- mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree R9
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                            Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                        
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                             
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                 
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                   
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                 
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                           
          L3  A769G  A1018G  C16311T                           
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                     
              R  T12705C  T16223C                         
                R0  G73A  A11719G                       
                  HV  T14766C                       
                    H  G2706A  T7028C                   
                      H2  G1438A                   
                        H2a  G4769A                 
                          H2a2  G750A               
                            H2a2a  G8860A  G15326A           
                              H2a2a1  G263A            rCRS
                R9  C3970T  G13928c  T16304C                     
                  R9b  T1541C                        KC505122
                    R9b1  T12714C  A16309G  G16390A                  KF849983
                      R9b1a  A183G  C16192T                 
                        R9b1a1  G143A  C4017T  C7849T              GU733737
                          R9b1a1a  T16288C                DQ981466 DQ981472
                        R9b1a2  C10736T                  KF541026
                          R9b1a2a  A12172G  G16145A  T16243C            DQ981471 FJ147308
                          R9b1a2b  T6620C                JN580298 KF540702
                        R9b1a3  C3204T  G3316A  T6815C              DQ981469 JF824932
                      R9b1b  C2322a  T16124C  C16148T                DQ981470 EF114273
                    R9b2  G3666A  A6647G  A8724G  T11299C  C11422T  T13191C  A13722G  G15314A  G15883A  T16362C      GU810062 DQ981475
                  R9c  T7861C  A11002G  T15479C                    JN857032
                    R9c1  T16157C                     
                      R9c1a  A249d  G951A  G6446A  A8440G  C11308T  C14227T  G15734A  C16256T  A16335G        GQ119010 KC994068
                        R9c1a1  G1462A                  HQ700872 KF540867
                        R9c1a2  C11197T                  KF541011 KF540625
                        R9c1a3  C12123T                  JF739535 JF739539
                      R9c1b  G12618A                   
                        R9c1b1  C151T  A479G  T7684C              JX289135 HG00407
                        R9c1b2  A7299G  G12406A                KF540813 KC994001
                  F  A249d  T6392C  G10310A                   
                    F1  G6962A  T10609C  G12406A  C12882T               
                      F1a'c'f  G9053A  G13759A  G16129A!               
                        F1a  C4086T  T16172C                NA17963
                          F1a1'4  G9548A               
                            F1a1  A16162G              AP008906 AP008667
                              F1a1a  A8149G  C16108T          HM357817 AY255175
                                F1a1a1  C11215T          AY963572 AY195791
                              F1a1b  C64T  A14002G          AP008347 AP008279
                              F1a1c  C548T  C10211T          NA18620 HM357820
                                F1a1c1  T195C!  G3666A  A10283G  T16224C    GU810005 GU810022
                                F1a1c2  G15314A  T15629C        AP008475 NA19078
                                F1a1c3  G2706A  A6098G        NA18606 NA18569
                              F1a1d  A11380G  A16399G          GQ119028 KF849953
                                F1a1d1  A10042G  G14305A        HM238209 HM238211
                            F1a4  T15445C             
                              F1a4a  T152C!  G5985A  T16362C        NA18132
                                F1a4a1  T8277C  A13422G  C16294T      KC994022 HM238204
                              F1a4b  T466C  G8251A          JF824826 KC733251
                          F1a2  T10034C  A16129G!!              FJ748725
                            F1a2a  C16465T              KF849920 DQ272124
                          F1a3  T15565C               
                               T16311C!              KF540917
                              F1a3a  G9554A  T9944C  A13748G        JF739536 KC993954
                                F1a3a1  A16129G!!  G16390A        KF540654
                                  F1a3a1a  T8705C  A16284G      AP008701 AP008679
                                F1a3a2  C150T  C4011T  T16189C!      KC994062 HM238199
                                F1a3a3  C15452T          KC994075 HM238205
                                  F1a3a3a  G14323A        KF540619 KF541018
                            F1a3b  G53A  G54c  T318C  A8718G  C13044T        NA17977 KF540845
                        F1c  G709A  T10454C                AP010738
                          F1c1  T152C!  A6599G              AP008616
                            F1c1a  C16111T             
                              F1c1a1  C16266T            AY255177
                                F1c1a1a  T9647C          KF056261 FJ748754
                                F1c1a1b  T8772C          KF849932 HG00472
                              F1c1a2  G1927A            FJ748720 JX462682
                        F1f  A4715G  T6515C  G12771A              AP012346 JF824974
                        F1b  T152C!  C10976T  C12633T  G14476A  C16232a  T16249C  T16311C!       
                          F1b1  A4732G  G5147A             
                            F1b1a  G16129A!  C16344T            AP008498 NA19059
                              F1b1a1  A15954G            AP008591
                                F1b1a1a  C5049T          AP008421
                                  F1b1a1a1  T4705C        AP008919 AP010731
                                    F1b1a1a1a  C14103a      AP009474 AP008820
                                  F1b1a1a2  A9389G        AP010754 AP008490
                                  F1b1a1a3  A15193G        AP013115 AP008864
                              F1b1a2  C14629T            AP008577 AP010975
                            F1b1b  T204C  T8772C  T16172C          DQ272125 HM852871
                            F1b1c  T5508C  T10235C  T12633C!  C16311T!!        FJ198216 KF849982
                               C152T!!              HM036531 HQ108344
                              F1b1d  A153G  C15459T          AP013215 AP008446
                              F1b1e  G1709t  T8104C          HQ405768
                                F1b1e1  T3202C  A9007G        KF148437 KF148087
                              F1b1f  T10045C            KF148222 JF824901
                        F1d  T146C!  C1734T  T5628C  T7738C  C15402T            AP008808 HG00530
                          F1d1  G13135A                AP008328 NA18603
                        F1e  T5587C  G15024A               
                          F1e1  G12618A                HG00437
                            F1e1a  T3027C  T10007C  T13260C  C13749T  C15022T  A15496G  C16355T  AP008508 AP010837
                          F1e2  A189G  T195C!  T9078C  C11326T  T14218C  C16234T  C16242T      EU597547 GU392056
                          F1e3  C150T  A16300G              KF849952 HG00442
                        F1g  C2389T  T3398C                JN133516 JF824890
                          F1g1  T3621C                GU392087 FJ748713
                    F2  T1005C  T1824C  A7828G  T10535C  G10586A  T12338C  G13708A           
                        F2a  A16203G                  AP008692 KF849969
                             T16291C!                NA18598
                            F2a1  T10810C!              AY255168 KF540771
                        F2b  A4811G                  AY255180
                          F2b1  T16092a                NA18790 JF824880
                        F2g  A747G                  HM036555 KF849899
                      F2c  A13722G                    KF849911
                        F2c1  G11150A  T16189C!                JF824941 AP010683
                        F2c2  A761G  A5978G  C6156T  G6570t  G8152A  A14133G  C15418T  C16067T  T16271C      NA18583 NA18609
                      F2d  A235G  C1009T  C16304T!                AP013247 GU392094
                      F2e  A2281G  G3010A  A14769G                NA18629
                        F2e1  C64T  A153G  G4820A  G8020A  T8473C  C13782a  C16260T        JN857034 KF849967
                      F2f  T11339C                    AP013271 JF824818
                        F2h  G9612c  A10005G  G11696A  A14002G  G14560A  T15862C        GQ999958 FJ748736
                        F2i  T152C!  G275A  T3753C  T10084C  C11323T  T11410C  C16221T        KF849909 KF540840
                    F3  A3434G  G5585A  G5913A  A5978G  G10320A  A11065G  T16298C  C16304T!  T16362C       
                      F3a  C12621T  C16355T                  AY255167
                           G207A                  JF824855
                          F3a1  G709A  A5894G  T14971C  C16260T          KF849966 NA18759
                      F3b  G9947A  A16220c                  AP013180
                           T152C!                  AY972053
                          F3b1  C150T  C5076T  G8838A  G11065A!  T15784C  A16265G       
                            F3b1a  A6791G  T16311C!           
                                 T16093C            KC994154 GQ119009
                                F3b1a1  G16274A          KC993991 GQ119011
                              F3b1a2  C152T!!  G16265A!          GQ119015 KF540752
                            F3b1b  5899.XC  T8337C  A14133G          JF739538
                              F3b1b1  A14013G            KC994125 KC994009
                    F4  C5263T  G12630A  T15670C                 
                      F4a  T146C!  T152C!  T3290C  T10915C!  A16207G  A16399G           
                        F4a1  C12153T  T13602C  T16362C             
                          F4a1a  G207A  T7861C  A11038G  T12396C  T12408C  A16497G        AP008744 EU597565
                          F4a1b  C152T!!  C317a  G3316A  T7561C  T16126C          AP013200 AF346973
                        F4a2  A281G  T11776C  A12612G  G14016A  T15908C          NA18691 JF824892
                      F4b  573.XC  C6653T  G8020A  C8575T  T8603C  C16218T  T16311C!          NA18592
                        F4b1  A10097c                  AY289095 KF540575