PhyloTree.org - mtDNA subtree D
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                            Example accessions References
D  5178A  16362                       Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Achilli 2008, Volodko 2008, Tanaka 2004
                         
  D4  3010  8414  14668                     Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Kivisild 2006, Achilli 2008, Tanaka 2004, Perego 2009
                         
    D1  2092  16325                   EU431088 DQ282482 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Achilli 2008, Starikovskaya 2005, Perego 2009
                         
      D1a  5821                   Achilli 2008, Kivisild 2006
                         
        D1a1  57G  263!  15313  15719  16189             EU095233 EU095234  
                           
        D1a2  (114)  (143)  10816T  11914  13059  15514           AF346984 EU095237  
                           
      D1b  3335  6314  14047  14364               DQ282484 EF079876 Achilli 2008
                         
      D1c  8674  15805                 HQ012249 DQ282477 Achilli 2008
                         
      D1d  4790  12414                 DQ282480 HQ012245 Achilli 2008, Kumar 2011
                         
      D1e  146  3316  11248                 EU597510 EU095236  
                           
      D1f  16142                   EU095536 EU431089  
                           
        D1f1  10874  16179  16295  16497             EU095235 EU095240 Kumar 2011 ("D1g")
                         
      D1g  reserved                   Bodner 2012
                         
      D1h  16093  16274                 HQ012251 HQ012258 Kumar 2011
                         
      D1i  417  12280                   DQ282487 HQ012247 Kumar 2011
                         
      D1j  reserved                   Bodner 2012
                         
    D4a  152  3206  8473  14979  16129                 FJ748716 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                         
      D4a1  10410                   AP009430 AP008444 Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2008 ("D11")
                         
        D4a1a  5261                 AP010710  
                           
          D4a1a1  15314               AP010723 AP008745 Kong 2006 ("D4a1a"), Metspalu 2006 ("D4a1a")
                         
            D4a1a1a  15757             AP010669 AP008398  
                           
        D4a1b  13651                 AP008314 AP010760 Kong 2006
                         
          D4a1b1  16309               AP010762 AP008334  
                           
        D4a1c  7822                 AP008312 AP008449 Kong 2006
                         
        D4a1d  16286                 AP008871 AP008805  
                           
        D4a1e  7364  16256               AP008614 FJ383182  
                           
      D4a2  12957                   AP008765 AP010663 Kong 2006
                         
        D4a2a  3531  8296  10005               AP011008 AP008839 Kong 2006
                         
      D4a3  5466  16249                 Kong 2006
                         
        D4a3a  15412                 AP008862 JF271009 Kong 2006
                         
        D4a3b  7912                  
                           
          D4a3b1  10601  15440  16266             AP011047 AP009445  
                           
          D4a3b2  1520  13834  16311             GU377082 AY255160  
                           
         16294                   AP008582  
                             
        D4a4  469G  4248  8659  9109             AP008888 DQ112864 Kong 2006
                         
    D4b  8020                     Volodko 2008 ("D3"), Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Achilli 2008, Gilbert 2008
                         
      D4b1  10181  15440  15951  16319               Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007 ("D4b2"), Achilli 2008, Volodko 2008 ("D3a"), Gilbert 2008
                         
        D4b1a  14927                 Volodko 2008 ("D3a2"), Derenko 2010
                         
          D4b1a1  152  2246  8450  13827  14091  15217  15805         AP008876 AP010720  
                           
            D4b1a1a  14180             AP008332 AP008767 Kong 2006 ("D4b1a"), Metspalu 2006 ("D4b1a"), Derenko 2010
                         
          D4b1a2  6881  14815             EU482305 Volodko 2008, Derenko 2010
                         
            D4b1a2a  13720             FJ951581 NA18535 Volodko 2008 ("D3a2a"), Derenko 2010
                         
              D4b1a2a1  16173           EU007895 FJ951490 Volodko 2008, Derenko 2010
                         
              D4b1a2a2  4592  15244         EU482385 FJ951487 Derenko 2010
                         
        D4b1b'd  16287                  
                           
          D4b1b  431  6689               Kong 2006, Metspalu 2006
                         
            D4b1b1  4859  6410             AP008254  
                           
              D4b1b1a  10084  16399         AP008440 AP008410 Kong 2006 ("D4b1b1")
                         
                D4b1b1a1  12172         AP008476 AP011029 Kong 2006 ("D4b1b1a")
                         
            D4b1b2  8281-8289d  14560C           AP008708 AY255165 Kong 2006
                         
          D4b1d  152  6578  11116  11992  15370  16158  16284  16362!       HM030519 NA18789  
                           
        D4b1c  239  297  951               FamilyTreeDNA
                         
          D3  722  4023  6374  9785             EU482316 EF153800 Derenko 2007, Volodko 2008 ("D3a1"), Starikovskaya 2005, Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008, Gilbert 2008, Derenko 2010
                         
      D4b2  1382C  8964  9824A                 AP011004 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                         
        D4b2a  15524                 AP008434 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
          D4b2a1  280  13708  16355             AP008286 AP008502 Kong 2006
                         
          D4b2a2  8251  10104             AP008256 Kong 2006
                         
            D4b2a2a  14287  16189           AP008703 AP008868 Kong 2006
                         
            D4b2a2b  6005             AP010697 AP008804 Kong 2006
                         
        D4b2b  194  9296                 AP008757 HG00625 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
          D4b2b1  14605               AP008264 EU597488 Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4b2b2")
                         
            D4b2b1a  15244             AP008467 AP008523 Kong 2006
                         
            D4b2b1b  3696  8812             AP008333 AP008302 Kong 2006
                         
          D4b2b2  12358               Kong 2006, Derenko 2010
                         
            D4b2b2a  150  14867             AP008457 AP008684  
                           
            D4b2b2b  8577  16172  16223!           HM030530 NA18647  
                           
            D4b2b2c  13707  16189  16356           NA18739 FJ951498  
                           
          D4b2b3  4209  10373  14325  15331A           AP008331 AP008579 Kong 2006
                         
          D4b2b4  150  15001             FJ383213 FJ493502 Chandrasekar 2009
                         
          D4b2b5  279               FJ951535 FJ383192 Chandrasekar 2009, Derenko 2010
                         
          D4b2b6  1978  13182  15832             NA18145 NA18625  
                           
        D4b2d  6407  7816  13174  13239  16287             FJ951514 FJ951541 Derenko 2010
                         
    D4c  16245                     Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d")
                         
      D4c1  2766  16223!                 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d1")
                         
        D4c1a  191.1A  194  199  207  3391  9755             AP008633 AP010983 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d1a")
                         
          D4c1a1  9477               AP009433 AP008431 Kong 2006
                         
        D4c1b  856  16224  16292               AP008251 AP008609 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d1b")
                         
          D4c1b1  146  14692  16223             AP008494 AP010830 Kong 2006
                         
      D4c2  8383  9431                   Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d2"), Derenko 2010
                         
        D4c2a  4233  11152  15391A  16311  16368           FJ951494 FJ951546 Derenko 2010
                         
        D4c2b  534  1462                 FJ858889 FJ951602 Derenko 2010
                         
        D4c2c  8419                 AP008348 AP010711 Derenko 2010
                         
    D4d  3593  5539  6503C  7757  9938  12085  13879  16319             AP008628 Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4c")
                         
    D4e  11215                     Tanaka 2004, Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Volodko 2008 ("D2"), Gilbert 2008
                         
      D4e1'3  9536                   Chandrasekar 2009 ("D4p")
                         
        D4e1  3316  (16092)               NA17981 Tanaka 2004, Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Tamm 2007, Achilli 2008, Volodko 2008 ("D2a"), Gilbert 2008
                         
          D4e1a  94  5964  14470  15924             HM357813 AP008789 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
            D4e1a1  194  16093  16176           AP008275 AP008624 Kong 2006
                         
            D4e1a2  214             FJ383207  
                           
              D4e1a2a  334  4959  9495         AP008772 AP008637 Kong 2006 ("D4e1a2")
                         
          D4e1c  14207               HQ012262 HQ012261 Kumar 2011
                         
          D2  8703  16129             Derenko 2010
                         
            D2a'b  7493  16271           Metspalu 2006 ("D2"), Derenko 2007 ("D2"), Achilli 2008 ("D2"), Volodko 2008 ("D2a1"), Gilbert 2008 ("D2"), Derenko 2010
                         
              D2a  11959           EU660536 Starikovskaya 2005 ("D2"), Kong 2006 ("D2"), Derenko 2007 ("D2b"), Achilli 2008, Volodko 2008 ("D2a1a"), Gilbert 2008
                         
                D2a1  9667         EU725621 Gilbert 2008, Volodko 2008
                         
                  D2a1a  8910A       EU660538 EU660570 Gilbert 2008, Volodko 2008 ("D2a1a1")
                         
                  D2a1b  16111  16366     EU660553 AF347010 Gilbert 2008, Volodko 2008
                         
                D2a2  4991         EU482339 EU007835 Gilbert 2008
                         
              D2b  195  9181         Tamm 2007, Derenko 2007 ("D2a"), Achilli 2008, Volodko 2008 ("D2a1b"), Gilbert 2008, Qin 2010, Derenko 2010
                         
                D2b1  1106         FJ951588 GQ895154 Qin 2010, Derenko 2010
                         
                  D2b1a  5004       EF153796 EU095541 Gilbert 2008 ("D2b1"), Qin 2010 ("D2b1"), Derenko 2010
                         
                D2b2  10084  15836       EU095542 FJ951520 Derenko 2010
                         
            D2c  310  9042  10586  12468         FJ951506 Derenko 2010
                         
        D4e3  13135  14857               FJ383174 NA18692  
                           
      D4e2  15874                   AP008380 AP008896 Tanaka 2004, Kong 2006, Metspalu 2006, Gilbert 2008
                         
        D4e2a  573.1C  13716               AP008834 AP010982 Kong 2006
                         
        D4e2b  8149                 AP008352 AP008557 Kong 2006
                         
        D4e2c  14053                 AP010667 AP008825 Kong 2006
                         
      D4e4  1935  14905                 FJ383176 Derenko 2010
                         
        D4e4a  8683                 FJ951569 Derenko 2010
                         
          D4e4a1  310  453A  16189             FJ858880 FJ951564  
                           
        D4e4b  10310  12882               GU122981 FJ951616 Derenko 2010
                         
      D4e5  5021  15106  15184  16274               Derenko 2010
                         
        D4e5a  152  573.1CC  14755               AP008739 FJ951450  
                           
        D4e5b  14384  16291               FJ858882 NA18108  
                           
    D4f  7270                     EU007883  
                           
      D4f1  2706!  4538  8764  11255               AP008458 AP011012 Kong 2006 ("D4f"), Metspalu 2006 ("D4f"), Tanaka 2004 ("D4f"), Derenko 2010
                         
    D4g  13104                     Kong 2006
                         
      D4g1  573.1C  4343  8701!  15518  16278               AP008652 AP010677 Kong 2006
                         
        D4g1a  3394  13887               AP008544 AP008272 Kong 2006
                         
        D4g1b  9004  13512               AP008542 AP010985 Kong 2006
                         
        D4g1c  709                 AP008560 AP008849 Kong 2006
                         
      D4g2  298  5231                   JF896799 Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4k3"), Zhang 2011
                         
        D4g2a  4394  16274               AP008422 Kong 2006
                         
          D4g2a1  11059               FJ951522 HM357822 Derenko 2010
                         
            D4g2a1a  195  546  8994  14793  16223!         AP008447 AP008267 Kong 2006 ("D4g2a1")
                         
        D4g2b  4131                 FJ951468 Derenko 2010
                         
          D4g2b1  (195)  (263!)  13359             AP008408 DQ112785  
                           
    D4h  3336  3644  5048                   Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008, Volodko 2008 ("D10"), Perego 2009
                         
      D4h1  16174                   AP009422 FJ951534  
                           
        D4h1a  146  183  12396               Achilli 2008 ("D4h1"), Kong 2006 ("D4h1"), Metspalu 2006 ("D4h1")
                         
          D4h1a1  12372  16497             AP008524 AP008416 Kong 2006 ("D4h1a")
                         
          D4h1a2  827  1009  6962  13819             AP008730 AP009419  
                           
        D4h1b  11092  13708               JF271012 AP008551  
                           
      D4h2  961  8269  13879  15236  16278  16325             EU828638 Tamm 2007
                         
      D4h3  152  13135  16301  16342               Perego 2009
                         
        D4h3a  3396  4025  6285  8946  9458  16241           FJ168744 EU095531 Perego 2009, Tamm 2007 ("D4h3"), Achilli 2008 ("D4h3")
                         
          D4h3a1  5442  12990             FJ168713 Perego 2009
                         
            D4h3a1a  930  1719             Perego 2009
                         
              D4h3a1a1  146  11701         FJ168717 FJ168715 Perego 2009
                         
              D4h3a1a2  11914           FJ168722 FJ168720 Perego 2009
                         
          D4h3a2  573.1C  10733             FJ168727 FJ168724 Perego 2009
                         
          D4h3a3  71d               FJ168728 Perego 2009
                         
            D4h3a3a  533             FJ168731 FJ168729 Perego 2009
                         
          D4h3a4  4959  9851  16294             FJ168736 FJ168737 Perego 2009
                         
          D4h3a5  16301!               FJ168739 FJ168738 Perego 2009
                         
        D4h3b  990  1810  2416  7785  9046  11150  15346  16148  16249       FJ168712 Perego 2009
                         
      D4h4  15022                   AP008782 Derenko 2010
                         
        D4h4a  152  644  3558  10373  16311             FJ951519 FJ951484 Derenko 2010
                         
    D4i  16294                     Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2008 ("D9")
                         
      D4i1  5773  16263                 AP008428 AP008811 Kong 2006
                         
      D4i2  4833                   EU482308 EU007867 Volodko 2008
                         
    D4j  11696                     AP008496 FJ951553 Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2006, Derenko 2010
                         
      D4j1  5262                   Chandrasekar 2009, Derenko 2010
                         
        D4j1a  7783  12130  12358  16086             GQ895153 Qin 2010
                         
          D4j1a1  7581  15295             FJ383200 FJ383184 Chandrasekar 2009 ("D4j1a"), Derenko 2010 ("D4j1a")
                         
        D4j1b  1734  7055               FJ383177 Chandrasekar 2009
                         
          D4j1b2  185  6852               FJ383199 FJ383198 Chandrasekar 2009
                         
      D4j2  152  5563  5824  12501  16291               FJ415605 Derenko 2010
                         
        D4j2a  3693                 EU007877 EU482362 Derenko 2010
                         
         16311                   Derenko 2010 ("D4j3")
                           
        D4j3  16184                 AP011035 Derenko 2010 ("D4j3a")
                         
          D4j3a  1709               HM044855 EF114278  
                           
            D4j3a1  13656  15139  16525           NA18959 AP010988  
                           
        D4j11  11218  12630               FJ951501 AP010987 Derenko 2010 ("D4j3b")
                         
      D4j4  10245                   EU482369 FJ858887 Derenko 2010
                         
        D4j4a  16263                 HM044856 FJ858888  
                           
      D4j5  7445C  13086  13368  14128               FJ951458 EU482325 Derenko 2010
                         
      D4j6  146  7805                   FJ383181 FJ951507 Derenko 2010
                         
      D4j7  9578  13753  16082                 EU482377 Derenko 2010
                         
        D4j7a  8434  14000A               FJ951492 FJ951537 Derenko 2010
                         
      D4j8  16174                   EU482337 FJ951456 Derenko 2010
                         
      D4j9  13573A                   FJ951555 FJ951536 Derenko 2010
                         
      D4j10  14488                   EU482379 FJ951488 Derenko 2010
                         
       195                      
                             
      D4k  12092A  16362!                 DQ272107 AP008390 Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4k1")
                         
      D4o  10646  16290                 FJ951500 Kong 2006, Volodko 2008 ("D4")
                         
        D4o1  9833  13500  16183  16274  16319             EU482383 Volodko 2008 ("D4b"), Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4k2")
                         
          D4o1a  2330               AP008819 FJ951483  
                           
        D4o2  9077  13812  16093               DQ272113 FJ951551 Kong 2006, Starikovskaya 2005 ("D4"), Volodko 2006 ("D4a")
                         
      D4p  198  15106                   FJ951448 AP008424 Derenko 2010
                         
    D4l  10427  16368                   Volodko 2008 ("D7"), Derenko 2010
                         
      D4l1  1310                   FJ951528 Kong 2006 ("D4l"), Metspalu 2006 ("D4l"), Derenko 2010
                         
        D4l1a  3535                 AP009464 AP008778 Derenko 2010
                         
      D4l2  127                   FJ951570 FJ748734 Volodko 2008, Derenko 2010
                         
    D4m  8762  12651C                   Volodko 2008 ("D8")
                         
      D4m1  1148  6620  9667  12088  16223!  16244             AP008321 AP008432 Kong 2006 ("D4m"), Metspalu 2006 ("D4m")
                         
      D4m2  1222  1719  3492  16042               FJ951565 EU007866 Volodko 2008, Derenko 2010 ("D4m2a")
                         
    D4n  3421  16355A                   AP010765 AP009469 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
      D4n1  15924                   AP008810  
                           
        D4n1a  951                 AP008754 AP008681 Kong 2006 ("D4n1")
                         
    D4q  200  16256  16311                   FJ383210 Chandrasekar 2009
                         
      D4q1  16140                   FJ383234 Chandrasekar 2009
                         
        D4q1a  4973  15791               FJ383220 FJ383219 Chandrasekar 2009
                         
    D4s  199  813  12662                   FJ748738 EU007863  
                           
     16189                       Kong 2006, Metspalu 2006
                           
    D5  150  1107  5301  10397                 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Tanaka 2004
                         
      D5a'b  9180                   Kong 2006, Metspalu 2006
                         
        D5a  752  11944  12026               Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                         
          D5a1  68  309d  3496T  13708  16390           AP008250 AP008315 Kong 2006
                         
            D5a1a  6185             Kong 2006
                         
              D5a1a1  14371           AP008409 AP008437  
                           
              D5a1a2  3337           AP008619 AP011034 Derenko 2010
                         
          D5a2  1438!  16172             FJ383201 Volodko 2008 ("D5a"), Kong 2006, Starikovskaya 2005 ("D5")
                         
            D5a2a  16266             FJ951467  
                           
                 16092            
                             
                D5a2a1  16164         AY570525 HM460795 Volodko 2008 ("D5a1"), Hill 2007 ("D5a2")
                         
                     16172!       FJ383180 HG00628  
                             
                    D5a2a1a  44.1C  1310  13278   AP011023 AP010743 Kong 2006 ("D5a2a")
                         
                      D5a2a1a1  16102   AP008536 FJ951453 Kong 2006 ("D5a2a1")
                         
                      D5a2a1a2  8071   AP008854 AP008407 Kong 2006 ("D5a2a2")
                         
                  D5a2a1b  3528       FJ383195 AY255162 Chandrasekar 2009 ("D5a2b")
                         
                D5a2a2  8479         EU482309 EU597530 Derenko 2010 ("D5a2b")
                         
          D5a3  16360               FJ951589 Derenko 2010
                         
            D5a3a  13759             FJ951615 NA17962 Derenko 2010
                         
        D5b  456  681  1048  5153  15724             Kong 2006, Metspalu 2006
                         
          D5b1  6253               Kong 2006
                         
            D5b1a  13437             AP010708 Kong 2006
                         
              D5b1a1  16167           AP008674 AP011040  
                           
            D5b1b  3759             AP011041 AP008260 Kong 2006
                         
              D5b1b1  2416  7220  16216         AP008771 AP008345 Kong 2006
                         
            D5b1c  12666C             AY255169 GQ119025 Tabbada 2010, Hill 2007 ("D5d")
                         
            D5b1d  146  4048  10810           NA18576 NA18767  
                           
          D5b2  281  983  5539  6146  9377  13614  13617  15769C  16176  16292G  16300   AP008289 Kong 2006
                         
      D5c  151  152  4200T  4216  14927  15622  16190             Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2008
                         
        D5c1  146  3546  13105  16390             EU482335 NA18605  
                           
           16311                 EU007893  
                             
          D5c2  7129  7669  8580  12810  13984  15737  16316       HM460797 NA18113  
                           
    D6  709  1719  3714  12654                 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                         
      D6a  16274                   GQ119022  
                           
        D6a1  6701  7424  7879  13194             AP011006 AP008865  
                           
      D6c  152  5441T  8389  8521  16311               GQ119042 AY255151 Tabbada 2010