PhyloTree.org - mtDNA subtree D
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394. doi:10.1002/humu.20921
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS. Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base].
In case of a transversion the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase.
Insertions are indicated by a dot (.) following the respective position number, deletions by the letter "d" following the position number(s) involved.
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc.
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, 16182C, 16183C, 16193.1C(C) and 16519 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
A compendium of phylogeny-related mtDNA papers considered is available here.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                Example accessions  
D  C5178a  T16362C                             
                               
  D4  G3010A  C8414T  C14668T                        JQ704974 JN375993  
                               
    D1  C2092T  T16325C                        JN253391 EU095232  
                               
      D1a  G5821A                         
                               
        D1a1  T57g  G263A  T15313C  T15719C  T16189C!                EU095233 EU095234  
                               
        D1a2  (C114T)  (G143A)  A10816t  G11914A!  C13059T  T15514C              AF346984 EU095237  
                               
      D1b  T3335C  C6314T  A14047G  G14364A                  DQ282479 DQ282484  
                               
      D1c  A8674G  A15805G                      HQ012249 DQ282477  
                               
      D1d  A4790G  T12414C                       
                               
        D1d1  G14569A                      HQ012255 DQ282480  
                               
        D1d2  G5147A  T16093C                    HQ012245 NA19716  
                               
      D1e  T146C!  G3316A  A11248G                    EU597510 EU095236  
                               
      D1f  C16142T                        EU095536  
                               
        D1f1  C10874T  C16179T  C16295T  A16497G                EU095235 EU095240  
                               
        D1f2  T152C!  G3834A                    JQ702137 HG01441  
                               
           T16189C!                      EU431089  
                                 
          D1f3  (G5460A)  G10644A                  JQ701868 HQ012257  
                               
      D1g  A8116G  C16187T!                      JN253393  
                               
        D1g1  T146C!  T152C!  T8433C  A14027t  G16390A                 
                               
          D1g1a  T14470C                    JN253395 JN253394  
                               
          D1g1b  C16245T                    JN253399 JN253400  
                               
           T16189C!                       
                                 
          D1g2  G143A  A15769G                  JN253401  
                               
            D1g2a  G709A  G8557A  G15930A  C16325T!            JN253404 JN253405  
                               
          D1g5  T55C  A56G  G499A  A3505G  T10595C  A14693G  T16209C          JN253415 JN253414  
                               
        D1g3  T2885C!                      JN253409 JN253407  
                               
        D1g4  C151T  T204C  T245C  G6179A  C9419T  A9545G  G11914A!  A15924G  C16290T          JN253411 JN253410  
                               
        D1g6  C150T  T199C  A374G  960.1C  G7340A  T16178C              JN253418 JN253417  
                               
      D1h  T16093C  G16274A                       
                               
        D1h1  T204C  T7861C  T13635C                  HQ012251 NA19661  
                               
        D1h2  A3349G  A3402G  C16239T  C16260T                HQ012258 NA19728  
                               
      D1i  G417A  A12280G                      DQ282487  
                               
        D1i1  A1943G  A3828G  T8277C                  NA19747 HQ012247  
                               
        D1i2  A551G  G709A  A11314G  C15877a  T16368C                NA19741 HQ012246  
                               
      D1j  T152C!  C16242T  T16311C!                    JN253419 JN253420  
                               
        D1j1  C15868T                      JN253422 JN253421  
                               
          D1j1a  A4212G  T5004C  A15644G                JN253423 JN253424  
                               
            D1j1a1  A5325t                  JN253431 JN253430  
                               
            D1j1a2  106-111d  T212C  T6392C  G15326A            JN253434 JN253435  
                               
      D1k  G13368A                        DQ282483 NA19755  
                               
      D1m  T4823C  T8548C  A10754G  A16316G                  JQ704599 HQ012256  
                               
      D1n  A9180G                        JQ703865 DQ282482  
                               
    D4a  T152C!  C3206T  T8473C  T14979C  G16129A!                    KF849929  
                               
      D4a1  T10410C                        AP009430 AP008444  
                               
        D4a1a  G5261A                      AP010710  
                               
          D4a1a1  G15314A                    AP010723 AP008745  
                               
            D4a1a1a  A15757G                  AP010669 AP008398  
                               
        D4a1b  A13651G                      AP008314 AP010760  
                               
          D4a1b1  A16309G                    AP010762 AP008334  
                               
        D4a1c  A7822G                      AP008312 AP008449  
                               
        D4a1d  C16286T                      AP008871 AP008805  
                               
        D4a1e  A7364G  C16256T                    AP008614 JF824827  
                               
        D4a1f  T4313C                      AP010737  
                               
          D4a1f1  A14467G                    AP013245 JQ702207  
                               
        D4a1g  C5459T                      JF824972 FJ951517  
                               
        D4a1h  A14053G                      AP008497 AP013113  
                               
      D4a2  T12957C                        AP013248 AP008765  
                               
        D4a2a  G3531A  A8296G  A10005G                  AP011008 AP008839  
                               
        D4a2b  G6285A                      AP013286 AP010663  
                               
      D4a3  A5466G  T16249C                       
                               
        D4a3a  T15412C                      AP008862 JF271009  
                               
        D4a3b  G7912A                      KF849918  
                               
          D4a3b1  T10601C  T15440C  C16266T                AP011047 AP009445  
                               
          D4a3b2  T1520C  A13834G  T16311C!                JF824944 AY255160  
                               
         C16294T                        AP008582  
                                 
        D4a4  C469g  T4248C  A8659G  A9109G                  AP008888 DQ112864  
                               
      D4a5  T12468C  A15758G                      FJ748716 JX289096  
                               
    D4b  G8020A                           
                               
      D4b1  C10181T  T15440C  A15951G  G16319A                   
                               
        D4b1a  A14927G                       
                               
          D4b1a1  T152C!  A2246G  T8450C  A13827G  A14091G  G15217A  A15805G          AP008876 AP010720  
                               
            D4b1a1a  T14180C                  AP008332 AP008767  
                               
          D4b1a2  A6881G  C14815T                  EU482305  
                               
            D4b1a2a  C13720T                  FJ951581 NA18535  
                               
              D4b1a2a1  C16173T                EU007895 FJ951490  
                               
              D4b1a2a2  T4592C  A15244G              EU482385 FJ951487  
                               
        D4b1b'd  C16287T                       
                               
          D4b1b  C431T  C6689T                   
                               
            D4b1b1  T4859C  C6410T                AP008254  
                               
              D4b1b1a  T10084C  A16399G              AP008440 AP008410  
                               
                D4b1b1a1  A12172G              AP008476 AP011029  
                               
            D4b1b2  8281-8289d  G14560c                AP008708 AY255165  
                               
          D4b1d  T152C!  A6578G  T11116C  T11992C  C15370T  A16158G  A16284G  C16362T!        HM030519 NA18789  
                               
        D4b1c  T239C  A297G  G951A                    JQ703736  
                               
          D3  C722T  T4023C  T6374C  C9785T                EU482316 EF153800  
                               
      D4b2  A1382c  C8964T  T9824a                    AP011004  
                               
        D4b2a  A15524G                      AP008434  
                               
          D4b2a1  C280T  G13708A  C16355T                AP008286 AP008502  
                               
          D4b2a2  G8251A  C10104T                  AP013190  
                               
            D4b2a2a  T14287C  T16189C!                AP008703 AP008463  
                               
              D4b2a2a1  T199C                AP008287 AP008868  
                               
              D4b2a2a2  G3591A                AP013213 AP008303  
                               
            D4b2a2b  C6005T                  AP010697 AP008804  
                               
        D4b2b  (C194T)  C9296T                    AP008757 NA18702  
                               
          D4b2b1  A14605G                    AP008264 AF346989  
                               
            D4b2b1a  A15244G                  AP008467 AP008523  
                               
            D4b2b1b  C3696T  A8812G                AP008333 AP008302  
                               
            D4b2b1c  T6176C                  AP013251 NA19070  
                               
               T146C!                  AP008292 AP008361  
                                 
              D4b2b1d  T4117C                AP013158 EU597488  
                               
          D4b2b2  A12358G                    KF849955  
                               
            D4b2b2a  C150T                  JF824962  
                               
              D4b2b2a1  C14867T                AP008457 AP008684  
                               
            D4b2b2b  A8577G  T16172C  T16223C              HM030530 NA18647  
                               
            D4b2b2c  G13707A  T16189C!  T16356C              NA18739 FJ951498  
                               
          D4b2b3  T4209C  G10373A  T14325C  C15331a              AP013111 AP008579  
                               
          D4b2b4  C150T  T15001C                  FJ383213 FJ493502  
                               
          D4b2b5  T279C                    FJ951535 FJ951470  
                               
          D4b2b6  A1978G  T13182C  C15832T                NA18145 NA18625  
                               
          D4b2b7  G13590A  A15896G  T16209C  C16266T              JQ704956 HG00625  
                               
        D4b2d  T6407C  C7816T  T13174C  C13239T  C16287T                FJ951514 FJ951541  
                               
    D4c  C16245T                           
                               
      D4c1  C2766T  T16223C                       
                               
        D4c1a  191.1A  C194T  T199C  G207A  G3391A  G9755A              AP008633 AP010983  
                               
          D4c1a1  G9477A                    AP009433 AP008431  
                               
        D4c1b  A856G  T16224C  C16292T                  AP008251  
                               
          D4c1b1  T146C!  A14692G  C16223T!                AP008494 AP010830  
                               
          D4c1b2  T14063C                    AP013273 AP008609  
                               
      D4c2  T8383C  C9431T                       
                               
        D4c2a  T4233C  C15391a  T16311C!  T16368C                HM776716 FJ951494  
                               
        D4c2b  C534T  G1462A                    FJ858889 FJ951602  
                               
        D4c2c  T8419C                      AP008348 AP010711  
                               
    D4d  T3593C  A5539G  A6503c  G7757A  T9938C  C12085T  T13879C  G16319A              AP008628  
                               
    D4e  C11215T                           
                               
      D4e1'3  C9536T                         
                               
        D4e1  G3316A  (T16092C)                    NA17981  
                               
          D4e1a  G94A  T5964C  T14470C  A15924G                AP008789  
                               
            D4e1a1  C194T  T16093C  C16176T              AP008275 AP008624  
                               
            D4e1a2  A214G                  FJ383207  
                               
              D4e1a2a  T334C  G4959A  T9495C            AP008772 AP008637  
                               
            D4e1a3  T8119C                  NA18685 HM357813  
                               
          D4e1c  G14207A                    HQ012262 HQ012261  
                               
          D2  C8703T  G16129A!                   
                               
            D2a'b  C7493T  T16271C                 
                               
              D2a  A11959G                EU660536  
                               
                D2a1  A9667G              EU725621  
                               
                  D2a1a  C8910a            EU660538 EU660570  
                               
                  D2a1b  C16111T  C16366T          EU660553 AF347010  
                               
                D2a2  G4991A              EU482339 EU007835  
                               
              D2b  T195C!  A9181G               
                               
                D2b1  C1106T              JF824877 FJ951588  
                               
                  D2b1a  T5004C            EF153796 EU095541  
                               
                D2b2  T10084C  A15836G            EU095542 FJ951520  
                               
            D2c  T310C  C9042T  G10586A  T12468C            FJ951506  
                               
        D4e3  G13135A  T14857C                    FJ383174 JF824823  
                               
      D4e2  A15874G                        AP008380 AP008896  
                               
        D4e2a  573.XC  A13716G                    AP008834 AP010982  
                               
        D4e2b  A8149G                      AP008352 AP008557  
                               
        D4e2c  A14053G                      AP010667 AP008825  
                               
        D4e2d  A11764G                      AP008530 AP010990  
                               
      D4e4  A1935G  G14905A                      FJ383176  
                               
        D4e4a  A8683G                      FJ951569  
                               
          D4e4a1  T310C  T453a  T16189C!                FJ858880 FJ951564  
                               
        D4e4b  G10310A  C12882T                    GU122981 FJ951616  
                               
      D4e5  T5021C  G15106A  T15184C  G16274A                   
                               
        D4e5a  T152C!  573.XC  A14755G                  AP008739 FJ951450  
                               
        D4e5b  G14384A  C16291T                    FJ858882 NA18108  
                               
    D4f  T7270C                          EU007883  
                               
      D4f1  G2706A  C4538T  G8764A  T11255C                  AP008458 AP011012  
                               
    D4g  A13104G                           
                               
      D4g1  573.XC  A4343G  G8701A  C15518T  C16278T!                  AP008652 AP010677  
                               
        D4g1a  T3394C  A13887G                    AP008544 AP008272  
                               
        D4g1b  C9004T  A13512G                    AP008542 AP010985  
                               
        D4g1c  G709A                      AP008560 AP008849  
                               
      D4g2  C298T  G5231A                      JF896799  
                               
        D4g2a  C4394T  G16274A                    AP008422  
                               
          D4g2a1  C11059T                    FJ951522 FJ951578  
                               
            D4g2a1a  T195C!  A546G  G8994A  A14793G  T16223C            AP008447 AP008267  
                               
            D4g2a1b  C459d  T5081C  C6164T              HM357822 GU392078  
                               
            D4g2a1c  C12966a                  KF849965 FJ383179  
                               
        D4g2b  A4131G                      FJ951468  
                               
          D4g2b1  G13359A                    HM776717  
                               
            D4g2b1a  T195C!  G263A  T504C  G5460A  T6719C  T9386C          AP008408 AP010831  
                               
    D4h  T3336C  T3644C  T5048C                       
                               
      D4h1  C16174T                         
                               
        D4h1a  T146C!  A183G  T12396C                   
                               
          D4h1a1  G12372A  A16497G                  AP008524 AP008416  
                               
          D4h1a2  A827G  C1009T  G6962A  T13819C                AP008730 AP013233  
                               
        D4h1b  A11092G  G13708A                    JF271012 AP008551  
                               
        D4h1c  T152C!  C7181T  A7673G  C13914a  T16311C!                KC733262  
                               
          D4h1c1  T14470C  A16317G                  AP009422 AP013218  
                               
        D4h1d  G5262A  G8387A  A10042G  C16167T  T16172C  C16287T              FJ951534 NA18765  
                               
      D4h2  T961C  G8269A  T13879C  A15236G  C16278T!  T16325C                EU828638  
                               
      D4h3  T152C!  G13135A  C16301T  T16342C                   
                               
        D4h3a  T3396C  C4025T  G6285A  A8946G  C9458T  A16241G              FJ168754 EU095531  
                               
          D4h3a1  T5442C  A12990G                  FJ168713  
                               
            D4h3a1a  G930A  G1719A                 
                               
              D4h3a1a1  T146C!  T11701C              FJ168717 FJ168715  
                               
              D4h3a1a2  G11914A!                FJ168722 FJ168720  
                               
          D4h3a2  573.XC  C10733T                  FJ168727 FJ168724  
                               
          D4h3a3  G71d                    FJ168728  
                               
            D4h3a3a  A533G                  FJ168731 FJ168729  
                               
          D4h3a4  G4959A  C9851T  C16294T                FJ168736 FJ168737  
                               
          D4h3a5  T16301C!                    FJ168739 FJ168738  
                               
          D4h3a6  G143A  T4363C  C16185T  A16463G              FJ168744 FJ168743  
                               
             C152T!!                    FJ168745  
                                 
            D4h3a7  G9962A                  KC998701  
                               
            D4h3a8  T11809C  C13065T  C16234g              HQ012263 FJ168746  
                               
            D4h3a9  G6023A  G14861A                FJ168747 FJ168748  
                               
        D4h3b  T990C  A1810G  T2416C  T7785C  A9046G  G11150A  G15346A  C16148T  T16249C        FJ168712  
                               
      D4h4  C15022T                        AP008782  
                               
        D4h4a  T152C!  A644G  A3558G  G10373A  T16311C!                FJ951519 FJ951484  
                               
    D4i  C16294T                          JF742200  
                               
      D4i1  G5773A  T16263C                      AP008428 AP008811  
                               
      D4i2  A4833G                        EU482308 EU007867  
                               
    D4j  G11696A                          AP008780 AY255134  
                               
      D4j1  G5262A                         
                               
        D4j1a  T7783C  T12130C  A12358G  T16086C                 
                               
          D4j1a1  T7581C  C15295T                  FJ383200 FJ951584  
                               
            D4j1a1a  T12681C                  FJ383194 FJ383189  
                               
            D4j1a1b  A7980c                  FJ383225 FJ383217  
                               
          D4j1a2  T13635C  T16271C                  GQ895153 HM036553  
                               
        D4j1b  C1734T  A7055G                    FJ383177  
                               
          D4j1b2  G185A  G6852A                  FJ383199 FJ383198  
                               
      D4j2  T152C!  G5563A  G5824A  G12501A  C16291T                  FJ415605  
                               
        D4j2a  G3693A                      EU007877 EU482362  
                               
         T16311C!                         
                                 
        D4j3  C16184T                      AP011035  
                               
          D4j3a  G1709A                    HM044855 EF114278  
                               
            D4j3a1  T13656C  T15139C  A16525G              NA18959 AP010988  
                               
        D4j11  C11218T  G12630A                    FJ951501 AP010987  
                               
      D4j4  T10245C                        EU482369 FJ858887  
                               
        D4j4a  T16263C                      HM044856 FJ858888  
                               
      D4j5  A7445c  C13086T  G13368A  A14128G                  FJ951458 EU482325  
                               
         T146C!                         
                                 
        D4j6  G7805A                      FJ383181 FJ951507  
                               
        D4j13  T485C  G4655A  T5075C                  KF056276 GU123036  
                               
      D4j7  A9578G  T13753C  C16082T                    EU482377  
                               
        D4j7a  C8434T  T14000a                    FJ951492 FJ951537  
                               
      D4j8  C16174T                        EU482337 FJ951456  
                               
      D4j9  C13573a                        FJ951555 FJ951536  
                               
      D4j10  T14488C                        EU482379 FJ951488  
                               
      D4j12  A7353G  C8273T  T15470C                    FJ951553 NA20524  
                               
      D4j14  T16231C                        AP013278 AP008611  
                               
      D4j15  C15529a                        KF849898 HG00578  
                               
      D4j16  A6752G  G12771A                      JQ657729 KF849900  
                               
       T195C!                           
                                 
      D4k  C12092a  C16362T!                      DQ272107 AP008390  
                               
      D4o  G10646A  C16290T                      FJ951500  
                               
        D4o1  T9833C  T13500C  A16183G  G16274A  G16319A              EU482383  
                               
          D4o1a  T2330C                    AP008819 FJ951483  
                               
        D4o2  T9077C  T13812C  T16093C                  FJ951551  
                               
          D4o2a  C16232T                    DQ272113 FJ951556  
                               
            D4o2a1  G185A  A533G                JF824814 EU482366  
                               
      D4p  C198T  G15106A                      FJ951448 FJ147319  
                               
        D4p1  A2178G                      AP008424 AP010973  
                               
    D4l  G10427A  T16368C                         
                               
      D4l1  C1310T                        FJ951528  
                               
        D4l1a  T3535C  G16145A                    AP013232 AP008778  
                               
      D4l2  G73A  T125C  T127C                       
                               
        D4l2a  A13651G                      FJ951570 EU482319  
                               
        D4l2b  T318C  T8503C                    KF849897 FJ748734  
                               
    D4m  T8762C  G12651c                         
                               
      D4m1  A1148G  T6620C  A9667G  C12088T  T16223C  G16244A                AP008321 AP008432  
                               
      D4m2  A1222G  G1719A  A3492G  G16042A                  FJ951565 EU007866  
                               
    D4n  G3421A  C16355a                        AP010765 AP009469  
                               
      D4n1  A15924G                        AP008810  
                               
        D4n1a  G951A                      AP008754 AP013290  
                               
      D4n2  T195C!  A6704G                      FJ951554 JF824981  
                               
    D4q  A200G  C16256T  T16311C!                      FJ383210  
                               
      D4q1  T16140C                        FJ383234  
                               
        D4q1a  T4973C  A15791G                    FJ383220 FJ383219  
                               
    D4s  T199C  A813G  A12662G                      FJ748738 EU007863  
                               
    D4t  G263A  A15901G                        JF824902 AP009462  
                               
     T16189C!                             
                                 
    D5  C150T  T1107C  A5301G  A10397G                       
                               
      D5a'b  A9180G                         
                               
        D5a  C752T  T11944C  A12026G                   
                               
          D5a1  G68A  C309d  G3496t  G13708A  G16390A              AP008250 AP008315  
                               
            D5a1a  T6185C                   
                               
              D5a1a1  T14371C                AP008409 AP008437  
                               
              D5a1a2  G3337A                AP008619 AP011034  
                               
          D5a2  G1438A  T16172C                  FJ383201  
                               
            D5a2a  C16266T                  FJ951467  
                               
                 T16092C                 
                                 
                D5a2a1  A16164G              AY570525 HM460795  
                               
                     C16172T!            FJ383180 HG00628  
                                 
                    D5a2a1a  44.1C  C1310T  A13278G      AP011023 AP010743  
                               
                      D5a2a1a1  T16102C        AP009424 FJ951453  
                               
                        D5a2a1a1a  G10589A      AP008536 AP013256  
                               
                      D5a2a1a2  A8071G        AP008854 AP013197  
                               
                  D5a2a1b  C3528T            FJ383195 AY255162  
                               
                D5a2a2  A8479G              EU482309 EU597530  
                               
            D5a2b  T13356C                  KF849928 KF056266  
                               
          D5a3  C16360T                    FJ951589  
                               
            D5a3a  G13759A                  NA17962  
                               
              D5a3a1  A3702G                JF824991  
                               
                D5a3a1a  G8838A  T16126C  T16136C          FJ951615 AY570524  
                               
        D5b  C456T  T681C  C1048T  A5153G  A15724G                 
                               
          D5b1  T6253C                    JN580302  
                               
            D5b1a  T13437C                  AP010708  
                               
              D5b1a1  C16167T                AP008674 AP011040  
                               
            D5b1b  A3759G                  AP011041 AP008375  
                               
              D5b1b1  T2416C  T7220C  A16216G            AP008771 AP008345  
                               
            D5b1c  A12666c                  AY255169  
                               
              D5b1c1  T152C!  G185A  5899.1C  T15470C  C16148T          JF824949  
                               
                D5b1c1a  A4203G  G15724A!            KC994014 GQ119025  
                               
            D5b1d  T146C!  G4048A  T10810C!              NA18576 NA18767  
                               
          D5b2  A281G  C983T  A5539G  A6146G  A9377G  A13614G  T13617C  A15769c  C16176T  C16292g  A16300G  AP008289  
                               
      D5c  C151T  T152C!  A4200t  T4216C  A14927G  T15622C  C16190T               
                               
        D5c1  T146C!  C3546T  A13105G!  G16390A                NA18605  
                               
          D5c1a  C182T!!  T217C  T16223C                AP008519 EU482335  
                               
           T16311C!                      EU007893  
                                 
          D5c2  A7129G  C7669T  C8580T  A12810G  C13984T  G15737A  A16316G          HM460797 NA18113  
                               
    D6  G709A  G1719A  A3714G  A12654G  T16311C!                     
                               
      D6a  G16274A                         
                               
        D6a1  A6701G  A7424G  A7879G  G13194A  C16311T!!              AP011006 JN866825  
                               
          D6a1a  G8020A                    JF824913 AP011054  
                               
        D6a2  T961C  T4679C  T4937C  T14530C  G16129A!  C16189T!!  A16317G            GQ119022 KC993902  
                               
      D6c  T152C!  A5441t  A8389G  A8521G                    AY255151  
                               
        D6c1  T14371C                      GQ119040 GQ119042  
                               
          D6c1a  T10007C  A15662G                  KC994157 KC994145