Minimal reference phylogeny for the human Y chromosome
Citation: van Oven M, Van Geystelen A, Kayser M, Decorte R, Larmuseau MH. 2014. Seeing the wood for the trees: a minimal reference phylogeny for the human Y chromosome. Hum Mutat 35(2):187-191.
Full Y-SNP list with marker details
                                      Haplogroup designation Predominantly present in:
A00  L1086  L1159  L1284                             A00-L1086 Central Africa
A0'1'2'3'4  L1085  L1130  L1155                             A0'1'2'3'4-L1085*(xV148,V168)  
  A0  V148  V166  L896  L991                           A0-V148 Central Africa, West Africa
A1'2'3'4  V168  V171  P305                             A1'2'3'4-V168*(xM31,P108)  
    A1  M31  P82  V4                           A1-M31 West Africa, North Africa
  A2'3'4  P108  V221                           A2'3'4-P108*(xL419,M42)  
      A2'3  L419  PK1                           A2'3-L419*(xV50,M32)  
        A2  V50  L602                         A2-V50 Southern Africa, Central Africa
        A3  M32                           A3-M32 East Africa, Southern Africa
  A4=BCDEF  M42  P97                           A4-M42*(xM60,M168)  
        B  M60  M181  V244                       B-M60 Central Africa, Southern Africa, East Africa
      CDEF  M168                         CDEF-M168*(xM145,P143)  
          DE  M145  M203                     DE-M145*(xM174,M96)  
            D  M174  CTS94  JST021355               D-M174 East Asia
            E  M96  M40  P29                   E-M96 Africa, West Asia, Southern Europe
          CF  P143                       CF-P143*(xM130,M89)  
            C  M130  M216                   C-M130 Central Asia, Northern Asia, North America, East Asia, Southeast Asia, Wallacea, Near Oceania, Australia, Remote Oceania
            F  M89  M213  P14                   F-M89*(xF1329)  
          GHIJKLT  F1329                   GHIJKLT-F1329*(xM201,M578)  
                G  M201  P257               G-M201 West Asia, Europe, Central Asia
              HIJKLT  M578                 HIJKLT-M578*(xL901,M522)  
                  H  L901  M3035             H-L901 South Asia
                IJKLT  M522  M523             IJKLT-M522*(xM429,M9)  
                    IJ  M429  P126           IJ-M429*(xM170,M304)  
                      I  M170  M258  U179       I-M170 Europe, West Asia
                      J  M304  P209         J-M304 West Asia, North Africa, Horn of Africa, Southern Europe, Central Asia, South Asia
                    KLT  M9               KLT-M9*(xM526,P326)  
                      K  M526           K-M526*(xP331,F549)  
                        MP  P331  L405       MP-P331*(xP397,P295)  
                          M  P397  P399  PR2099   M-P397 Near Oceania, Wallacea, Australia, Remote Oceania
                          P  P295       P-P295*(xM45)  
                            QR  M45  M74     QR-M45*(xM242,M207)  
                              Q  M242   Q-M242 Northern Asia, Central Asia, Americas
                              R  M207   R-M207 Europe, West Asia, Central Asia, South Asia, North Africa, Central Africa
                        X  F549  F650  M2308     X-F549*(xM214)  
                          NO  M214       NO-M214*(xM231,M175)  
                            N  M231     N-M231 Northern Asia, Northern Europe
                            O  M175  P186   O-M175 East Asia, Southeast Asia
                      LT  P326  L811         LT-P326*(xM20,M184)  
                        L  M20           L-M20 South Asia, West Asia
                        T  M184         T-M184 West Asia, Horn of Africa, North Africa, Southern Europe, South Asia
Maintained by Mannis van Oven (