- mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree N9
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                    Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                     
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                         
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T           
      L3'4'6  G4104A  A7521G                         
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                   
          L3  A769G  A1018G  C16311T                   
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!               
              R  T12705C  T16223C                 
                R0  G73A  A11719G               
                  HV  T14766C               
                    H  G2706A  T7028C           
                      H2  G1438A           
                        H2a  G4769A         
                          H2a2  G750A       
                            H2a2a  G8860A  G15326A   
                              H2a2a1  G263A    rCRS
              N9  G5417A                   
                N9a  C150T  G5231A  A12358G  G12372A  C16257a  C16261T          NA18628
                  N9a1'3  G16129A!               
                    N9a1  T4386C  G12007A  C16111T          AP008726 HM589048
                      N9a1a  A15095G            FJ748708 AY255141
                    N9a3  A4129G  T12354C  A12612G          AP008608 JN857057
                  N9a2'4'5'11  T16172C               
                    N9a2  T961C  T15067C            JN857033 AP008414
                      N9a2a  A16497G            AP008406 AP011046
                        N9a2a1  C338T  T14968C  T16304C      NA18973 AP008673
                        N9a2a2  A14148G          JN857061 AP010674
                        N9a2a3  T4688a  T5553g        NA19082 AP010995
                      N9a2c  G10685A  A13857G  C16250T        AP008630 AP008873
                      N9a2d  A3537G  G11016A          AP009434 AP008420
                    N9a4  G1664A  G16145A  C16245T         
                      N9a4a  G4820A            NA18991 AP008558
                      N9a4b  T16092C            AP008385 JF824989
                        N9a4b1  A9156G          HG00531 NA18747
                    N9a5  A3729G  G15883A  T16189C!  T16209C        AP008895 AP011045
                    N9a11  T195C!  T453a  T6092C  A9180G  G10801A  C13934T  T14581C  T16311C!  KF540744 KF540679
                  N9a6  T4856C  C16292T              HM596703
                    N9a6a  C13742T  A15080G  C16294T          AP012369 HM596644
                    N9a6b  G10530c  G14364A  T16342C          AP012413 AP012410
                  N9a7  G14016A  C16291T              AP011016 AP008400
                  N9a8  T11368C  T15090C              AP008714 JN857027
                  N9a9  T2887C                NA18563 FJ147307
                  N9a10  G12771A                GU392084
                    N9a10a  G9755A  A11968t  T16261C!         
                      N9a10a1  A9821G            NA18741 JN084084
                      N9a10a2  T9428C            HM238208
                        N9a10a2a  G5773A          KF540600 KF540605
                       T16311C!              FJ748719 KF540722
                      N9a10b  42.1G  G6899A          KF849926 HG00406
                N9b  G5147A  C10607T  G11016A  A13183G  A14893G  T16189C!         
                  N9b1  G12501A                AP010722
                    N9b1a  A9410G              AP008610 AP008464
                    N9b1b  G7830A  G16129A!  G16390A          AP008784 AP008635
                    N9b1c  G94A              AP008821 AP008666
                      N9b1c1  G207A            AP008529 AP010834
                  N9b2  C16294T                AP013239
                    N9b2a  A16309G              AP008790 AP008660
                  N9b3  G14996A                AP008474 AP008901
                  N9b4  C16187d  C16188T              HM776709 AP008620
                Y  G8392A  A10398G!  T14178C  A14693G  T16126C  T16223C  T16231C       
                  Y1  T146C!  G3834A  (C16266T)            KF540727 EF153813
                    Y1a  A7933G              EU007892
                      Y1a1  T12732C            KF148486 KF148513
                         T16189C!            KF148339 EU007855
                        Y1a2  A12397G          EF153825 KF148143
                    Y1b  A10097G  C15460T            GU123044
                      Y1b1  G15221A            AY255138 JF824832
                        Y1b1a  C9278T          JF824992 AP008534
                  Y2  T482C  G5147A  T6941C  G7859A  A14914G  A15244G  T16311C!      AP008723 EF153812
                    Y2a  T12161C              KF540560 GQ119016
                      Y2a1  T11299C            GQ119013 HM596675
                        Y2a1a  C2856T  G13135A        KC994134 KC994040
                    Y2b  C338T              AP008764 EF153798