PhyloTree.org - mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree JT
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                              Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                          
                                             
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                               
                                           
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                   
                                           
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                     
                                           
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                   
                                           
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                             
                                           
          L3  A769G  A1018G  C16311T                             
                                           
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                       
                                           
              R  T12705C  T16223C                           
                                           
                R0  G73A  A11719G                         
                                           
                  HV  T14766C                         
                                           
                    H  G2706A  T7028C                     
                                           
                      H2  G1438A                     
                                           
                        H2a  G4769A                   
                                           
                          H2a2  G750A                 
                                           
                            H2a2a  G8860A  G15326A             
                                           
                              H2a2a1  G263A              rCRS
                                           
                R2'JT  T4216C                           
                                           
                  JT  A11251G  C15452a  T16126C                     
                                           
                    J  C295T  T489C  A10398G!  A12612G  G13708A  C16069T               
                                           
                      J1  C462T  G3010A                   
                                           
                        J1b  G8269A  G16145A  (C16222T)  C16261T              KC911521
                                           
                          J1b1  G5460A  T13879C               
                                           
                            J1b1a  C242T  T2158C  G8557A  G12007A           
                                           
                              J1b1a1  T16172C              AY714035 JQ705093
                                           
                                J1b1a1a  C5463T  T6911C  C16192T        FJ213450 NA12282
                                           
                                J1b1a1b  T15067C            AY495233 AY495236
                                           
                                J1b1a1c  T10C            AY495231 HQ543056
                                           
                                J1b1a1d  G185A  T6345C  A7299G        JX153487 JQ705588
                                           
                                   T146C!            JQ797761
                                             
                                  J1b1a1e  T14470C          HM856621 KC911404
                                           
                              J1b1a2  T199C  T5964C  T12396C  A13308G  C16187T!       
                                           
                                J1b1a2a  G5585A  A9494G          JQ797762 HM852779
                                           
                                J1b1a2b  T4772C            JQ797763 JQ797764
                                           
                              J1b1a3  A15442G              EF660916 KC911610
                                           
                            J1b1b  C271T               
                                           
                              J1b1b1  T10410a              KC911496 JQ797765
                                           
                                J1b1b1a  A2707c  C16290T          JQ797766 EF397562
                                           
                                J1b1b1b  A5582G            JQ797769 JF939049
                                           
                                J1b1b1c  T204C  G207A  G1438A  C7747T  A10942G  C16256T    KC911590 JQ797768
                                           
                              J1b1b2  T152C!  T9083C  A16235G          JQ703656 JQ797770
                                           
                              J1b1b3  T15941C              AY714033 JX153479
                                           
                          J1b2  C1733T                  EF556169 DQ282488
                                           
                            J1b2a  A9667G  G15466A  T16136C            JQ702001 JQ797771
                                           
                          J1b3  A8460G  (A16235G)                KC911407
                                           
                            J1b3a  T16271C                HM594676 EF583177
                                           
                            J1b3b  T15530C                JQ797775
                                           
                              J1b3b1  G15172t  C15490T            KC911307 KC911461
                                           
                          J1b4  T3290C                  JQ797776
                                           
                            J1b4a  G769A!  A11084G  C16287T           
                                           
                              J1b4a1  C4013T              JN561091 KC911381
                                           
                              J1b4a2  T8222C              HQ637485 HM992836
                                           
                          J1b5  T10274C  G13145A  G16274A              JX153311
                                           
                            J1b5a  T199C  G709A  A9324G  C14455T            KC911544
                                           
                              J1b5a1  C6045a              JQ797777 JQ797778
                                           
                          J1b6  A5501G                  JQ797782
                                           
                            J1b6a  G4991A                DQ282491 JQ797781
                                           
                            J1b6b  G203c  T16189C!  T16288C            KC911401 JQ797780
                                           
                          J1b7  C150T  T266C                KC911359
                                           
                            J1b7a  T16086C                JQ797784 JQ797783
                                           
                          J1b8  T152C!  T4696C  G9932A              JQ064573 HQ914447
                                           
                          J1b9  G709A  T10601a  C16290T              JQ797779 HM852835
                                           
                        J1c  (G185A)  (G228A)  T14798C                AY495206 JQ797870
                                           
                          J1c1  T482C  T3394C                JX153672 JQ797787
                                           
                            J1c1a  A9635c  C11623T  T13899C            AY495210 FJ447985
                                           
                            J1c1b  A7184G                JQ703783 AY495202
                                           
                              J1c1b1  G5773A              EF452293 JQ703029
                                           
                                J1c1b1a  T10463C            FJ502349 JQ703825
                                           
                                  J1c1b1a1  G15617A          JQ703599 JQ705164
                                           
                              J1c1b2  T13953C  C15725T            JQ705141
                                           
                                J1c1b2a  T1005C  A13398G          JQ702981 JQ702020
                                           
                            J1c1c  C150T  G16145A              JQ704867 JQ703464
                                           
                            J1c1d  G16213A                JX154000 JX152930
                                           
                            J1c1e  T10454C  T16368C              AY495208 NA12234
                                           
                            J1c1f  A5276G  C11227T              JQ705770
                                           
                            J1c1g  T11287C                JN635301
                                           
                              J1c1g1  G8020A              JX153741 JQ797793
                                           
                            J1c1h  G9192A  C16169T              NA20787 EF660981
                                           
                          J1c2  A188G                  AY495218 EU155191
                                           
                            J1c2a  T6293C               
                                           
                              J1c2a1  A7245G  G8839A            AY495227
                                           
                                J1c2a1a  A9181G            AY495229 JX153394
                                           
                              J1c2a2  G6915A  C16256T            JX153382 DQ787109
                                           
                              J1c2a3  A4790G  G15043A            JQ702742 AY495220
                                           
                            J1c2b  T4454C                JQ704554 JQ703778
                                           
                              J1c2b1  A8853G  C13506T!  T14470C          JQ703613 JQ704710
                                           
                              J1c2b2  T15511C              JX153336 HM776018
                                           
                              J1c2b3  T5108C  A16066G  G16370A          JQ702706 JQ701968
                                           
                              J1c2b4  T16086C              JQ703567 JQ703672
                                           
                              J1c2b5  G6383A              JX153700 JX153355
                                           
                            J1c2c  (T146C!)  G10685A  T13281C  A13933G          GU949564 EF177422
                                           
                              J1c2c1  C222T              FJ449571 JQ702499
                                           
                                J1c2c1a  T3456C  G9145A  C16261a        JQ705961 GQ304746
                                           
                              J1c2c2  G8865A              JQ702741 FJ348202
                                           
                                J1c2c2a  C12020T            GU592019 HQ336424
                                           
                              J1c2c3  A12397G              EF657573
                                           
                            J1c2d  T6620C  T8868C              JQ704965 FJ499472
                                           
                            J1c2e  C16366T                JQ797812 JQ702311
                                           
                              J1c2e1  G16390A              GU123042 JX153716
                                           
                              J1c2e2  G709A  T4232C  T8404C  C16278T!          JX297168 JX401416
                                           
                            J1c2f  G9055A                JQ704432 JQ705129
                                           
                            J1c2g  T12311C  C12379T  G15119A            JQ704946 HQ260985
                                           
                            J1c2h  C222T                JQ705996 JQ701851
                                           
                            J1c2i  T5162C  T7870C  A8149G  C16147T  C16242T          JQ797821 JQ797820
                                           
                            J1c2j  C8727T  T16362C  G16390A            JQ797822 EU915479
                                           
                            J1c2k  T3866C                JQ797804 JQ705224
                                           
                            J1c2l  C7891T  C15199T  A15936t            AY495223 JQ704829
                                           
                            J1c2m  C16148T                JQ797801 KC911595
                                           
                              J1c2m1  A16235G  T16368C            JQ702724 JQ702366
                                           
                            J1c2n  A8923G                HG00377 AY339585
                                           
                              J1c2n1  T10101C  C12891T            JX153610 JX154069
                                           
                            J1c2o  A16163G                JX152877 KC257367
                                           
                            J1c2p  C11177T                AY495225 JQ797799
                                           
                            J1c2q  C8558T  A13557G              HG00258 AY495226
                                           
                              J1c2q1  G13145A              JX153505 JX153326
                                           
                            J1c2r  A11002G  A13032G  T14325C  C16186T          FJ190383 JQ797819
                                           
                            J1c2s  G11016A                JX153398
                                           
                              J1c2s1  C114T  A7364G            FJ499471 JQ703785
                                           
                            J1c2t  A15947G                JQ705054 HG00235
                                           
                          J1c3  C13934T                  JQ702691 JQ797823
                                           
                            J1c3a  G9548A               
                                           
                              J1c3a1  T7711C              AY495211 JQ702646
                                           
                              J1c3a2  T9836C              JQ703792 AY495213
                                           
                            J1c3b  C15367T                JQ048704
                                           
                              J1c3b1  G5237A              JQ705447 HQ696458
                                           
                                J1c3b1a  G6261A            FJ445407 JQ705472
                                           
                              J1c3b2  A4829G              HM026752 HG00103
                                           
                            J1c3c  G2706A  C16222T              NA12044
                                           
                              J1c3c1  C8847T              HQ709168 JQ702395
                                           
                              J1c3c2  T10227C              JQ703602 JQ702727
                                           
                            J1c3d  A1811G                AY495201 AY495207
                                           
                            J1c3e  G16390A               
                                           
                              J1c3e1  G13145A  A14296G            JQ705868 JQ703895
                                           
                              J1c3e2  G8865A              JQ705308 NA20785
                                           
                            J1c3f  T12477C  T16063C              JQ797828 JQ701854
                                           
                            J1c3g  G9755A                JQ705212 JF703252
                                           
                            J1c3h  A8659G                DQ523659 JQ797837
                                           
                            J1c3i  T5442C  A15758G              JQ703753 AY495214
                                           
                            J1c3j  A12358G  T16311C!              FJ603099 JQ701961
                                           
                            J1c3k  C10497T                JQ797826 JQ702912
                                           
                               A189G                HG00334 JQ702063
                                             
                              J1c3m  C16114T  G16145A            JQ797836 JX153002
                                           
                          J1c4  A9632G  T12083g                AY495197 FJ538285
                                           
                            J1c4b  A9120G                JQ703916 GU808335
                                           
                            J1c4c  C16278T!                JQ705439 JQ705633
                                           
                          J1c5  A5198G                  HG00120 AY495199
                                           
                            J1c5a  T2387C  C10192T              JQ703803
                                           
                              J1c5a1  A10598G              HQ287874 JQ704736
                                           
                            J1c5b  A8596G  C10334T              JQ703604 JQ703639
                                           
                            J1c5c  G3531A  C8734a              JQ704816
                                           
                              J1c5c1  A3721G  G8994A  A16300G          JX297129 JX297126
                                           
                            J1c5d  T4688C  A13434G              HQ287873 AY495204
                                           
                            J1c5e  T15916C  (A16309G)              JQ797844 DQ112826
                                           
                            J1c5f  T11087C  A15924G  (T16311C!)            EF657710
                                           
                          J1c6  C4025T                  AY495209 JQ703919
                                           
                            J1c6a  A2969G  T3398C  T10410C  G12561A  C15913T          EU073970 JX297170
                                           
                             C16261T                  FJ348153 JQ705489
                                             
                            J1c7  C6554T  G12127A  (T16092C)            JQ797855 JQ703682
                                           
                              J1c7a  C6464a  A13681G            JQ703932 JQ797859
                                           
                               A189G                JN415478
                                             
                              J1c12  T789C              EU284668 FJ348222
                                           
                                J1c12a  G4084A            JQ703516 JQ704581
                                           
                                J1c12b  T13581C            JQ702088 JQ702208
                                           
                              J1c13  T204C  G6249A  T9219g  C11503T          JQ703584 JQ702609
                                           
                            J1c14  T195C!  G4491A  C8940T  A9120G  G16274A  C16355T        JQ705811 JQ705891
                                           
                          J1c8  G10398A!!                 
                                           
                            J1c8a  T10084C  G16319A              JQ797868 JN635299
                                           
                              J1c8a1  A9052G  A16265G            JQ702049 JQ797866
                                           
                                J1c8a1a  T16189C!            JQ705760 KC421179
                                           
                              J1c8a2  A16265c              GU906781 JQ797864
                                           
                            J1c8b  T10345C                JQ705449 JQ701992
                                           
                          J1c9  C6887T                  AY495205 JQ797871
                                           
                          J1c10  C5024T                  JQ704751 EF660915
                                           
                            J1c10a  A6716G                JQ797872 JQ797873
                                           
                          J1c11  T16224C                  JQ702967
                                           
                            J1c11a  T15262C                HM765470 GU592047
                                           
                          J1c15  T12453C                  JQ797881
                                           
                            J1c15a  A15113G                JQ797879
                                           
                              J1c15a1  G5231A  A11252G            JQ797880 HM852793
                                           
                            J1c15b  T146C!  G8152A  T9117C  A13917G  T14182C  T15514C  C16527T      JQ797877 JQ797878
                                           
                          J1c16  T152C!  C12123T  T15670C  C16218T  C16256T            JQ705083 JQ797874
                                           
                          J1c17  T3847C                  JQ797882
                                           
                            J1c17a  G2140A  A12634G  C16126T!  T16311C!          JQ706022 JX153275
                                           
                           C16193T                    JQ797885
                                             
                          J1d  T152C!  G7789A  A7963G              JQ797902
                                           
                            J1d1  A16300G               
                                           
                              J1d1a  G1007A  A16309G            JQ797886
                                           
                                J1d1a1  T13392C            JQ797888 JQ705319
                                           
                                  J1d1a1a  C151T  T13500C        JQ797890 JQ797891
                                           
                              J1d1b  A8633G              AF382001 KC911578
                                           
                                J1d1b1  A3213G            JQ797892 HM852780
                                           
                            J1d2  T10166C  C16186T              DQ341088
                                           
                              J1d2a  C13188T              HQ325739 JQ797893
                                           
                            J1d3  G5262A                KC911411
                                           
                              J1d3a  G7521A!              JQ797899
                                           
                                J1d3a1  C5297T  T5774C  A15836G  G15894A  A16335G      JQ797897 JQ797896
                                           
                                J1d3a2  C4011T            EU597552 JQ704809
                                           
                            J1d4  T9725C  G12561A  G13135A            HM453206 JQ797900
                                           
                            J1d5  G4853A  G16274A              JQ703915 HM852829
                                           
                              J1d5a  T204C  T9090C            KC911498 JQ797901
                                           
                            J1d6  A9041G                GU122987 JQ797894
                                           
                              J1d6a  C16301T              JQ797895 EU007880
                                           
                      J2  (C150T)  T152C!  C7476T  G15257A               
                                           
                        J2a  T195C!  A10499G  G11377A               
                                           
                          J2a1  A14133G                  JQ704041
                                           
                            J2a1a  (A215G)  (T319C)  G513A  G7789A  G16145A  T16231C       
                                           
                              J2a1a1  A13722G  C16261T            JQ701807 JQ797903
                                           
                                J2a1a1a  310.1T  T1850C          GU903270 JX153321
                                           
                                  J2a1a1a1  A189G  T10237C  T15191C  T16172C    JX152974 JX153821
                                           
                                  J2a1a1a2  A3447G          FJ348157 JQ705625
                                           
                                    J2a1a1a2a  T7501C        JX152842 JX153676
                                           
                                  J2a1a1a3  T430C          JQ703568 JQ705323
                                           
                                J2a1a1b  G11518A  A14793G          JQ705390 JQ705042
                                           
                                J2a1a1c  G15596A            JQ703552 JQ797904
                                           
                                J2a1a1d  T13753C            JQ797911 JQ797912
                                           
                                J2a1a1e  T16189C!            JX297144 KC533492
                                           
                              J2a1a2  T6635C  A16284G            DQ341089
                                           
                                J2a1a2a  C11857T            JQ797914
                                           
                                  J2a1a2a1  T11386C          JQ764985
                                           
                                    J2a1a2a1a  T11204C        JQ702364 JX153453
                                           
                          J2a2  C152T!!  T6671C  A11002G  A12570G  A15679G         
                                           
                            J2a2a  A235G  C8386T              EF660967
                                           
                              J2a2a1  G11440A  A12171G            JQ797915
                                           
                                   T16311C!            JQ797921
                                             
                                  J2a2a1a  T152C!!!  T9103C        JQ797920
                                           
                                    J2a2a1a1  G13813A        JQ797919 JQ797917
                                           
                              J2a2a2  A11797G  A13419G  C16169T          JQ797923 GU065327
                                           
                            J2a2b  A16241G               
                                           
                              J2a2b1  A189G              FJ460543
                                           
                                J2a2b1a  C5915T  C14061T          JQ797926 JX153096
                                           
                              J2a2b2  C456T  T13015C  T13830C          NA20752 JQ703605
                                           
                              J2a2b3  T4688C  T4802C  G8078A  C11416T  T15672C        KF148204 KF148206
                                           
                            J2a2c  T16231C                JQ797930
                                           
                              J2a2c1  A12672G  C16214T            JQ797933 JQ797931
                                           
                            J2a2d  T5493C  A7076G  C8958T  G11016A  G13759A  G15148A        FJ460559 JQ797935
                                           
                            J2a2e  G10685A  G14364A              JX153004 JQ797924
                                           
                        J2b  C5633T  G15812A  C16193T               
                                           
                          J2b1  G10172A                  JQ702563 JQ797954
                                           
                            J2b1a  C16278T!                JX153193 JF915700
                                           
                              J2b1a1  G14569A              JQ703580 JQ705356
                                           
                                J2b1a1a  C16126T!  T16362C          FJ445408 JQ702863
                                           
                              J2b1a2  T6216C              JN635305 JQ705677
                                           
                                J2b1a2a  C6893T            JF938916 JQ797936
                                           
                              J2b1a3  T10966C              JQ702858 AY195778
                                           
                              J2b1a4  T7302C  T15014C            JQ705466 JQ703515
                                           
                                 T16311C!              JX153921
                                             
                                J2b1a5  C6491T            JQ797946 DQ523653
                                           
                              J2b1a6  C152T!!  A9016G  A9494G  A15662G        JQ797944 JQ704523
                                           
                            J2b1b  T2404C  G6962t  T10389C            JQ703784
                                           
                              J2b1b1  G7211A              EU862198 JX153450
                                           
                            J2b1c  T13899C                JQ797951 JQ797952
                                           
                              J2b1c1  G16319A              EU807741
                                           
                            J2b1d  A14769G                FJ445409 JQ797958
                                           
                            J2b1e  T8843C                JQ701981
                                           
                              J2b1e1  G8290A  C14950T  G16438A          JQ797964 JQ797965
                                           
                            J2b1f  T15453C                JQ797968 HQ727682
                                           
                            J2b1g  A9872G                JQ702459 JQ702488
                                           
                            J2b1h  T159C  C6830a  A13612t  T16195C  C16242a  G16526A        JQ702424
                                           
                          J2b2  G5460A  T7391C  A14029G              FJ213765 JQ797972
                                           
                    T  G709A  G1888A  A4917G  G8697A  T10463C  G13368A  G14905A  A15607G  G15928A  C16294T         
                                           
                      T1  C12633a  A16163G  T16189C!                  JQ797976
                                           
                        T1a  C16186T                    KC405582 JQ798024
                                           
                             T152C!                 
                                             
                            T1a1'3  T195C!               
                                           
                              T1a1  T9899C              GU122980 JQ797984
                                           
                                T1a1a  A5558G            JQ705982
                                           
                                  T1a1a1  A5414G          JQ703032 AY495294
                                           
                                T1a1b  G10143A  C14281T          HM184912 JQ797991
                                           
                                  T1a1b1  G9548A  T12028C        JQ797994 AY714036
                                           
                                T1a1c  A9120G  A15965G          JQ704801 JQ702923
                                           
                                T1a1d  T593C  C13132T  C13785T        EU007876 JQ798005
                                           
                                T1a1e  C2380T  C4155T  G5054A  A12308G  C16256T      JX152843 JQ798006
                                           
                                T1a1f  G1503A            JQ702643 JQ797983
                                           
                                T1a1g  T15213C            JF833040 JQ704732
                                           
                                T1a1h  A16269c            JN089342 JQ702680
                                           
                                T1a1i  T3308g  T11944C          JQ705441 JN021256
                                           
                                T1a1j  A8530G            AY495291 JQ703446
                                           
                                T1a1k  C469T            JQ702728
                                           
                                  T1a1k1  T146C!  G11914A!  A12753G      JQ702959 JQ705707
                                           
                                  T1a1k2  C8974T          JX152851 JF926125
                                           
                                   C152T!!            JF929200 JQ702988
                                             
                                  T1a1l  G3705A          JF979131 JQ798004
                                           
                                T1a1m  T7783C  T16325C          KC911350
                                           
                                  T1a1m1  G4917A!  G13590A        KC911329 JQ797998
                                           
                                T1a1n  T16304C            EF177406 JQ702825
                                           
                                T1a1p  A9545G            EU597578 JX153687
                                           
                                T1a1q  C11266T            JX153590 JQ702173
                                           
                                T1a1r  A14274G  G15607A!          JX153003 EF661000
                                           
                              T1a3  T10321C              JQ798022
                                           
                                T1a3a  T7258C            AY495296 EF645646
                                           
                            T1a2  G7853A                JQ798012 JN083377
                                           
                              T1a2a  A384G  G4959A  A5558G  G9300A  C16261T        NA20581 FJ348220
                                           
                              T1a2b  T9111C  T12957C  C16248T  C16266T        JQ798013 HM852775
                                           
                            T1a4  A7001G  T16263C              EU979542 JQ702040
                                           
                            T1a11  G73A  C91T  G97A  T8412C  G13759A  C13791T  C14284T        JQ031816 JQ798021
                                           
                            T1a12  G15884A  C16355T              JQ798020 JQ798019
                                           
                            T1a13  G16129A!  T16362C              JQ798007 JQ798009
                                           
                          T1a5  T6152C                  JQ703724 JQ798030
                                           
                            T1a5a  A5378G  G12406A  C16218T            JX153408 JF937680
                                           
                          T1a6  C3867T  A10376G                JN104727 EU369395
                                           
                          T1a7  A512G  A14500G  G16274A              EU935435 JQ798027
                                           
                          T1a8  G4991A                 
                                           
                            T1a8a  C4107T  G11914A!  T16325C            JQ798034 JQ798033
                                           
                            T1a8b  G9438A  G14323A              JQ798035 JQ798036
                                           
                          T1a9  T12879C  T16249C                JQ798018 JQ798017
                                           
                          T1a10  A13470G                  NA20819
                                           
                            T1a10a  C150T  A214G  G13708A            JX152859 JQ798025
                                           
                        T1b  T16243C                    JQ798046 JQ798051
                                           
                          T1b1  C11647T                  JQ798037 AY339570
                                           
                          T1b2  C4739T  A9254G                JQ798039 JQ798041
                                           
                          T1b3  C15853T                  JQ798043 JQ705372
                                           
                          T1b4  T7310C                  JQ798050 JQ798049
                                           
                      T2  A11812G  A14233G  (C16296T)                  JQ798138 JF707633
                                           
                        T2a  T13965C                   
                                           
                          T2a1  A14687G                  JQ798058 JF927949
                                           
                            T2a1a  T2850C  T7022C              AY495298 FJ656215
                                           
                              T2a1a1  (G143A)  T8715C            FJ348180 EF657455
                                           
                              T2a1a2  T4688C              JN120787 GU553285
                                           
                              T2a1a3  A5498G              JX297193
                                           
                                T2a1a3a  C4808T            AY495300 JF833041
                                           
                              T2a1a5  A15935G              JQ705499 JQ702880
                                           
                              T2a1a6  T6425C              JQ702036 JQ704797
                                           
                              T2a1a7  T7268C              JQ701880 JQ045864
                                           
                              T2a1a8  C4931T              JF958082 JQ701972
                                           
                            T2a1b  T16324C                JQ702344 JQ798054
                                           
                              T2a1b1  T2141C  A13966G            HM625705
                                           
                                T2a1b1a  T9117C            JQ046361 JQ705641
                                           
                                  T2a1b1a1  C12741T          JQ702937 JQ703149
                                           
                                    T2a1b1a1a  T6524C       
                                           
                                      T2a1b1a1a1  G9948A      JQ703868 JQ703700
                                           
                                      T2a1b1a1a2  T1420C  G6249A    JX153849 JQ798055
                                           
                                    T2a1b1a1b  T3350C        JN024624 JX153319
                                           
                                      T2a1b1a1b1  T8256C      JX153732 JX153948
                                           
                                  T2a1b1a2  G15110A  C16292T        JQ703776 JX153440
                                           
                              T2a1b2  G3882A             
                                           
                                T2a1b2a  T15454C            GU123001 JQ704821
                                           
                                T2a1b2b  C16256T            JQ798057 JQ798056
                                           
                             T195C!                 
                                             
                            T2a2  C198T  T13020C              FJ238094 JX912164
                                           
                              T2a2a  A215G              JX152815 JF944823
                                           
                            T2a3  G4464A                KC911444 KC911302
                                           
                        T2b  G930A  G5147A  T16304C                AY495273 HM055613
                                           
                          T2b1  G14016A                  EF177444 AY495267
                                           
                          T2b2  C11242g                  AY714016 JN035224
                                           
                            T2b2b  C16304T!                AY495299 GU183768
                                           
                              T2b2b1  A12171G  C16192T            JQ701832 JQ705208
                                           
                          T2b3  A10750G                  HM122274
                                           
                               C151T                HQ384203 JQ703699
                                             
                              T2b3a  T152C!  A5656G  C16292T          DQ523649
                                           
                                T2b3a1  55.1T  T57C  T59C          JQ798060 JQ798061
                                           
                              T2b3c  T7150C              JQ705786 JQ702932
                                           
                              T2b3d  T199C  G14544A            JQ705037 JQ701927
                                           
                              T2b3e  C16187T!              JQ705199 JF837334
                                           
                            T2b3b  A13722G                AY495275 JX153347
                                           
                          T2b4  A9254G                  JQ703501 JN037468
                                           
                            T2b4a  T16172C                JF836084 GU123018
                                           
                              T2b4a1  A5527G              JQ704738 JQ798069
                                           
                            T2b4i  G8152A  C16218T              JQ702278 JX153109
                                           
                               T152C!                JQ705242 JQ702464
                                             
                              T2b4b  C16104T              JQ705939 JF900491
                                           
                              T2b4c  C3992T              JQ704742 JQ702604
                                           
                              T2b4d  A8711G              JQ702158 JQ703734
                                           
                              T2b4e  T13743C              JQ798064 HM852802
                                           
                              T2b4f  A12172G              JX152937 JQ704596
                                           
                              T2b4g  T15445C              EF660982 JQ798068
                                           
                              T2b4h  A214G              JQ798066 EU007872
                                           
                          T2b5  T3826C                  JQ702978 AY495287
                                           
                            T2b5a  T5201C                JQ703716
                                           
                              T2b5a1  573.XC  T8504C            JQ703712 JF833039
                                           
                          T2b6  C458T  G1709A  G9300A  C11533T              AY495284
                                           
                            T2b6a  G12007A                JQ705494 AY495282
                                           
                               T146C!                JQ705357
                                             
                              T2b6b  A8730G  G14016A  C16218T  C16287T        JF891418 JQ705972
                                           
                          T2b7  G9966A                  GU170817
                                           
                            T2b7a  A9180G               
                                           
                              T2b7a1  T152C!  T13768C  C16257d          JQ703294 JQ702544
                                           
                              T2b7a2  A1836G  C16239T            JQ704997 JQ704643
                                           
                              T2b7a3  G11440A  C16292T            NA20507 JQ798079
                                           
                          T2b8  T3338C                  GU122998
                                           
                             C150T                  JQ702965
                                             
                            T2b9  T5580C  A10559G              JQ703011 JQ702737
                                           
                          T2b11  G207A  T3398C                JF968593 JQ798085
                                           
                          T2b13  G14861A                  JQ701982 JQ702963
                                           
                            T2b13a  A16051G                JN038393 JQ702084
                                           
                            T2b13b  G7269A                JQ703042 JQ705492
                                           
                          T2b15  A5836G  8281-8289d                JF975728 EU682394
                                           
                             T16362C                  JN004272 JN106183
                                             
                            T2b16  T634C                GU123025 JQ798077
                                           
                          T2b17  C13692T                  JF957699
                                           
                            T2b17a  T4688C  C7891T              AY495280 JX153685
                                           
                          T2b19  G13928c                  JQ705664 EU744542
                                           
                            T2b19b  A13681G  C16248T              HG00141 JQ703009
                                           
                             T152C!                  EU747356
                                             
                            T2b21  A14836G                HQ917079
                                           
                              T2b21a  T10490C  C12557T  C16169T          JQ705895 JF340114
                                           
                              T2b21b  T15090C              JQ702492 JQ705338
                                           
                            T2b22  C3820T  A12223G  T13500C            HQ840646 JQ703263
                                           
                          T2b23  T12441C  C16147T  T16297C              JQ798075 JQ798074
                                           
                            T2b23a  T9224C                FJ348208 JQ704788
                                           
                          T2b24  T321C                  JQ705038
                                           
                            T2b24a  T5426C  G8572A              JF946696 JQ702547
                                           
                          T2b25  G7521A!  C8934T                JQ704697 JQ705882
                                           
                          T2b26  T14180C                  JQ702312 JQ702953
                                           
                          T2b27  G7897A                  JQ705444 AY495271
                                           
                          T2b28  G11176A  G11914A!                JQ701939 JQ704973
                                           
                          T2b29  T5483C  T8419C                JQ798081 JQ798080
                                           
                          T2b30  G6026A                  JN024625 HQ399469
                                           
                          T2b31  A5811G                  JQ703715 JQ798089
                                           
                          T2b32  A1871G  T6620C  G15884A              KC521456 JQ703728
                                           
                          T2b33  A385G  A1530G  C16266T              KC533521 JQ705484
                                           
                          T2b34  C41T  T319C  T9861C                EU926622 KC911423
                                           
                          T2b35  A9843G                  JX153427 JN126047
                                           
                          T2b36  A15758G                  JX153715 JX153237
                                           
                          T2b37  G14569A                  JQ701867 JX153053
                                           
                        T2c  C10822T                    JQ798090
                                           
                          T2c1  G6261A  C16292T               
                                           
                            T2c1a  573.XC  C8455T  A13973t            JQ796696
                                           
                              T2c1a1  T152C!  G499A  C6998T  G8838A  G11914A!        JQ703030 EF556160
                                           
                              T2c1a2  C5817T              EF660941 JQ701934
                                           
                              T2c1a3  G9612A  A11800G            JN202494 KC911377
                                           
                            T2c1c  T4823C  A16146G              JQ798103 JQ798101
                                           
                              T2c1c1  C150T  G3834A  G3915A  T15454C  T15601C        JQ798099 JQ798100
                                           
                              T2c1c2  T7283C  C8775T  A16284G          JQ702795 JQ798102
                                           
                               T146C!                JQ798091
                                             
                              T2c1d  T279C  C5187T  C7873T