Minimal reference phylogeny for the human Y chromosome (version 26-Oct-13)

Primary typing SNPs are listed in blue with phylo-equivalent alternatives shown in parentheses

Recurrent SNPs are indicated with the # symbol

Haplogroup designation

Y-MRCA

A00

L1086  (L1159)

A00-L1086

A0'1'2'3'4

L1085  (L1130  L1155)

A0'1'2'3'4-L1085*(xV148,V168)

A0

V148  (V166  L896)

A0-V148*(xL979,L1035)

L979  (L980  L987)

A0-L979*(xV150,L981)

V150  (V164  L1070)

A0-V150

L981  (L994)

A0-L981

L1035  (L1036  L1058)

A0-L1035

A1'2'3'4

V168  (V171  P305)

A1'2'3'4-V168*(xM31,P108)

A1

M31  (P82  V4)

A1-M31

A2'3'4

P108  (V221)

A2'3'4-P108*(xL419,M42)

A2'3

L419  (PK1)

A2'3-L419*(xV50,M32)

A2

V50  (L602)

A2-V50*(xP3)

P3  (M14)

A2-P3*(xM6)

M6

A2-M6*(xP28,L963)

P28

A2-P28

L963

A2-L963

A3

M32

A3-M32*(xM28,M144)

M28

A3-M28

M144  (M190  P289)

A3-M144*(xM51,M13)

M51

A3-M51

M13  (M202  V10)

A3-M13*(xM118)

M118

A3-M118

A4=BCDEF

M42  (SRY10831#  M91  P97)

A4-M42*(xM60,M168)

B

M60  (M181)

B-M60*(xM236,M182)

B1

M236

B-M236

B2

M182

B-M182*(xM150,M112)

B2a

M150

B-M150*(xV78)

V78

B-V78*(xV75)

V75  (V197)

B-V75*(xM218)

M218

B-M218*(xV62,G1)

V62  (V227)

B-V62*(xM109)

M109  (M152  P32)

B-M109

G1

B-G1

B2b

M112

B-M112*(xM192)

M192  (50f2(P))

B-M192*(xM8495,M7104)

M8495  (M8497)

B-M8495*(xM8348,M7583)

M8348  (M8351)

B-M8348*(xM8341,M8035)

M8341  (M8342)

B-M8341

M8035  (M8036)

B-M8035

M7583  (M7585)

B-M7583

M7104  (M7106)

B-M7104*(xP6)

P6  (M6529)

B-P6

CDEF

M168

CDEF-M168*(xM145,P143)

DE

M145  (M203)

DE-M145*(xM174,M96)

D

M174

D-M174*(xM15,M55,P99)

D1

M15

D-M15*(xN1)

N1

D-N1

D2

M55  (M57)

D-M55*(xM116)

M116#

D-M116*(xM125)

M125

D-M125*(xP42,JST022457)

P42

D-P42

JST022457

D-JST022457*(xJST006841)

JST006841

D-JST006841

D3

P99

D-P99*(xP47)

P47

D-P47

E

M96  (M40  P29)

E-M96*(xP147,M75)

E1

P147

E-P147*(xM33,P177)

E1a

M33  (M132)

E-M33*(xM44)

M44

E-M44

E1b

P177

E-P177*(xP2)

E1b1

P2  (P179)

E-P2*(xV38,M215)

E1b1a

V38  (V100  L222#)

E-V38*(xM2)

M2  (P1  P189#)

E-M2*(xL576)

L576

E-L576*(xM180)

M180

E-M180*(xL485,U175)

L485

E-L485*(xL514)

L514

E-L514*(xM191)

M191

E-M191*(xU174)

U174

E-U174

U175

E-U175*(xU209)

U209

E-U209*(xU290)

U290

E-U290*(xU181)

U181

E-U181

E1b1b

M215

E-M215*(xM35,M281)

M35  (L336)

E-M35*(xV68,Z827,V6)

V68

E-V68*(xM78)

M78

E-M78*(xZ1902,Z1919,M521)

Z1902

E-Z1902*(xV12,V65)

V12

E-V12*(xV32)

V32

E-V32

V65

E-V65

Z1919  (Z1920)

E-Z1919*(xL618,V22)

L618

E-L618*(xV13)

V13  (V36)

E-V13

V22

E-V22

M521

E-M521

Z827

E-Z827*(xM310,Z830)

M310

E-M310*(xM81)

M81

E-M81*(xM183)

M183

E-M183

Z830

E-Z830*(xM123,M293)

M123

E-M123*(xM34)

M34

E-M34*(xM84)

M84

E-M84

M293

E-M293

V6

E-V6

M281  (V16)

E-M281

E2

M75

E-M75

CF

P143

CF-P143*(xM130,M89)

C

M130  (M216)

C-M130*(xM8,M38,M217,M347,M356,V20)

C1

M8  (M105)

C-M8

C2

M38

C-M38*(xM208)

M208

C-M208*(xP33)

P33

C-P33

C3

M217  (P44  Z1453)

C-M217*(xP39,M48,Z1338)

P39

C-P39

M48

C-M48

Z1338

C-Z1338*(xZ1300)

Z1300

C-Z1300

M407

C-M407

C4

M347

C-M347*(xM210)

M210

C-M210

C5

M356

C-M356

C7

V20

C-V20

F

M89  (M213  P14)

F-M89*(xM427,M201,M578)

F2

M427  (M428)

F-M427

G

M201  (P257)

G-M201*(xM285,P287)

G1

M285  (M342)

G-M285

G2

P287  (L156)

G-P287*(xP15,M377)

G2a

P15  (U5  L31)

G-P15*(xL149)

G2a1

L149#

G-L149*(xL293,L223,M485)

G2a1a

L293

G-L293*(xP16)

P16

G-P16

G2a1b

L223

G-L223*(xL91)

L91

G-L91

G2a1c

M485  (U8  L30)

G-M485*(xM406,L141)

M406

G-M406*(xU16)

U16  (L90)

G-U16

L141#

G-L141*(xP303,L177)

P303

G-P303*(xL140)

L140

G-L140*(xU1,L497,Z724)

U1

G-U1*(xU13)

U13  (M527)

G-U13

L497

G-L497*(xZ725)

Z725

G-Z725*(xL43,Z726)

L43

G-L43*(xL42)

L42

G-L42

Z726

G-Z726

Z724

G-Z724*(xZ1903)

Z1903

G-Z1903*(xZ2047)

Z2047

G-Z2047

L177

G-L177

G2c

M377  (L183  L72)

G-M377

HIJKLT

M578

HIJKLT-M578*(xM3035,M522)

H

M3035  (M2713)

H-M3035*(xM69,M282)

H1

M69  (M370)

H-M69*(xM52,Apt,P254)

M52

H-M52*(xM82)

M82

H-M82

Apt

H-Apt

P254

H-P254

H2

M282  (P96)

H-M282

IJKLT

M522  (M523)

IJKLT-M522*(xM429,M9)

IJ

M429  (P126)

IJ-M429*(xM170,M304)

I

M170  (M258  U179)

I-M170*(xM253,M438)

I1

M253  (L80  P203#)

I-M253*(xDF29,Z131)

DF29

I-DF29*(xCTS6364,Z58,Z63)

CTS6364

I-CTS6364*(xM227,L22)

M227

I-M227

L22

I-L22*(xP109,Z74)

P109

I-P109

Z74

I-Z74*(xL813)

L813

I-L813

Z58

I-Z58*(xZ59,Z138)

Z59

I-Z59*(xZ60,Z2040)

Z60

I-Z60*(xZ2539,Z140)

Z2539

I-Z2539

Z140  (Z141)

I-Z140

Z2040  (Z2041)

I-Z2040

Z138  (Z139)

I-Z138

Z63

I-Z63*(xL1237)

L1237

I-L1237

Z131

I-Z131

I2

M438  (L68)

I-M438*(xL460,L596)

L460

I-L460*(xCTS595,M423,M436)

CTS595

I-CTS595*(xM26,L1286)

M26

I-M26

L1286  (L1287)

I-L1286

M423

I-M423*(xL161)

L161#

I-L161

M436  (P217)

I-M436*(xM223,L38)

M223  (U250)

I-M223*(xCTS616)

CTS616  (CTS9183)

I-CTS616*(xM284,L1229,CTS10057)

M284

I-M284

L1229

I-L1229

CTS10057  (CTS10100)

I-CTS10057*(xL701,Z161)

L701

I-L701

Z161

I-Z161*(xL801)

L801

I-L801*(xCTS1977,CTS6433)

CTS1977

I-CTS1977

CTS6433

I-CTS6433*(xZ78)

Z78

I-Z78

L38

I-L38

L596  (L597)

I-L596

J

M304  (P209)

J-M304*(xM267,M172)

J1

M267  (M497)

J-M267*(xL827,Z2223)

L827  (Z2215)

J-L827*(xL620,Z1828)

L620  (L136)

J-L620*(xP58,PF7264)

P58  (Z2356)

J-P58*(xZ1865,L817)

Z1865

J-Z1865*(xZ2329)

Z2329  (Z1850)

J-Z2329*(xL858)

L858  (Z1884)

J-L858*(xL222,Z640,YSC76)

L222#

J-L222

Z640  (Z641)

J-Z640

YSC76

J-YSC76

L817  (L818)

J-L817

PF7264

J-PF7264

Z1828  (Z1834  L1187)

J-Z1828

Z2223

J-Z2223

J2

M172  (L228)

J-M172*(xM410,M12)

J2a

M410  (L559)

J-M410*(xL26,L581)

L26

J-L26*(xZ2221,Z2227,M68)

Z2221  (Z2220)

J-Z2221*(xM530)

M530

J-M530*(xM158,L25)

M158

J-M158

L25

J-L25*(xF3133,PF4888,Z387)

F3133

J-F3133

PF4888  (PF5401)

J-PF4888

Z387

J-Z387

Z2227  (Z2229  PF5116  Z1848)

J-Z2227*(xM47,M67,M319,L198)

M47

J-M47

M67

J-M67*(xPF5132,Z467)

PF5132

J-PF5132*(xM92,PF7394)

M92

J-M92

PF7394

J-PF7394

Z467

J-Z467*(xL227)

L227  (L210)

J-L227

M319

J-M319

L198

J-L198

M68

J-M68

L581

J-L581

J2b

M12  (M102  L282)

J-M12*(xM205,M241)

M205

J-M205

M241

J-M241*(xL283)

L283

J-L283

KLT

M9

KLT-M9*(xM526,P326)

K

M526

K-M526*(xP79,P256,F549,M45)

K3

P79

K-P79

M

P256  (Page93)

M-P256*(xM4,M353,P117)

M1

M4  (M5  M106  M186)

M-M4*(xP34)

P34

M-P34

P87

M-P87*(xM104)

M104

M-M104

M2

M353

M-M353*(xM177)

M177

M-M177

M3

P117  (P118)

M-P117

NO

M214

NO-M214*(xM231,M175)

N

M231

N-M231*(xLLY22g)

N1

LLY22g

N-LLY22g*(xP189,L732,L729)

N1a

P189#

N-P189

N1b

L732

N-L732

N1c

L729

N-L729*(xM46,L666)

N1c1

M46  (P105)

N-M46*(xM178)

M178

N-M178*(xL708)

L708  (L839)

N-L708*(xL392)

L392  (L1026)

N-L392*(xVL29,Z1936)

VL29

N-VL29*(xL550)

L550

N-L550*(xL1025)

L1025

N-L1025

Z1936

N-Z1936*(xZ1925,L1034)

Z1925  (Z1935)

N-Z1925

L1034

N-L1034

N1c2

L666

N-L666*(xM128,P43)

M128

N-M128

P43

N-P43*(xP63)

P63

N-P63

O

M175  (P186)

O-M175*(xM119,P31,M122)

O1

M119

O-M119*(xP203,M110)

P203#

O-P203

M110  (M50)

O-M110

O2

P31  (M268)

O-P31*(xPK4,M176)

PK4

O-PK4*(xM95)

M95

O-M95*(xM88)

M88

O-M88

M176

O-M176*(xM312)

M312

O-M312

O3

M122

O-M122*(xM324)

M324  (P197  P200)

O-M324*(xKL1,P201)

KL1

O-KL1*(xJST002611)

JST002611

O-JST002611

P201

O-P201*(xM159,M7,P164)

M159

O-M159

M7

O-M7

P164

O-P164*(xM134)

M134

O-M134*(xM117)

M117  (M133  Page23)

O-M117

P

M45  (M74)

P-M45*(xM242,M207)

Q

M242

Q-M242*(xP36)

Q1

P36#  (L232)

Q-P36*(xMEH2,L275)

Q1a

MEH2  (L472)

Q-MEH2*(xF1096,M346)

Q1a1

F1096  (F1215  F1251  F3243)

Q-F1096*(xNWT01,M25)

NWT01

Q-NWT01*(xM120)

M120

Q-M120

M25  (M143)

Q-M25

Q1a2

M346  (L56  L57)

Q-M346*(xL53,L940)

L53

Q-L53*(xL54)

L54

Q-L54*(xCTS11969,Z780,L330)

CTS11969  (CTS11970)

Q-CTS11969*(xM3,L804)

M3

Q-M3*(xM19,SA01,M557)

M19

Q-M19

SA01

Q-SA01

M557

Q-M557

L804  (L805)

Q-L804

Z780

Q-Z780*(xL191)

L191

Q-L191

L330  (L334)

Q-L330

L940

Q-L940*(xL527)

L527  (L529#)

Q-L527

Q1b

L275  (L314)

Q-L275*(xM378)

M378

Q-M378*(xL245)

L245

Q-L245

R

M207

R-M207*(xM173,M479)

R1

M173  (M306)

R-M173*(xM420,M343)

R1a

M420

R-M420*(xM459)

M459

R-M459*(xM448)

M448  (SRY10831#)

R-M448*(xM17)

M17  (M198)

R-M17*(xM417)

M417

R-M417*(xL664,Z645)

L664

R-L664

Z645  (Z647)

R-Z645*(xZ283,Z93)

Z283

R-Z283*(xZ282)

Z282

R-Z282*(xM458,Z280,Z284)

M458

R-M458*(xL260,CTS11962)

L260

R-L260

CTS11962

R-CTS11962

Z280

R-Z280*(xCTS1211)

CTS1211

R-CTS1211*(xCTS3402)

CTS3402

R-CTS3402

Z284

R-Z284*(xL448)

L448

R-L448

Z93

R-Z93*(xL657,Z2124,Y40)

L657

R-L657*(xY9,Y4)

Y9

R-Y9

Y4

R-Y4

Z2124

R-Z2124*(xZ2122,Z2125)

Z2122

R-Z2122

Z2125

R-Z2125

Y40

R-Y40

R1b

M343  (M415)

R-M343*(xL389,V88)

R1b1

L389

R-L389*(xP279)

R1b1a

P297

R-P297*(xM73,M269)

M73  (M478)

R-M73

M269  (M520)

R-M269*(xL23)

L23  (L49  L757)

R-L23*(xM412,L584)

M412

R-M412*(xL11)

L11  (L52  P310)

R-L11*(xU106,P312)

U106

R-U106*(xZ18,Z381)

Z18

R-Z18

Z381

R-Z381*(xZ156,Z301)

Z156

R-Z156

Z301

R-Z301*(xU198,L48)

U198

R-U198

L48

R-L48*(xL47,Z9)

L47

R-L47

Z9

R-Z9

P312

R-P312*(xDF27,U152,M529,L238)

DF27

R-DF27*(xZ195)

Z195  (Z196)

R-Z195*(xZ274,Z198,DF17)

Z274

R-Z274*(xZ209)

Z209  (Z220)

R-Z209*(xZ216)

Z216

R-Z216*(xZ214)

Z214

R-Z214

Z198  (L176#)

R-Z198*(xZ262)

Z262

R-Z262

DF17

R-DF17

U152

R-U152*(xL2,Z36,Z56,Z192)

L2

R-L2*(xZ367,Z49)

Z367

R-Z367*(xL20,Z34)

L20

R-L20

Z34

R-Z34

Z49

R-Z49*(xZ142)

Z142

R-Z142

Z36

R-Z36

Z56

R-Z56*(xS47,Z144)

S47

R-S47

Z144  (Z145  Z146)

R-Z144

Z192

R-Z192

M529

R-M529*(DF13,DF63)

DF13  (Z2542)

R-DF13*(xDF21,DF41,DF49,L371,L513,L1335,Z251,Z253,Z255,CTS4466)

DF21

R-DF21*(xP314,Z246)

P314#

R-P314

Z246

R-Z246

DF41

R-DF41

DF49

R-DF49*(xDF23)

DF23

R-DF23*(xZ2961)

Z2961

R-Z2961*(xM222)

M222

R-M222

L371

R-L371

L513  (Z249)

R-L513

L1335

R-L1335

Z251

R-Z251

Z253

R-Z253*(xZ2534)

Z2534

R-Z2534

Z255

R-Z255

CTS4466

R-CTS4466

DF63

R-DF63

L238

R-L238

L584

R-L584

R1b2

V88

R-V88*(xV69)

V69

R-V69

R2

M479

R-M479*(xM124)

M124

R-M124*(xL295)

L295

R-L295

S

M230  (P202)

S-M230*(xM254)

M254

S-M254

LT

P326

LT-P326*(xM20,M184)

L

M20

L-M20*(xM22,L595)

M22

L-M22*(xM27,M317,M357)

M27  (M76)

L-M27

M317

L-M317

M357

L-M357

L595

L-L595

T

M184

T-M184*(xM70)

M70

T-M70*(xL162,L131,L1255)

L162

T-L162*(xL208)

L208

T-L208

L131

T-L131

L1255

T-L1255