PhyloTree.org - mtDNA subtree L3
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                    Accession numbers References
L3  769  1018  16311                                 Behar 2008b
                                   
  L3a  152  12816  16316                             EU092941, DQ341081 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
  L3b'f  15944d                                  
                                     
    L3b  3450  5773  6221  9449  10086  13105  13914A  15311  15824  16124  16278  16362                 Behar 2008b
                                   
      L3b1  10373                             Behar 2008b
                                   
        L3b1a  11002                         DQ304991, EU092820 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
          L3b1a1  11800  15883                     DQ304995, EU597490 Behar 2008b
                                 
          L3b1a2  9300                       EU092744, EU092825 Behar 2008b
                                 
          L3b1a3  13933  16311                     EU092826, DQ304990  
                                   
          L3b1a4  1710C  9605                     FJ460536, EU092759  
                                   
        L3b1b  152  9079  15664                       DQ112738, EU092814 Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L3b1a")
                                 
          L3b1b1  217                       EU092682, EU200761  
                                 
      L3b2  3420  (16189)  (16527)                       EU092725, DQ112746 Behar 2008b
                                 
    L3f  3396  4218  15514  16209                           Torroni 2006, Behar 2008b, Černư 2009
                                   
      L3f1  5601  9950                           Torroni 2006, Behar 2008b, Černư 2009
                                   
        L3f1a  3693  4350  5194  14148  15106                     DQ341078, EU092891 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
        L3f1b  189  (200)  1822  7819A  8527  8932  11440  14769  16292  16311               DQ341077, EU092741 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
          L3f1b1  8410  10070  16129  16295                   DQ305036, EU092857 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
          L3f1b2  7235A                       EU092805 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
            L3f1b2a  16172  16266A                   EU935451, EU092953 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
             150                         Behar 2008b, Černư 2009
                                     
            L3f1b3  711  6806  7158                   EU092883 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
            L3f1b4  3505                     EU092704 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
              L3f1b4a  13167  16292!                 EU092865 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
                L3f1b4a1  8799                 EU092912, EU092791 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
      L3f2  745.1T  16311                         DQ341076 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
        L3f2b  374.1A  2442  5342  11016  12338  15466  15658                 EU092770, EU092877 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
      L3f3  189  318  959  4643  5181  6602  8158  8251  9932  10604  11770  15940  16176  16234             FJ625850, FJ625848 Behar 2008b, Černư 2009
                                 
        L3f3a  16284                         FJ625855, FJ625854 Černư 2009
                                 
  L3c'd'j  152  13105                               Behar 2008b
                                   
    L3c  195  498.1C  678  3582  4491  5393  7394  9337  9682  12373  14221  14371  14560  14587  16311  16362           EU092660, DQ341074 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
    L3d  5147  7424  8618  13886  14284  16124                       DQ112884 Behar 2008b
                                 
      L3d1-5  921                           EU092898 Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L3d1")
                                 
        L3d1  6680                           Behar 2008b
                                   
          L3d1a  4048  7648  11887                     EU092796 Behar 2008b
                                 
            L3d1a1  1503  16319                   EU092876 Behar 2008b
                                 
              L3d1a1a  150  4203  5471  10640  10915               EU092702, EU092932 Behar 2008b
                                 
          L3d1b  5046                       EU092899, DQ112739 Behar 2008b
                                 
            L3d1b1  6272                     DQ341072, EU200759 Malyarchuk 2008b, Behar 2008b
                                 
          L3d1c  3203  9111  11239  12870  13542  (16093)  16166               EU092762, EU092830 Behar 2008b
                                 
          L3d1d  7765  9151  (16086)  (16256)  (16368)                 AY195782, DQ112714 Behar 2008b
                                 
           199                            
                                       
          L3d2  14272  14584  (16111)                   EU597512, DQ112756 Behar 2008b
                                 
          L3d5  15799  (16362)                     EU597500, DQ112949  
                                 
        L3d3  1719  4688  15061                       AF381998 Behar 2008b
                                 
          L3d3a  3498G  8251  10899  11404  (16189)  (16278)  (16304)  (16311)             EU092851, DQ112716 Behar 2008b
                                 
        L3d4  189  195                         EU092742, GU455420 Behar 2008b
                                 
    L3j  5821  6182  6722  8676  9365  9731A  12280  12534  14260  15314  15479  15514               DQ112956 Behar 2008b
                                 
  L3e'i'k'x  150  10819                               Behar 2008b
                                   
    L3e  2352  14212                             Behar 2008b
                                   
      L3e1  189  200  6221  6587  14152  15670  15942  16327                   EU092827, EU092685 Behar 2008b
                                 
        L3e1a  16185                           Behar 2008b
                                   
          L3e1a1  185  8650  16311                       Behar 2008b
                                   
            L3e1a1a  3438                     EU092749 Behar 2008b
                                 
             152                         Behar 2008b
                                   
            L3e1a2  195  207  5774A  9254  11024  14569  16209             EU092847, EU092867 Behar 2008b
                                 
            L3e1a3  10398!                     EU092709, EU092960 Behar 2008b
                                 
        L3e1b  14926  16325d                       EU092675, EU092698 Behar 2008b
                                 
        L3e1c  3675  5460  8289.1CCCCCTCTACCCCCTCTA  8701!  14323               EU092879, EU092740 Behar 2008b
                                 
        L3e1d  152  8703  9300  12738  16176                     EU092862, EU092693 Behar 2008b
                                 
        L3e1e  10370                         EU092915, DQ282507 Behar 2008b
                                 
      L3e2  195  14905  16320                           Behar 2008b, Torroni 2006
                                   
        L3e2a  4823  13105  14869                       EU092729, EU092769 Behar 2008b
                                 
          L3e2a1  198                          
                                     
            L3e2a1a  1737  3852  7196  15924                 DQ305026, DQ305027  
                                   
            L3e2a1b  6413                     DQ305025, DQ305029  
                                   
              L3e2a1b1  499  16399                 DQ305031, DQ305030  
                                   
        L3e2b  16172  16189                       DQ305019, EU935465 Behar 2008b
                                 
          L3e2b1  9377                       DQ305022  
                                   
            L3e2b1a  2483                     AF347015, DQ112734 Behar 2008b
                                 
          L3e2b2  11377                       EU092777, EU092784 Behar 2008b
                                 
          L3e2b3  152  6932                     DQ305008, DQ305009  
                                   
      L3e3'4'5  750!                             Behar 2008b
                                   
        L3e3'4  5262                           Behar 2008b
                                   
          L3e3  195  2000  6524  9554  10667  10816  13101C  16265T                 Behar 2008b
                                   
            L3e3a  573.1CCC  10286  12397                 DQ305012, EU092706 Behar 2008b
                                 
            L3e3b  4655  12248  13197  13651  15812               DQ305011, AF346967 Behar 2008b
                                 
              L3e3b1  6261                   DQ305013, DQ305017  
                                   
          L3e4  3915  5584  11257  13749  16051                 DQ112722, EU092752 Behar 2008b
                                 
        L3e5  398  8392  16041                       EU092776, EU092959 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
    L3i  7645                               Behar 2008b
                                   
      L3i1  10679  11260  13800A  (16153)                         Behar 2008b
                                   
        L3i1a  13967  14060  15758                       DQ112958, DQ112960 Behar 2008b
                                 
        L3i1b  2158  13687                       DQ341069, EU092923 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
      L3i2  152  189  504  5441  8222  12630  14818  15388  15944d  16260  16311               DQ341068, EU092788 Behar 2008b, Torroni 2006, Kivisild 2004 ("L3w")
                                 
    L3k  235  494  3918  6620G  9467  13135  13992  15314                     EU092824, EU092822 Behar 2008b
                                 
    L3x  3483  5899.1C  6401  8311  8817  13708  16169                       Behar 2008b
                                   
      L3x1  (199)  204  15172  16278                       DQ341067, EF556171 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
      L3x2  249d  494  9941  16195                         Behar 2008b
                                   
        L3x2a  3435  16193  16223!                       EU092944 Behar 2008b
                                 
          L3x2a1  200  368.1AGAA  6392  7129  16086                 DQ341066 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
            L3x2a1a  9180  13681  13722                   EU092684, EU092920 Behar 2008b
                                 
        L3x2b  188  650  4230  8476  9254  14569  15758  15928  16189  16213  16243             EU092818 Behar 2008b
                                 
  L3h  7861  9575                               Behar 2008b
                                   
    L3h1  1719  4388  5300  9509  11590  16311                         Behar 2008b
                                   
      L3h1a  5492                             Behar 2008b
                                   
        L3h1a1  516  709  4117  5316  8047  8485  9080  12432  13708  13926  14110             DQ112957, DQ112961 Behar 2008b
                                 
        L3h1a2  8781A                           Behar 2008b
                                   
          L3h1a2a  146  4688  4742  8943  12175  12236  12519  14587  14862  15646  16399           AF347000, EF556166 Behar 2008b
                                 
          L3h1a2b  16270                       EU092772, EU092753 Behar 2008b
                                 
      L3h1b  189C  195  10044  14410  16256A                       Behar 2008b
                                   
        L3h1b1  16284                         EU092828  
                                   
          L3h1b1a  3777                       DQ341079 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
            L3h1b1a1  16179                     EU092903, EU092947 Behar 2008b
                                 
        L3h1b2  151  152  294  606  990  8842  9758  12882  13437  16129  16362               EU092736, GU455418  
                                   
    L3h2  150  195  318  513  2707  3879  4122  5147  5460  5567  5813  5930  8020  9098  9254  9380  9965  11440  12469  13080  13755  16111  16184  16304   DQ341080 Behar 2008b, Torroni 2006
                                 
  M  489  10400  14783  15043                              
                                     
  N  8701  9540  10398  10873  15301