PhyloTree.org - mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree L1
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                            Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                        
                                           
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                             
                                         
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                 
                                         
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                   
                                         
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                 
                                         
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                           
                                         
          L3  A769G  A1018G  C16311T                           
                                         
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                     
                                         
              R  T12705C  T16223C                         
                                         
                R0  G73A  A11719G                       
                                         
                  HV  T14766C                       
                                         
                    H  G2706A  T7028C                   
                                         
                      H2  G1438A                   
                                         
                        H2a  G4769A                 
                                         
                          H2a2  G750A               
                                         
                            H2a2a  G8860A  G15326A           
                                         
                              H2a2a1  G263A            rCRS
                                         
  L1  G3666A  A7055G  T7389C  T13789C  T14178C  G14560A                               
                                         
    L1b  G185t  A357G  G709A  T710C  G1438A  T1738C  T2352C  A2768G  T3308C  G3693A  C6548T  T6827C  A6989G  C7867T  A8248G  T12519C  A14769G  T15115C  T16126C  A16129G  C16264T  C16270T  (A16293G)   
                                         
      L1b1  A5036G  G5046A  T5655C  C13880a  A14203G                              DQ112737
                                         
        L1b1a  T5393C                                  JN214480
                                         
          L1b1a1'4  C16114a                               
                                         
            L1b1a1  C264T  T3396C  A16215G                         
                                         
            L1b1a4  G8790A                              JQ045107 NA20322
                                         
              L1b1a4a  G13194A                            AY195783 JQ044792
                                         
          L1b1a2  T7954C                                EU092672
                                         
            L1b1a2a  A16289G                              EU092775 EU092952
                                         
             A189G                                JN214471
                                           
            L1b1a3  G13980A                              DQ304908 JX303892
                                         
              L1b1a3a  C7915T                            DQ304914 DQ304905
                                         
                L1b1a3a1  T11254C                          DQ304906 JQ044875
                                         
              L1b1a3b  G1719A  T4216C                          JQ703036 DQ304907
                                         
            L1b1a9  G6446A                              EU092737 JQ044876
                                         
            L1b1a15  G15077A  C15103T                            NA19462
                                         
              L1b1a15a  C16355T                            NA19198 JQ705587
                                         
            L1b1a17  T15629C                              JQ704683 JQ045115
                                         
            L1b1a18  T182C!  T12609C  T12696C                          JQ705606 NA18501
                                         
          L1b1a5  C14812T                                NA20753 EU092928
                                         
          L1b1a6  G9755A  T14110C                              EU092716 JN214461
                                         
          L1b1a7  T6378C                                DQ304923
                                         
            L1b1a7a  G228A  A14053G                            DQ282505 JQ704825
                                         
          L1b1a8  A7298G                                JQ704968 JN214430
                                         
          L1b1a10  C151T                                JQ045100 JQ705832
                                         
            L1b1a10a  A15763G                              EU092893 EU092884
                                         
            L1b1a10b  T11506C                              EU092852 JX303846
                                         
          L1b1a12  G1462A  C16400T                             
                                         
            L1b1a12a  A11002G                              FJ460537 JN214463
                                         
            L1b1a12b  A7298G  T16187C                            JQ705931 EU200764
                                         
          L1b1a13  T5509C                                JN214477 FJ460522
                                         
          L1b1a14  A12512t                                JQ045114 JN214468
                                         
          L1b1a16  T185C  G14016A  G14040A                            JN214460 EU092667
                                         
      L1b2'3  C195T                                   
                                         
        L1b2  A189G  C12891T  A13893G  G14323A  C16239T                          NA19909 JQ044866
                                         
          L1b2a  T146C!  A12171G  C16111T  T16264C!                          HM771162 JN214470
                                         
        L1b3  A723G  A4562G  A7972G  C14800T                            JQ044936 JQ045038
                                         
    L1c  C151T  C186a  A189c  G316A  A2395d  A5951G  T6071C  G8027A  A9072G  G10586A  A12810G  A13485G  T14000a  C14911T  C16294T  C16360T               
                                         
      L1c1'2'4'5'6  A297G                                   
                                         
        L1c1'2'4'6  C198T  T10321C                               
                                         
          L1c1  A3796t  A3843G  A14148G  A16293G                         
                                         
            L1c1a'b'd  T11899C                             
                                         
              L1c1a  T4454a  T8087C  T14088C                        JQ705275
                                         
                   T198C!                         
                                           
                  L1c1a1  G10398A  T14034C  T16223C                   
                                         
                    L1c1a1a  44.1C  T204C  C11257T  C16214T  C16234T  T16249C             
                                         
                      L1c1a1a1  T182C!  C467T  A2308G  A5984G  A11167G  A12930t  G16274A         
                                         
                        L1c1a1a1a  G6182A  T8928C  T9311C  T15663C  G16293A!            EU273490 HM771127
                                         
                        L1c1a1a1b  C204T!  A16051G  A16258G              EU273481 EU273497
                                         
                          L1c1a1a1b1  C5300T                EU273478 EU597501
                                         
                      L1c1a1a2  G4491A  T10667C  G13194A  A16129G              EU273500 EU273484
                                         
                    L1c1a1b  C195T  T2141C  T5277C  A8769G  A9580G  G12164A  T13174C  G14040A  G15777A  A16129G  C16184T  T16360C!  EU273491
                                         
                  L1c1a2  A93G  A95c  T151C!  T236C  A2755G  T2863C  C3513T  A3927G  A4506G  A7202G  T9647C  A12768G  G16274A     
                                         
                    L1c1a2a  T4634C  A9336G  T12477C                 
                                         
                      L1c1a2a1  T7692C                    HM771217 EU273496
                                         
                      L1c1a2a2  T15289C                    HM771180 HM771164
                                         
                    L1c1a2b  C152T  A6752G  T7660C  C7693T  C9272T                EU273476 HM771137
                                         
                    L1c1a2c  A8266G  G12007A  T13879C                  HM771114 HM771113
                                         
              L1c1b'd  T16086C                           
                                         
                L1c1b  T1291C  T4688C  T5553C  C8619T  T9861C  T10084C  T12681C  A14393G  A16241G              NA19917
                                         
                  L1c1b1  A4824G  T8277C  C15025T  C16291T  G16293A!                  EU273499 HM771220
                                         
                L1c1d  G5460A  G11914A!  G15301A  C15626T  A16038G                  NA19385
                                         
                  L1c1d1  T5108C  C7948T                      FJ713601 AF346987
                                         
            L1c1c  T198C!  A249d  G6267A  G8387A  A8389G  T9233C  C11335T  T12879C  T16172C  T16187C  T16294C!              EU092717 JQ701901
                                         
          L1c2'4  5899.1C  C12049T  A13149G                           
                                         
            L1c2  G6150A  T6253C  A7076G  G7337A  A8784G  T8877C  A10792G  C10793T  A11654G  A16265c  C16286g  C16527T           
                                         
              L1c2a  T1420C  2156.1A  C15016T  T15784C                     
                                         
                L1c2a1  G16145A  G16213A                       
                                         
                  L1c2a1a  T7744C  G8251A  C13212T  T13281C  C14812T  C16071T  C16234T              AF346992 JX303855
                                         
                  L1c2a1b  T3777C  G5237A                     
                                         
                L1c2a2  G709A  G3438A  C5899.1d!  C7070T  C7160T  A7301G  G8701A  T9018C  T13437C  T16288C  T16357C  T16360C!        EU273501 EU092864
                                         
                L1c2a3  T471C  G6723A  A11329G  G14861A                    EU092848
                                         
                  L1c2a3a  A385G  C1048T  T7741C  A14127G  A16129G  T16172C                KC533467 JX303782
                                         
              L1c2b  A11164G  (T16093C)  (G16286A)                       
                                         
                L1c2b1  T10031C                         
                                         
                  L1c2b1a'b  A2220G                        DQ341059
                                         
                    L1c2b1a  T5580C  C6209T  A14071G                  HM771222
                                         
                      L1c2b1a1  A3349G  C7675T  G12771A                KC152939 JQ705864
                                         
                    L1c2b1b  T5087C  G6480A  A9108G  C12669T                  EU092849
                                         
                      L1c2b1b1  C264T  C3275g  C6173T                  JQ705650 JX303883
                                         
                  L1c2b1c  A633G  A723G  G3421A  T3777C  T5580C  A5894d  T10071C  T15672C  C16292T            EU092712 JQ702903
                                         
                L1c2b2  T8567C  A13269G  C16320T                      HM771221 EU092738
                                         
            L1c4  T151C!  T198C!  T5196C  A6629G  A7673G  A7960G  G9266A  A9545G  A13741G  T13879C  C16184T  C16301T             
                                         
              L1c4a  C280T  G1503A  G4596A  T4937C  G4959A  G5054A  A11337G  T11854C  G12940A  T14182C  T15191C  A16037G  T16093C  T16140C        EU273502 HM771117
                                         
              L1c4b  A4706G  A11002G                          JF812599 JQ703773
                                         
          L1c6  G930A  A2251G  G5231A  T14470C                          EU273489 JQ044836
                                         
        L1c5  A291t  G709A  A5390G  G7762A  T8143C  8281-8289d  T9899C  G11150A  A12425G  G12630A  G13359A  G13368A  T15449C  G15553A  T15941C  (C16114a)  C16261T  T16294C!      JX303797 JQ702617
                                         
      L1c3  C195T  T6221a  G6917A  G7055A!  C11302T  A15226G  T15905C  C15978T                       
                                         
        L1c3a  G6260A  G7498A  G7789A  G9966A  C12019T  G12501A  T16187C  A16215G                      EU092703 JX303824
                                         
          L1c3a1  A3105G                               
                                         
            L1c3a1a  T2387C  T12616C                            EU935458 EU092718
                                         
            L1c3a1b  T8668C  C16355T                            JX303871 EU092956
                                         
        L1c3b'c  C2283T  A16293G                               
                                         
          L1c3b  G8251A  C13981T  C14794T  A16163G                         
                                         
            L1c3b1  T629C  C3210T  A3434G  T4755C  C8417T  A12400G  C12542T  T16017C                    HG01378
                                         
              L1c3b1a  A11317G  G13708A  T16209C                        HG01080 EU273488
                                         
              L1c3b1b  A1686G  T2083C                          JQ702600 EU092689
                                         
            L1c3b2  T2283C!  T3096C  T6297C  A6353G  G7805A  A7844G  A14128G  G14831A  A15244G  A15924G  T16086C              NA19256 NA19163
                                         
          L1c3c  A93G  T195C!  A248G  C458T  745.1T  T3027C  C3525T  C3600T  G4853A  G11852A  T11984C  A12507G  A14669G              EU273493