PhyloTree.org - mtDNA subtree L
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                                  Example accessions
 mt-MRCA                                                
                                                 
L0  G263A  C1048T  C3516a  T5442C  T6185C  C9042T  A9347G  G10589A  G12007A  A12720G                                 
                                               
  L0a'b'f'k  A189G  T4586C  C9818T  T16172C                                         
                                               
    L0a'b'f  G73A  G185A  C195T  A263G!  A2245G  C5603T  A11641G  C15136T  G15431A                               
                                               
      L0a'b  A93G  (A95c)  T236C  C8428T  A8566G  G9755A  C16148T                                 
                                               
        L0a  C146T  G5231A  G5460A  G11176A  T14308C  C16188g  T16278C  C16320T                             
                                               
          L0a1'4  C16168T                                     
                                               
            L0a1  T5096C                                   
                                               
              L0a1a  (C64T)  T3866C                                EU092665 EU092764
                                               
                   A200G                                NA19311 EU092763
                                                 
                  L0a1a1  T2759C                              EU092714 JQ044893
                                               
                  L0a1a2  C152T  G2245c                            JX303911 DQ304901
                                               
                  L0a1a3  A9181G                              JQ044943
                                               
                 A16293G                                 
                                                 
                L0a1b  C5911T  A14007G  C16278T!                           
                                               
                  L0a1b1  C152T  A8191G                            AF381988 DQ304900
                                               
                    L0a1b1a  G12127A                            EU935434 NA19703
                                               
                      L0a1b1a1  T961C                          EU092688 NA19449
                                               
                  L0a1b2  G5563A  T14106C  T16093C                          DQ304897
                                               
                    L0a1b2a  T15099C                            EU092746 EF657743
                                               
                L0a1c  G14569A                                NA19440
                                               
                  L0a1c1  A8188G  A16129G  C16287T                          EU092945 NA19467
                                               
                L0a1d  C553T  C12557T  T16320C!                            EU092801 EU092809
                                               
              L0a1e  C152T  G5147A  C5608T  T7568C  T16168C!                            JX303766
                                               
            L0a4  C152T  T2887C  G3010A  C5060T  G7830A  G8545A  T8870C  A11380G  T11809C  A12780G  A14001G  C14142T  C16192T  C16234T  C16259a  G16319A            EU092906
                                               
          L0a2  C64T  A185G!  G5147A  A5711G  G6257A  8281-8289d  A8460G  A11172G  A16129G                         
                                               
            L0a2a  C11143T  A14755G                                 
                                               
              L0a2a1  T14182C                                  HM771161
                                               
                L0a2a1a  T4598C                               
                                               
                  L0a2a1a1  C8264T  G9178A                            DQ112686 DQ112688
                                               
                  L0a2a1a2  A7424G  G15617A                            EU092911 EU092868
                                               
                L0a2a1b  G3834A  A5558G                              JX303784 EU092861
                                               
              L0a2a2  T204C  G207A  A9545G  G9554A                              FJ157838
                                               
                L0a2a2a  C13116T                                EU092787 JQ705109
                                               
                  L0a2a2a1  G8701A  G14905A                            JX303835 NA19713
                                               
            L0a2b  C152T  G189A!  T3372C  G5237A  C11269T  A12172G  T13281C  G16188A  C16242T  G16390A                      EU597537 HM771190
                                               
              L0a2b1  G1598A                                  HM771200 HM771188
                                               
            L0a2c  C194T  G3693A  C3738T  A4012G  A8389G  T11009C  G11887A  C13984T  G14560A  G16188A  C16214T  C16234T  T16320C!                EF556174
                                               
            L0a2d  A5581G  G15317A                                  EU092913 D38112
                                               
          L0a3  T14581C                                      EU092900 NA19039
                                               
        L0b  T6719C  G15106A  T15622C  A16051G  A16164G  T16187C                                EU092936 NA19031
                                               
      L0f  (G207A)  C4964T  T7148C  T9581C  C9620T  A13470G  C14109T  C14620T  T15852C  C16169T  C16327T  T16368C                       
                                               
        L0f1  C146T  C151T  A7364G  T16187C  C16354T                                  EU092870 NA19454
                                               
        L0f2  C4194T  T11287C  C13680T  G13928c                                 
                                               
          L0f2a  G1719A  A4562G  T10790C                                  EU092964
                                               
            L0f2a1  G143A  A978G  C2772T  C2789T  C3852T  C5321T  G10143A  T11299C  G12720A!  G13708A  C16173T  C16239T                    AY963585 EU092668
                                               
          L0f2b  C152T  A183G  G184A  A783G  T3027C  G3531A  G3592A  T6152C  T6176C  G7419A  G8020A  C8748T  T9725C  A11974G  A12855G  G13145A  G13317A  A14683G  G15884A  G15927A  A16129G  C16218T  C16291T  C16354T    EU092786
                                               
    L0k  T199C  T850C  T1243C  G4541A  T4907C  A5811G  A7257G  T8911C  C8922T  G8994A  A9136G  A10499G  A10876G  C10920T  C11296T  T11299C  A11653G  G13590A  T13819C  G13928c  T14020C  T14182C  T14371C  T14374C  A16129G  A16166c  C16214T  C16291g   
                                               
      L0k1  C2836a  C6938T  T16209C                                     
                                               
        L0k1a  C198T  C199T!  C10939T  G12070A  G12720A!  T13020C                               
                                               
          L0k1a1  G207A  T8922C!                                    KC345899 EU092837
                                               
            L0k1a1a  T204C  G8251A                                  EU092966 KC346162
                                               
            L0k1a1b  G14569A                                    KC346024 KC345965
                                               
            L0k1a1c  A2060G                                    KC346108 AF347009
                                               
            L0k1a1d  A5582G                                    KC345966 KC346048
                                               
          L0k1a2  T8222C                                      EU092855 KC346083
                                               
          L0k1a3  G16129A!  C16242T  A16269G  G16274A                                KC346073 KC345982
                                               
        L0k1b  T593C  T3777C  T10321C  G14364A  T15721C  G15884A                                JX303865 KC346241
                                               
      L0k2  T204C  G9347A!  C9884T  G15221A  T16223C  G16291A                                 
                                               
        L0k2a  A4012G  G9136A!  T15299C  C16527T                                  KC346233
                                               
          L0k2a1  A16171G                                      KC345922
                                               
            L0k2a1a  G8838A  A11893G  C16360T                                JX303895 JX303765
                                               
        L0k2b  C16287T                                        EU092792 KC346242
                                               
  L0d  G1438A  T4232C  T6815C  C8113a  G8152A  G8251A  T12121C  G15466A  G15930A  T15941C  T16243C                             
                                               
    L0d1'2  C498d  A3756G  G9755A  T16278C                                       
                                               
      L0d1  G719A  G2706A  G3438A  A6266G  G13759A                                   
                                               
        L0d1a'c  C16234T                                       
                                               
          L0d1a  C152T  T1243C  T9950C  A12142G  T16223C  C16266g                              KC345791
                                               
            L0d1a1  T199C  C12798T  (G16266A)                                KC533487
                                               
              L0d1a1a  T7389C  T12696C                                KC346226 KC345831
                                               
              L0d1a1b  C13855T  C13967T                                EU092833
                                               
                L0d1a1b1  A153G  T16209C                             
                                               
                  L0d1a1b1a  A10319G                              KC345969 KC345775
                                               
                  L0d1a1b1b  C14953T                              KC346225 KC533478
                                               
              L0d1a1c  T152C!  C195T  G1719A  T7283C  T10237C  A15924G                          KC346092 KC533497
                                               
          L0d1c  C456T  C4197T  A9150G  T11437C  T12235C  C13129T  A15951G  A16129G                            KC345764
                                               
            L0d1c1  C15550T  C16242T                                  KC345920
                                               
              L0d1c1a  A7828G  G9438A                                KC346144 KC533490
                                               
                L0d1c1a1  C198T  C16167T                              KC345933
                                               
                  L0d1c1a1a  G3666A                              KC345934 EU092856
                                               
                    L0d1c1a1a1  T294C  G5460A  G15731A                        KC345835 KC345860
                                               
                    L0d1c1a1a2  C9105T                            KC346231 KC346026
                                               
                  L0d1c1a1b  C7967T                              EU092832 KC346101
                                               
                L0d1c1a2  C114a  G5460A  A13203G                            KC345824 KC345854
                                               
            L0d1c2  C16294g                                    KC346238 KC346183
                                               
              L0d1c2a  A200G  A6929G  C16256T  G16294A                              KC345852
                                               
                L0d1c2a1  A9180G  T12609a  T15470C  G16274A                            KC346081 KC346015
                                               
            L0d1c3  T265C  G3591A  T15519C  T16093C                                KC345944 EU092831
                                               
        L0d1b  T3618C                                       
                                               
          L0d1b1  A188G  2484.1C  A4562c  G10398A  C16179T                               
                                               
            L0d1b1a  G3531A  G8027A  T10707g  G15217A  T15479C                              KC346074
                                               
              L0d1b1a1  G15314A                                  KC345788 KC345918
                                               
            L0d1b1b  T204C  G207A  A11341G  T16140C  A16293G                              KC346235 KC345768
                                               
               C152T                                    KC345780
                                                 
              L0d1b1c  A731G  T2285C  A2758G  T2882C  G11016A  G16390t                          KC346236 KC346234
                                               
          L0d1b2  T7283C  C14315T  C14659T  C16294T                               
                                               
            L0d1b2a  A6692G  G8790A  A14280G  G14560A  T15449C  G16153A  (G16474t)                         
                                               
              L0d1b2a1  T9887C                                  KC346152 KC346069
                                               
              L0d1b2a2  A2951G  T8388C  A13062G                              JX303818 KC345902
                                               
            L0d1b2b  C16239T                                   
                                               
              L0d1b2b1  T9111C  C10920T                               
                                               
                L0d1b2b1a  C957T  G5460A  T8715C  C8970T  T11087C  C12303T  C14211T  G15106A                      KC345900 KC345949
                                               
                L0d1b2b1b  G6383A  C12436T  C15337T                            KC345923 KC346138
                                               
              L0d1b2b2  573.XC  T8383C  A15692G  G16230A                              KC345781
                                               
                L0d1b2b2a  T2887C                                KC345809 EU092841
                                               
                L0d1b2b2b  T15697C                                KC345977
                                               
                  L0d1b2b2b1  G12501A  C16218T                            KC346163 EU597502
                                               
                L0d1b2b2c  T5029C                               
                                               
                  L0d1b2b2c1  T8937C                              KC345901 KC346139
                                               
                  L0d1b2b2c2  G3666A  C12816T  T16157C                          KC345873 KC346093
                                               
      L0d2  A3981G  C4025T  A4044G  A7154G  T11854C  A15766G                                 
                                               
        L0d2a'b'd  A16212G                                       
                                               
          L0d2a  A5153G  A12172G  T14221C  G16390A                               
                                               
            L0d2a1  C198T  C597T  A4225G  G8392A  A12234G  A12810G                            EU092700 KC533481
                                               
              L0d2a1a  G8545A                                  KC346211 KC345928
                                               
                L0d2a1a1  A2072G                                KC346061 KC345989
                                               
                  L0d2a1a1a  C16292T                              KC345865 KC345993
                                               
              L0d2a1b  C463T  T7861C  T16187C                                KC345990 KC533477
                                               
              L0d2a1c  T2609C  A2623G  T9656C  G11150A                              KC346197 KC346044
                                               
            L0d2a2  A93G  A95c  A3105G  T3290C  A4574G  C7412T  C16256T  A16289G                          KC345910 KC346240
                                               
          L0d2b  C152T  T1386C  G9932A  T10084C  C16069T  C16169T                             
                                               
            L0d2b1  T265C  G4769A  A5515G  G8865A  G8994A  T13386C  C14770T  T16126C  T16187C  A16258c  C16291T                   
                                               
              L0d2b1a  G709A  G3756A!                                KC346207
                                               
                L0d2b1a1  A8563G  C9776T                              JX303903
                                               
                  L0d2b1a1a  G15596A                              KC345848 KC345912
                                               
              L0d2b1b  G13466c  T14302C  A14693G  T15944d                            KC346147 KC346167
                                               
            L0d2b2  T794C  G5054A  T13768C  T14326C                                EU092840 JX303788
                                               
          L0d2d  T125C  T127C  C150T  A188G  G5147A  G5231A  T6776C  C8434T  A9254G  A9476G  C10745T  T14094C  G15884A  G16390t                    KC345891 KC346223
                                               
        L0d2c  T294a  A4038G  T4204C  T4937C  C6644T  C8284T  A8420G  T9230C  G9305A  A11974G  A13827G  A14007G  G15346A                     
                                               
          L0d2c1  G6249A                                      EU092708 KC346104
                                               
            L0d2c1a  C4052T  A4395G  5899.XC                                EU092845 KC346086
                                               
            L0d2c1b  C12562T  A16482G                                  KC346131 KC345892
                                               
          L0d2c2  G94A  C152T  A8725G  G8860A  A9531G  G10373A                              KC346146
                                               
            L0d2c2a  T4646C                                    KC346217 KC346053
                                               
    L0d3  C150T  G316A  T721C  T1243C  A2755G  G5460A  G5773A  C6377T  A8459G  T8598C  C9027T  C9488T  C11061T  G13359A  A15236G  T15312C  C16290T  A16300G                 
                                               
      L0d3a  A11653G  T15461C  T15586C  A16399G                                    EU092921 EF184587
                                               
      L0d3b  C152T  C6170T  G7119A  G8290A  T10114C  C10128a  A16129G  G16274A                                KC533475
                                               
        L0d3b1  A12978G                                        EU092842 KC346229
                                               
        L0d3b2  T6152C                                        KC345931 KC346224
                                               
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                                   
                                               
  L1  G3666A  A7055G  T7389C  T13789C  T14178C  G14560A                                     
                                               
    L1b  G185t  A357G  G709A  T710C  G1438A  T1738C  T2352C  A2768G  T3308C  G3693A  C6548T  T6827C  A6989G  C7867T  A8248G  T12519C  A14769G  T15115C  T16126C  A16129G  C16264T  C16270T  (A16293G)           
                                               
      L1b1  A5036G  G5046A  T5655C  C13880a  A14203G                                    DQ112737
                                               
        L1b1a  T5393C                                        JN214480
                                               
          L1b1a1'4  C16114a                                     
                                               
            L1b1a1  C264T  T3396C  A16215G                               
                                               
            L1b1a4  G8790A                                    JQ045107 NA20322
                                               
              L1b1a4a  G13194A                                  AY195783 JQ044792
                                               
          L1b1a2  T7954C                                      EU092672
                                               
            L1b1a2a  A16289G                                    EU092775 EU092952
                                               
             A189G                                      JN214471
                                                 
            L1b1a3  G13980A                                    DQ304908 JX303892
                                               
              L1b1a3a  C7915T                                  DQ304914 DQ304905
                                               
                L1b1a3a1  T11254C                                DQ304906 JQ044875
                                               
              L1b1a3b  G1719A  T4216C                                JQ703036 DQ304907
                                               
            L1b1a9  G6446A                                    EU092737 JQ044876
                                               
            L1b1a15  G15077A  C15103T                                  NA19462
                                               
              L1b1a15a  C16355T                                  NA19198 JQ705587
                                               
            L1b1a17  T15629C                                    JQ704683 JQ045115
                                               
            L1b1a18  T182C!  T12609C  T12696C                                JQ705606 NA18501
                                               
          L1b1a5  C14812T                                      NA20753 EU092928
                                               
          L1b1a6  G9755A  T14110C                                    EU092716 JN214461
                                               
          L1b1a7  T6378C                                      DQ304923
                                               
            L1b1a7a  G228A  A14053G                                  DQ282505 JQ704825
                                               
          L1b1a8  A7298G                                      JQ704968 JN214430
                                               
          L1b1a10  C151T                                      JQ045100 JQ705832
                                               
            L1b1a10a  A15763G                                    EU092893 EU092884
                                               
            L1b1a10b  T11506C                                    EU092852 JX303846
                                               
          L1b1a12  G1462A  C16400T                                   
                                               
            L1b1a12a  A11002G                                    FJ460537 JN214463
                                               
            L1b1a12b  A7298G  T16187C                                  JQ705931 EU200764
                                               
          L1b1a13  T5509C                                      JN214477 FJ460522
                                               
          L1b1a14  A12512t                                      JQ045114 JN214468
                                               
          L1b1a16  T185C  G14016A  G14040A                                  JN214460 EU092667
                                               
      L1b2'3  C195T                                         
                                               
        L1b2  A189G  C12891T  A13893G  G14323A  C16239T                                  NA19909 JQ044866
                                               
          L1b2a  T146C!  A12171G  C16111T  T16264C!                                HM771162 JN214470
                                               
        L1b3  A723G  A4562G  A7972G  C14800T                                  JQ044936 JQ045038
                                               
    L1c  C151T  C186a  A189c  G316A  A2395d  A5951G  T6071C  G8027A  A9072G  G10586A  A12810G  A13485G  T14000a  C14911T  C16294T  C16360T                     
                                               
      L1c1'2'4'5'6  A297G                                         
                                               
        L1c1'2'4'6  C198T  T10321C                                     
                                               
          L1c1  A3796t  A3843G  A14148G  A16293G                               
                                               
            L1c1a'b'd  T11899C                                   
                                               
              L1c1a  T4454a  T8087C  T14088C                              JQ705275
                                               
                   T198C!                               
                                                 
                  L1c1a1  G10398A  T14034C  T16223C                         
                                               
                    L1c1a1a  44.1C  T204C  C11257T  C16214T  C16234T  T16249C                   
                                               
                      L1c1a1a1  T182C!  C467T  A2308G  A5984G  A11167G  A12930t  G16274A               
                                               
                        L1c1a1a1a  G6182A  T8928C  T9311C  T15663C  G16293A!                  EU273490 HM771127
                                               
                        L1c1a1a1b  C204T!  A16051G  A16258G                    EU273481 EU273497
                                               
                          L1c1a1a1b1  C5300T                      EU273478 EU597501
                                               
                      L1c1a1a2  G4491A  T10667C  G13194A  A16129G                    EU273500 EU273484
                                               
                    L1c1a1b  C195T  T2141C  T5277C  A8769G  A9580G  G12164A  T13174C  G14040A  G15777A  A16129G  C16184T  T16360C!          EU273491
                                               
                  L1c1a2  A93G  A95c  T151C!  T236C  A2755G  T2863C  C3513T  A3927G  A4506G  A7202G  T9647C  A12768G  G16274A           
                                               
                    L1c1a2a  T4634C  A9336G  T12477C                       
                                               
                      L1c1a2a1  T7692C                          HM771217 EU273496
                                               
                      L1c1a2a2  T15289C                          HM771180 HM771164
                                               
                    L1c1a2b  C152T  A6752G  T7660C  C7693T  C9272T                      EU273476 HM771137
                                               
                    L1c1a2c  A8266G  G12007A  T13879C                        HM771114 HM771113
                                               
              L1c1b'd  T16086C                                 
                                               
                L1c1b  T1291C  T4688C  T5553C  C8619T  T9861C  T10084C  T12681C  A14393G  A16241G                    NA19917
                                               
                  L1c1b1  A4824G  T8277C  C15025T  C16291T  G16293A!                        EU273499 HM771220
                                               
                L1c1d  G5460A  G11914A!  G15301A  C15626T  A16038G                          NA19385
                                               
                  L1c1d1  T5108C  C7948T                            FJ713601 AF346987
                                               
            L1c1c  T198C!  A249d  G6267A  G8387A  A8389G  T9233C  C11335T  T12879C  T16172C  T16187C  T16294C!                      EU092717 JQ701901
                                               
          L1c2'4  5899.1C  C12049T  A13149G                                 
                                               
            L1c2  G6150A  T6253C  A7076G  G7337A  A8784G  T8877C  A10792G  C10793T  A11654G  A16265c  C16286g  C16527T                 
                                               
              L1c2a  T1420C  2156.1A  C15016T  T15784C                             
                                               
                L1c2a1  G16145A  G16213A                             
                                               
                  L1c2a1a  T7744C  G8251A  C13212T  T13281C  C14812T  C16071T  C16234T                    AF346992 JX303855
                                               
                  L1c2a1b  T3777C  G5237A                           
                                               
                L1c2a2  G709A  G3438A  C5899.1d!  C7070T  C7160T  A7301G  G8701A  T9018C  T13437C  T16288C  T16357C  T16360C!                EU273501 EU092864
                                               
                L1c2a3  T471C  G6723A  A11329G  G14861A                            EU092848
                                               
                  L1c2a3a  A385G  C1048T  T7741C  A14127G  A16129G  T16172C                      KC533467 JX303782
                                               
              L1c2b  A11164G  (T16093C)  (G16286A)                             
                                               
                L1c2b1  T10031C                               
                                               
                  L1c2b1a'b  A2220G                              DQ341059
                                               
                    L1c2b1a  T5580C  C6209T  A14071G                        HM771222
                                               
                      L1c2b1a1  A3349G  C7675T  G12771A                      KC152939 JQ705864
                                               
                    L1c2b1b  T5087C  G6480A  A9108G  C12669T                        EU092849
                                               
                      L1c2b1b1  C264T  C3275g  C6173T                        JQ705650 JX303883
                                               
                  L1c2b1c  A633G  A723G  G3421A  T3777C  T5580C  A5894d  T10071C  T15672C  C16292T                  EU092712 JQ702903
                                               
                L1c2b2  T8567C  A13269G  C16320T                            HM771221 EU092738
                                               
            L1c4  T151C!  T198C!  T5196C  A6629G  A7673G  A7960G  G9266A  A9545G  A13741G  T13879C  C16184T  C16301T                   
                                               
              L1c4a  C280T  G1503A  G4596A  T4937C  G4959A  G5054A  A11337G  T11854C  G12940A  T14182C  T15191C  A16037G  T16093C  T16140C              EU273502 HM771117
                                               
              L1c4b  A4706G  A11002G                                JF812599 JQ703773
                                               
          L1c6  G930A  A2251G  G5231A  T14470C                                  EU273489 JQ044836
                                               
        L1c5  A291t  G709A  A5390G  G7762A  T8143C  8281-8289d  T9899C  G11150A  A12425G  G12630A  G13359A  G13368A  T15449C  G15553A  T15941C  (C16114a)  C16261T  T16294C!            JX303797 JQ702617
                                               
      L1c3  C195T  T6221a  G6917A  G7055A!  C11302T  A15226G  T15905C  C15978T                               
                                               
        L1c3a  G6260A  G7498A  G7789A  G9966A  C12019T  G12501A  T16187C  A16215G                            EU092703 JX303824
                                               
          L1c3a1  A3105G                                     
                                               
            L1c3a1a  T2387C  T12616C                                  EU935458 EU092718
                                               
            L1c3a1b  T8668C  C16355T                                  JX303871 EU092956
                                               
        L1c3b'c  C2283T  A16293G                                     
                                               
          L1c3b  G8251A  C13981T  C14794T  A16163G                               
                                               
            L1c3b1  T629C  C3210T  A3434G  T4755C  C8417T  A12400G  C12542T  T16017C                          HG01378
                                               
              L1c3b1a  A11317G  G13708A  T16209C                              HG01080 EU273488
                                               
              L1c3b1b  A1686G  T2083C                                JQ702600 EU092689
                                               
            L1c3b2  T2283C!  T3096C  T6297C  A6353G  G7805A  A7844G  A14128G  G14831A  A15244G  A15924G  T16086C                    NA19256 NA19163
                                               
          L1c3c  A93G  T195C!  A248G  C458T  745.1T  T3027C  C3525T  C3600T  G4853A  G11852A  T11984C  A12507G  A14669G                    EU273493
                                               
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                       
                                               
    L5  459.1C  T3423C  A7972G  C12432T  A12950G  C16148T  A16166G                                 
                                               
      L5a  T152C!  455.1T  G709A  A851G  T1822C  C5111T  G5147A  A5656G  G6182A  T6297C  A7424G  G8155A  A8188G  C8582T  G9305A  G9329A  T11025C  C11881T  G12236A  A13722G  T14212C  C14239T  T14581C  G14905A  T14971C  G15217A  G15884A  C16355T  T16362C 
                                               
        L5a1  455.2T  G930A  C4496T  C8754T                                   
                                               
          L5a1a  T5004C  T9899C                                    EF556173 DQ341060
                                               
          L5a1b  C14668T  T14819C                                    EU092943 EU092888
                                               
          L5a1c  G513A  C4137T                                    HM771198 NA19317
                                               
        L5a2  C527T  G8856A                                      EU092699 JX303751
                                               
      L5b  T182C!  G13105A  A16254G  C16311T                                   
                                               
        L5b1  A249d  C535T  C2417g  T3027C  A3720G  A4976G  C5213T  A9809c  T10493C  T11701C  T12188C  A12546t  T12714C  A12810G  T13569C  T13830C  C16111T  C16360T              NA19373
                                               
          L5b1a  C182T!!  G8152A  A11065G  T11260C  T12215C  T16311C!                              DQ341061 EU092934
                                               
          L5b1b  T14581C                                      EU092774 NA19404
                                               
           C195T  459.1Cd!  T1717C  G1719A  T2080C  C2484T  A3564G  G3918A  G4092A  G4655A  C4676T  T4967C  A6527G  A7765G  G7789A  G7972G!  T9018C                   
        L5b2  T9653C  T10101C  C11266T  T11287C  T11809C  A12507G  G12940A  G12950A!  A13050G  C13383T  T13602C  A15236G  C15418T  C16189T  T16368C  C16527T                NA19332 NA19455
                                               
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                           
                                               
      L2  T146C!  C150T  T152C!  T2416C  G8206A  A9221G  T10115C  G13590A  C16311T  G16390A                           
                                               
        L2a'b'c'd  T195C!  T11944C                                     
                                               
          L2a  T150C!  T7175C                                   
                                               
            L2a1'2'3'4  C2789T  C7274T  A7771G  G11914A!  A13803G  A14566G  C16294T                         
                                               
              L2a1  T182C!  A12693G  T15784C  A16309G                             
                                               
                L2a1a  G3918A  A5285G  A15244G  T15629C                            DQ304928 EU092916
                                               
                  L2a1a1  T6152C  C15391T  T16368C                          NA19266 DQ304933
                                               
                  L2a1a2  C16286T                              JN214449 DQ304968
                                               
                    L2a1a2a  T10454C                            DQ304975
                                               
                      L2a1a2a1  C15211T                          NA20287 JQ044968
                                               
                        L2a1a2a1a  A15421G                        NA19117 DQ304976
                                               
                    L2a1a2b  T3336C                            DQ304972 JQ045095
                                               
                    L2a1a2c  T5492C  C8841T  A13615G                        HQ425645 DQ304927
                                               
                  L2a1a3  G143A  (T16093C)                            EU092711
                                               
                    L2a1a3a  T9165C                            EU092890 EU092905
                                               
                    L2a1a3b  G3316A                            DQ304948 JQ044819
                                               
                    L2a1a3c  C9449T  C16256T                          HM771168 JQ045101
                                               
                   T16189C!  (C16192T)                              EU092806
                                                 
                  L2a1b  G10143A                              EU092761
                                               
                    L2a1b1  C15735T                            NA19129
                                               
                      L2a1b1a  T5090C  C16290T                        EU092690 JX303858
                                               
                    L2a1b2  A8116G                            JQ044975 JQ044841
                                               
                       G143A                            NA19625
                                                 
                      L2a1b3  G207A  T1189C                        NA18856 JQ044837
                                               
                  L2a1f  A5581G                              DQ304959 NA19125
                                               
                    L2a1f1  A731G                            DQ304961 DQ304955
                                               
                      L2a1f1a  A7394G                          DQ304958 DQ304934
                                               
                    L2a1f2  C11692T                            DQ112698 DQ304957
                                               
                    L2a1f3  C198T                            KC533500 JQ044861
                                               
                  L2a1g  A8014G  C14281T  T16131C  C16225T  C16234T                        KC533472 JX303906
                                               
                   G143A                               
                                                 
                  L2a1c  G3010A  A6663G                            EU092733 HM771224
                                               
                       T16086C                            JQ044973
                                                 
                      L2a1c1  C198T  G930A  T3308C  T8604C                      FJ460560
                                               
                        L2a1c1a  C6311T                       
                                               
                          L2a1c1a1  T3338C                      JQ705046 NA18868
                                               
                          L2a1c1a2  C6164T                      JQ412577 EU092954
                                               
                      L2a1c6  A189G  A4164G  C10954T  C16169T                      JN214436 JQ702659
                                               
                    L2a1c2  C10903T  A15924G  G16213A                        JQ045108 JQ045024
                                               
                      L2a1c2a  G513A  C16193T  C16239T                      HM771169 JQ045025
                                               
                    L2a1c3  G9932A                           
                                               
                      L2a1c3a  C7858T                          EU092663 EU200762
                                               
                        L2a1c3a1  C198T  A5843G  T15115C  C16290T                    JQ705145 NA19923
                                               
                      L2a1c3b  G16309A!  C16355T                        JQ044996
                                               
                        L2a1c3b1  T10410C                        JQ045110 EU092720
                                               
                        L2a1c3b2  T9854C  G14384A  A14965G  T16311C!                  NA19096 JQ045063
                                               
                    L2a1c4  A12172G                            JN214432
                                               
                      L2a1c4a  T12354C                          DQ304942 FJ460549
                                               
                        L2a1c4a1  G5252A                        DQ304951 NA18912
                                               
                       G16129A!                            JN858955
                                                 
                      L2a1c5  T13260C                          NA18908 HM771225
                                               
                     G16309A!                             
                                                 
                    L2a1d  C182T!!  T5196C  T9530C  T11386C  A12612G  C13934T                   
                                               
                      L2a1d1  G12007A  A13395G  T16209C  C16301T  C16354T                  EU092765 EU092939
                                               
                      L2a1d2  C9356T                          JX303838 JN858956
                                               
                    L2a1h  A3505G  T4772C  C12976T                        EU092676 EU092914
                                               
                  L2a1e  C3495a  G8790A  G12630A                          DQ304945
                                               
                    L2a1e1  A143G!  G8541A  A14599G                        DQ304930 NA19116
                                               
                     T16189C!  (C16192T)                            FJ460527 HQ384198
                                                 
                       G16309A!                            EU092793
                                                 
                      L2a1i  T15229C  T16362C                        JQ044958 JQ044905
                                               
                        L2a1i1  C6164T  C10920T                      JX303853 EF657335
                                               
                      L2a1q  T2746C  A13917G  C16245T                      JX303870 NA19381
                                               
                    L2a1j  G8764A  A14464G                          EU092756 EU092816
                                               
                    L2a1k  G6722A  T12903C  C16218T                        EU200763 EU200760
                                               
                    L2a1l  C534T                           
                                               
                      L2a1l1  T12408C                          JQ044956
                                               
                        L2a1l1a  T5580C                        EU092807
                                               
                          L2a1l1a1  C11059T                      EU092812 JQ044817
                                               
                          L2a1l1a2  T3345C                      KF952774 JQ044897
                                               
                        L2a1l1b  A15880G                        NA20332 JQ044955
                                               
                      L2a1l2  C5366a                          EU092721
                                               
                        L2a1l2a  A143G!  T14180C                      JX266264 JQ705185
                                               
                          L2a1l2a1  C3573a                      JX266265 JQ705589
                                               
                      L2a1l3  G14905A  T16357C                        JX021728 NA18487
                                               
                    L2a1m  A13884G                            JQ045040
                                               
                      L2a1m1  8281-8289d                        DQ304940
                                               
                        L2a1m1a  C8553T                        JQ701914 DQ304938
                                               
                    L2a1n  A4317d  G5147A                          DQ304941 NA18519
                                               
                    L2a1o  T12438C                            JQ045000 EU092739
                                               
                    L2a1p  A9410G  T13818C  C15626T                        EU092671 JQ044822
                                               
              L2a2'3'4  C146T!!  A6752G  T16189C!  T16229C  T16311C!                           
                                               
                L2a2'3  G709A  C15939T  C16291T                           
                                               
                  L2a2  G9932A                             
                                               
                    L2a2a  T9083C  G9438A  G15803A                        EU092896
                                               
                      L2a2a1  C8727T                          EU092902 HM771205
                                               
                    L2a2b  C195T!!  C11767T  A14118G                       
                                               
                      L2a2b1  A13827G                          NA19443
                                               
                        L2a2b1a  T182C!  G7664A  A8721G  A13068G  T16172C                  HM771208 HM771192
                                               
                      L2a2b2  A235G  G6383A  T9077C                      HM771191 HM771207
                                               
                  L2a3  C195T!!  A257G  T9797C  T14894C  T16086C  A16215G                      HM771206
                                               
                L2a4  G513A  T593a  G9438A  C13125T  A16170G                         
                                               
                  L2a4a  573.XC  G5147A  C6959T  G7897A  T8614C  C12480T  G15812A                    HM771212 HM771196
                                               
                  L2a4b  C195T!!  C2780T  G3834A  T4703C  A12612G  C16264T                      NA19393 NA19376
                                               
            L2a5  C195T!!  T2626C  C3654T  C5263T  A6040c  T6497C  T12879C  A14890G  T16224C                        NA19045 HQ384199
                                               
          L2b'c'd  C2332T                                     
                                               
            L2b'c  C198T  G1442A  T7624a  G12236A  G15110A  G15217A                           
                                               
              L2b  T204C  C1706T  A2358G  A4158G  T4370C  A4767G  C5027T  C5331a  T5814C  C6713T  C8080T  G8387A  A12948G  A14059G  C16114a  G16129A!  G16213A         
                                               
                L2b1  C418T  G6026A  T10828C  C13924T  T16362C                          EU092747 EU092766
                                               
                  L2b1a  C146T!!  C16355T                            JQ044854
                                               
                    L2b1a2  A7569G                            EU092722 JQ044890
                                               
                    L2b1a3  G8856A                            DQ304978 JX303882
                                               
                    L2b1a4  G12406A                            JN214453
                                               
                  L2b1b  A385G  A6629G                            FJ228403 JQ044800
                                               
                L2b2  T6614C  A6806G  T8503C                              EU092692
                                               
                  L2b2a  G709A  G8790A  A9350G  A13966G  C14407T  C16354T                      KC533513 JX303841
                                               
                L2b3  15944.1T                               
                                               
                  L2b3a  C4185T  G5744A  A8925G  G14544A  A15236G  G15326A                      JQ702626 JQ702123
                                               
                  L2b3b  T2626C                              EU092734 JN214443
                                               
                  L2b3c  T12011C                              EU092661 NA19247
                                               
              L2c  A93G  C325T  T680C  G709A  T3200a  G13928c  G13958c  C15849T                        JQ044941 EU092723
                                               
                L2c1  A16318G                                JQ044858
                                               
                  L2c1a  G93A!  T5201C                            EU092813 JQ044887
                                               
                L2c2  T1040C  C16264T                              NA19229 EU092697
                                               
                  L2c2a  G15043A                              DQ304988 EU092955
                                               
                    L2c2a1  C869T  A5823G  T13184C                        JQ704740 JX303792
                                               
                  L2c2b  A183G                             
                                               
                    L2c2b1  T8772C  T15313C                         
                                               
                      L2c2b1a  G1888A  C15574T                        NA18517 JQ704094
                                               
                      L2c2b1b  T8567C  A9063G  T10790C  T16311C!                    KC533455 EU092710
                                               
                    L2c2b2  T9758C                            JQ044878 JQ044853
                                               
                L2c3  G513A                                JQ705626 JQ044810
                                               
                  L2c3a  C5255T  T8733C                            AF346995 JQ045104
                                               
                L2c4  C13440T                                JQ044914 DQ112735
                                               
                L2c5  G4596A                                AY195785 NA19835
                                               
            L2d  C152T!!  T182C!  C456T  C870T  T2159C  C3254a  A3434G  G3693A  C6231T  G9554A  A9941G  C10955T  T11353C  C14845T  G15777c  T16189C!  T16223C  A16300G  C16354T  A16399G        JQ045050
                                               
                 G16129A!                                  JQ045069 EU092817
      &n