PhyloTree.org - mtDNA subtree L
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are relative to the RSRS and rCRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction. In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Back mutations to an ancestral state are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                                Example accessions References
 mt-MRCA                                                
                                               
L0  G263A  C1048T  C3516a  T5442C  T6185C  C9042T  A9347G  G10589A  G12007A  A12720G                                Behar 2008b
                                             
  L0a'b'f'k  A189G  T4586C  C9818T  T16172C                                        Behar 2008b
                                             
    L0a'b'f  G73A  G185A  C195T  A263G!  A2245G  C5603T  A11641G  C15136T  G15431A                              Behar 2008b
                                             
      L0a'b  A93G  (A95c)  T236C  C8428T  A8566G  G9755A  C16148T                                Behar 2008b
                                             
        L0a  C146T  G5231A  G5460A  G11176A  T14308C  C16188g  T16278C  C16320T                          Behar 2008b
                                             
          L0a1'4  C16168T                                     
                                             
            L0a1  T5096C                                  Behar 2008b
                                             
              L0a1a  (C64T)  T3866C                              EU092665 EU092764 Behar 2008b
                                             
                   A200G                              EU092763 EU092881 Behar 2008b
                                               
                  L0a1a1  T2759C                            EU092714 JQ044893  
                                             
                  L0a1a2  C152T  G2245c                          EU092819 DQ304903 Behar 2008b
                                             
                  L0a1a3  A9181G                            JQ044943  
                                             
                 A16293G                                Behar 2008b
                                               
                L0a1b  C5911T  A14007G  C16278T!                          DQ112777 Behar 2008b
                                             
                     C152T                             
                                               
                    L0a1b1  A8191G                          AF381988 DQ304900 Behar 2008b
                                             
                      L0a1b1a  G12127A                        EU935434 DQ304899  
                                             
                        L0a1b1a1  T961C                      EU092688 EU092858 Behar 2008b
                                             
                    L0a1b2  G5563A  T14106C  T16093C                        DQ304897 Behar 2008b
                                             
                      L0a1b2a  T152C!  T15099C                      EF657743 EU092746  
                                             
                L0a1c  A8188G  G14569A  A16129G  C16287T                        EU092760 EU092945 Behar 2008b
                                             
                L0a1d  C553T  C12557T  T16320C!                          EU092801 EU092809 Behar 2008b
                                             
            L0a4  C152T  T2887C  G3010A  C5060T  G7830A  G8545A  T8870C  A11380G  T11809C  A12780G  A14001G  C14142T  C16192T  C16234T  C16259a  G16319A          EU092906 Behar 2008b
                                             
          L0a2  C64T  A185G!  G5147A  A5711G  G6257A  8281-8289d  A8460G  A11172G  A16129G                        Behar 2008b
                                             
            L0a2a  C11143T  A14755G                                Behar 2008b
                                             
              L0a2a1  T14182C                                HM771161 Behar 2008b
                                             
                L0a2a1a  T4598C                              Behar 2008b
                                             
                  L0a2a1a1  C8264T  G9178A                          DQ112686 DQ112688 Behar 2008b
                                             
                  L0a2a1a2  A7424G  G15617A                          EU092911 EU092868 Behar 2008b
                                             
                L0a2a1b  G3834A  A5558G                            JX303784 EU092861  
                                               
              L0a2a2  T204C  G207A  A9545G  G9554A                            FJ157838 DQ112848 Behar 2008b
                                             
                L0a2a2a  C13116T                              EU092787 DQ341058 Behar 2008b, Torroni 2006
                                             
            L0a2b  C152T  G189A!  T3372C  G5237A  C11269T  A12172G  T13281C  G16188A  C16242T  G16390A                    EU597537 HM771190 Behar 2008b
                                             
              L0a2b1  G1598A                                HM771200 HM771188 Behar 2008b
                                             
            L0a2c  C194T  G3693A  C3738T  A4012G  A8389G  T11009C  G11887A  C13984T  G14560A  G16188A  C16214T  C16234T  T16320C!                EF556174 Behar 2008b, 2008a
                                             
            L0a2d  A5581G  G15317A                                EU092913 D38112 Behar 2008b
                                             
          L0a3  G207A  T318C  G796A  T1193C  T6050C  G6261A  C6689a  A8659G  G10993A  A12082G  G13276A  T14581C  G15323A  C15418T  T15941C                EU092900 Behar 2008b
                                             
        L0b  C64T  A1536G  G1664A  T4679C  T6719C  A7874G  T13965C  G15106A  G15148A  T15262C  T15622C  A16051G  A16164G  T16187C  T16209C  T16223C  C16287T  C16291T            EU092936 Behar 2008b
                                             
      L0f  G207A  C4964T  T7148C  T9581C  C9620T  G13145A  A13470G  C14109T  C14620T  T15852C  C16169T  C16327T  C16354T  T16368C                    Behar 2008b
                                             
        L0f1  C146T  C151T  A185G!  T482C  T3644C  C3699g  T5108C  T5492C  A5984G  A7364G  A7543G  T8911C  G10310A  C10692T  A10694G  A11084G  A11314G  C12346T  A14091G  T14178C  G14364A  A15236G  C16174T  T16187C    EU092870 EU092874 Behar 2008b
                                             
        L0f2  C4194T  T11287C  C13680T  G13928c                                Behar 2008b
                                             
          L0f2a  G1719A  A4562G  T10790C  A13145G!  T16354C!                              EU092964 Behar 2008b
                                             
            L0f2a1  G143A  A207G!  A978G  C2772T  C2789T  C3852T  C5321T  G10143A  T11299C  G12720A!  G13708A  C16173T  C16239T                EU092668 AY963585  
                                             
          L0f2b  C152T  A183G  G184A  A783G  T3027C  G3531A  G3592A  T6152C  T6176C  G7419A  G8020A  C8748T  T9725C  A11974G  A12855G  G13317A  A14683G  G15884A  G15927A  A16129G  C16218T  C16291T    EU092786 Behar 2008b
                                             
    L0k  T199C  T850C  T1243C  G4541A  T4907C  A5811G  A7257G  T8911C  C8922T  G8994A  A9136G  A10499G  A10876G  C10920T  C11296T  T11299C  A11653G  G13590A  T13819C  G13928c  T14020C  T14182C  T14371C  T14374C  A16166c  C16214T  C16291g    Behar 2008b
                                             
      L0k1  C2836a  C6938T  A16129G  T16209C                                  JX303865  
                                               
        L0k1a  C198T  C199T!  C10939T  G12070A  G12720A!  T13020C                              EU092855 AF347009 Behar 2008b
                                             
      L0k2  T204C  C9884T  G15221A  T16223C  G16291A                                  EU092792 JX303895 Behar 2008b
                                             
  L0d  G1438A  T4232C  T6815C  C8113a  G8152A  G8251A  T12121C  G15466A  G15930A  T15941C  T16243C                            Behar 2008b
                                             
    L0d1'2  C498d  A3756G  G9755A  T16278C                                      Behar 2008b
                                             
      L0d1  G719A  G2706A  G3438A  A6266G  G13759A                                  Behar 2008b
                                             
           C16234T                                       
                                               
          L0d1a  T199C  T1243C  T9950C  A12142G  C12798T  T16223C  C16266a                          EU092833 Behar 2008b
                                             
            L0d1a1  C152T  T7389C  T12696C                                EU597514 EU092863  
                                             
          L0d1c  C456T  C4197T  A9150G  T11437C  T12235C  C13129T  A15951G  A16129G                        EU092834 JX303791 Behar 2008b
                                             
            L0d1c1  C198T  A7828G  G9438A  C15550T  C16167T  C16242T                          Behar 2008b
                                             
              L0d1c1a  G3666A                                EU092856 EU092843  
                                             
              L0d1c1b  C7967T                                EU092832 EU092859  
                                             
        L0d1b  T3618C  T7283C  C14315T  C14659T  C16294T                                Behar 2008b
                                             
          L0d1b1  C16239T                                    EU597502 EU092965  
                                             
          L0d1b2  A6692G  G8790A  A14280G  G14560A  T15449C  (G16153A)                            JX303818 DQ112844  
                                               
      L0d2  A3981G  C4025T  A4044G  A7154G  T11854C  A15766G                                Behar 2008b
                                             
        L0d2a'b  A16212G                                      Behar 2008b
                                             
          L0d2a  C198T  C597T  A4225G  A5153G  G8392A  A12172G  A12234G  A12810G  T14221C  G16390A                      EU092700 EU092835 Behar 2008b
                                             
            L0d2a1  G8545A                                  EU092846 AY195777 Behar 2008b
                                             
          L0d2b  T1386C  G9932A  T10084C  C16069T  C16169T                              EU092840 JX303903 Behar 2008b
                                             
        L0d2c  T294a  A4038G  T4204C  T4937C  G6249A  C6644T  C8284T  A8420G  T9230C  G9305A  A11974G  A13827G  A14007G  G15346A                    EU092845 EU092708 Behar 2008b
                                             
    L0d3  C150T  G316A  T721C  T1243C  A2755G  G5460A  G5773A  C6377T  A8459G  T8598C  C9027T  C9488T  C11061T  G13359A  A15236G  T15312C  C16290T  A16300G                  EU092921 EU092842 Behar 2008b
                                             
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                                  Behar 2008b
                                             
  L1  G3666A  A7055G  T7389C  T13789C  T14178C  G14560A                                    Behar 2008b
                                             
    L1b  G185t  A357G  G709A  T710C  G1438A  T1738C  T2352C  A2768G  T3308C  G3693A  C6548T  T6827C  A6989G  C7867T  A8248G  T12519C  A14769G  T15115C  T16126C  A16129G  C16264T  C16270T  (A16293G)          Behar 2008b, Malyarchuk 2008b ("L1b1")
                                             
      L1b1  A5036G  G5046A  T5655C  C13880a  A14203G                                  DQ112737  
                                             
        L1b1a  T5393C                                      JN214480 Malyarchuk 2008b, Behar 2008b
                                             
          L1b1a1'4  C16114a                                     
                                             
            L1b1a1  C264T  T3396C  A16215G                              Behar 2008b
                                             
            L1b1a4  G8790A                                  AY195783 JQ045107 Behar 2008b
                                             
          L1b1a2  T7954C                                    EU092672 Behar 2008b
                                             
            L1b1a2a  A16289G                                  EU092775 EU092952 Behar 2008b
                                             
             A189G                                    JN214471 JQ705606 Behar 2012b
                                               
            L1b1a3  G13980A                                  DQ304908 JX303892 Behar 2008b
                                             
              L1b1a3a  C7915T                                DQ304914 DQ304905  
                                             
                L1b1a3a1  T11254C                              DQ304906 JQ044875 Cerezo 2012 ("L1b1a3a2")
                                             
              L1b1a3b  G1719A  T4216C                              JQ703036 DQ304907 Behar 2012b
                                             
            L1b1a9  G6446A  G16293A!                                EU092737 JQ044876  
                                             
            L1b1a15  G15077A  C15103T                                JQ705587 EU092755 Behar 2012b
                                             
            L1b1a17  T15629C                                  JQ704683 JQ045115  
                                               
          L1b1a5  T1406C  C14812T                                  EU092928 Behar 2008b, Cerezo 2012
                                             
          L1b1a6  G9755A  T14110C                                  EU092716 JN214461 Behar 2008b ("L1b1b"), Behar 2012b
                                             
          L1b1a7  T6378C                                    DQ282505 DQ304923  
                                             
          L1b1a8  A7298G                                    JQ704968 JN214430 Cerezo 2012
                                             
             G16293A!                                    DQ304919 JX303779 Cerezo 2012 ("L1b1a10")
                                               
            L1b1a10  C151T                                  JQ045100 JQ705832 Cerezo 2012 ("L1b1a10a")
                                             
              L1b1a10a  A15763G                                EU092893 EU092884  
                                               
              L1b1a10b  T11506C                                EU092852 JX303846  
                                               
          L1b1a12  G1462A  C16400T                                   
                                               
            L1b1a12a  A11002G                                  FJ460537 JN214463 Cerezo 2012 ("L1b1a12")
                                             
            L1b1a12b  A7298G  T16187C  G16293A!                              JQ705931 EU200764  
                                               
          L1b1a13  T5509C                                    JN214477 FJ460522 Cerezo 2012
                                             
          L1b1a14  A12512t                                    JQ045114 JN214468 Cerezo 2012
                                             
          L1b1a16  T185C  G14016A  G14040A                                JN214460 EU092667 Cerezo 2012 ("L1b1a9a")
                                             
      L1b2'3  C195T                                         
                                             
        L1b2  A189G  C12891T  A13893G  G14323A  C16239T                                JQ044866  
                                             
          L1b2a  T146C!  A12171G  C16111T  T16264C!                                HM771162 JN214470 Cerezo 2012 ("L1b2")
                                             
        L1b3  A723G  A4562G  A7972G  C14800T                                JQ044936 JQ045038  
                                             
    L1c  C151T  C186a  A189c  G316A  A2395d  A5951G  T6071C  G8027A  A9072G  G10586A  A12810G  A13485G  T14000a  C14911T  C16294T  C16360T                    Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
      L1c1'2'4'5'6  A297G                                        Behar 2012b
                                             
        L1c1'2'4'6  C198T  T10321C                                    Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
          L1c1  A3796t  A3843G  A14148G  A16293G                                 
                                             
            L1c1a'b'd  T11899C                                  Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
              L1c1a  T4454a  T8087C  T14088C                            JQ705275 Behar 2012b
                                             
                   T198C!                              Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                               
                  L1c1a1  G10398A  T14034C  T16223C                        Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                    L1c1a1a  44.1C  T204C  C11257T  C16214T  C16234T  T16249C                    Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                      L1c1a1a1  T182C!  C467T  A2308G  A5984G  A11167G  A12930t  G16274A                Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                        L1c1a1a1a  G6182A  T8928C  T9311C  T15663C  G16293A!                EU273490 HM771127 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                        L1c1a1a1b  C204T!  A16051G  A16258G                  EU273481 EU273497 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                          L1c1a1a1b1  C5300T                    EU273478 EU597501 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                      L1c1a1a2  G4491A  T10667C  G13194A  A16129G                    EU273500 EU273484 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                    L1c1a1b  C195T  T2141C  T5277C  A8769G  A9580G  G12164A  T13174C  G14040A  G15777A  A16129G  C16184T  T16360C!        EU273491 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                  L1c1a2  A93G  A95c  T151C!  T236C  A2755G  T2863C  C3513T  A3927G  A4506G  A7202G  T9647C  A12768G  G16274A            Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                    L1c1a2a  T4634C  A9336G  T12477C                        Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                      L1c1a2a1  T7692C                        HM771217 EU273496 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                      L1c1a2a2  T15289C                        HM771180 HM771164  
                                             
                    L1c1a2b  C152T  A6752G  T7660C  C7693T  C9272T                      EU273476 HM771137 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                    L1c1a2c  A8266G  G12007A  T13879C                      HM771114 HM771113  
                                             
              L1c1b'd  T16086C                                Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                L1c1b  T1291C  T4688C  A4824G  T5553C  T8277C  C8619T  T9861C  T10084C  T12681C  A14393G  C15025T  A16241G  C16291T  G16293A!          EU273499 HM771220 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                L1c1d  G5460A  G11914A!  G15301A  A16038G                        EU092836 HM771166 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
            L1c1c  T198C!  A249d  G6267A  G8387A  A8389G  T9233C  C11335T  T12879C  T16172C  T16187C  T16294C!                    EU092717 JQ701901 Behar 2008b, Behar 2012b
                                             
          L1c2'4  5899.1C  C12049T  A13149G                                Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
            L1c2  G6150A  T6253C  A7076G  G7337A  A8784G  T8877C  A10792G  C10793T  A11654G  A16265c  C16286g  C16527T                  Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
              L1c2a  T1420C  2156.1A  C15016T  T15784C                            Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
                L1c2a1  G16145A  G16213A                            Behar 2008b
                                             
                  L1c2a1a  T7744C  G8251A  C13212T  T13281C  C14812T  C16071T  C16234T                    AF346992 JX303855 Behar 2008b
                                             
                  L1c2a1b  T3777C  G5237A                          Behar 2008b
                                             
                L1c2a2  G709A  G3438A  5899.1Cd!  C7070T  C7160T  A7301G  G8701A  T9018C  T13437C  T16288C  T16357C  T16360C!              EU273501 EU092864 Behar 2008b
                                             
                L1c2a3  T471C  G6723A  A11329G  G14861A                        JX303782 EU092848  
                                               
              L1c2b  A11164G  (T16093C)  (G16286A)                            Behar 2008b
                                             
                L1c2b1  A2220G  T10031C                            DQ341059 Behar 2008b, Torroni 2006
                                             
                  L1c2b1a  T5580C                            HM771222 EU092712 Behar 2012b
                                             
                  L1c2b1b  T5087C  G6480A  A9108G  C12669T                        EU092849 Behar 2012b
                                             
                    L1c2b1b1  C264T  C3275g  C6173T                        JQ705650 JX303790  
                                               
                L1c2b2  T8567C  A13269G  C16320T                          HM771221 EU092738  
                                             
            L1c4  T151C!  T198C!  T5196C  A6629G  A7673G  A7960G  G9266A  A9545G  A13741G  T13879C  C16184T  C16301T                  Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
              L1c4a  C280T  G1503A  G4596A  T4937C  G4959A  G5054A  A11337G  T11854C  G12940A  T14182C  T15191C  A16037G  T16093C  T16140C            EU273502 HM771117  
                                             
              L1c4b  A4706G  A11002G                              JF812599 JQ703773 Behar 2012b
                                             
          L1c6  G930A  A2251G  G5231A  T14470C                                EU273489 JQ044836 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
        L1c5  A291t  G709A  A5390G  G7762A  T8143C  8281-8289d  T9899C  G11150A  A12425G  G12630A  G13359A  G13368A  T15449C  G15553A  T15941C  (C16114a)  C16261T  T16294C!            JX303797 JQ702617  
                                               
      L1c3  C195T  T6221a  G6917A  G7055A!  C11302T  A15226G  T15905C  C15978T                              Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
        L1c3a  G6260A  G7498A  G7789A  G9966A  C12019T  G12501A  T16187C  A16215G                          EU092703 EU092866 Behar 2008b
                                             
          L1c3a1  A3105G                                    Behar 2008b
                                             
            L1c3a1a  T2387C  T12616C                                EU935458 EU092718  
                                             
            L1c3a1b  T8668C  C16355T                                JQ044855 EU092956  
                                             
        L1c3b'c  C2283T  A16293G                                    Behar 2008b
                                             
          L1c3b  G8251A  C13981T  C14794T  A16163G                              Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
            L1c3b1  T629C  C3210T  A3434G  T4755C  C8417T  A12400G  C12542T  T16017C                        Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
              L1c3b1a  A11317G  G13708A  T16209C                            EU273488 JQ702441 Behar 2008b, Behar 2012b
                                             
              L1c3b1b  A1686G  T2083C                              JQ702600 EU092689 Behar 2008b, Behar 2012b
                                             
            L1c3b2  T2283C!  T3096C  T6297C  A6353G  G7805A  A7844G  A14128G  G14831A  A15244G  A15924G  T16086C                    JQ044795 JQ044886 Behar 2008b, Sequeira 2012
                                             
          L1c3c  A93G  T195C!  A248G  C458T  745.1T  T3027C  C3525T  C3600T  G4853A  G11852A  T11984C  A12507G  A14669G                    EU273493 Behar 2008b, Quintana-Murci 2008
                                             
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                      Behar 2008b
                                             
    L5  459.1C  T3423C  A7972G  C12432T  A12950G  C16148T  A16166G                                Behar 2008b, Salas 2002 ("L1e")
                                             
      L5a  T152C!  455.1T  G709A  A851G  T1822C  C5111T  G5147A  A5656G  G6182A  T6297C  A7424G  G8155A  A8188G  C8582T  G9305A  G9329A  T11025C  C11881T  G12236A  A13722G  T14212C  C14239T  T14581C  G14905A  T14971C  G15217A  G15884A  C16355T  T16362C    Behar 2008b, Salas 2002 ("L1e2")
                                             
        L5a1  455.2T  G930A  C4496T  C8754T                                  Behar 2008b
                                             
          L5a1a  T5004C  T9899C                                  EF556173 DQ341060 Behar 2008b, Torroni 2006
                                             
          L5a1b  C14668T  T14819C                                  EU092943 EU092888 Behar 2008b
                                             
          L5a1c  G513A  C4137T  C12303T  T13752a                                DQ112922 DQ112921 Behar 2008b
                                             
        L5a2  C527T  G8856A                                    EU092699 JX303751 Behar 2008b
                                             
      L5c  A249d  C535T  C2417g  T3027C  A3720G  A4976G  C5213T  A9809c  T10493C  T11701C  T12188C  A12546t  T12714C  A12810G  G13105A  T13569C  T13830C  C16111T  A16254G  C16360T            Behar 2008b, Salas 2002 ("L1e1")
                                             
        L5c1  G8152A  A11065G  T11260C  T12215C                                DQ341061 EU092934 Behar 2008b, Torroni 2006
                                             
        L5c2  T182C!  455.1T  C2911T  T3801C  T4117C  T14581C  C16311T  A16335G                          EU092774 Behar 2008b
                                             
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                          Behar 2008b
                                             
      L2  T146C!  C150T  T152C!  T2416C  G8206A  A9221G  T10115C  G13590A  C16311T  G16390A                          Behar 2008b
                                             
        L2a'b'c'd  T195C!  T11944C                                    Behar 2008b
                                             
          L2a  T150C!  T7175C                                   
                                             
            L2a1'2'3'4  C2789T  C7274T  A7771G  G11914A!  A13803G  A14566G  C16294T                        Behar 2008b
                                             
              L2a1  T182C!  A12693G  T15784C  A16309G                          Behar 2008b
                                             
                L2a1a  G3918A  A5285G  A15244G  T15629C                        DQ304924 EU092916 Behar 2008b
                                             
                  L2a1a1  T6152C  C15391T  T16368C                        DQ304925 JQ044977 Behar 2008b
                                             
                  L2a1a2  C16286T                            DQ304971 HQ425645  
                                             
                    L2a1a2a  T10454C                          DQ304975  
                                             
                      L2a1a2a1  C15211T                        EU092872 JQ044968 Behar 2008b ("L2a1a2")
                                             
                    L2a1a2b  T3336C                          DQ304972 JQ045095  
                                             
                  L2a1a3  G143A  (T16093C)                          HM771168 JQ044892  
                                             
                    L2a1a3a  T9165C                          EU092890 EU092905 Behar 2008b
                                             
                    L2a1a3b  G3316A                          DQ304948 JQ044819  
                                             
                   T16189C!  (C16192T)                            EU092806  
                                               
                  L2a1b  G10143A                            EU092761 JQ044841  
                                             
                    L2a1b1  C15735T  C16290T                        EU092690 DQ112900 Behar 2008b ("L2a1b")
                                             
                  L2a1f  A5581G                            AY195776 DQ304956 Behar 2008b
                                             
                    L2a1f1  A731G                          DQ304961 DQ304955 Behar 2008b
                                             
                  L2a1g  A6040G  A8014G  C14281T  T16131C  C16225T  C16234T                    JX303906 JX303798  
                                               
                   G143A                              Behar 2008b
                                               
                  L2a1c  G3010A  A6663G                          EU092733 DQ304944 Behar 2008b
                                             
                       T16086C                          JQ044973  
                                                 
                      L2a1c1  C198T  G930A  T3308C  T8604C                    FJ460560 Behar 2008b
                                             
                        L2a1c1a  C6311T                      JQ412577 JQ705046 Behar 2012b
                                             
                      L2a1c6  A189G  A4164G  C10954T  C16169T                    JN214436 JQ702659  
                                               
                    L2a1c2  C10903T  A15924G  G16213A                      JQ045108 JQ045024  
                                             
                      L2a1c2a  G513A  C16193T  C16239T                      HM771169 JQ045025 Behar 2008b
                                             
                    L2a1c3  G9932A                          EU092663 JQ045110 Behar 2008b
                                             
                    L2a1c4  A12172G                          JN214432  
                                               
                      L2a1c4a  T12354C                        DQ304942 FJ460549  
                                             
                        L2a1c4a1  G5252A                      DQ304951 JQ044937  
                                             
                       G16129A!                          JN858955  
                                                 
                      L2a1c5  T13260C                        HM771225 EU935443  
                                             
                     G16309A!                             
                                               
                    L2a1d  C182T!!  T5196C  T9530C  T11386C  A12612G  C13934T                   
                                               
                      L2a1d1  G12007A  A13395G  T16209C  C16301T  C16354T                  EU092927 EU092939 Behar 2008b
                                             
                      L2a1d2  C9356T                        JX303838 JN858956  
                                               
                    L2a1h  A3505G  T4772C  C12976T                        EU092676 EU092914 Behar 2008b
                                             
                  L2a1e  C3495a  G8790A  G12630A                        DQ304945 Behar 2008b
                                             
                    L2a1e1  G8541A  A14599G                        DQ304930 DQ304946 Behar 2008b
                                             
                     T16189C!                            HQ384198 EU092671 Behar 2008b
                                               
                    L2a1i  T15229C  G16309A!  T16362C                      JQ044958 JQ044905 Behar 2008b
                                             
                      L2a1i1  C6164T  C10920T                      JQ045102 AF346976  
                                             
                    L2a1j  G8764A  A14464G                        EU092816 EU092756 Behar 2008b
                                             
                    L2a1k  G6722A  T12903C  C16218T                        EU200760 EU200763 Malyarchuk 2008b ("L2a1a")
                                             
                       C16192T                          FJ460527 EU092674 Behar 2008b
                                               
                      L2a1l  C534T                        Behar 2008b
                                             
                        L2a1l1  T12408C                      JQ044956 DQ112701 Behar 2008b
                                             
                          L2a1l1a  T5580C                    EU092812 FJ769771 Behar 2008b
                                             
                        L2a1l2  C5366a                      JQ044978 Behar 2008b
                                             
                          L2a1l2a  A143G!  T14180C                  EU092687 JQ705185 Behar 2012b
                                             
                            L2a1l2a1  C3573a                  JX266265 JQ705589 Behar 2012b
                                             
                        L2a1l3  G14905A  T16357C                    JX021728 JQ045047  
                                               
                      L2a1m  A13884G                        JQ045040  
                                             
                        L2a1m1  8281-8289d                    JQ701914 DQ304940 Behar 2012b
                                             
                      L2a1n  A4317d  G5147A                      DQ304941 JQ044981  
                                             
                      L2a1o  T12438C                        JQ045000 JN415484  
                                               
              L2a2'3'4  C146T!!  A6752G  T16189C!  T16229C  T16311C!                          Batini 2011
                                             
                L2a2'3  G709A  C15939T  C16291T                          Batini 2011
                                             
                  L2a2  G9932A                            Behar 2008b, Batini 2011
                                             
                    L2a2a  T9083C  G9438A  G15803A                        EU092896 Behar 2008b, Batini 2011
                                             
                      L2a2a1  C8727T                        EU092902 HM771205 Behar 2008b, Batini 2011
                                             
                    L2a2b  C195T!!  C11767T  A14118G                        HM771207 Behar 2008b, Batini 2011
                                             
                      L2a2b1  T182C!  G7664A  A8721G  A13068G  A13827G  T16172C                HM771208 HM771192 Behar 2008b, Batini 2011
                                             
                  L2a3  C195T!!  A257G  T9797C  T14894C  T16086C  A16215G                    HM771206 Batini 2011
                                             
                L2a4  G513A  573.XC  T593a  G5147A  C6959T  G7897A  T8614C  G9438A  C12480T  C13125T  G15812A  A16170G              HM771212 HM771196 Batini 2011
                                             
            L2a5  C195T!!  C511T  T2626C  C3654T  T4823C  C5246a  C5263T  A6040c  A6080G  T6248C  T6497C  C6893T  C6918T  A8014G  G8723A  T12285g  T12879C  A12967G  G13810A  T14088C  A14890G  A15758G  A16066G  T16189C!  T16224C    HM596745 HQ384199 Gómez-Carballa 2011
                                             
          L2b'c'd  C2332T                                     
                                             
            L2b'c  C198T  G1442A  T7624a  G12236A  G15110A  G15217A                          Behar 2008b
                                             
              L2b  T204C  C1706T  A2358G  A4158G  T4370C  A4767G  C5027T  C5331a  T5814C  C6713T  C8080T  G8387A  A12948G  A14059G  C16114a  G16129A!  G16213A        Behar 2008b
                                             
                L2b1  C418T  G6026A  T10828C  C13924T  T16362C                        EU092747 EU092766 Behar 2008b
                                             
                  L2b1a  C146T!!  C16355T                          JQ044854 Behar 2008b
                                             
                    L2b1a2  A7569G                          EU092722 JQ044890 Behar 2008b
                                             
                    L2b1a3  G8856A                          DQ304978 JX303882  
                                             
                    L2b1a4  G12406A                          JN214453  
                                               
                  L2b1b  A385G  A6629G                          FJ228403 JQ044800  
                                             
                L2b2  T6614C  A6806G  T8503C                          EU092692 Behar 2008b
                                             
                  L2b2a  G709A  G8790A  A9350G  A13966G  C14407T  C16354T                    JX303807 JX303841  
                                               
                L2b3  15944.1T                              EU092661 Behar 2008b
                                             
                  L2b3a  C4185T  G5744A  A8925G  G14544A  A15236G  G15326A                    JQ702626 JQ702123 Behar 2012b
                                             
                  L2b3b  T2626C                            EU092734 JN214443  
                                               
              L2c  A93G  C325T  T680C  G709A  T3200a  G13928c  G13958c  C15849T                        JQ044941 EU092723 Behar 2008b
                                             
                L2c1  A16318G                              JQ044858 JQ045002  
                                             
                  L2c1a  G93A!  T5201C                          JQ045106 JQ044887  
                                             
                L2c2  T1040C  C16264T                            DQ304986 EU092697 Behar 2008b
                                             
                  L2c2a  G15043A                            DQ304988 EU092955 Behar 2012b
                                             
                    L2c2a1  C869T  A5823G  T13184C                        JQ704740 JX303792  
                                               
                  L2c2b  A183G                            JQ044878 EU092710  
                                             
                L2c3  G513A                              JQ705626 JQ044810 Behar 2008b, Behar 2012b
                                             
                  L2c3a  C5255T  T8733C                          AF346995 JQ045104  
                                             
                L2c4  C13440T                              JQ044914 DQ112735  
                                             
                L2c5  G4596A                              AY195785 DQ112706  
                                             
            L2d  C152T!!  T182C!  C456T  C870T  T2159C  C3254a  A3434G  G3693A  C6231T  G9554A  A9941G  C10955T  T11353C  C14845T  G15777c  T16189C!  T16223C  A16300G  C16354T  A16399G      JQ045050 Behar 2008b
                                             
                 G16129A!                                JQ045069 EU092817  
                                               
                L2d1  A10700G                              JQ044948  
                                             
                  L2d1a  G8856A  C15263T  T15458C  A15703G                        EU092794 JQ045011 Behar 2008b ("L2d1"), Torroni 2006
                                             
        L2e  A479G  G719A  G1211A  A3537G  A4562G  A5069t  T6014C  T8383C  A9377G  C9971T  T11935C  T12189C  G13708A  T14299C  T15697C  G15734A  T15889C  C16111a  G16145A  C16184T  C16239T  C16292T  C16355T  A16399G  C16400T    EU092724 DQ112709 Behar 2008b
                                             
          L2e1  C954T                                    FJ460523 JQ044816  
                                             
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                      Behar 2008b
                                             
        L6  T146C!  T152C!  G185c  G709A  C770T  T961C  A1461G  C4964T  T5267C  A6002G  A6284G  C9332T  A10978G  T11116C  C11743T  G12771A  A13710G  C14791T  A14959G  A15244G  T15289C  C15499T  G16048A  T16224C    Behar 2008b
                                             
          L6a  G207A  T265C                                  EU092773 EU092802 Behar 2008b
                                             
          L6b  C14533a                                    DQ341063 EU092686 Behar 2008b, Torroni 2006
                                             
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                                Behar 2008b
                                             
          L4  T195C!  G5460A  T16362C                                Behar 2008b
                                             
            L4a  C198T  G3357A  G10373A  T11253C  A11344G  T11485C  T12414C  T13174C  T14302C  C16260T                    Behar 2008b, Torroni 2006 ("L7")
                                             
              L4a1  C325T  T6167C  C7376T  G7775A  A11653G  T14000a  A16207t                        FJ460531  
                                             
                L4a1a  (C150T)  G7762A  T8473C  A8631G                        DQ341064 EU092748 Behar 2008b ("L4a1")
                                             
              L4a2  A12361G  C16264T                              EU092935 EU092799 Behar 2008b
                                             
            L4b  G709A  G3918A                                Behar 2008b
                                             
              L4b1  C150T  C195T!!  T199C  T204C  G513A  A1804G  G3010A  A3505G  C4017T  C4029a  T4216C  T4232C  T4977C  T7624C  T8614C  C8974g  C9248T  G9986A  C10813T  A12661t  A13497G  G14016A  G14905A  C16179T  T16189C!  C16239T  C16320T  JQ044811 EU092808 Behar 2008b
                                             
              L4b2  T146C!  A244G  A5460G!  G6260A  T8104C  A9855G  T12609C  A13470G  A16293t  C16355T  A16399G                  Behar 2008b, Salas 2002 ("L3g"), Kivisild 2004 ("L4g")
                                             
                L4b2a  A709G!  T1413C                            Behar 2008b
                                             
                  L4b2a1  T152C!  T471C  A547G  G5471A  T5580C  G5746A  A6260G!  G16274A                  EU092942 DQ341065 Behar 2008b, Torroni 2006
                                             
                  L4b2a2  C195T!!  T1694C  A4949G  A10783c  T16172C                      EF184627 EU092750 Behar 2008b
                                             
                    L4b2a2a  T2483C  T6620C  T11137C                        EU092938 EU092743  
                                             
                    L4b2a2b  T6956C  G8485A  T15970C  C16287T                      EU092951 EU092780 Behar 2008b
                                             
                L4b2b  (C340T)  A5128G  G7805A  T10265C  T12438C  (A16316G)                      JQ702504 DQ112796 Behar 2008b, Behar 2012b
                                             
          L3  A769G  A1018G  C16311T                                Behar 2008b