PhyloTree.org - mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree L3
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                            Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                        
                                           
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                             
                                         
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                 
                                         
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                     
                                         
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                 
                                         
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                           
                                         
          L3  A769G  A1018G  C16311T                           
                                         
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                       
                                         
              R  T12705C  T16223C                         
                                         
                R0  G73A  A11719G                       
                                         
                  HV  T14766C                       
                                         
                    H  G2706A  T7028C                   
                                         
                      H2  G1438A                   
                                         
                        H2a  G4769A                 
                                         
                          H2a2  G750A               
                                         
                            H2a2a  G8860A  G15326A           
                                         
                              H2a2a1  G263A            rCRS
                                         
            M  T489C  C10400T  T14783C  G15043A                         
                                         
            L3a  C151T  T152C!  C12816T  (A16254G)  A16316G                       
                                         
              L3a1  T721C  C10314T  T14461C  A14851G  G15553A  T16311C!                   
                                         
                L3a1a  T151C!  C4088T                        JN655813 EF184630
                                         
                L3a1b  T195C!  C198T  C2357T  C10184T  G12618A  G13708A  A14566G                DQ341081 JN655774
                                         
                 G709A                            JN655803
                                           
                L3a2  C573T  A7364G                        NA19438
                                         
                  L3a2a  T151C!  C3996T  A13887G  T16223C                  JN655805 EU092941
                                         
            L3b'f  T15944d                             
                                         
              L3b  C3450T  G5773A  T6221C  C9449T  A10086G  A13105G!  C13914a  A15311G  A15824G  T16124C  C16278T!  T16362C         
                                         
                L3b1  G10373A                         
                                         
                  L3b1a  A11002G                        EU092726
                                         
                    L3b1a1  A11800G                      JQ705783
                                         
                      L3b1a1a  G15883A                    DQ304995 EU597490
                                         
                    L3b1a2  G9300A                      JN655827 EU935449
                                         
                    L3b1a3  A13933G  T16311C!                    FJ460529 DQ304990
                                         
                    L3b1a4  A1710c  C9605T                    FJ460536 EU092759
                                         
                    L3b1a5  T5063C                      JQ044986 EU092962
                                         
                      L3b1a5a  G5417A                    NA18865 NA18907
                                         
                       T152C!                      JN655790
                                           
                      L3b1a6  A3385G  C5255T  G8155A                EU092958 JQ045058
                                         
                       C16124T!                      EU092768
                                           
                      L3b1a7  A3441G  C5211T  A5581G  T15299C              JX666328
                                         
                        L3b1a7a  G9477A                  DQ341073 JQ044820
                                         
                      L3b1a8  C2332T  G16145A                  NA19222 NA19175
                                         
                      L3b1a9  A16051G                    JN655791 JQ045018
                                         
                        L3b1a9a  A16318G                  EU092727 EU092825
                                         
                    L3b1a10  G4659A  G7859A                    EU092897 NA19257
                                         
                    L3b1a11  A13790G  T16311C!                    DQ304991 EU092694
                                         
                  L3b1b  T152C!  A9079G  C15664T                    EU092814 DQ112738
                                         
                    L3b1b1  T217C                      EU092682 EU200761
                                         
                L3b2  C3420T  T10640C  C16527T                      JQ045029
                                         
                  L3b2a  T5250C  T16189C!                      EU092725 EU935440
                                         
                  L3b2b  G9053A  A9067G  C15550T                    NA18916 DQ112746
                                         
                L3b3  G185A  A189G  A6527G  A9007G  C13934T  T14182C  G16048A                JQ703986 NA18858
                                         
              L3f  T3396C  T4218C  T15514C  T16209C                       
                                         
                L3f1  C5601T  T9950C                       
                                         
                  L3f1a  G3693A  C4350T  C5194T  A14148G  G15106A                  EU092891
                                         
                    L3f1a1  T3197C  A12507G                    JN655809 DQ341078
                                         
                  L3f1b  A189G  (A200G)  T1822C  C7819a  A8527G  C8932T  G11440A  A14769G  T16311C!           
                                         
                       C16292T                      DQ341077 JN655783
                                           
                      L3f1b1  C16295T                    JQ044831
                                         
                        L3f1b1a  C8410T  C10070T  G16129A!              DQ305036 JQ704670
                                         
                          L3f1b1a1  A272G                JX303774 EU092857
                                         
                      L3f1b2  C7235a                    EU092805
                                         
                        L3f1b2a  T16172C  C16266a                EU935451 EU092953
                                         
                         C150T                    NA19172
                                           
                        L3f1b3  T711C  A6806G  A7158G              EU092883 NA19213
                                         
                        L3f1b4  A3505G                 
                                         
                          L3f1b4a  A13167G  T16292C!              EU092865
                                         
                            L3f1b4a1  A8799G              EU092912 EU092791
                                         
                          L3f1b4b  G15930A                JQ045093 NA18520
                                         
                          L3f1b4c  C16218T                EU092704 JQ045084
                                         
                      L3f1b5  A11582G                    GU455415 GU455422
                                         
                    L3f1b6  reserved                    
                                         
                L3f2  (745.1T)  T16311C!                       
                                         
                  L3f2a  T152C!  T15479C                      JN655784
                                         
                    L3f2a1  G5821A  C9365T  G15314A                  JN655841
                                         
                      L3f2a1a  A1842G  C16266T                  DQ341076 JN655819
                                         
                  L3f2b  374.1A  T2442C  C5342T  G11016A  T12338C  G15466A  C15658T              EU092770 EU092877
                                         
                L3f3  A189G  T318C  C959T  G4643A  A5181G  C6602T  A8158G  G8251A  G9932A  T10604C  T11770C  T15940C  C16176T  C16234T      FJ625848 JN655831
                                         
                  L3f3a  A16284G                        FJ625855 FJ625854
                                         
                  L3f3b  C16188T                        FJ625850 DQ341075
                                         
            L3c'd  T152C!  A13105G!                           
                                         
              L3c  T195C!  498.1C  T678C  C3582T  G4491A  T5393C  A7394G  T9337C  T9682C  A12373G  T14221C  T14371C  G14560A  A14587G  T16311C!  T16362C      EU092660 DQ341074
                                         
              L3d  G5147A  A7424G  T8618C  T13886C  C14284T  T16124C                    DQ112884
                                         
                L3d1'2'3'4'5'6  T921C                          EU092898
                                         
                  L3d1  T6680C                       
                                         
                    L3d1a  G4048A  C7648T  G11887A                  EU092796 NA19316
                                         
                      L3d1a1'2  G16319A                   
                                         
                        L3d1a1  G1503A                 
                                         
                          L3d1a1a  C150T  A4203G  G5471A  T10640C  T10915C!          JN655800 KC911533
                                         
                            L3d1a1a1  A3579G              KC533458 EU092932
                                         
                          L3d1a1b  T146C!  T195C!  T5162C  G9452A  C10837T  G12406A  A13884G  G15106A    EU092876 NA18867
                                         
                        L3d1a2  A15061G                  HM771228 JQ702481
                                         
                    L3d1b  G5046A                      JQ045112 EU092899
                                         
                      L3d1b1  A6272G                    DQ341072
                                         
                        L3d1b1a  A8014c                  JN214459 JN214478
                                         
                        L3d1b1b  C151T  T195C!  A3957G              EU200759 JN655823
                                         
                      L3d1b2  C150T  T4553C  T15514C                JQ702420 JQ705077
                                         
                      L3d1b3  T146C!  T14634C  G15110A                JQ045051
                                         
                        L3d1b3a  C16256T                  JX303821 JQ044814
                                         
                    L3d1c  A3203G  T9111C  A11239G  C12870T  A13542G  A16166G              EU092762 JQ044862
                                         
                      L3d1c1  A5372G  A9254G                  EU092830 JQ044824
                                         
                    L3d1d  A7765G  A9151G  (C16256T)  (T16368C)                AY195782 DQ112714
                                         
                  L3d2  C14272T  T14584C  C16111T                   
                                         
                    L3d2a  T15115C  (T16189C!)                    HM771170 DQ112713
                                         
                    L3d2b  T199C                      JQ705019 JN655793
                                         
                  L3d3  G1719A  T4688C  A15061G                   
                                         
                    L3d3a  C3498g  G8251A  A10899G  A11404G  (T16189C)  (C16278T)  (T16304C)  (T16311C)          DQ112716
                                         
                      L3d3a1  A15208G                    JX303864
                                         
                        L3d3a1a  T2416C                  EU092851 EU597526
                                         
                        L3d3a1b  G16000A                  JX303836 JX303803
                                         
                    L3d3b  T7389C                      JN655797 AF381998
                                         
                  L3d4  A189G  T195C!                      NA20296 GU455420
                                         
                    L3d4a  G1393A  A12280G                    JN655834 FJ460540
                                         
                  L3d5  A15799G  T16362C                      JN214479
                                         
                    L3d5a  A7158G  T12311C  G15930A                  NA19121 EU597500
                                         
                  L3d6  T5492C  T8473C  C8658T  G9300A  C15223T                  JQ045091 NA18864
                                         
            L3e'i'k'x  C150T  A10819G                           
                                         
              L3e  T2352C  T14212C                         
                                         
                L3e1  A189G  A200G  T6221C  C6587T  A14152G  T15670C  T15942C  C16327T              EU092827 EU092887
                                         
                  L3e1a  C16185T                       
                                         
                    L3e1a1  G185A  C8650T  T16311C!                 
                                         
                      L3e1a1a  G3438A                    EU092749 KC533483
                                         
                    L3e1a2  T152C!  T195C!  G207A  T5774a  A9254G  C11024T  G14569A  T16209C            JX303878 EU092867
                                         
                    L3e1a3  G10398A                     
                                         
                      L3e1a3a  C5255T  G7337A                  KC533488 HM771173
                                         
                      L3e1a3b  G10172A  T12438C  T16093C                NA19114 EU092960
                                         
                  L3e1b  A14926G  T16325d                     
                                         
                    L3e1b1  C16256T                      JN655794 EU092681
                                         
                    L3e1b2  G185A  G200A!  A8577G  G12192A                KC533453 JX303759
                                         
                  L3e1c  A3675G  G5460A  8289.1CCCCCTCTACCCCCTCTA  G8701A  G14323A              EU092879 EU092740
                                         
                  L3e1d  T152C!  C16176T                      HM771171
                                         
                    L3e1d1  C8703T  G9300A  T12738C                  EU092862 JX303847
                                         
                      L3e1d1a  A9327G                    EU092693 JX303886
                                         
                  L3e1e  T10370C                        JQ045096 NA19391
                                         
                    L3e1e1  T14571a                      EU092915 AF346980
                                         
                    L3e1e2  G73A  G90A  G97A  106-111d  A4562G  T9098C              HG01170 DQ282507
                                         
                  L3e1f  8281-8289d                      JQ704728
                                         
                    L3e1f1  T16189C!                      HM771135
                                         
                      L3e1f1a  A4395G  C16260T                  HM771172 KC533470
                                         
                    L3e1f2  T195C!  G207A  G4219A  G7805A                  JN214448 JQ705521
                                         
                  L3e1g  G1442A  A4844G  A5498G  T5618C  T8093C  T10490C  T11318C  T12215C  T16172C  A16399G          JQ044847 JQ045070
                                         
                L3e2  T195C!  G14905A  C16320T                     
                                         
                  L3e2a  T4823C  A13105G!  G14869A                    EU092769 NA19707
                                         
                    L3e2a1  C198T                     
                                         
                      L3e2a1a  A1737G  C3852T  C7196T  A15924G              DQ305026 DQ305027
                                         
                      L3e2a1b  T6413C                    DQ305029 JQ702533
                                         
                        L3e2a1b1  A16399G                  DQ305031 JQ044801
                                         
                        L3e2a1b2  A15076G  T16311C!                HM771176 HM771175
                                         
                        L3e2a1b3  A14750G                  DQ305025 HG01456
                                         
                    L3e2a2  T10335C                      JQ045092 EU092926
                                         
                    L3e2a3  A5102G  T12414C                    EU092729
                                         
                  L3e2b  T16172C  T16189C!                      DQ341071 HM771122
                                         
                    L3e2b1  A9377G                      DQ305022
                                         
                      L3e2b1a  T2483C                    JQ703138
                                         
                        L3e2b1a1  T5580C                  DQ305021 AF347015
                                         
                        L3e2b1a2  G3277A  G12406A                JX303789 JQ701829
                                         
                    L3e2b2  G11377A                      EU092784 EU092777
                                         
                       T152C!                      DQ304998 DQ305003
                                           
                      L3e2b3  A6932G                    DQ305008 DQ305009
                                         
                      L3e2b4  T10861C                    DQ305000 JN381504
                                         
                      L3e2b5  G6261A                    NA19238 JQ044972
                                         
                      L3e2b6  T146C!  C7370T                  JN655795 NA19147
                                         
                    L3e2b7  G1927A                      AF346994 EU935465
                                         
                    L3e2b8  G9196A                      DQ305019 NA19150
                                         
                L3e3'4'5  G750A                         
                                         
                  L3e3'4  G5262A                       
                                         
                    L3e3  T195C!  C2000T  T6524C  G9554A  T10667C  A10816G  A13101c  A16265t         
                                         
                      L3e3a  573.XC  A10286G  A12397G                DQ305012 JN655812
                                         
                      L3e3b  G4655A  A12248G  C13197T  A13651G  G15812A            DQ305011 DQ305010
                                         
                        L3e3b1  G6261A                  HM771231 DQ305013
                                         
                        L3e3b2  C16527T                  AF346967 HM771232
                                         
                        L3e3b3  C16465T                  JQ044850 JQ044964
                                         
                    L3e4  G3915A  A5584G  C11257T  C13749T  A16051G              EU092752
                                         
                      L3e4a  C16264T                    EU092695 NA18909
                                         
                        L3e4a1  C9490T                  JQ705320 JQ045125
                                         
                  L3e5  T398C  G8392A  A16041G                    KF358485 JN655822
                                         
                    L3e5a  G13317A                      JN214452
                                         
                      L3e5a1  A2833G                    EU092821
                                         
                        L3e5a1a  C431a                  KF358475 JN655798
                                         
                    L3e5b  T5483C                      EU092959 KF358486
                                         
                       T195C!                      JN655828
                                           
                      L3e5c  A11548G                    KF358482 KF358474
                                         
                    L3e5d  A8869G  C12591T                    FJ460533 KF358487
                                         
                    L3e5e  C15367T  A16037G                    KF358472 DQ341070
                                         
                    L3e5f  T12173C  G15734A  A16343G                  KF358481 KF358480
                                         
              L3i  T7645C                           
                                         
                L3i1  A10679G  T11260C  C13800a  G16153A                    NA19437
                                         
                  L3i1a  A15758G  (G16129A!)  (T16223C)                    JN655780 DQ112958
                                         
                  L3i1b  T2158C  C13687T                      DQ341069 EU092923
                                         
                L3i2  T152C!  A189G  A5441G  T8222C  A14818G  T15388C  C16260T  T16311C!              DQ341068 JN655814
                                         
              L3k  T152C!  A235G  C494T  G3918A  T6620g  A8649G  T9467C  G13135A  C13992T  G15314A              EU092822
                                         
                L3k1  A735G  T4313C  A9007t  G9329A  A13542G  A13862G  C16355T                JQ705310 JN655789
                                         
              L3x  G3483A  5899.XC  A6401G  T8311C  A8817G  G13708A  C16169T                 
                                         
                L3x1  T204C  G15172A  C16278T!                     
                                         
                  L3x1a  G5460A                       
                                         
                    L3x1a1  A189G  T199C  5899.XCd!                  NA19446 EF556171
                                         
                    L3x1a2  T13392C                      JN655779 JN655773
                                         
                     T16311C!                        JN655837
                                           
                    L3x1b  C16256T                      JN655782 DQ341067
                                         
                L3x2  (A200G)  A249d  C494T  A9941G  C16193T  T16195C                 
                                         
                  L3x2a  C3435T  T16223C                      EU092944 JN655776
                                         
                    L3x2a1  368.1AGAA  T6392C  A7129G  T16086C                DQ341066
                                         
                      L3x2a1a  A9180G  A13681G  A13722G                JN655829 EU092684
                                         
                  L3x2b  T650C  A9254G  A15758G  G15928A  T16243C                  EU092818 HQ675033
                                         
            L3h  T7861C  G9575A                           
                                         
              L3h1  G1719A  A4388G  C5300T  T9509C  A11590G  T16311C!                   
                                         
                L3h1a  T5492C                         
                                         
                  L3h1a1  T8047C  G8485A  C12432T  G13708A  T13926C  T14110C  C16192T  T16298C            JN655830 NA19457
                                         
                  L3h1a2  C8781a                       
                                         
                    L3h1a2a  T146C!  T4688C  T4742C  C8943T  T12175C  T12519C  A14587G  C15646T  A16399G          JN655840
                                         
                      L3h1a2a1  G12236A  C14862T                  AF347000 JN655824
                                         
                    L3h1a2b  C16270T                      JN655788 EU092753
                                         
                L3h1b  A189c  T195C!  A10044G  G14410A  C16256a                   
                                         
                  L3h1b1  A16284G                        EU092828
                                         
                    L3h1b1a  T3777C  C16179T                    EU092903 JN214458
                                         
                  L3h1b2  C151T  T152C!  T294C  A606G  T990C  A8842G  T9758C  C12882T  T13437C  G16129A!  T16362C          EU092736 GU455418
                                         
              L3h2  C150T  T195C!  T318C  A3879G  G5460A  A5813G  T5930C  G8020A  T9098C  G9380A  T9965C  G11440A  A12469G  C13080T  C13755T  C16111T  C16184T  T16304C  JN655801 DQ341080