Minimal reference phylogeny for the human Y chromosome (version 26-Oct-13)                                  
Primary typing SNPs are listed in blue with phylo-equivalent alternatives shown in parentheses                              
Recurrent SNPs are indicated with the # symbol                                              
                                                               
                                                              Haplogroup designation
                                                             
Y-MRCA                                                              
                                                             
A00  L1086  (L1159)                                                     A00-L1086
                                                           
A0'1'2'3'4  L1085  (L1130  L1155)                                                   A0'1'2'3'4-L1085*(xV148,V168)
                                                           
  A0  V148  (V166  L896)                                                   A0-V148*(xL979,L1035)
                                                           
       L979  (L980  L987)                                                 A0-L979*(xV150,L981)
                                                             
         V150  (V164  L1070)                                             A0-V150
                                                             
         L981  (L994)                                                 A0-L981
                                                             
       L1035  (L1036  L1058)                                               A0-L1035
                                                             
A1'2'3'4  V168  (V171  P305)                                                 A1'2'3'4-V168*(xM31,P108)
                                                         
    A1  M31  (P82  V4)                                                 A1-M31
                                                           
  A2'3'4  P108  (V221)                                                   A2'3'4-P108*(xL419,M42)
                                                         
      A2'3  L419  (PK1)                                                 A2'3-L419*(xV50,M32)
                                                           
        A2  V50  (L602)                                               A2-V50*(xP3)
                                                           
             P3  (M14)                                             A2-P3*(xM6)
                                                             
               M6                                               A2-M6*(xP28,L963)
                                                             
                 P28                                           A2-P28
                                                             
                 L963                                           A2-L963
                                                             
        A3  M32                                                 A3-M32*(xM28,M144)
                                                           
             M28                                               A3-M28
                                                             
             M144  (M190  P289)                                         A3-M144*(xM51,M13)
                                                             
               M51                                             A3-M51
                                                             
               M13  (M202  V10)                                         A3-M13*(xM118)
                                                             
                 M118                                           A3-M118
                                                             
  A4=BCDEF  M42  (SRY10831#  M91  P97)                                           A4-M42*(xM60,M168)
                                                       
        B  M60  (M181)                                               B-M60*(xM236,M182)
                                                           
          B1  M236                                               B-M236
                                                           
          B2  M182                                               B-M182*(xM150,M112)
                                                           
            B2a  M150                                             B-M150*(xV78)
                                                           
                 V78                                           B-V78*(xV75)
                                                             
                   V75  (V197)                                         B-V75*(xM218)
                                                             
                     M218                                         B-M218*(xV62,G1)
                                                             
                       V62  (V227)                                   B-V62*(xM109)
                                                             
                         M109  (M152  P32)                               B-M109
                                                             
                       G1                                       B-G1
                                                             
            B2b  M112                                             B-M112*(xM192)
                                                           
                 M192  (50f2(P))                                         B-M192*(xM8495,M7104)
                                                             
                   M8495  (M8497)                                       B-M8495*(xM8348,M7583)
                                                             
                     M8348  (M8351)                                     B-M8348*(xM8341,M8035)
                                                             
                       M8341  (M8342)                                   B-M8341
                                                             
                       M8035  (M8036)                                   B-M8035
                                                             
                     M7583  (M7585)                                     B-M7583
                                                             
                   M7104  (M7106)                                       B-M7104*(xP6)
                                                             
                     P6  (M6529)                                       B-P6
                                                             
      CDEF  M168                                                 CDEF-M168*(xM145,P143)
                                                         
          DE  M145  (M203)                                             DE-M145*(xM174,M96)
                                                           
            D  M174                                             D-M174*(xM15,M55,P99)
                                                           
              D1  M15                                           D-M15*(xN1)
                                                           
                   N1                                           D-N1
                                                             
              D2  M55  (M57)                                         D-M55*(xM116)
                                                           
                   M116#                                         D-M116*(xM125)
                                                             
                     M125                                         D-M125*(xP42,JST022457)
                                                             
                       P42                                       D-P42
                                                             
                       JST022457                                   D-JST022457*(xJST006841)
                                                             
                         JST006841                                 D-JST006841
                                                             
              D3  P99                                           D-P99*(xP47)
                                                           
                   P47                                           D-P47
                                                             
            E  M96  (M40  P29)                                         E-M96*(xP147,M75)
                                                           
              E1  P147                                           E-P147*(xM33,P177)
                                                           
                E1a  M33  (M132)                                       E-M33*(xM44)
                                                           
                     M44                                         E-M44
                                                             
                E1b  P177                                         E-P177*(xP2)
                                                           
                  E1b1  P2  (P179)                                       E-P2*(xV38,M215)
                                                           
                    E1b1a  V38  (V100  L222#)                                 E-V38*(xM2)
                                                           
                         M2  (P1  P189#)                               E-M2*(xL576)
                                                             
                           L576                                 E-L576*(xM180)
                                                             
                             M180                               E-M180*(xL485,U175)
                                                             
                               L485                             E-L485*(xL514)
                                                             
                                 L514                             E-L514*(xM191)
                                                             
                                   M191                         E-M191*(xU174)
                                                             
                                     U174                       E-U174
                                                             
                               U175                             E-U175*(xU209)
                                                             
                                 U209                             E-U209*(xU290)
                                                             
                                   U290                         E-U290*(xU181)
                                                             
                                     U181                       E-U181
                                                             
                    E1b1b  M215                                       E-M215*(xM35,M281)
                                                           
                         M35  (L336)                                 E-M35*(xV68,Z827,V6)
                                                             
                           V68                                 E-V68*(xM78)
                                                             
                             M78                               E-M78*(xZ1902,Z1919,M521)
                                                             
                               Z1902                             E-Z1902*(xV12,V65)
                                                             
                                 V12                             E-V12*(xV32)
                                                             
                                   V32                         E-V32
                                                             
                                 V65                             E-V65
                                                             
                               Z1919  (Z1920)                           E-Z1919*(xL618,V22)
                                                             
                                 L618                             E-L618*(xV13)
                                                             
                                   V13  (V36)                       E-V13
                                                             
                                 V22                             E-V22
                                                             
                               M521                             E-M521
                                                             
                           Z827                                 E-Z827*(xM310,Z830)
                                                             
                             M310                               E-M310*(xM81)
                                                             
                               M81                               E-M81*(xM183)
                                                             
                                 M183                             E-M183
                                                             
                             Z830                               E-Z830*(xM123,M293)
                                                             
                               M123                             E-M123*(xM34)
                                                             
                                 M34                             E-M34*(xM84)
                                                             
                                   M84                         E-M84
                                                             
                               M293                             E-M293
                                                             
                           V6                                   E-V6
                                                             
                         M281  (V16)                                 E-M281
                                                             
              E2  M75                                           E-M75
                                                           
          CF  P143                                               CF-P143*(xM130,M89)
                                                           
            C  M130  (M216)                                           C-M130*(xM8,M38,M217,M347,M356,V20)
                                                           
              C1  M8  (M105)                                         C-M8
                                                           
              C2  M38                                           C-M38*(xM208)
                                                           
                   M208                                         C-M208*(xP33)
                                                             
                     P33                                         C-P33
                                                             
              C3  M217  (P44  Z1453)                                       C-M217*(xP39,M48,Z1338)
                                                           
                   P39                                           C-P39
                                                             
                   M48                                           C-M48
                                                             
                   Z1338                                         C-Z1338*(xZ1300)
                                                             
                     Z1300                                       C-Z1300
                                                             
                       M407                                       C-M407
                                                             
              C4  M347                                           C-M347*(xM210)
                                                           
                   M210                                         C-M210
                                                             
              C5  M356                                           C-M356
                                                           
              C7  V20                                           C-V20
                                                           
            F  M89  (M213  P14)                                         F-M89*(xM427,M201,M578)
                                                           
              F2  M427  (M428)                                         F-M427
                                                           
              G  M201  (P257)                                         G-M201*(xM285,P287)
                                                           
                G1  M285  (M342)                                       G-M285
                                                           
                G2  P287  (L156)                                       G-P287*(xP15,M377)
                                                           
                  G2a  P15  (U5  L31)                                     G-P15*(xL149)
                                                           
                    G2a1  L149#                                     G-L149*(xL293,L223,M485)
                                                           
                      G2a1a  L293                                   G-L293*(xP16)
                                                           
                           P16                                 G-P16
                                                             
                      G2a1b  L223                                   G-L223*(xL91)
                                                           
                           L91                                 G-L91
                                                             
                      G2a1c  M485  (U8  L30)                               G-M485*(xM406,L141)
                                                           
                           M406                                 G-M406*(xU16)
                                                             
                             U16  (L90)                             G-U16
                                                             
                           L141#                                 G-L141*(xP303,L177)
                                                             
                             P303                               G-P303*(xL140)
                                                             
                               L140                             G-L140*(xU1,L497,Z724)
                                                             
                                 U1                             G-U1*(xU13)
                                                             
                                   U13  (M527)                       G-U13
                                                             
                                 L497                             G-L497*(xZ725)
                                                             
                                   Z725                         G-Z725*(xL43,Z726)
                                                             
                                     L43                       G-L43*(xL42)
                                                             
                                       L42                     G-L42
                                                             
                                     Z726                       G-Z726
                                                             
                                 Z724                             G-Z724*(xZ1903)
                                                             
                                   Z1903                         G-Z1903*(xZ2047)
                                                             
                                     Z2047                       G-Z2047
                                                             
                             L177                               G-L177
                                                             
                  G2c  M377  (L183  L72)                                     G-M377
                                                           
            HIJKLT  M578                                           HIJKLT-M578*(xM3035,M522)
                                                         
                H  M3035  (M2713)                                       H-M3035*(xM69,M282)
                                                           
                  H1  M69  (M370)                                       H-M69*(xM52,Apt,P254)
                                                           
                       M52                                       H-M52*(xM82)
                                                             
                         M82                                   H-M82
                                                             
                       Apt                                       H-Apt
                                                             
                       P254                                       H-P254
                                                             
                  H2  M282  (P96)                                       H-M282
                                                           
              IJKLT  M522  (M523)                                       IJKLT-M522*(xM429,M9)
                                                         
                  IJ  M429  (P126)                                       IJ-M429*(xM170,M304)
                                                           
                    I  M170  (M258  U179)                                 I-M170*(xM253,M438)
                                                           
                      I1  M253  (L80  P203#)                               I-M253*(xDF29,Z131)
                                                           
                           DF29                                 I-DF29*(xCTS6364,Z58,Z63)
                                                             
                             CTS6364                               I-CTS6364*(xM227,L22)
                                                             
                               M227                             I-M227
                                                             
                               L22                               I-L22*(xP109,Z74)
                                                             
                                 P109                             I-P109
                                                             
                                 Z74                             I-Z74*(xL813)
                                                             
                                   L813                         I-L813
                                                             
                             Z58                               I-Z58*(xZ59,Z138)
                                                             
                               Z59                               I-Z59*(xZ60,Z2040)
                                                             
                                 Z60                             I-Z60*(xZ2539,Z140)
                                                             
                                   Z2539                         I-Z2539
                                                             
                                   Z140  (Z141)                       I-Z140
                                                             
                                 Z2040  (Z2041)                         I-Z2040
                                                             
                               Z138  (Z139)                           I-Z138
                                                             
                             Z63                               I-Z63*(xL1237)
                                                             
                               L1237                             I-L1237
                                                             
                           Z131                                 I-Z131
                                                             
                      I2  M438  (L68)                                 I-M438*(xL460,L596)
                                                           
                           L460                                 I-L460*(xCTS595,M423,M436)
                                                             
                             CTS595                               I-CTS595*(xM26,L1286)
                                                             
                               M26                               I-M26
                                                             
                               L1286  (L1287)                           I-L1286
                                                             
                             M423                               I-M423*(xL161)
                                                             
                               L161#                             I-L161
                                                             
                             M436  (P217)                             I-M436*(xM223,L38)
                                                             
                               M223  (U250)                           I-M223*(xCTS616)
                                                             
                                 CTS616  (CTS9183)                       I-CTS616*(xM284,L1229,CTS10057)
                                                             
                                   M284                         I-M284
                                                             
                                   L1229                         I-L1229
                                                             
                                   CTS10057  (CTS10100)                   I-CTS10057*(xL701,Z161)
                                                             
                                     L701                       I-L701
                                                             
                                     Z161                       I-Z161*(xL801)
                                                             
                                       L801                     I-L801*(xCTS1977,CTS6433)
                                                             
                                         CTS1977                 I-CTS1977
                                                             
                                         CTS6433                 I-CTS6433*(xZ78)
                                                             
                                           Z78                 I-Z78
                                                             
                               L38                               I-L38
                                                             
                           L596  (L597)                               I-L596
                                                             
                    J  M304  (P209)                                   J-M304*(xM267,M172)
                                                           
                      J1  M267  (M497)                                 J-M267*(xL827,Z2223)
                                                           
                           L827  (Z2215)                               J-L827*(xL620,Z1828)
                                                             
                             L620  (L136)                             J-L620*(xP58,PF7264)
                                                             
                               P58  (Z2356)                           J-P58*(xZ1865,L817)
                                                             
                                 Z1865                           J-Z1865*(xZ2329)
                                                             
                                   Z2329  (Z1850)                     J-Z2329*(xL858)
                                                             
                                     L858  (Z1884)                   J-L858*(xL222,Z640,YSC76)
                                                             
                                       L222#                     J-L222
                                                             
                                       Z640  (Z641)                   J-Z640
                                                             
                                       YSC76                     J-YSC76
                                                             
                                 L817  (L818)                         J-L817
                                                             
                               PF7264                             J-PF7264
                                                             
                             Z1828  (Z1834  L1187)                         J-Z1828
                                                             
                           Z2223                                 J-Z2223
                                                             
                      J2  M172  (L228)                                 J-M172*(xM410,M12)
                                                           
                        J2a  M410  (L559)                               J-M410*(xL26,L581)
                                                           
                             L26                               J-L26*(xZ2221,Z2227,M68)
                                                             
                               Z2221  (Z2220)                           J-Z2221*(xM530)
                                                             
                                 M530                             J-M530*(xM158,L25)
                                                             
                                   M158                         J-M158
                                                             
                                   L25                         J-L25*(xF3133,PF4888,Z387)
                                                             
                                     F3133                       J-F3133
                                                             
                                     PF4888  (PF5401)                   J-PF4888
                                                             
                                     Z387                       J-Z387
                                                             
                               Z2227  (Z2229  PF5116  Z1848)                     J-Z2227*(xM47,M67,M319,L198)
                                                             
                                 M47                             J-M47
                                                             
                                 M67                             J-M67*(xPF5132,Z467)
                                                             
                                   PF5132                         J-PF5132*(xM92,PF7394)
                                                             
                                     M92                       J-M92
                                                             
                                     PF7394                       J-PF7394
                                                             
                                   Z467                         J-Z467*(xL227)
                                                             
                                     L227  (L210)                     J-L227
                                                             
                                 M319                             J-M319
                                                             
                                 L198                             J-L198
                                                             
                               M68                               J-M68
                                                             
                             L581                               J-L581
                                                             
                        J2b  M12  (M102  L282)                             J-M12*(xM205,M241)
                                                           
                             M205                               J-M205
                                                             
                             M241                               J-M241*(xL283)
                                                             
                               L283                             J-L283
                                                             
                  KLT  M9                                         KLT-M9*(xM526,P326)
                                                           
                    K  M526                                       K-M526*(xP79,P256,F549,M45)
                                                           
                      K3  P79                                   K-P79
                                                           
                      M  P256  (Page93)                               M-P256*(xM4,M353,P117)
                                                           
                        M1  M4  (M5  M106  M186)                             M-M4*(xP34)
                                                           
                             P34                               M-P34
                                                             
                             P87                               M-P87*(xM104)
                                                             
                               M104                             M-M104
                                                             
                        M2  M353                                 M-M353*(xM177)
                                                           
                             M177                               M-M177
                                                             
                        M3  P117  (P118)                               M-P117
                                                           
                      NO  M214                                   NO-M214*(xM231,M175)
                                                           
                        N  M231                                 N-M231*(xLLY22g)
                                                           
                          N1  LLY22g                               N-LLY22g*(xP189,L732,L729)
                                                           
                            N1a  P189#                             N-P189
                                                           
                            N1b  L732                             N-L732
                                                           
                            N1c  L729                             N-L729*(xM46,L666)
                                                           
                              N1c1  M46  (P105)                         N-M46*(xM178)
                                                           
                                   M178                         N-M178*(xL708)
                                                             
                                     L708  (L839)                     N-L708*(xL392)
                                                             
                                       L392  (L1026)                 N-L392*(xVL29,Z1936)
                                                             
                                         VL29                   N-VL29*(xL550)
                                                             
                                           L550                 N-L550*(xL1025)
                                                             
                                             L1025               N-L1025
                                                             
                                         Z1936                   N-Z1936*(xZ1925,L1034)
                                                             
                                           Z1925  (Z1935)             N-Z1925
                                                             
                                           L1034                 N-L1034
                                                             
                              N1c2  L666                             N-L666*(xM128,P43)
                                                           
                                   M128                         N-M128
                                                             
                                   P43                         N-P43*(xP63)
                                                             
                                     P63                       N-P63
                                                             
                        O  M175  (P186)                               O-M175*(xM119,P31,M122)
                                                           
                          O1  M119                               O-M119*(xP203,M110)
                                                           
                               P203#                             O-P203
                                                             
                               M110  (M50)                             O-M110
                                                             
                          O2  P31  (M268)                             O-P31*(xPK4,M176)
                                                           
                               PK4                               O-PK4*(xM95)
                                                             
                                 M95                             O-M95*(xM88)
                                                             
                                   M88                         O-M88
                                                             
                               M176                             O-M176*(xM312)
                                                             
                                 M312                             O-M312
                                                             
                          O3  M122                               O-M122*(xM324)
                                                           
                               M324  (P197  P200)                         O-M324*(xKL1,P201)
                                                             
                                 KL1                             O-KL1*(xJST002611)
                                                             
                                   JST002611                       O-JST002611
                                                             
                                 P201                             O-P201*(xM159,M7,P164)
                                                             
                                   M159                         O-M159
                                                             
                                   M7                           O-M7
                                                             
                                   P164                         O-P164*(xM134)
                                                             
                                     M134                       O-M134*(xM117)
                                                             
                                       M117  (M133  Page23)               O-M117
                                                             
                      P  M45  (M74)                                 P-M45*(xM242,M207)
                                                           
                        Q  M242                                 Q-M242*(xP36)
                                                           
                          Q1  P36#  (L232)                             Q-P36*(xMEH2,L275)
                                                           
                            Q1a  MEH2  (L472)                           Q-MEH2*(xF1096,M346)
                                                           
                              Q1a1  F1096  (F1215  F1251  F3243)                   Q-F1096*(xNWT01,M25)
                                                           
                                   NWT01                         Q-NWT01*(xM120)
                                                             
                                     M120                       Q-M120
                                                             
                                   M25  (M143)                       Q-M25
                                                             
                              Q1a2  M346  (L56  L57)                       Q-M346*(xL53,L940)
                                                           
                                   L53                         Q-L53*(xL54)
                                                             
                                     L54                       Q-L54*(xCTS11969,Z780,L330)
                                                             
                                       CTS11969  (CTS11970)               Q-CTS11969*(xM3,L804)
                                                             
                                         M3                     Q-M3*(xM19,SA01,M557)
                                                             
                                           M19                 Q-M19
                                                             
                                           SA01                 Q-SA01
                                                             
                                           M557                 Q-M557
                                                             
                                         L804  (L805)                 Q-L804
                                                             
                                       Z780                     Q-Z780*(xL191)
                                                             
                                         L191                   Q-L191
                                                             
                                       L330  (L334)                   Q-L330
                                                             
                                   L940                         Q-L940*(xL527)
                                                             
                                     L527  (L529#)                   Q-L527
                                                             
                            Q1b  L275  (L314)                           Q-L275*(xM378)
                                                           
                                 M378                             Q-M378*(xL245)
                                                             
                                   L245                         Q-L245
                                                             
                        R  M207                                 R-M207*(xM173,M479)
                                                           
                          R1  M173  (M306)                             R-M173*(xM420,M343)
                                                           
                            R1a  M420                             R-M420*(xM459)
                                                           
                                 M459                             R-M459*(xM448)
                                                             
                                   M448  (SRY10831#)                   R-M448*(xM17)
                                                             
                                     M17  (M198)                     R-M17*(xM417)
                                                             
                                       M417                     R-M417*(xL664,Z645)
                                                             
                                         L664                   R-L664
                                                             
                                         Z645  (Z647)                 R-Z645*(xZ283,Z93)
                                                             
                                           Z283                 R-Z283*(xZ282)
                                                             
                                             Z282               R-Z282*(xM458,Z280,Z284)
                                                             
                                               M458             R-M458*(xL260,CTS11962)
                                                             
                                                 L260           R-L260
                                                             
                                                 CTS11962         R-CTS11962
                                                             
                                               Z280             R-Z280*(xCTS1211)
                                                             
                                                 CTS1211         R-CTS1211*(xCTS3402)
                                                             
                                                   CTS3402       R-CTS3402
                                                             
                                               Z284             R-Z284*(xL448)
                                                             
                                                 L448           R-L448
                                                             
                                           Z93                 R-Z93*(xL657,Z2124,Y40)
                                                             
                                             L657               R-L657*(xY9,Y4)
                                                             
                                               Y9               R-Y9
                                                             
                                               Y4               R-Y4
                                                             
                                             Z2124               R-Z2124*(xZ2122,Z2125)
                                                             
                                               Z2122             R-Z2122
                                                             
                                               Z2125             R-Z2125
                                                             
                                             Y40               R-Y40
                                                             
                            R1b  M343  (M415)                           R-M343*(xL389,V88)
                                                           
                              R1b1  L389                             R-L389*(xP279)
                                                           
                                R1b1a  P297                         R-P297*(xM73,M269)
                                                           
                                     M73  (M478)                     R-M73
                                                             
                                     M269  (M520)                     R-M269*(xL23)
                                                             
                                       L23  (L49  L757)                 R-L23*(xM412,L584)
                                                             
                                         M412                   R-M412*(xL11)
                                                             
                                           L11  (L52  P310)             R-L11*(xU106,P312)
                                                             
                                             U106               R-U106*(xZ18,Z381)
                                                             
                                               Z18             R-Z18
                                                             
                                               Z381             R-Z381*(xZ156,Z301)
                                                             
                                                 Z156           R-Z156
                                                             
                                                 Z301           R-Z301*(xU198,L48)
                                                             
                                                   U198         R-U198
                                                             
                                                   L48         R-L48*(xL47,Z9)
                                                             
                                                     L47       R-L47
                                                             
                                                     Z9         R-Z9
                                                             
                                             P312               R-P312*(xDF27,U152,M529,L238)
                                                             
                                               DF27             R-DF27*(xZ195)
                                                             
                                                 Z195  (Z196)         R-Z195*(xZ274,Z198,DF17)
                                                             
                                                   Z274         R-Z274*(xZ209)
                                                             
                                                     Z209  (Z220)     R-Z209*(xZ216)
                                                             
                                                       Z216     R-Z216*(xZ214)
                                                             
                                                         Z214   R-Z214
                                                             
                                                   Z198  (L176#)     R-Z198*(xZ262)
                                                             
                                                     Z262       R-Z262
                                                             
                                                   DF17         R-DF17
                                                             
                                               U152             R-U152*(xL2,Z36,Z56,Z192)
                                                             
                                                 L2             R-L2*(xZ367,Z49)
                                                             
                                                   Z367         R-Z367*(xL20,Z34)
                                                             
                                                     L20       R-L20
                                                             
                                                     Z34       R-Z34
                                                             
                                                   Z49         R-Z49*(xZ142)
                                                             
                                                     Z142       R-Z142
                                                             
                                                 Z36           R-Z36
                                                             
                                                 Z56           R-Z56*(xS47,Z144)
                                                             
                                                   S47         R-S47
                                                             
                                                   Z144  (Z145  Z146)     R-Z144
                                                             
                                                 Z192           R-Z192
                                                             
                                               M529             R-M529*(DF13,DF63)
                                                             
                                                 DF13  (Z2542)       R-DF13*(xDF21,DF41,DF49,L371,L513,L1335,Z251,Z253,Z255,CTS4466)
                                                             
                                                   DF21         R-DF21*(xP314,Z246)
                                                             
                                                     P314#       R-P314
                                                             
                                                     Z246       R-Z246
                                                             
                                                   DF41         R-DF41
                                                             
                                                   DF49         R-DF49*(xDF23)
                                                             
                                                     DF23       R-DF23*(xZ2961)
                                                             
                                                       Z2961     R-Z2961*(xM222)
                                                             
                                                         M222   R-M222
                                                             
                                                   L371         R-L371
                                                             
                                                   L513  (Z249)       R-L513