PhyloTree.org - mtDNA subtree D
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide positions are relative to the rCRS (GenBank accession NC_012920). Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 577-16023) are shown in black; control region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the rCRS are indicated with an exclamation mark (!).
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, 523-524d (aka 522-523d), 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank.
The references are independent from the accession numbers and refer to publications that have described the corresponding branch and/or have proposed haplogroup nomenclature.
A list of the references cited is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                            Accession numbers References
D  4883  5178A  16362                         Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Achilli 2008, Volodko 2008, Tanaka 2004
                           
  D4  3010  8414  14668                     AP009462, EU007863 Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Kivisild 2006, Achilli 2008, Tanaka 2004, Perego 2009
                         
    D1  2092  16325                     Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Achilli 2008, Starikovskaya 2005, Perego 2009
                           
      D1a  5821                   AF346984 Achilli 2008, Kivisild 2006
                         
        D1a1  57G  263!  15313  15719  16189             EU095233, EU095234  
                           
        D1a2  (114)  (143)  10816T  11914  13059  15514           AF346984, EU095237  
                           
      D1b  3335  6314  14047  14364               DQ282484, EF079876 Achilli 2008
                         
      D1c  8674  15805                 DQ282478, DQ282477 Achilli 2008
                         
      D1d  4790  12414  13105  13821A  14569             DQ282480, DQ282485 Achilli 2008
                         
      D1e  146  3316  11248                 EU597510, EU095236  
                           
      D1f  16142                   EU095536, EU431089  
                           
        D1f1  10874  16179  16295  16497             EU095235, EU095240  
                           
    D4a  152  3206  8473  14979  16129                   Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                           
      D4a1  10410                     Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2008 ("D11")
                           
        D4a1a  5261                 AP010710  
                           
          D4a1a1  15314               AP010723, AP008398 Kong 2006 ("D4a1a"), Metspalu 2006 ("D4a1a")
                         
        D4a1b  13651                 AP008787, AP010760 Kong 2006
                         
          D4a1b1  16309               AP010762, AP008334  
                           
        D4a1c  7822                 AP008312, AP008449 Kong 2006
                         
        D4a1d  16286                 AP008871, AP008805  
                           
        D4a1e  7364  16256               AP008614, FJ383182  
                           
      D4a2  12957                   AP008765, AP010663 Kong 2006
                         
        D4a2a  3531  8296  10005               AP008479, AP008839 Kong 2006
                         
      D4a3  5466  16249                 AY255160 Kong 2006
                         
        D4a3a  3396  14013  14577  15412  15448  16093           AP008862, AP008907 Kong 2006
                         
        D4a3b  7912                 AP009445, AY255160  
                           
         16294                   AP008582  
                             
        D4a4  469G  4248  8659  9109             AP008888, DQ112864 Kong 2006
                         
    D4b  8020                       Volodko 2008 ("D3"), Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Achilli 2008, Gilbert 2008
                           
      D4b1  10181  15440  15951  16319                 Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007 ("D4b2"), Achilli 2008, Volodko 2008 ("D3a"), Gilbert 2008
                           
        D4b1a  14927                   Volodko 2008 ("D3a2")
                           
          D4b1a1  152  2246  8450  13827  14091  15217  15805       AP008876, AP010720  
                           
            D4b1a1a  14180             AP008332, AP008767 Kong 2006 ("D4b1a"), Metspalu 2006 ("D4b1a")
                         
          D4b1a2  6881  14815             EU482305 Volodko 2008
                         
            D4b1a2a  13720             FJ951581 Volodko 2008 ("D3a2a")
                         
              D4b1a2a1  16173           EU007895, FJ951490 Volodko 2008
                         
              D4b1a2a2  4592  15244         EU482385, FJ951487  
                           
        D4b1b  431  6689  16287                 Kong 2006, Metspalu 2006
                           
          D4b1b1  4859  6410             AP008254  
                           
            D4b1b1a  10084  16399           AP008440, AP008410 Kong 2006 ("D4b1b1")
                         
              D4b1b1a1  12172           AP008476, AP011029 Kong 2006 ("D4b1b1a")
                         
          D4b1b2  8281-8289d  14560C             AP008708, AY255165 Kong 2006
                         
        D4b1c  239  297  951                 FamilyTreeDNA
                           
          D3  722  4023  6374  9785           EU482316, EF153800 Derenko 2007, Volodko 2008 ("D3a1"), Starikovskaya 2005, Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008, Gilbert 2008
                         
      D4b2  1382C  8964  9824A                 FJ951514, AP011004 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                         
        D4b2a  15524                 AP008434 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
          D4b2a1  280  13708  16355             AP008286, AP008502 Kong 2006
                         
          D4b2a2  8251  10104             AP008256 Kong 2006
                         
            D4b2a2a  14287  16189           AP008703, AP008868 Kong 2006
                         
            D4b2a2b  6005             AP010697, AP008804 Kong 2006
                         
        D4b2b  194  9296               AP008757, AY963573 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
          D4b2b1  14605               AP008264, EU597488 Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4b2b2")
                         
            D4b2b1a  15244             AP008467, AP008523 Kong 2006
                         
            D4b2b1b  3696  8812           AP008333, AP008302 Kong 2006
                         
          D4b2b2  12358               AP008457, FJ951498 Kong 2006
                         
          D4b2b3  4209  10373  14325  15331A           AP008331, AP008579 Kong 2006
                         
          D4b2b4  150  199  1014  1719  3391  5492  8743  15001       FJ383213 Chandrasekar 2009
                         
          D4b2b5  279               FJ951470, FJ383192 Chandrasekar 2009
                         
    D4c  16245                       Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d")
                           
      D4c1  2766  16223!                   Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d1")
                           
        D4c1a  191.1A  194  199  207  3391  9755           AP008633, AP010983 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d1a")
                         
          D4c1a1  9477               AP009433, AP008431 Kong 2006
                         
        D4c1b  856  16224  16292               AP008251, AP008609 Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d1b")
                         
          D4c1b1  146  14692  16223             AP008494, AP010830 Kong 2006
                         
      D4c2  8383  9431                   Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4d2")
                           
        D4c2a  8419                 AP008348, AP010711  
                           
        D4c2b  534  1462               FJ951602, FJ951531  
                           
        D4c2c  4233  11152  15391A  16311  16368           FJ951494, FJ951546  
                           
    D4d  3593  5539  6503C  7757  9938  12085  13879  16319             AP008628 Metspalu 2006, Tanaka 2004 ("D4c")
                         
    D4e  11215                       Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Volodko 2008 ("D2"), Tanaka 2004, Gilbert 2008
                           
      D4e1'3  9536                     Chandrasekar 2009 ("D4p")
                           
        D4e1  3316                 FJ951557 Achilli 2008, Kong 2006, Metspalu 2006, Derenko 2007, Volodko 2008 ("D2a"), Tamm 2007, Gilbert 2008
                         
          D4e1a  94  5964  14470  15924           AP008789 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
            D4e1a1  194  16093  16176           AP008275, AP008624 Kong 2006
                         
            D4e1a2  214             FJ383207  
                           
              D4e1a2a  334  4959  9495         AP008772, AP008637 Kong 2006 ("D4e1a2")
                         
          D4e1b  8703  16129             FJ951506  
                           
            D2  7493  16271             Derenko 2007, Metspalu 2006, Achilli 2008, Volodko 2008 ("D2a1"), Gilbert 2008
                           
              D2a  11959           EU660548, EU482334 Volodko 2008 ("D2a1a"), Derenko 2007 ("D2b"), Kong 2006 ("D2"), Achilli 2008, Starikovskaya 2005 ("D2"), Gilbert 2008
                         
                D2a1  9667         EU725621 Gilbert 2008, Volodko 2008
                         
                  D2a1a  8910A       EU660538, EU660570 Gilbert 2008, Volodko 2008 ("D2a1a1")
                         
                  D2a1b  16111  16366     EU660553, AF347010 Gilbert 2008, Volodko 2008
                         
                D2a2  4991         EU482339, EU007835 Gilbert 2008
                         
              D2b  195  9181           Tamm 2007, Derenko 2007 ("D2a"), Achilli 2008, Gilbert 2008, Volodko 2008 ("D2a1b")
                           
                D2b1  1106  16092       EF153796, FJ951588 Gilbert 2008
                         
                D2b2  10084  15836       EU095542, FJ951520  
                           
        D4e3  13135  14857               FJ383174  
                           
      D4e2  15874                   AP008380, AP008896 Kong 2006, Metspalu 2006, Gilbert 2008
                         
        D4e2a  573.1C  13716               AP008834, AP010982 Kong 2006
                         
        D4e2b  8149                 AP008352, AP008557 Kong 2006
                         
        D4e2c  14053                 AP008309, AP008825 Kong 2006
                         
      D4e4  152  573.1CC  5021  14755  15106  15184  16274           AP008739, FJ951524  
                           
      D4e5  1935  14905                 GU122981  
                           
        D4e5a  8683                 EU482386, FJ951569  
                           
    D4f  7270                     EU007883  
                           
      D4f1  2706!  4538  8764  11255               AP008458, AP011012 Kong 2006 ("D4f"), Metspalu 2006 ("D4f"), Tanaka 2004 ("D4f")
                         
    D4g  13104                       Kong 2006
                           
      D4g1  573.1C  4343  8701!  15518  16278             AP008652, AP010677 Kong 2006
                         
        D4g1a  3394  13887               AP008544, AP008272 Kong 2006
                         
        D4g1b  9004  13512               AP008542, AP010985 Kong 2006
                         
        D4g1c  709                 AP008560, AP008849 Kong 2006
                         
      D4g2  195  298  5231                   Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4k3")
                           
        D4g2a  4394  16274               AP008422 Kong 2006
                         
          D4g2a1  11059               FJ951578  
                           
            D4g2a1a  546  8994  14793  16223!         AP008447, AP008267 Kong 2006 ("D4g2a1")
                         
        D4g2b  4131                 AP008408, FJ951468  
                           
    D4h  3336  3644  5048                   EU828638, AP008782 Kong 2006, Metspalu 2006, Achilli 2008, Volodko 2008 ("D10"), Perego 2009
                         
      D4h1  16174                   AP009422, AP008551  
                           
        D4h1a  146  183  12396                 Achilli 2008 ("D4h1"), Kong 2006 ("D4h1"), Metspalu 2006 ("D4h1")
                           
          D4h1a1  12372  16497             AP008524, AP008416 Kong 2006 ("D4h1a")
                         
          D4h1a2  827  1009  6962  13819           AP008730, AP009419  
                           
      D4h2  961  8269  13879  15236  16278  16325             EU828638 Tamm 2007
                         
      D4h3  152  13135  16301  16342                 Perego 2009
                           
        D4h3a  3396  4025  6285  8946  9458  16241           FJ168744, EU095531 Perego 2009, Tamm 2007 ("D4h3"), Achilli 2008, Volodko 2008 (sub "D10")
                         
          D4h3a1  5442  12990             FJ168713 Perego 2009
                         
            D4h3a1a  930  1719             Perego 2009
                           
              D4h3a1a1  146  11701         FJ168717, FJ168715 Perego 2009
                         
              D4h3a1a2  11914           FJ168722, FJ168720 Perego 2009
                         
          D4h3a2  573.1C  10733             FJ168727, FJ168724 Perego 2009
                         
          D4h3a3  71d               FJ168728 Perego 2009
                         
            D4h3a3a  533             FJ168731, FJ168729 Perego 2009
                         
          D4h3a4  4959  9851  16294             FJ168736, FJ168737 Perego 2009
                         
          D4h3a5  16301!               FJ168739, FJ168738 Perego 2009
                         
        D4h3b  990  1810  2416  7785  9046  11150  15346  16148  16249       FJ168712 Perego 2009
                         
      D4h4  15022                   FJ951519, AP008782  
                           
    D4i  16294                       Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2008 ("D9")
                           
      D4i1  5773  16263                 AP008428, AP008811 Kong 2006
                         
      D4i2  4833                   EU482308, EU007867 Volodko 2008
                         
    D4j  11696                     FJ951507, AP008611 Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2006
                         
      D4j1  5262                     Chandrasekar 2009
                           
        D4j1a  7581  7783  12130  12358  15295  16086           FJ383200, FJ383184 Chandrasekar 2009
                         
        D4j1b  1734  7055               FJ383177 Chandrasekar 2009
                         
          D4j1b2  185  6852             FJ383199, FJ383198 Chandrasekar 2009
                         
      D4j2  152  5563  5824  12501  16291               EU007877, FJ415605  
                           
         16311                      
                               
        D4j3  16184                 AP011035  
                           
          D4j3a  1709               AP010988, EF114278  
                           
        D4j4  11218  12630               FJ951501, AP010987  
                           
      D4j5  14488                   EU482379, FJ951488  
                           
      D4j6  10245                   EU482369, FJ951505  
                           
      D4j7  13573A                   FJ951536, FJ951585  
                           
      D4j8  9578  13753  16082                 FJ951492, EU482377  
                           
      D4j9  16174                   EU482337, FJ951456  
                           
      D4j10  7445C  13086  13368  14128               FJ951458, EU482325  
                           
       195                        
                               
      D4k  12092A  16362!                 DQ272107, AP008390 Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4k1")
                         
      D4o  10646  16290                 FJ951500 Kong 2006, Volodko 2008 ("D4")
                         
        D4o1  9833  13500  16183  16274  16319           EU482383 Volodko 2008 ("D4b"), Kong 2006, Metspalu 2006 ("D4k2")
                         
          D4o1a  2330               AP008819, FJ951483  
                           
        D4o2  9077  13812  16093               DQ272113, FJ951551 Kong 2006, Starikovskaya 2005 ("D4"), Volodko 2006 ("D4a")
                         
      D4r  198  15106                 FJ951448, AP008424  
                           
    D4l  10427  16368                     Volodko 2008 ("D7")
                           
      D4l1  1310                   FJ951528 Kong 2006 ("D4l"), Metspalu 2006 ("D4l")
                         
        D4l1a  3535                 AP009464, AP008778  
                           
      D4l2  73!  125  127  13651                 FJ951570, EU482319 Volodko 2008
                         
    D4m  8762  12651C                     Volodko 2008 ("D8")
                           
      D4m1  1148  6620  9667  12088  16223!  16244             AP008321, AP008432 Kong 2006 ("D4m"), Metspalu 2006 ("D4m")
                         
      D4m2  1222  1719  3492  16042               FJ951565, EU007866 Volodko 2008
                         
    D4n  3421  16355A                   AP010765, AP009469 Kong 2006, Metspalu 2006
                         
      D4n1  15924                   AP008810  
                           
        D4n1a  951                 AP008754, AP008681 Kong 2006 ("D4n1")
                         
    D4q  200  16256  16311                   FJ383210 Chandrasekar 2009
                         
      D4q1  16140                   FJ383234 Chandrasekar 2009
                         
        D4q1a  4973  15791               FJ383220, FJ383219 Chandrasekar 2009
                         
     16189                         Kong 2006, Metspalu 2006
                             
    D5  150  1107  5301  10397                   Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006, Tanaka 2004
                           
      D5a'b  9180                     Kong 2006, Metspalu 2006
                           
        D5a  752  11944  12026                 Kong 2006, Metspalu 2006, Kivisild 2006
                           
          D5a1  68  309d  3496T  13708  16390           AP008250, AP008315 Kong 2006
                         
            D5a1a  6185             AP008619 Kong 2006
                         
              D5a1a1  14371           AP008409, AP008437  
                           
          D5a2  1438!  16172             FJ383201 Volodko 2008 ("D5a"), Kong 2006, Starikovskaya 2005 ("D5")
                         
            D5a2a  16266             FJ951467  
                           
                 16092              
                               
                D5a2a1  16164         EU007869, AY570525 Volodko 2008 ("D5a1"), Hill 2007 ("D5a2")
                         
                     16172!       EU482378, FJ383180  
                             
                    D5a2a1a  44.1C  1310  13278   AP008813, AP010743 Kong 2006 ("D5a2a")
                         
                      D5a2a1a1  16102   AP008536, FJ951453 Kong 2006 ("D5a2a1")
                         
                      D5a2a1a2  8071   AP008854, AP008407 Kong 2006 ("D5a2a2")
                         
                  D5a2a1b  3528       FJ383195, AY255162 Chandrasekar 2009 ("D5a2b")
                         
                D5a2a2  8479         EU482309, EU597530  
                           
          D5a3  16360               FJ951589  
                           
            D5a3a  3702  8838  13759  16126  16136       FJ951615, EU428195  
                           
        D5b  456  681  1048  5153  15724               Kong 2006, Metspalu 2006
                           
          D5b1  6253               AY255169 Kong 2006
                         
            D5b1a  13437             AP010708 Kong 2006
                         
              D5b1a1  16167           AP008674, AP011040  
                           
            D5b1b  3759             AP011041, AP008260 Kong 2006
                         
              D5b1b1  2416  7220  16216         AP008771, AP008345 Kong 2006
                         
            D5b1c  12666C             AY255169, GQ119025 Tabbada 2010, Hill 2007 ("D5d")
                         
          D5b2  281  983  5539  6146  9377  13614  13617  15769C  16176  16292G  16300   AP008289 Kong 2006
                         
      D5c  151  152  4200T  4216  14927  15622  16190           EU007893 Kong 2006, Metspalu 2006, Volodko 2008
                         
        D5c1  146  182  217  3546  13105  16223!  16390           EU482335, AP008519  
                           
    D6  709  1719  3714  12654                   Kong 2006, Metspalu 2006, Tanaka 2004
                           
      D6a  16274                   GQ119022  
                           
        D6a1  6701  7424  7879  13194             AP011006, AP008865  
                           
      D6c  152  5441T  8389  8521  16311               GQ119042, AY255151 Tabbada 2010