
                                 
          L3e4  G3915A  A5584G  C11257T  C13749T  A16051G                EU092752 Behar 2008b
                               
            L3e4a  C16264T                    EU092695 JQ705285  
                                 
              L3e4a1  C9490T                  JQ705320 JQ045125  
                                 
        L3e5  T398C  G8392A  A16041G                    JN655822 FJ460533 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
          L3e5a  G13317A                      JN655798 JN214452  
                                 
    L3i  T7645C                            Behar 2008b
                               
      L3i1  A10679G  T11260C  C13800a  G16153A                    Behar 2008b
                               
        L3i1a  A15758G  (G16129A!)  (T16223C)                    JN655780 DQ112958 Behar 2008b
                               
        L3i1b  T2158C  C13687T                      DQ341069 EU092923 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
      L3i2  T152C!  A189G  A5441G  T8222C  A14818G  T15388C  C16260T  T16311C!                DQ341068 JN655814 Behar 2008b, Torroni 2006, Kivisild 2004 ("L3w")
                               
    L3k  T152C!  A235G  C494T  G3918A  T6620g  A8649G  T9467C  G13135A  C13992T  G15314A                EU092822 Behar 2008b
                               
      L3k1  A735G  T4313C  A9007t  G9329A  A13542G  A13862G  C16355T                  JQ705310 JN655789 Behar 2012b
                               
    L3x  G3483A  5899.XC  A6401G  T8311C  A8817G  G13708A  C16169T                    Behar 2008b
                               
      L3x1  T204C  G15172A  C16278T!                      JN655779 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
           T16311C!                        JN655837  
                                 
          L3x1b  C16256T                      JN655782 DQ341067  
                               
      L3x2  (A200G)  A249d  C494T  A9941G  C16193T  T16195C                    Behar 2008b
                               
        L3x2a  C3435T  T16223C                      EU092944 JN655776 Behar 2008b
                               
          L3x2a1  368.1AGAA  T6392C  A7129G  T16086C                  DQ341066 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
            L3x2a1a  A9180G  A13681G  A13722G                  JN655829 EU092684 Behar 2008b
                               
        L3x2b  T650C  A9254G  A15758G  G15928A  T16243C                  EU092818 HQ675033 Behar 2008b
                               
  L3h  T7861C  G9575A                            Behar 2008b
                               
    L3h1  G1719A  A4388G  C5300T  T9509C  A11590G  T16311C!                    Behar 2008b
                               
      L3h1a  T5492C                          Behar 2008b
                               
        L3h1a1  (G73A)  T8047C  G8485A  C12432T  G13708A  T13926C  T14110C  (G16129A!)  (C16192T)  (G16255A)  (T16298C)        JN655830 DQ112957 Behar 2008b
                               
        L3h1a2  C8781a                        Behar 2008b
                               
          L3h1a2a  T146C!  T4688C  T4742C  C8943T  T12175C  T12519C  A14587G  C15646T  A16399G          JN655840 Behar 2008b
                               
            L3h1a2a1  G12236A  C14862T                  AF347000 JN655824  
                                 
          L3h1a2b  C16270T                      JN655788 EU092753 Behar 2008b
                               
      L3h1b  A189c  T195C!  A10044G  G14410A  C16256a                    Behar 2008b
                               
        L3h1b1  A16284G                        EU092828  
                               
          L3h1b1a  T3777C  C16179T                    JN655775 JN655799 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
        L3h1b2  C151T  T152C!  T294C  A606G  T990C  A8842G  T9758C  C12882T  T13437C  G16129A!  T16362C          EU092736 GU455418  
                               
    L3h2  C150T  T195C!  T318C  A3879G  G5460A  A5813G  T5930C  G8020A  T9098C  G9380A  T9965C  G11440A  A12469G  C13080T  C13755T  C16111T  C16184T  T16304C  JN655801 DQ341080 Behar 2008b, Torroni 2006
                               
  M  T489C  C10400T  T14783C  G15043A                          JQ702247 Behar 2012b
                               
  N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!